์˜์–ดํ”„๋ž‘์Šค์–ด์ŠคํŽ˜์ธ์–ด

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์˜จ์›์Šค ํŒŒ๋น„์ฝ˜

๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ž˜์ŠคํŠธ - ์˜จ๋ผ์ธ ์ธ ๋” ํด๋ผ์šฐ๋“œ

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ ๋˜๋Š” MAC OS ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ๋ฅผ ํ†ตํ•ด OnWorks ๋ฌด๋ฃŒ ํ˜ธ์ŠคํŒ… ์ œ๊ณต์—…์ฒด์—์„œ ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ ์‹คํ–‰

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ ๋˜๋Š” MAC OS ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ์™€ ๊ฐ™์€ ์—ฌ๋Ÿฌ ๋ฌด๋ฃŒ ์˜จ๋ผ์ธ ์›Œํฌ์Šคํ…Œ์ด์…˜ ์ค‘ ํ•˜๋‚˜๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ OnWorks ๋ฌด๋ฃŒ ํ˜ธ์ŠคํŒ… ์ œ๊ณต์—…์ฒด์—์„œ ์‹คํ–‰ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ ๋ช…๋ น์ž…๋‹ˆ๋‹ค.

ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ:

์ด๋ฆ„


bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, ์ž„ํŒ”๋ผ, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ, rpsblast,
seedtop - ๊ธฐ๋ณธ ๋กœ์ปฌ ์ •๋ ฌ ๊ฒ€์ƒ‰ ๋„๊ตฌ

๊ฐœ์š”


bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-G N] [-I "์Šคํƒ€ํŠธ ์ค‘์ง€"] [-J "์Šคํƒ€ํŠธ ์ค‘์ง€"] [-M ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-d N] [-e X] [-g F] -i ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„
-j ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ [-m] [-o ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] -p ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ [-q N] [-r N] [-t N]

ํญ๋ฐœ 2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-G N] [-H] [-I "์Šคํƒ€ํŠธ ์ค‘์ง€"]
[-J "์Šคํƒ€ํŠธ ์ค‘์ง€"] [-K N] [-L] [-M ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„]
[-j ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-k ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-m N] [-n] [-o ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] -p ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ [-q N] [-r N] [-NS] [-NS N] [-์œ ]
[-V N] [-w N] [-์™€์ด N] [-์ง€ N]

ํญ๋ฐœ [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L ์‹œ์ž‘ ๋ฉˆ์ถค] [-M ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-O ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-P N] [-Q N] [-R ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„]
[-l ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-m N] [-n] [-o ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] -p ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L ์‹œ์ž‘ ๋ฉˆ์ถค] [-M ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-O ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-P N] [-Q N] [-R ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-l ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „]
[-m N] [-n] [-o ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] -p ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

ํญ๋ฐœํ•˜๋‹ค [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L ์‹œ์ž‘ ๋ฉˆ์ถค]
[-M ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-O ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-m N] [-n] [-o ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] -p ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

ํญ๋ฐœ [-] [-A N] [-B ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-C ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-N X] [-O ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-P N] [-Q ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-R ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-j N] [-k ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-l ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-m N] [-o ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-p ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

์ž„ํŒ”๋ผ [-] [-E N] [-F ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-O ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-P ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-e X] [-h X] [-i ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-j N] [-m N] [-o ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„]
[-v N] [-y X] [-z N]

๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L ์‹œ์ž‘ ๋ฉˆ์ถค] [-M N]
[-N N] [-O ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-P N] [-Q ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-e X] [-f] [-g F] [-i ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-l ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-m N] [-n]
[-o ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-I] [-J] [-L ์‹œ์ž‘ ๋ฉˆ์ถค] [-N X] [-O ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ [-e X] [-i ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-l ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-m N]
[-o ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

์ข…์ž [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-O ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„]
[-S N] [-X N] [-d ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „] [-e X] [-f] [-i ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-k ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-o ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„] [-p ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „]
[-q N] [-r N]

๊ธฐ์ˆ 


์ด ๋งค๋‰ด์–ผ ํŽ˜์ด์ง€๋Š” ๋ช…๋ น์„ ๊ฐ„๋žตํ•˜๊ฒŒ ์„ค๋ช…ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. bl2seq, ํญ๋ฐœ, ํญ๋ฐœ, ํญ๋ฐœํ•˜๋‹ค,
ํญ๋ฐœ, ์ž„ํŒ”๋ผ, ๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ, rpsblast๋ฐ ์ข…์ž. ์ด ๋ช…๋ น์€ ๋ฌธ์„œํ™”๋˜์–ด ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค
๊ณตํ†ต ์˜ต์…˜์ด ๋งŽ๊ธฐ ๋•Œ๋ฌธ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.

bl2seq blastn ๋˜๋Š” blastp๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ ๋‘ ์‹œํ€€์Šค ๊ฐ„์˜ ๋น„๊ต๋ฅผ ์ˆ˜ํ–‰ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
์—ฐ์‚ฐ. ๋‘ ์„œ์—ด์€ ๋ชจ๋‘ ๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ ๋˜๋Š” ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ์ด์–ด์•ผ ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

ํญ๋ฐœ 2 ์‹œํ€€์Šค๋ฅผ ๋กœ์ปฌ ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค ๋˜๋Š” ๋‘ ๋ฒˆ์งธ ์‹œํ€€์Šค์™€ ๋น„๊ตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ๊ทธ๊ฒƒ
๋‘ ๊ฐ€์ง€ ๊ธฐ๋Šฅ์˜ ๋Œ€๋ถ€๋ถ„์„ ํ†ตํ•ฉ bl2seq ๊ณผ ํญ๋ฐœ, ํ•˜์ง€๋งŒ ์„ธ๋ฏธ
์‹คํ—˜์ ์ธ ์ƒˆ๋กœ์šด ๋‚ด๋ถ€ ์—”์ง„.

ํญ๋ฐœ ๊ณผ blastall_old ์‹œํ€€์Šค์— ๋Œ€ํ•œ ๋กœ์ปฌ ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์—์„œ ๊ฐ€์žฅ ์ผ์น˜ํ•˜๋Š” ํ•ญ๋ชฉ์„ ์ฐพ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
ํญ๋ฐœ ๋ณด๋‹ค ์ตœ์‹  ์—”์ง„์„ ์‚ฌ์šฉํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. blastall_old ๊ธฐ๋ณธ์ ์œผ๋กœ ์ง€์›ํ•˜์ง€๋งŒ ์ด์ „ ๋ฒ„์ „ ์‚ฌ์šฉ์„ ์ง€์›ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
์—”์ง„๋„ (์˜ต์…˜๊ณผ ํ•จ๊ป˜ ํ˜ธ์ถœํ•  ๋•Œ -V F).

ํญ๋ฐœํ•˜๋‹ค ์ตœ์‹  NCBI BLAST ๊ฒ€์ƒ‰ ์—”์ง„(๋ฒ„์ „ 2.0)์— ์•ก์„ธ์Šคํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ๋’ค์— ์žˆ๋Š” ์†Œํ”„ํŠธ์›จ์–ด
BLAST ๋ฒ„์ „ 2.0์€ BLAST๊ฐ€ ์ƒˆ๋กœ์šด ๊ณผ์ œ๋ฅผ ์ฒ˜๋ฆฌํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋„๋ก ์ฒ˜์Œ๋ถ€ํ„ฐ ์ž‘์„ฑ๋˜์—ˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
ํ–ฅํ›„ ๋ช‡ ๋…„ ๋™์•ˆ ์‹œํ€€์Šค ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์— ์˜ํ•ด ์ œ๊ธฐ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์ด ์†Œํ”„ํŠธ์›จ์–ด์˜ ์—…๋ฐ์ดํŠธ๋Š”
์•ž์œผ๋กœ ๋ช‡ ๋…„ ๋™์•ˆ ๊ณ„์†.

