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mincresample - 새로운 공간 차원에 따라 minc 파일을 다시 샘플링합니다.

개요

최소 샘플 [ ]

기술

민크레샘플 새로운 복셀을 사용하여 새로운 공간 차원을 따라 minc 파일을 다시 샘플링합니다.
위치. 입력 파일의 각 볼륨(공간 차원 xspace, yspace
및 zspace)는 명령줄 옵션에 따라 다시 샘플링됩니다. 비공간적 차원은
원래 순서대로 보존되지만 공간 차원을 재정렬하여 다음을 제공할 수 있습니다.
가로, 시상 또는 관상 이미지. 새로운 복셀 값은 다음을 사용하여 계산됩니다.
선형, 삼차 또는 가장 가까운 이웃 보간.

세계 좌표

세계 좌표는 일부 물리적 원점을 기준으로 하는 밀리미터 좌표를 나타냅니다.
(스캐너 또는 일부 해부학적 구조). 복셀 좌표는 단순히
주어진 복셀의 이미지 볼륨에 대한 인덱스. 적절한 지정을 위해
리샘플링 옵션을 사용하려면 MINC 좌표 변환이 작동하는 방식을 이해해야 합니다.

MINC 이미지 볼륨의 각 차원은 이름으로 지정됩니다. 공간 차원은
xspace, yspace 및 zspace. 규칙은 양의 xspace 좌표가 다음에서 실행된다는 것입니다.
환자의 왼쪽에서 오른쪽으로, 양의 yspace 좌표는 환자 후방에서 실행
전방 및 양의 zspace 좌표는 열등한 것에서 우수한 것까지 이어집니다. 각각에 대해
이러한 공간 차원에서 세계 좌표 변환은 다음 쌍으로 지정됩니다.
속성: 단계 및 시작. 예를 들어 xspace 세계 좌표는 x를 사용하여 계산됩니다.
= v*step + start, 여기서 x는 x 세계 좌표이고 v는 복셀 카운트(시작 위치
영). 따라서 단계 속성의 크기는 복셀과
단계 속성의 부호는 축의 방향을 지정합니다.

추가 왜곡이 있습니다. MINC 파일은 직교하지 않는 축을 가질 수 있습니다.
치수가 명명된 축과 완벽하게 정렬되지 않았습니다. direction_cosine이 있을 수 있습니다.
축의 실제 방향을 제공하는 속성입니다. 예를 들어, 일반적으로 xspace
차원은 세계 x 축과 정렬되어야 합니다. 방향 코사인 = (1,0,0); 하지만,
(0.9, 0.43589, 0)의 방향 코사인을 가질 수 있습니다.

이러한 속성(step, start 및 direction_cosines)은 복셀에서 변환을 제공합니다.
좌표를 세계 좌표로. 여러 요소 또는 샘플과 결합
축에서 출력 샘플링이 있어야 하는 위치에 대한 완전한 설명을 제공합니다.
그러나 데이터를 리샘플링할 때 우리는 종종 세상의 변화에 ​​관심을 갖습니다.
좌표: MRI 스캐너의 좌표계에서 PET 스캐너의 좌표계로,
예를 들어, 획득 공간의 볼륨에서 표준화된 좌표로
우주. 이 세계 좌표의 변경은 다음을 사용하여 지정할 수 있습니다.
변환(.xfm) 파일입니다. 따라서 일반적으로 리샘플링에는 세 가지가 포함됩니다.
변환: 입력 파일의 복셀 좌표에서 세계 좌표로
(입력 파일에 의해 지정됨), 입력 세계 좌표에서 출력 세계까지
좌표(변환 파일에 의해 지정됨) 및 출력 파일의 세계에서
복셀 좌표에 대한 좌표(명령줄 옵션으로 지정됨).

일반적으로 방향 코사인은 거의 사용되지 않습니다.
세계 좌표의 변경(변환 파일). 또한 위치를 재표본
(출력 세계에서 복셀로의 변환)은 종종 모델 파일(즉.
해당 파일처럼 보이도록 이 파일을 다시 샘플링). 많은 옵션이 있지만
변환의 완전한 사양, 일반적으로 더 이상 지정할 필요가 없습니다.
그들 중 몇 개보다.

옵션

옵션은 (고유한 한) 축약된 형식으로 지정할 수 있습니다.
명령줄의 아무 곳에나 지정할 수 있습니다.

일반 옵션

-2 MINC 2.0 형식 출력 파일을 만듭니다.

-소지품
기존 파일을 덮어씁니다.

-노클로버
기존 파일을 덮어쓰지 마십시오(기본값).

-말 수가 많은
계산된 각 슬라이스에 대한 진행 정보를 인쇄합니다(기본값).

