이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 명령 일치자입니다.
프로그램:
이름
matcher - 두 시퀀스의 Waterman-Eggert 로컬 정렬
개요
매처 -순서 순서 - 시퀀스 순서 [-데이터 파일 매트릭스] [- 대안 정수]
[- 가오픈 정수] [-갭 확장 정수] -아웃파일 일직선으로하다
매처 -도움
기술
매처 EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈"의 명령줄 프로그램입니다.
소프트웨어 제품군”). "Alignment:Local" 명령 그룹의 일부입니다.
옵션
입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 순서
- 시퀀스 순서
-데이터 파일 매트릭스
이것은 시퀀스를 비교할 때 사용되는 스코어링 매트릭스 파일입니다. 기본적으로
파일 'EBLOSUM62'(단백질의 경우) 또는 파일 'EDNAFULL'(핵 서열의 경우). 이것들
파일은 EMBOSS 설치의 'data' 디렉토리에 있습니다.
추가 섹션에 있어야 합니다.
- 대안 정수
이것은 대체 일치 출력의 수를 설정합니다. 기본적으로 가장 높은 값만
점수 정렬이 표시됩니다. 값 2는 다른 합리적인 정렬을 제공합니다. 에
일부 경우, 예를 들어 cDNA의 다중 도메인 단백질 및 게놈 DNA 비교,
다른 흥미롭고 중요한 정렬이 있을 수 있습니다. 기본값: 1
- 가오픈 정수
갭 페널티는 갭이 생성될 때 차감되는 점수입니다. 최고의 가치는 다음과 같습니다.
비교 매트릭스의 선택에. 기본값 14는 다음을 사용한다고 가정합니다.
단백질 서열의 경우 EBLOSUM62 매트릭스, 또는 16의 값 및 EDNAFULL 매트릭스의 경우
뉴클레오티드 서열. 기본값: @($(acdprotein)? 14:16)
-갭 확장 정수
갭 길이 또는 갭 확장, 페널티가 표준 갭 페널티에 추가됩니다.
간격에 있는 각 염기 또는 잔류물. 이것은 간격이 페널티되는 기간입니다. 일반적으로 당신은
많은 짧은 간격보다 몇 개의 긴 간격을 예상하므로 간격 확장 패널티
갭 페널티보다 낮아야 한다. 하나 또는 두 개의 시퀀스가 모두 있는 경우는 예외입니다.
시퀀싱 오류가 발생할 수 있는 단일 읽기
단일 기본 간격. 갭 패널티를 XNUMX(또는 매우
낮음) 및 갭 확장 패널티를 사용하여 갭 스코어링을 제어합니다. 기본값:
@($(acdprotein)? 4:4)
산출 섹션에 있어야 합니다.
-아웃파일 일직선으로하다
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 matcher 사용