ํญ๋ฐœ gapped blastp ๊ฒ€์ƒ‰์„ ์ˆ˜ํ–‰ํ•˜๊ณ  ๋ฐ˜๋ณต ๊ฒ€์ƒ‰์„ ์ˆ˜ํ–‰ํ•˜๋Š” ๋ฐ ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
psi-blast ๋ฐ phi-blast ๋ชจ๋“œ.

์ž„ํŒ”๋ผ ์— ์˜ํ•ด ์ค€๋น„๋œ ์ ์ˆ˜ ๋งคํŠธ๋ฆญ์Šค ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค๋ฅผ ๊ฒ€์ƒ‰ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์นดํ”ผ ๋งคํŠธ(1) BLAST ์œ ์‚ฌ ์ƒ์„ฑ
์ถœ๋ ฅ.

๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ Webb Miller ๋“ฑ์˜ greedy ์•Œ๊ณ ๋ฆฌ์ฆ˜์„ ์‚ฌ์šฉํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์—ผ๊ธฐ์„œ์—ด์˜ ๊ฒฝ์šฐ
์ •๋ ฌ ๊ฒ€์ƒ‰์„ ์ˆ˜ํ–‰ํ•˜๊ณ  ๋งŽ์€ ์ฟผ๋ฆฌ๋ฅผ ์—ฐ๊ฒฐํ•˜์—ฌ ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค ์Šค์บ”์— ์†Œ์š”๋˜๋Š” ์‹œ๊ฐ„์„ ์ ˆ์•ฝํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
์ด ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ์€ ๊ฒฐ๊ณผ์— ๋”ฐ๋ผ ์•ฝ๊ฐ„ ๋‹ค๋ฅธ ์‹œํ€€์Šค๋ฅผ ์ •๋ ฌํ•˜๋Š” ๋ฐ ์ตœ์ ํ™”๋˜์–ด ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
์‹œํ€€์‹ฑ ๋˜๋Š” ๊ธฐํƒ€ ์œ ์‚ฌํ•œ "์˜ค๋ฅ˜". ์ผ๋ฐ˜์ ์ธ ๊ฒƒ๋ณด๋‹ค ์ตœ๋Œ€ 10๋ฐฐ ๋น ๋ฆ…๋‹ˆ๋‹ค.
์‹œํ€€์Šค ์œ ์‚ฌ์„ฑ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ์„ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ ๋‘ ๊ฐœ์˜ ํฐ ์ง‘ํ•ฉ์„ ์‹ ์†ํ•˜๊ฒŒ ๋น„๊ตํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
์„œ๋กœ์— ๋Œ€ํ•œ ์‹œํ€€์Šค์˜.

rpsblast (์—ญ PSI-BLAST) ํ”„๋กœํ•„ ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์— ๋Œ€ํ•ด ์ฟผ๋ฆฌ ์‹œํ€€์Šค๋ฅผ ๊ฒ€์ƒ‰ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
์ด๊ฒƒ์€ ์‹œํ€€์Šค ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์— ๋Œ€ํ•ด ํ”„๋กœํŒŒ์ผ์„ ๊ฒ€์ƒ‰ํ•˜๋Š” PSI-BLAST์˜ ๋ฐ˜๋Œ€์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
๋”ฐ๋ผ์„œ '์—ญ์ „'. rpsblast BLAST์™€ ์œ ์‚ฌํ•œ ์•Œ๊ณ ๋ฆฌ์ฆ˜์„ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ ๋‹จ์ผ ๋˜๋Š” ์ด์ค‘ ๋‹จ์–ด ์ฐพ๊ธฐ
์กฐํšŒํ•œ ๋‹ค์Œ ์ด๋Ÿฌํ•œ ํ›„๋ณด ์ผ์น˜์— ๋Œ€ํ•ด unapped ํ™•์žฅ์„ ์ˆ˜ํ–‰ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ๋งŒ์•ฝ
์ถฉ๋ถ„ํžˆ ๋†’์€ ์ ์ˆ˜์˜ ๋น„๊ฐญ ์ •๋ ฌ์ด ์ƒ์„ฑ๋˜๊ณ , ๊ฐญ ํ™•์žฅ์ด ์ˆ˜ํ–‰๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
๊ธฐ๋Œ€๊ฐ’์ด ์ถฉ๋ถ„ํžˆ ๋‚ฎ์€ (๊ฐญ์ด ์žˆ๋Š”) ์ •๋ ฌ์ด ๋ณด๊ณ ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์ด๊ฒƒ
์ ˆ์ฐจ๋Š” Smith-Waterman ๊ณ„์‚ฐ์„ ์ˆ˜ํ–‰ํ•˜๋Š” IMPALA์™€ ๋Œ€์กฐ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
์ผ์น˜ํ•˜๋Š” ํ•ญ๋ชฉ์„ ์‹๋ณ„ํ•˜๊ธฐ ์œ„ํ•ด ๋‹จ์–ด ์กฐํšŒ ๋ฐฉ์‹์„ ์‚ฌ์šฉํ•˜๋Š” ๋Œ€์‹ 
์—ฐ์žฅ๋˜์–ด์•ผ ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

์ข…์ž ๋น„๊ต์  ๊ฐ„๋‹จํ•œ ๋‘ ๊ฐ€์ง€ ์งˆ๋ฌธ์— ๋‹ตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
1. ์‹œํ€€์Šค์™€ ํŒจํ„ด ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค๊ฐ€ ์ฃผ์–ด์ง€๋ฉด ์‹œํ€€์Šค์—์„œ ์–ด๋–ค ํŒจํ„ด์ด ๋ฐœ์ƒํ•˜๋Š”์ง€
๊ทธ๋ฆฌ๊ณ  ์–ด๋””?
2. ํŒจํ„ด๊ณผ ์‹œํ€€์Šค ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค๊ฐ€ ์ฃผ์–ด์ง€๋ฉด ์‹œํ€€์Šค์— ํŒจํ„ด๊ณผ
์–ด๋””?

์ด๋Ÿฌํ•œ ๋ช…๋ น ์ค‘ ์ผ๋ถ€๋Š” ๋‹ค์Œ์œผ๋กœ ์ œ์–ด๋˜๋Š” ์—ฌ๋Ÿฌ ์œ ํ˜•์˜ ๋น„๊ต๋ฅผ ์ง€์›ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. -p
("ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ") ํ”Œ๋ž˜๊ทธ:

blastp๋Š” ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ ์ฟผ๋ฆฌ ์‹œํ€€์Šค๋ฅผ ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ์‹œํ€€์Šค ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์™€ ๋น„๊ตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

blastn์€ ๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ ์ฟผ๋ฆฌ ์‹œํ€€์Šค๋ฅผ ๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ ์‹œํ€€์Šค ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์™€ ๋น„๊ตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

blastx๋Š” ๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ ์ฟผ๋ฆฌ์˜ XNUMXํ”„๋ ˆ์ž„ ๊ฐœ๋… ๋ฒˆ์—ญ ์ œํ’ˆ์„ ๋น„๊ตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ์„œ์—ด ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์— ๋Œ€ํ•œ ์„œ์—ด(๋‘ ๊ฐ€๋‹ฅ ๋ชจ๋‘). ์„์œ„ํ•œ bl2seqWalk Through California ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ,
๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ๋Š” ์ฃผ์–ด์ง„ ์ฒซ ๋ฒˆ์งธ ์„œ์—ด์ด์–ด์•ผ ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

psitblastn์€ ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ์ฟผ๋ฆฌ ์‹œํ€€์Šค๋ฅผ ๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ ์‹œํ€€์Šค ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์™€ ๋น„๊ตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ XNUMX๊ฐœ์˜ ๋ชจ๋“  ํŒ๋… ํ”„๋ ˆ์ž„(๋‘ ๊ฐ€๋‹ฅ ๋ชจ๋‘)์—์„œ ๋™์ ์œผ๋กœ ๋ฒˆ์—ญ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
PSI-BLAST์— ์˜ํ•ด ์ƒ์„ฑ๋œ ์œ„์น˜ ํŠน์ • ๋งคํŠธ๋ฆญ์Šค.