-조용한 진행 정보를 인쇄하지 마십시오.

리샘플링 명세서

출력 샘플링을 제공하는 옵션(다음 모두 제외 -변환)
명령줄에 나타나는 순서대로 구문 분석됩니다. 따라서 다음과 같은 명령 -처럼
파일.mnc -zneelements 34 -zstep 2 파일에 있는 것과 같은 샘플링을 제공합니다. 파일.mnc 비자 면제 프로그램에 해당하는 국가의 시민권을 가지고 있지만
34mm에서 2개의 샘플로 zspace 중심선. 기본 샘플링은
변환에 따라 변환된 입력 파일.

-변환 파일.xfm
세계 좌표 변환을 제공하는 파일을 지정하십시오(기본값은 ID
변환).

-invert_transformation
사용하기 전에 변환을 반전하십시오.

-noinvert_transformation
변환을 반전하지 마십시오(기본값).

-tfm_input_sampling
입력 샘플링을 변환합니다(다음으로 지정된 변환 사용). -변환)
데이터와 함께 사용하고 이를 기본 샘플링(기본값)으로 사용합니다.

-use_input_sampling
변환 없이 입력 샘플링을 기본 샘플링으로 사용합니다.
데이터가 변환되고 있지만(이전 동작).

-처럼 파일.mnc
복셀 변환 및 숫자에 출력 세계를 제공하는 모델 파일 지정
요소(즉, 이 파일이 그 파일처럼 보이도록 변환).

-표준_샘플링
샘플링을 표준 값으로 설정합니다(시작 = 0, 단계 = 1, 방향 코사인 포인트
적절한 축을 따라).

-스페이스타입 현
출력 공간의 이름을 설정합니다(일반적으로 토종의____ or 탈라라크_).

-탈라라크
출력 공간의 이름을 talairach_로 설정합니다.

단위 현
출력 공간의 단위를 설정합니다.

-기원 ox oy oz
첫 번째 복셀의 좌표를 지정합니다. 이것은 시작 값과 동일하지 않습니다.
방향 코사인이 비표준인 경우. 또한 시작은 단순히
축에 대한 원점의 수직 투영은 평행 투영입니다.
(다차원 평행 사변형 투영에서와 같이). 변환이 처리됩니다
이 옵션으로 제대로.

-요소 nx ny nz
각 세계 차원에 따른 요소의 수입니다.

-x요소 nx
xspace 차원에 따른 요소의 수입니다.

-요소 ny
yspace 차원에 따른 요소의 수입니다.

-zneelements nz
zspace 차원의 요소 수입니다.

단계 엑스스텝 이스텝 z스텝
각 세계 차원을 따라 복셀 사이를 이동합니다.

-xstep 엑스스텝
xspace 차원을 따라 복셀 사이를 이동합니다.

-ystep 이스텝
yspace 차원을 따라 복셀 사이를 이동합니다.

-zstep z스텝
zspace 차원을 따라 복셀 사이를 이동합니다.

-스타트 엑스스타트 ystart zstart
각 세계 차원을 따라 첫 번째 복셀의 중심 위치입니다.

-xstart 엑스스타트
xspace 차원을 따른 첫 번째 복셀의 중심 위치입니다.

-ystart ystart
yspace 차원을 따른 첫 번째 복셀의 중심 위치입니다.

-zstart zstart
zspace 차원을 따른 첫 번째 복셀의 중심 위치입니다.

- 디렉토리 x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
각 표준 축에 대한 방향 코사인입니다.

-xdircos x1 x2 x3
xspace 차원에 대한 방향 코사인입니다.

-ydircos y1 y2 y3
yspace 차원에 대한 방향 코사인입니다.

-zdircos z1 z2 z3
zspace 차원에 대한 방향 코사인입니다.

외형 치수 주문하기

기본값은 원래 차원 순서를 유지하는 것입니다.

-횡축
가로 조각을 작성하십시오.

-시상
시상 조각을 작성하십시오.

-화관
관상 조각을 작성합니다.

산출 데이터 유형 과 범위

유형, 부호 및 유효 범위의 기본값은 입력 파일의 것을 사용하는 것입니다. 유형이 다음과 같은 경우
지정된 경우 부호와 유효 범위가 모두 해당 유형의 기본값으로 설정됩니다. 기호가
지정된 경우 유효한 범위가 유형 및 기호의 기본값으로 설정됩니다.

-바이트 출력 복셀을 8비트 정수 형식으로 저장합니다.

-짧은 출력 복셀을 16비트 정수 형식으로 저장합니다.

-정수 출력 복셀을 32비트 정수 형식으로 저장합니다.

-긴 다음으로 대체됨 -정수.

-흙손 출력 복셀을 32비트 부동 소수점 형식으로 저장합니다.