tblastn์€ ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ์ฟผ๋ฆฌ ์‹œํ€€์Šค๋ฅผ ๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ ์‹œํ€€์Šค ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์™€ ๋น„๊ตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
XNUMX๊ฐœ์˜ ๋ชจ๋“  ํŒ๋… ํ”„๋ ˆ์ž„(๋‘ ๊ฐ€๋‹ฅ ๋ชจ๋‘)์—์„œ ๋™์ ์œผ๋กœ ๋ฒˆ์—ญ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์„์œ„ํ•œ bl2seq,
๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ๋Š” ์ฃผ์–ด์ง„ ๋‘ ๋ฒˆ์งธ ์„œ์—ด์ด์–ด์•ผ ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

tblastx๋Š” ๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ ์ฟผ๋ฆฌ ์‹œํ€€์Šค์˜ XNUMXํ”„๋ ˆ์ž„ ๋ฒˆ์—ญ์„ ๋‹ค์Œ๊ณผ ๋น„๊ตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ ์„œ์—ด ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์˜ XNUMXํ”„๋ ˆ์ž„ ๋ฒˆ์—ญ.

์˜ต์…˜


์•„๋ž˜์— ์˜ต์…˜ ์š”์•ฝ์ด ํฌํ•จ๋˜์–ด ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

- ์‚ฌ์šฉ ๋ฉ”์‹œ์ง€ ์ธ์‡„

-A (bl2seq)
accession.version ํ˜•์‹์˜ ์ž…๋ ฅ ์‹œํ€€์Šค

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ)
๋‹ค์ค‘ ์กฐํšŒ ์ฐฝ ํฌ๊ธฐ; ์ผ๋ฐ˜์ ์œผ๋กœ ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 0(๋‹จ์ผ ํžˆํŠธ ํ™•์žฅ์˜ ๊ฒฝ์šฐ)์ด์ง€๋งŒ
๋ถˆ์—ฐ์† ํ…œํ”Œ๋ฆฟ์„ ์‚ฌ์šฉํ•  ๋•Œ ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 40์ž…๋‹ˆ๋‹ค.

-B N (ํญ๋ฐœ2)
์ฆ‰์„ ์ถœ๋ ฅ ์ƒ์„ฑ:
0 ์—†์Œ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’)
์˜คํ”„์…‹ ๋ฐ ํ’ˆ์งˆ ๊ฐ’ ํ…Œ์ด๋ธ” 1๊ฐœ
2 ์‹œํ€€์Šค ๋ฐ์ดํ„ฐ ์ถ”๊ฐ€
3 ํ…์ŠคํŠธ ASN.1
4 ๋ฐ”์ด๋„ˆ๋ฆฌ ASN.1

-B N (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ, blastall_old)
blastn ๋˜๋Š” tblastn ๋ชจ๋“œ์—์„œ ์—ฐ๊ฒฐ๋œ ์ฟผ๋ฆฌ ์ˆ˜

-B ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธPGP)
PSI-BLAST ์žฌ์‹œ์ž‘์„ ์œ„ํ•œ ์ž…๋ ฅ ์ •๋ ฌ ํŒŒ์ผ

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
blastp ๋˜๋Š” tblastn์— ๋Œ€ํ•œ ๊ตฌ์„ฑ ๊ธฐ๋ฐ˜ ํ†ต๊ณ„ ์‚ฌ์šฉ:
T, t, D ๋˜๋Š” d
๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’(์— ํ•ด๋‹น 1 for ํญ๋ฐœ 2 ๊ณผ blastall_old ๋ฐ์— 2 for ํญ๋ฐœ
๊ณผ ํญ๋ฐœํ•˜๋‹ค)
0, F ๋˜๋Š” f
๊ตฌ์„ฑ ๊ธฐ๋ฐ˜ ํ†ต๊ณ„ ์—†์Œ
1 ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™์€ ๊ตฌ์„ฑ ๊ธฐ๋ฐ˜ ํ†ต๊ณ„ ๋‚˜๋ฅด 29:2994-3005, 2001
2 ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™์ด ์ž‘๊ณก์— ๋”ฐ๋ฅธ ์ ์ˆ˜ ์กฐ์ • ์ƒ๋ฌผ ์ •๋ณดํ•™ 21:902-911, 2005,
์‹œํ€€์Šค ์†์„ฑ์„ ๊ธฐ์ค€์œผ๋กœ ํ•จ
3 ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™์ด ์ž‘๊ณก์— ๋”ฐ๋ฅธ ์ ์ˆ˜ ์กฐ์ • ์ƒ๋ฌผ ์ •๋ณดํ•™ 21:902-911, 2005,
๋ฌด์กฐ๊ฑด์ ์œผ๋กœ
blastall, blastall_old ๋˜๋Š” blastcl3(์ฆ‰, ํญ๋ฐœ์ด ์•„๋‹˜2),
์ฒจ๋ถ€ u (๋Œ€์†Œ๋ฌธ์ž ๊ตฌ๋ถ„ํ•˜์ง€ ์•Š์Œ) ๋ชจ๋“œ๋Š” ํ†ตํ•ฉ p-๊ฐ’์„ ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
๋ผ์šด๋“œ 1์—์„œ๋งŒ ์ •๋ ฌ ๋ฐ ๊ตฌ์„ฑ p-๊ฐ’์„ ๊ฒฐํ•ฉํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

-C ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธPGP)
PSI-BLAST ์ฒดํฌํฌ์ธํŠธ์šฉ ์ถœ๋ ฅ ํŒŒ์ผ

-C N (์‹œ๋“œํƒ‘)
๋“์ ๋งŒ ์—ฌ๋ถ€(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 1)

-D N (bl2seq)
์ถœ๋ ฅ ํ˜•์‹:
0 ๊ธฐ์กด(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’)
1 ํ‘œ

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
์œ ์ „์ž ์ฝ”๋“œ์— ๋”ฐ๋ผ ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์˜ ์„œ์—ด ๋ฒˆ์—ญ N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 1, tblast*์—๋งŒ ์ ์šฉ๋จ)

-D N (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
์ถœ๋ ฅ ์œ ํ˜•:
0 ์ •๋ ฌ ๋์  ๋ฐ ์ ์ˆ˜
1๊ฐœ์˜ ๋ชจ๋“  ๊ฐญ์ด ์—†๋Š” ์„ธ๊ทธ๋จผํŠธ ๋์ 
2๊ฐœ์˜ ๊ธฐ์กด BLAST ์ถœ๋ ฅ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’)
3๊ฐœ์˜ ํƒญ์œผ๋กœ ๊ตฌ๋ถ„๋œ ํ•œ ์ค„ ํ˜•์‹
4 ์ฆ๋ถ„ ํ…์ŠคํŠธ ASN.1
5 ์ฆ๋ถ„ ๋ฐ”์ด๋„ˆ๋ฆฌ ASN.1

-D N (์‹œ๋“œํƒ‘)
์ •๋ ฌ ๋น„์šฉ ๊ฐ์†Œ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ)
๊ฐญ ๋น„์šฉ ํ™•์žฅ N (-1์€ ๊ธฐ๋ณธ ๋™์ž‘์„ ํ˜ธ์ถœํ•จ)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
๊ฐญ ๋น„์šฉ ํ™•์žฅ N (-1์€ ๊ธฐ๋ณธ ๋™์ž‘์„ ํ˜ธ์ถœํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ํƒ์š•์Šค๋Ÿฌ์šด ๊ฒฝ์šฐ ๋น„์นœํ™”์„ฑ, 2
๊ทธ๋ ‡์ง€ ์•Š์œผ๋ฉด)

-E N (blastpgp, ์ž„ํŒ”๋ผ, seedtop)
๊ฐญ ๋น„์šฉ ํ™•์žฅ N (๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 1)

-F ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) DUST ๋˜๋Š” SEG์šฉ ํ•„ํ„ฐ ์˜ต์…˜; ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€
T bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 ๋ฐ megablast์˜ ๊ฒฝ์šฐ F for
blastpgp, ์ž„ํŒ”๋ผ ๋ฐ rpsblast.

-F (์‹œ๋“œํƒ‘)
SEG๋กœ ์‹œํ€€์Šค๋ฅผ ํ•„ํ„ฐ๋งํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

-G N (bl2seq, blastcl3, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ)
๊ณต๋ฐฑ๊ธฐ ๋น„์šฉ N (-1์€ ๊ธฐ๋ณธ ๋™์ž‘์„ ํ˜ธ์ถœํ•จ)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
๊ณต๋ฐฑ๊ธฐ ๋น„์šฉ N (-1์€ ๊ธฐ๋ณธ ๋™์ž‘์„ ํ˜ธ์ถœํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค: ํƒ์š•์Šค๋Ÿฌ์šด ๊ฒฝ์šฐ ๋น„์นœํ™”์„ฑ, 5์ธ ๊ฒฝ์šฐ
๋™์  ํ”„๋กœ๊ทธ๋ž˜๋ฐ ์‚ฌ์šฉ)

-G N (blastpgp, ์ž„ํŒ”๋ผ, seedtop)
๊ณต๋ฐฑ๊ธฐ ๋น„์šฉ N (๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 11)

-H (ํญ๋ฐœ2)
HTML ์ถœ๋ ฅ ์ƒ์„ฑ

-H N (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธPGP)
์ฟผ๋ฆฌ์˜ ํ•„์ˆ˜ ์˜์—ญ ๋(-1์€ ์ฟผ๋ฆฌ์˜ ๋์„ ๋‚˜ํƒ€๋ƒ„)

-H (์ž„ํŒ”๋ผ)
๋„์›€๋ง ์ธ์‡„(์‚ฌ์šฉ ๋ฉ”์‹œ์ง€์™€ ๋‹ค๋ฆ„)

-H N (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค ์‹œํ€€์Šค๋‹น ์ €์žฅํ•  HSP์˜ ์ตœ๋Œ€ ์ˆ˜(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 0, ๋ฌด์ œํ•œ)

-I "์Šคํƒ€ํŠธ ์ค‘์ง€" (bl2seq, blast2)
์ฒซ ๋ฒˆ์งธ(์ฟผ๋ฆฌ) ์‹œํ€€์Šค์˜ ์œ„์น˜(ํŒŒ์ผ์ด ๋‹ค์Œ์œผ๋กœ ์ง€์ •๋œ ๊ฒฝ์šฐ์—๋งŒ ์ ์šฉ๋จ -i ์ด ํฌํ•จ๋˜์–ด ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค
๋‹จ์ผ ์‹œํ€€์Šค)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, ์ž„ํŒ”๋ผ, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ,
rpsblast, seedtop) deflines์—์„œ GI ํ‘œ์‹œ

-J "์Šคํƒ€ํŠธ ์ค‘์ง€" (bl2seq, blast2)
๋‘ ๋ฒˆ์งธ(์ฃผ์ œ) ์‹œํ€€์Šค์˜ ์œ„์น˜(ํŒŒ์ผ์ด ๋‹ค์Œ์œผ๋กœ ์ง€์ •๋œ ๊ฒฝ์šฐ์—๋งŒ ์ ์šฉ๋จ -j
๋‹จ์ผ ์‹œํ€€์Šค ํฌํ•จ)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, ์ž„ํŒ”๋ผ, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ,
rpsblast, seedtop) ์ฟผ๋ฆฌ defline์„ ๋ฏฟ์œผ์‹ญ์‹œ์˜ค.

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
๋ณด๊ด€ํ•  ์ง€์—ญ์˜ ๋ฒ ์ŠคํŠธ ํžˆํŠธ ์ˆ˜์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ๊ธฐ๋ณธ์ ์œผ๋กœ ๊บผ์ ธ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค. 100์˜ ๊ฐ’์„ ์‚ฌ์šฉํ•˜๋Š” ๊ฒฝ์šฐ
๊ถŒ์žฅ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ๋งค์šฐ ๋†’์€ ๊ฐ’ -v or -b ๋„ ์ œ์•ˆ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

-K N (์‹œ๋“œํƒ‘)
๋‚ด๋ถ€ ์ ์ค‘ ๋ฒ„ํผ ํฌ๊ธฐ ์Šน์ˆ˜(wrt ์ฟผ๋ฆฌ ๊ธธ์ด, ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 2)

-L (ํญ๋ฐœ2)
๋„ˆ๋น„๊ฐ€ 12์ธ (ํด๋ž˜์‹ Mega BLAST) ์กฐํšŒ ํ…Œ์ด๋ธ” ์‚ฌ์šฉ

-L ์‹œ์ž‘ ๋ฉˆ์ถค (blastall, blastall_old, blastcl3, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ,
rpsblast) ์ฟผ๋ฆฌ ์‹œํ€€์Šค์˜ ์œ„์น˜(rpsblast์˜ ๊ฒฝ์šฐ blastp ๋ชจ๋“œ์—์„œ๋งŒ ์œ ํšจ)

-M ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) ๋งคํŠธ๋ฆญ์Šค ์‚ฌ์šฉ ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ (๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = BLOSUM62)

-M N (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
๋‹จ์ผ ๊ฒ€์ƒ‰์— ๋Œ€ํ•œ ์ตœ๋Œ€ ์ด ์ฟผ๋ฆฌ ๊ธธ์ด(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 5000000)

-N (ํญ๋ฐœ2)
ํ…Œ์ด๋ธ” ํ˜•์‹ ์ถœ๋ ฅ์—์„œ โ€‹โ€‹์‹œํ€€์Šค ID์— ๋Œ€ํ•œ ์•ก์„ธ์Šค๋งŒ ํ‘œ์‹œ

-N X (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธpgp, rps๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ)
๊ฐ„๊ฒฉ์„ ํŠธ๋ฆฌ๊ฑฐํ•  ๋น„ํŠธ ์ˆ˜(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 22.0)

-N N (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
๋ถˆ์—ฐ์† ๋‹จ์–ด ํ…œํ”Œ๋ฆฟ์˜ ์œ ํ˜•:
0 ์ฝ”๋”ฉ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’)
1 ์ตœ์ 
2 XNUMX ๋™์‹œ

-O ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) ์“ฐ๊ธฐ(ASN.1) ์‹œํ€€์Šค ์ •๋ ฌ
์— ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„; blastpgp, impala, rpsblast ๋ฐ seedtop์—๋งŒ ์œ ํšจํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. -J๋ฐ
๋ฉ”๊ฐ€ ๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ์—๋งŒ ์œ ํšจ -D2.

-P X (ํญ๋ฐœ2)
์‹ ์› ๋น„์œจ ์ปท์˜คํ”„

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
๋‹จ์ผ ์ ์ค‘ ๋ชจ๋“œ์˜ ๊ฒฝ์šฐ 1๋กœ ์„ค์ •ํ•˜๊ฑฐ๋‚˜ ๋‹ค์ค‘ ์ ์ค‘ ๋ชจ๋“œ์˜ ๊ฒฝ์šฐ 0์œผ๋กœ ์„ค์ •ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’). ์ ์šฉ๋˜์ง€ ์•Š์Šต๋‹ˆ๋‹ค
ํญ๋ฐœํ•˜๋‹ค.