-더블
출력 복셀을 64비트 부동 소수점 형식으로 저장합니다.

-서명
값을 부호 있는 정수로 작성합니다(short 및 long의 기본값). 무시됨
부동 소수점 유형.

-서명되지 않은
값을 부호 없는 정수로 작성합니다(바이트 기본값). 부동에 대해 무시됨
포인트 유형.

-범위 분 최대
출력 복셀 값의 유효한 범위를 지정합니다. 기본값은 전체 범위입니다.
입력하고 서명합니다. 이 옵션은 부동 소수점 값에 대해 무시됩니다.

-keep_real_range
입력 볼륨의 실제 최소값과 최대값을 유지하여 값이
출력에 대해 동일한 방식으로 확장됩니다. 이것은 레이블을 다시 샘플링하는 데 특히 유용합니다.
강도 값을 보간하는 것이 의미가 없는 볼륨입니다.

-nokeep_real_range
각 출력 조각에 대한 실제 최소값과 최대값을 다시 계산합니다. 이것이 기본값입니다.

처리 of 정의되지 않은 (유효하지 않은) 복셀 값

-채우다 입력 볼륨을 벗어나는 출력 복셀에는 정의되지 않은 값이 있습니다. 때
-채우다 옵션이 사용된 경우 이러한 복셀에는 유효한 범위를 벗어난 값이 지정됩니다.
범위(유형, 기호 및 유효한 범위가 허용하는 경우 유효한 최소값 미만)
다른 소프트웨어에서 감지할 수 있습니다. 이러한 복셀의 값은
포함 된 이미지 최대 과 이미지 최소 변수.

-노필
입력 외부의 점에 대해 XNUMX의 실제/물리적 값(복셀 값 아님)을 사용합니다.
용량. 이 포인트는 계산에 포함됩니다. 이미지 최대 과 이미지 최소
변수. 이것이 기본값입니다.

- 채우기 값 채우기 값
입력 외부의 점에 대한 실제/물리적 값(복셀 값 아님)을 지정합니다.
용량. 포인트는 계산에 포함되지 않습니다. 이미지 최대 과 영상-
분 변수.

보간법 옵션

-삼선형
복셀 사이에 XNUMX선형 보간을 수행합니다. 볼륨의 가장자리는
차원의 첫 번째 및 마지막 복셀의 중심입니다. 이것이 기본값입니다.

-삼방
복셀 사이에 삼차 보간을 수행합니다. 볼륨의 가장자리는
차원의 첫 번째 복셀과 마지막 복셀의 중심입니다.

- 가장 가까운_이웃
복셀 사이에서 가장 가까운 이웃 보간을 수행합니다(즉, 가장 가까운 복셀을 찾습니다.
점과 그 값을 사용). 볼륨의 가장자리는 첫 번째 가장자리에 있습니다.
및 차원의 마지막 복셀(중앙 +/- 반 복셀 분리).

-싱크 Thacker가 설명한 대로 복셀 간에 재정규화된 윈도우 싱크 보간을 수행합니다.
et al. JMRI 10:582-588(1999).

-폭 n
sinc 보간 커널의 절반 너비를 1에서 XNUMX 사이의 범위로 지정합니다.
10. 전체 싱크 커널 너비는 다음과 같습니다. n * 2 + 1, 따라서 3에서 21까지 다양합니다.
기본값은 5이며 전체 너비는 11입니다.

-해닝
sinc 보간법과 함께 Hanning 창을 사용합니다. 이것이 기본값입니다.

- 해밍
sinc 보간법과 함께 해밍 창을 사용합니다.

일반적인 옵션

-도움 명령줄 옵션의 요약을 인쇄하고 종료합니다.

-번역
프로그램의 버전 번호를 인쇄하고 종료합니다.

사용 예

표준 샘플링 그리드의 표준화된 공간에서 개인의 뇌를 다시 샘플링합니다.

mincresample 개인.mnc in_std_space.mnc \
-변환 transform_to_standard_space.xfm \
-standard_sampling.mnc와 유사

PET 볼륨과 일치하지만 더 미세한 해상도로 MRI 볼륨을 다시 샘플링합니다.

최소값 mri.mnc mri_resampled.mnc \
-변환 mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-단계 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-요소 256 256 64

가로 볼륨을 시상 볼륨으로 변환:

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc \
-시상 -가장 가까운

256x256x64(1x1x2mm) 가로 볼륨을 256x128x256(1x1x1mm) 시상 볼륨으로 변환합니다.

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-z단계 1 -znelem 128

PET 볼륨에서 더 미세한 축 샘플링을 얻으십시오.

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zstep 2 -znements 46

onworks.net 서비스를 사용하여 mincresample 온라인 사용