-P ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (์ž„ํŒ”๋ผ)
๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์—์„œ ๋งคํŠธ๋ฆญ์Šค ํ”„๋กœํŒŒ์ผ ์ฝ๊ธฐ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„

-P N (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
ํ•ด์‹œ ๊ฐ’์˜ ์ตœ๋Œ€ ์œ„์น˜ ์ˆ˜(๋ฌด์‹œํ•˜๋ ค๋ฉด 0[๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’]์œผ๋กœ ์„ค์ •)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
์œ ์ „์ž ์ฝ”๋“œ์— ๋”ฐ๋ผ ์ฟผ๋ฆฌ ๋ฒˆ์—ญ N /usr/share/ncbi/data/gc.prt(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’
1)

-Q ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธPGP)
ASCII์˜ PSI-BLAST ๋งคํŠธ๋ฆญ์Šค์šฉ ์ถœ๋ ฅ ํŒŒ์ผ

-Q ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
๋งˆ์Šคํ‚น๋œ ์ฟผ๋ฆฌ ์ถœ๋ ฅ ํ•„์š”ํ•˜๋‹ค -D 2

-R (ํญ๋ฐœ2)
๊ตญ๋ถ€์ ์œผ๋กœ ์ตœ์ ์˜ Smith-Waterman ์ •๋ ฌ์„ ๊ณ„์‚ฐํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. (์ด ์˜ต์…˜์€
๊ฐญ์ด ์žˆ๋Š” tblastn์šฉ)

-R ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ, blastall_old)
PSI-TBLASTN ์ฒดํฌํฌ์ธํŠธ ํŒŒ์ผ ์ฝ๊ธฐ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„

-R (ํญ๋ฐœcl3)
RPS ํญ๋ฐœ ๊ฒ€์ƒ‰

-R ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธPGP)
PSI-BLAST ์žฌ์‹œ์ž‘์„ ์œ„ํ•œ ์ž…๋ ฅ ํŒŒ์ผ

-R (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
์ถœ๋ ฅ ์ข…๋ฃŒ ์‹œ ๋กœ๊ทธ ์ •๋ณด ๋ณด๊ณ 

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) blastn, blastx, tblastx์— ๋Œ€ํ•œ ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค ๊ฒ€์ƒ‰์„ ์œ„ํ•œ ์ฟผ๋ฆฌ ๊ฐ€๋‹ฅ:
1 ์ƒ๋‹จ
2 ๋ฐ”๋‹ฅ
3๊ฐœ ๋ชจ๋‘(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’)

-S N (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธPGP)
์ฟผ๋ฆฌ์˜ ํ•„์ˆ˜ ์˜์—ญ ์‹œ์ž‘(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 1)

-S N (์‹œ๋“œํƒ‘)
์ปท์˜คํ”„ ๋น„์šฉ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ,
rpsblast) HTML ์ถœ๋ ฅ ์ƒ์„ฑ

-T N (ํญ๋ฐœ2)
๋ถˆ์—ฐ์† ๋‹จ์–ด ํ…œํ”Œ๋ฆฟ์˜ ์œ ํ˜•:
0 ์ฝ”๋”ฉ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’)
1 ์ตœ์ 
2 XNUMX ๋™์‹œ

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ,
rpsblast) ์ฟผ๋ฆฌ ์‹œํ€€์Šค์— ์†Œ๋ฌธ์ž ํ•„ํ„ฐ๋ง ์‚ฌ์šฉ

-V (bl2seq, ๋ธ”๋ผ์Šคํ†จ, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ)
๋ ˆ๊ฑฐ์‹œ ์—”์ง„ ๊ฐ•์ œ ์‚ฌ์šฉ

-V (ํญ๋ฐœ2)
๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค ์Šค์บ”์— ๊ฐ€๋ณ€ ๋‹จ์–ด ํฌ๊ธฐ ์ ‘๊ทผ ๋ฐฉ์‹ ์‚ฌ์šฉ

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) ํฌ๊ธฐ์˜ ๋‹จ์–ด๋ฅผ ์‚ฌ์šฉ N (๊ฐ€์žฅ ์™„๋ฒฝํ•œ ์ผ์น˜์˜ ๊ธธ์ด;
28์€ ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์ด XNUMX์ธ ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ๋ฅผ ์ œ์™ธํ•˜๊ณ  ๊ธฐ๋ณธ ๋™์ž‘์„ ํ˜ธ์ถœํ•˜๊ณ 
blastpgp(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 3)์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ๋‹ค๋ฅธ ๋ช…๋ น์˜ ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ ๋‹ค์Œ์— ๋”ฐ๋ผ ๋‹ค๋ฆ…๋‹ˆ๋‹ค.
"ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ": blastn์˜ ๊ฒฝ์šฐ 11, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ์˜ ๊ฒฝ์šฐ 28, ๊ธฐํƒ€ ๋ชจ๋“  ํ•ญ๋ชฉ์˜ ๊ฒฝ์šฐ 3).

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) ๊ฐ„๊ฒฉ ์ •๋ ฌ์— ๋Œ€ํ•œ X ๋“œ๋กญ์˜คํ”„ ๊ฐ’(in
๋น„ํŠธ) (๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์ด 20์ธ ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ๋ฅผ ์ œ์™ธํ•˜๊ณ  XNUMX์€ ๊ธฐ๋ณธ ๋™์ž‘์„ ํ˜ธ์ถœํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
๋ฐ rpsblast ๋ฐ seedtop(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 15)์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
๋ช…๋ น์€ "ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ"์— ๋”ฐ๋ผ ๋‹ค๋ฆ…๋‹ˆ๋‹ค: blastn์˜ ๊ฒฝ์šฐ 30, megablast์˜ ๊ฒฝ์šฐ 20, tblastx์˜ ๊ฒฝ์šฐ 0,
๋‚˜๋จธ์ง€๋Š” ๋ชจ๋‘ 15์ž…๋‹ˆ๋‹ค.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) ๊ฒ€์ƒ‰ ๊ณต๊ฐ„์˜ ์œ ํšจ ๊ธธ์ด(์˜์„ ์‚ฌ์šฉ
์‹ค์ œ ํฌ๊ธฐ)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) ์ตœ์ข… [๋™์  ํ”„๋กœ๊ทธ๋ž˜๋ฐ?] ๊ฐ„๊ฒฉ์— ๋Œ€ํ•œ X ๋“œ๋กญ์˜คํ”„ ๊ฐ’
๋น„ํŠธ ๋‹จ์œ„ ์ •๋ ฌ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ blastn ๋ฐ megablast์˜ ๊ฒฝ์šฐ 100, tblastx์˜ ๊ฒฝ์šฐ 0,
๊ธฐํƒ€)

-a ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (bl2seq)
ํ…์ŠคํŠธ ASN.1 ์ถœ๋ ฅ ์“ฐ๊ธฐ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) ์‚ฌ์šฉํ•  ์Šค๋ ˆ๋“œ ์ˆ˜(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ XNUMX)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) ์ •๋ ฌ์„ ํ‘œ์‹œํ•  ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค ์‹œํ€€์Šค ์ˆ˜
(B) (๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 250)

-c (ํญ๋ฐœ2)
๋งˆ์Šคํฌ ์†Œ๋ฌธ์ž

-c N (์ž„ํŒ”๋ผ)
๋‹ค์ค‘ ํŒจ์Šค ๋ฒ„์ „์— ๋Œ€ํ•œ ์˜์‚ฌ ์ˆ˜์˜ ์ƒ์ˆ˜์ž…๋‹ˆ๋‹ค. 0(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’)์€ ์—”ํŠธ๋กœํ”ผ ๋ฐฉ๋ฒ•์„ ์‚ฌ์šฉํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
๊ทธ๋ ‡์ง€ ์•Š์œผ๋ฉด 30์— ๊ฐ€๊นŒ์šด ๊ฐ’์ด ๊ถŒ์žฅ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

-c N (์ž„ํŒ”๋ผ)
๋‹ค์ค‘ ํŒจ์Šค ๋ฒ„์ „์— ๋Œ€ํ•œ ์˜์‚ฌ ์ˆ˜์˜ ์ƒ์ˆ˜(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 10)

-d N (bl2seq)
์ด๋ก ์ ์ธ DB ํฌ๊ธฐ ์‚ฌ์šฉ N (XNUMX์€ ์‹ค์ œ ํฌ๊ธฐ๋ฅผ ๋‚˜ํƒ€๋ƒ„)

-d ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) ์‚ฌ์šฉํ•  ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ ๋ชจ๋“  ์‹คํ–‰ ํŒŒ์ผ์— ๋Œ€ํ•ด nr์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
์„ค์ •๋˜์ง€ ์•Š์€ ๊ฒฝ์šฐ ๋‘ ๋ฒˆ์งธ FASTA ์‹œํ€€์Šค๊ฐ€ โ€‹โ€‹ํ•„์š”ํ•œ blast2 ์ œ์™ธ)

-d ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (RPS๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ)
RPS BLAST ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค

-e X ๊ธฐ๋Œ€๊ฐ’(E)(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
ํžˆํŠธ ํ™•์žฅ ์ž„๊ณ„๊ฐ’, 0์ธ ๊ฒฝ์šฐ ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’: blastn ๋ฐ megablast์˜ ๊ฒฝ์šฐ 11, XNUMX์˜ ๊ฒฝ์šฐ
blastp, blastx์˜ ๊ฒฝ์šฐ 12, tblasn ๋ฐ tblastx์˜ ๊ฒฝ์šฐ 13์ž…๋‹ˆ๋‹ค.

-f N (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธPGP)
์กฐํšŒ์ˆ˜ ํ™•์žฅ ์ž„๊ณ„๊ฐ’(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ 11)

-f (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
์ถœ๋ ฅ์— ์ „์ฒด ID ํ‘œ์‹œ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’: GI ๋˜๋Š” ์•ก์„ธ์Šค๋งŒ)

-f (์‹œ๋“œํƒ‘)
๊ฐ€๋Šฅ์„ฑ์ด ๋„ˆ๋ฌด ๋†’๋”๋ผ๋„ ํŒจํ„ด์„ ๊ฐ•์ œ๋กœ ๊ฒ€์ƒ‰

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
๊ฐ„๊ฒฉ ์ •๋ ฌ์„ ์ˆ˜ํ–‰ํ•˜์ง€ ๋งˆ์‹ญ์‹œ์˜ค(tblastx์˜ ๊ฒฝ์šฐ N/A).

-g (ํญ๋ฐœ2)
๊ฐญ ํ™•์žฅ์— ํƒ์š• ์•Œ๊ณ ๋ฆฌ์ฆ˜ ์‚ฌ์šฉ

-g F (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
๋ถˆ์—ฐ์† ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ๊ฐ€ ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์˜ ๋ชจ๋“  ๊ธฐ๋ฐ˜์— ๋Œ€ํ•ด ๋‹จ์–ด๋ฅผ ์ƒ์„ฑํ•˜๋„๋ก ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
(ํ˜„์žฌ BLAST ์—”์ง„์—์„œ ํ•„์ˆ˜)

-h N (ํญ๋ฐœ2)
ํ”„๋ ˆ์ž„ ์™ธ ๊ฐญ์— ๋Œ€ํ•œ ํ”„๋ ˆ์ž„ ์ด๋™ ํŒจ๋„ํ‹ฐ(blastx, tblastn๋งŒ ํ•ด๋‹น, ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€
์ œ๋กœ)

-h X (blastpgp, ์ž„ํŒ”๋ผ)
๋‹ค์ค‘ ํ†ต๊ณผ ๋ชจ๋ธ์— ํฌํ•จํ•˜๊ธฐ ์œ„ํ•œ e-๊ฐ’ ์ž„๊ณ„๊ฐ’(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = blastpgp์˜ ๊ฒฝ์šฐ 0.002,
์ž„ํŒ”๋ผ์˜ ๊ฒฝ์šฐ 0.005)

-i ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„
์ฝ๊ธฐ(์ฒซ ๋ฒˆ์งธ, ์ฟผ๋ฆฌ) ์‹œํ€€์Šค ๋˜๋Š” ๋‹ค์Œ์—์„œ ์„ค์ • ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ stdin์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
์Šค์ฝ”์–ด๋งคํŠธ์—์„œ ๋‹ค์‹œ ์‹œ์ž‘ํ•˜๋Š” ๊ฒฝ์šฐ blastpgp)

-j ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (bl2seq, ํญ๋ฐœ2)
๋‘ ๋ฒˆ์งธ(์ฃผ์ œ) ์‹œํ€€์Šค๋ฅผ ์ฝ๊ฑฐ๋‚˜ ๋‹ค์Œ์—์„œ ์„ค์ •ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„

-j N (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธPGP)
๋‹ค์ค‘ ํŒจ์Šค ๋ฒ„์ „์—์„œ ์‚ฌ์šฉํ•  ์ตœ๋Œ€ ํŒจ์Šค ์ˆ˜(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 1)

-k ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ (ํญ๋ฐœ2)
PHI-BLAST์šฉ ํŒจํ„ด

-k ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (blastpgp, ์‹œ๋“œํƒ‘)
PHI-BLAST์— ๋Œ€ํ•œ ์ž…๋ ฅ ํžˆํŠธ ํŒŒ์ผ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = hit_file)

-l ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ (blastall, blastall_old, blastpgp, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ)
๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค ๊ฒ€์ƒ‰์„ GI์˜ [๋ฌธ์ž์—ด] ๋ชฉ๋ก์œผ๋กœ ์ œํ•œ

-l ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ (RPS๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ)
๋กœ๊ทธ ๋ฉ”์‹œ์ง€ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ ํ‘œ์ค€ ์˜ค๋ฅ˜๋ณด๋‹ค.

-m (bl2seq)
๊ฒ€์ƒ‰์„ ์œ„ํ•ด Mega Blast ์‚ฌ์šฉ

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) ์ •๋ ฌ ๋ณด๊ธฐ ์˜ต์…˜:
0 ์Œ์œผ๋กœ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’)
ID๋ฅผ ํ‘œ์‹œํ•˜๋Š” ์ฟผ๋ฆฌ ๊ณ ์ • 1๊ฐœ
2 ์ฟผ๋ฆฌ ๊ณ ์ •, ID ์—†์Œ
3๊ฐœ์˜ ํ”Œ๋žซ ์ฟผ๋ฆฌ ๊ณ ์ •, ID ํ‘œ์‹œ
4๊ฐœ์˜ ํ”Œ๋žซ ์ฟผ๋ฆฌ ๊ณ ์ •, ID ์—†์Œ
5 ์ฟผ๋ฆฌ ๊ณ ์ •, ID ์—†์Œ ๋ฐ ๋ฌด๋”˜ ๋
6๊ฐœ์˜ ํ”Œ๋žซ ์ฟผ๋ฆฌ ๊ณ ์ •, ID ์—†์Œ ๋ฐ ๋ฌด๋”˜ ๋
7 XML Blast ์ถœ๋ ฅ(impala์—๋Š” ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์—†์Œ)
8 ํ‘œ(์ž„ํŒ”๋ผ์—๋Š” ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์—†์Œ)
์ฃผ์„ ํ–‰์ด ์žˆ๋Š” 9๊ฐœ์˜ ํ‘œ(์ž„ํŒ”๋ผ์—๋Š” ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์—†์Œ)
10 ASN.1 ํ…์ŠคํŠธ(impala ๋˜๋Š” rpsblast์—๋Š” ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์—†์Œ)
11 ASN.1 ๋ฐ”์ด๋„ˆ๋ฆฌ(impala ๋˜๋Š” rpsblast์—๋Š” ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์—†์Œ)

-n (ํญ๋ฐœ2)
์‹œํ€€์Šค ID์— GI ํ‘œ์‹œ

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ ๊ฒ€์ƒ‰

-n (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
affine gap ์ ์ˆ˜์— non-greedy(๋™์  ํ”„๋กœ๊ทธ๋ž˜๋ฐ) ํ™•์žฅ ์‚ฌ์šฉ

-o ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„
์ตœ์ข… ์ •๋ ฌ ๋ณด๊ณ ์„œ ์ž‘์„ฑ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ ํ‘œ์ค€ ์ถœ๋ ฅ๋ณด๋‹ค

-p ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
"ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ"(๋น„๊ต ์œ ํ˜•) ์‚ฌ์šฉ ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „. ๊ทธ๋งŒํผ ๊ธฐ์ˆ  ์„น์…˜์€ ์ด๊ฒƒ์„ ๋‹ค๋ฃน๋‹ˆ๋‹ค
์˜ต์…˜์— ๋Œ€ํ•ด ์ž์„ธํžˆ ์•Œ์•„๋ณด์‹ญ์‹œ์˜ค.

-p ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธPGP)
PHI-BLAST์šฉ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ ์˜ต์…˜(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = blastpgp)

-p X (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
์‹๋ณ„ ๋ฐฑ๋ถ„์œจ ์ปท์˜คํ”„(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 0)

-p F (RPS๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ)
์ฟผ๋ฆฌ ์‹œํ€€์Šค๋Š” ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ์ด ์•„๋‹ˆ๋ผ ๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.

-p ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ (์‹œ๋“œํƒ‘)
ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ ์ด๋ฆ„:
patmatchp๋Š” ์‹œํ€€์Šค์—์„œ ๋ฐœ์ƒํ•˜๋Š” ํŒจํ„ด์„ ๋‚˜ํƒ€๋ƒ…๋‹ˆ๋‹ค.
patternp๋Š” ํŒจํ„ด์ด ํฌํ•จ๋œ ์‹œํ€€์Šค๋ฅผ ๋‚˜ํƒ€๋ƒ…๋‹ˆ๋‹ค.

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) ๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ ๋ถˆ์ผ์น˜์— ๋Œ€ํ•œ ํŽ˜๋„ํ‹ฐ(blastn๋งŒ ํ•ด๋‹น)(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = -10
seedtop์˜ ๊ฒฝ์šฐ -3 ๋‹ค๋ฅธ ๋ชจ๋“  ๊ฒƒ)

-q N (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธPGP)
ASN.1 ์ฒดํฌํฌ์ธํŠธ ๋ฐ์ดํ„ฐ์˜ Scoremat ์ž…๋ ฅ:
0 ์Šค์ฝ”์–ด๋งคํŠธ ์ž…๋ ฅ ์—†์Œ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’)
1 ASCII ์Šค์ฝ”์–ด๋งคํŠธ ์ฒดํฌํฌ์ธํŠธ ํŒŒ์ผ์—์„œ ๋‹ค์‹œ ์‹œ์ž‘
2 ๋ฐ”์ด๋„ˆ๋ฆฌ ์Šค์ฝ”์–ด๋งคํŠธ ์ฒดํฌํฌ์ธํŠธ ํŒŒ์ผ์—์„œ ๋‹ค์‹œ ์‹œ์ž‘

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) ๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ ์ผ์น˜์— ๋Œ€ํ•œ ๋ณด์ƒ(blastn๋งŒ ํ•ด๋‹น)(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 10
seedtop, ๋‹ค๋ฅธ ๋ชจ๋“  ๊ฒฝ์šฐ -10)

-s (ํญ๋ฐœ2)
No-op(์ด์ „์—๋Š” ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์˜ ๋ชจ๋“  ๊ธฐ๋ฐ˜์— ๋Œ€ํ•ด ๋‹จ์–ด ์ƒ์„ฑ์„ ์š”์ฒญํ–ˆ์Œ)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
๊ตญ๋ถ€์ ์œผ๋กœ ์ตœ์ ์˜ Smith-Waterman ์ •๋ ฌ์„ ๊ณ„์‚ฐํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. blastall์˜ ๊ฒฝ์šฐ blastall_old ๋ฐ
blastcl3, ์ด๊ฒƒ์€ gapped tblastn ๋ชจ๋“œ์—์„œ๋งŒ ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

-s N (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
๋ณด๊ณ ํ•  ์ตœ์†Œ ์ ์ค‘ ์ ์ˆ˜(๊ธฐ๋ณธ ๋™์ž‘์˜ ๊ฒฝ์šฐ 0)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
๋ถˆ์—ฐ์† ๋‹จ์–ด ํ…œํ”Œ๋ฆฟ์˜ ๊ธธ์ด(๋ฒˆ์—ญ๋œ ๋‹จ์–ด์—์„œ ํ—ˆ์šฉ๋˜๋Š” ๊ฐ€์žฅ ํฐ ์ธํŠธ๋ก 
์—ฌ๋Ÿฌ ๊ฐœ์˜ ๋ณ„๊ฐœ ํ• ๋‹น์„ ์—ฐ๊ฒฐํ•  ๋•Œ ๋‰ดํด๋ ˆ์˜คํ‹ฐ๋“œ ์„œ์—ด; ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ = 0;
์Œ์ˆ˜ ๊ฐ’์€ blastall, blastall_old ๋ฐ blastcl3์— ๋Œ€ํ•œ ์—ฐ๊ฒฐ์„ ๋น„ํ™œ์„ฑํ™”ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.)

-t N[u] (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธpgp)
์ž‘๊ณก ๊ธฐ๋ฐ˜ ์ ์ˆ˜ ์กฐ์ •. ์ฒซ ๋ฒˆ์งธ ๋ฌธ์ž๋Š” ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™์ด ํ•ด์„๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
0, F ๋˜๋Š” f
๊ตฌ์„ฑ ๊ธฐ๋ฐ˜ ํ†ต๊ณ„ ์—†์Œ
1 ๊ตฌ์„ฑ ๊ธฐ๋ฐ˜ ํ†ต๊ณ„ ๋‚˜๋ฅด 29:2994-3005, 2001
2, T ๋˜๋Š” t
๊ตฌ์„ฑ ๊ธฐ๋ฐ˜ ์ ์ˆ˜ ์กฐ์ • ์ƒ๋ฌผ ์ •๋ณดํ•™ 21:902-911, 2005,
๋ผ์šด๋“œ 1์˜ ์‹œํ€€์Šค ์†์„ฑ์— ๋”ฐ๋ผ ์กฐ๊ฑด๋ถ€(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’)
3๊ณผ ๊ฐ™์ด ๊ตฌ์„ฑ์— ๋”ฐ๋ฅธ ์ ์ˆ˜ ์กฐ์ • ์ƒ๋ฌผ ์ •๋ณดํ•™ 21:902-911, 2005,
๋ฌด์กฐ๊ฑด 1๋ผ์šด๋“œ

๊ตฌ์„ฑ ๊ธฐ๋ฐ˜ ํ†ต๊ณ„๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜๋Š” ๊ฒฝ์šฐ ์ถ”๊ฐ€ u (๋Œ€์†Œ๋ฌธ์ž๋ฅผ ๊ตฌ๋ถ„ํ•˜์ง€ ์•Š์Œ)
์ธ์ˆ˜๋Š” ์ •๋ ฌ p-๊ฐ’๊ณผ ๊ตฌ์„ฑ p-๊ฐ’์„ ๊ฒฐํ•ฉํ•˜๋Š” ํ†ตํ•ฉ p-๊ฐ’์„ ์š”์ฒญํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
1๋ผ์šด๋“œ์—์„œ๋งŒ ๊ฐ€์น˜๊ฐ€ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

-t N (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
์—ฐ์†๋˜์ง€ ์•Š์€ ๋‹จ์–ด ํ…œํ”Œ๋ฆฟ์˜ ๊ธธ์ด(0์ธ ๊ฒฝ์šฐ ์—ฐ์†๋œ ๋‹จ์–ด[๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’])

-u (ํญ๋ฐœ2)
unapped ์ •๋ ฌ๋งŒ ์ˆ˜ํ–‰ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค(tblastx์˜ ๊ฒฝ์šฐ ํ•ญ์ƒ TRUE).

-u ํ•˜์œ„ ๋ฒ„์ „ (ํญ๋ฐœcl3)
๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค ๊ฒ€์ƒ‰์„ Entrez2 ์กฐํšŒ ๊ฒฐ๊ณผ๋กœ ์ œํ•œ

-u N (๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธPGP)
์ฒดํฌํฌ์ธํŠธ ๋ฐ์ดํ„ฐ์˜ ASN.1 Scoremat ์ถœ๋ ฅ:
0 ์Šค์ฝ”์–ด๋งคํŠธ ์ถœ๋ ฅ ์—†์Œ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’)
1 ์ถœ๋ ฅ ASCII ์Šค์ฝ”์–ด๋งคํŠธ ์ฒดํฌํฌ์ธํŠธ ํŒŒ์ผ( -J)
2 ์ถœ๋ ฅ ๋ฐ”์ด๋„ˆ๋ฆฌ ์Šค์ฝ”์–ด๋งคํŠธ ์ฒดํฌํฌ์ธํŠธ ํŒŒ์ผ(ํ•„์ˆ˜ -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) ํ‘œ์‹œํ•  ํ•œ ์ค„ ์„ค๋ช… ์ˆ˜(V)(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’ =
500)

-w N (ํญ๋ฐœ2)
์ฐฝ ํฌ๊ธฐ(์ดˆ๊ธฐ ์ ์ค‘ ์Œ ์‚ฌ์ด์˜ ์ตœ๋Œ€ ํ—ˆ์šฉ ๊ฑฐ๋ฆฌ, 0 ํ˜ธ์ถœ
๊ธฐ๋ณธ ๋™์ž‘, -1์€ ์—ฌ๋Ÿฌ ํžˆํŠธ๋ฅผ ๋•๋‹ˆ๋‹ค)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
ํ”„๋ ˆ์ž„ ์ด๋™ ํŒจ๋„ํ‹ฐ(blastx์šฉ OOF ์•Œ๊ณ ๋ฆฌ์ฆ˜)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) ๋น„ํŠธ ๋‹จ์œ„์˜ ๊ฐญ์ด ์—†๋Š” ํ™•์žฅ์— ๋Œ€ํ•œ X ๋“œ๋กญ์˜คํ”„(0.0์€ ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์„ ํ˜ธ์ถœํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
ํ–‰๋™: blastn์˜ ๊ฒฝ์šฐ 20, ๋ฉ”๊ฐ€๋ธ”๋ผ์ŠคํŠธ์˜ ๊ฒฝ์šฐ 10, ๊ธฐํƒ€ ๋ชจ๋“  ๊ฒฝ์šฐ 7).

-y N (๊ฑฐ๋Œ€ ํญ๋ฐœ)
unapped ํ™•์žฅ์— ๋Œ€ํ•œ X ๋“œ๋กญ์˜คํ”„ ๊ฐ’(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 10)

-z N (ํญ๋ฐœ2)
๊ณ ๋ฅด์ง€ ์•Š์€ ๊ฐ„๊ฒฉ HSP ์—ฐ๊ฒฐ์— ๋Œ€ํ•œ ๊ฐ€์žฅ ๊ธด ์ธํŠธ๋ก  ๊ธธ์ด(tblastn๋งŒ ํ•ด๋‹น, ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, ์ž„ํŒ”๋ผ,
megablast, rpsblast) ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์˜ ์œ ํšจ ๊ธธ์ด(์‹ค์ œ ํฌ๊ธฐ๋Š” XNUMX ์‚ฌ์šฉ)

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  • 1
    ํŽ˜์ด์ €
    ํŽ˜์ด์ €
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    ์ œ๊ณตํ•˜๋Š” ์†Œ์Šค HTML5 ๊ฒŒ์ž„ ํ”„๋ ˆ์ž„์›Œํฌ
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  • 2
    ๋ฐ”์‚ด ์—”์ง„
    ๋ฐ”์‚ด ์—”์ง„
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    ๊ธฐ์กด ๋ณด๋“œ์˜ ์ „์ž ๋ฒ„์ „
    ๊ทธ๋ฆฌ๊ณ  ์นด๋“œ ๊ฒŒ์ž„. ๋‹ค์Œ์„ ์ง€์›ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
    ๊ฒŒ์ž„ ์กฐ๊ฐ ๋ Œ๋”๋ง ๋ฐ ์ƒํ˜ธ ์ž‘์šฉ,
    ๊ทธ๋ฆฌ๊ณ  ...
    VASSAL ์—”์ง„ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ
  • 3
    OpenPDF - iText์˜ ํฌํฌ
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    OpenPDF๋Š” ๋‹ค์Œ์„ ์ƒ์„ฑํ•˜๊ธฐ ์œ„ํ•œ Java ๋ผ์ด๋ธŒ๋Ÿฌ๋ฆฌ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
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    ์—์ด...
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  • 4
    ์‚ฌ๊ฐ€ GIS
    ์‚ฌ๊ฐ€ GIS
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    Geoscientific ๋ถ„์„ - ์ง€๋ฆฌ์ ์ž…๋‹ˆ๋‹ค
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  • 5
    Java/JTOpen์šฉ ๋„๊ตฌ ์ƒ์ž
    Java/JTOpen์šฉ ๋„๊ตฌ ์ƒ์ž
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  • 6
    D3.js
    D3.js
    D3.js(๋˜๋Š” ๋ฐ์ดํ„ฐ ๊ธฐ๋ฐ˜ ๋ฌธ์„œ์˜ ๊ฒฝ์šฐ D3)
    ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” JavaScript ๋ผ์ด๋ธŒ๋Ÿฌ๋ฆฌ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
    ๋™์ , ๋Œ€ํ™”ํ˜• ๋ฐ์ดํ„ฐ ์ƒ์„ฑ
    ์›น ๋ธŒ๋ผ์šฐ์ €์˜ ์‹œ๊ฐํ™”. D3์™€ ํ•จ๊ป˜
    ๋‹น์‹ ...
    D3.js ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ
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OnWorks๋Š” ๋ฌด๋ฃŒ ์›Œํฌ์Šคํ…Œ์ด์…˜, ์˜จ๋ผ์ธ ์•ˆํ‹ฐ๋ฐ”์ด๋Ÿฌ์Šค, ๋ฌด๋ฃŒ VPN ๋ณด์•ˆ ํ”„๋ก์‹œ, ๋ฌด๋ฃŒ ๊ฐœ์ธ ๋ฐ ๋น„์ฆˆ๋‹ˆ์Šค ์ด๋ฉ”์ผ๊ณผ ๊ฐ™์€ ํด๋ผ์šฐ๋“œ ์„œ๋น„์Šค๋ฅผ ์ œ๊ณตํ•˜๋Š” ๋ฌด๋ฃŒ ์˜จ๋ผ์ธ VPS ํ˜ธ์ŠคํŒ… ์ œ๊ณต์—…์ฒด์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ๋ฌด๋ฃŒ VPS๋Š” CentOS, Fedora, Ubuntu ๋ฐ Debian์„ ๊ธฐ๋ฐ˜์œผ๋กœ ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค. ๊ทธ๋“ค ์ค‘ ์ผ๋ถ€๋Š” Windows ์˜จ๋ผ์ธ ๋˜๋Š” MacOS ์˜จ๋ผ์ธ์ฒ˜๋Ÿผ ์‚ฌ์šฉ์ž ์ •์˜๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

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