mkdssp - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

mkdssp - PDB 파일에서 단백질의 XNUMX차 구조 계산

개요

mkdssp [옵션] pdbfile [dssp파일]

기술

XNUMXD덴탈의 mkdssp 프로그램은 원래 Wolfgang Kabsch와 Chris Sander가 설계했습니다.
XNUMX차 구조 할당을 표준화합니다. DSSP는 보조 구조의 데이터베이스입니다.
PDB(Protein Data Bank)의 모든 단백질 항목에 대한 할당(및 그 이상) 및
mkdssp PDB 항목에서 DSSP 항목을 계산하는 응용 프로그램입니다. 참고
그 mkdssp 하지 지원 예측 이차 구조.

옵션

호출하면 mkdssp 매개변수가 하나만 있으면 PDB 파일로 해석되어
프로세스 및 출력은 stdout으로 전송됩니다. 두 번째 매개변수가 지정된 경우 이것은
만들 DSSP 파일의 이름으로 해석됩니다. 입력 및 출력 파일 모두
이름은 확장자로 .gz 또는 .bz2를 가질 수 있으므로 적절하게 압축됩니다.

-i, --입력 파일 이름
의 파일 이름 PDB 단백질 구조 데이터를 포함하는 포맷된 파일. 이것
file은 gzip 또는 bzip2로 압축된 파일일 수 있습니다.

-o, --산출 파일 이름
의 파일 이름 DSSP 만들 파일. 파일 이름이 .gz 또는 .bz2로 끝나는 경우
압축파일이 생성됩니다.

-v, --말 수가 많은
진단 정보를 작성합니다.

--번역
버전 번호를 인쇄하고 종료합니다.

-h, --도움
도움말 메시지를 인쇄하고 종료합니다. 에 대한 파서 스크립트를 포함하는 디렉토리
부인.

이론

DSSP 프로그램은 주어진 가장 가능성이 높은 XNUMX차 구조 할당을 계산하여 작동합니다.
단백질의 3차원 구조. 이것은 원자의 위치를 ​​읽어서 수행합니다.
단백질(PDB 파일의 ATOM 레코드)에 이어 H-결합 에너지 계산
모든 원자 사이. 그런 다음 각 원자에 대한 최상의 두 H-결합을 사용하여 가장 많은 것을 결정합니다.
단백질의 각 잔기에 대한 XNUMX차 구조의 가능성 있는 부류.

즉, 단백질이 기능을 수행하려면 완전하고 유효한 3D 구조가 필요합니다.
XNUMX차 구조를 계산합니다. DSSP에는 마법이 없으므로 예를 들어 다음을 추측할 수 없습니다.
3D 구조가 없는 돌연변이 단백질의 XNUMX차 구조.

DSSP FILE FORMAT

각 DSSP 파일의 헤더 부분은 자체적으로 설명되며 일부 정보를 포함합니다.
PDB 파일에서 복사하고 계산하는 동안 수집된 일부 통계가 있습니다.
이차 구조.

파일의 후반부에는 계산된 XNUMX차 구조 정보가 포함되어 있습니다.
잔여물. 다음은 각 열에 대한 간략한 설명입니다.

단 성함 상품 설명
───────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────────────────────
# mkdssp에 의해 계산된 잔여 수
RESIDUE PDB 파일에 지정된 잔여 번호
체인 식별자가 뒤따릅니다.

AA 아미노산에 대한 한 문자 코드. 이 경우
문자는 소문자입니다.
유황다리를 형성하는 시스테인
동일한 이 컬럼의 다른 아미노산
소문자.
STRUCTURE 여러 하위 항목을 포함하는 복잡한 열입니다.
열. 첫 번째 열에는 문자가 포함되어 있습니다.
에 할당된 XNUMX차 구조를 나타냅니다.
이 잔류물. 유효한 값은 다음과 같습니다.
암호 상품 설명
H 알파 나선
B 베타 브리지
E 가닥
G 헬릭스-3
I 헬릭스-5
T 턴
S 벤드
다음은 다음을 나타내는 세 개의 열입니다.
세 가지 나선 유형(3, 4 및 5) 각각
이 잔기가 형성 후보인지 여부
이 나선. ㅏ > 문자는 시작을 나타냅니다.
나선, 숫자는 그것이 그러한 내부에 있음을 나타냅니다.
나선과 < 문자는 나선을 끝내는 것을 의미합니다.
다음 열은 다음과 같은 경우 S 문자를 포함합니다.
잔여물은 구부러질 수 있습니다.
그런 다음 키랄성을 나타내는 열이 있습니다.
이것은 양수일 수도 있고 음수일 수도 있습니다.
(즉, 알파 비틀림은 양수이거나
부정적인).
마지막 두 열에는 베타 브리지 레이블이 포함되어 있습니다.
여기서 소문자는 병렬 브리지를 의미하므로
대문자는 역병렬을 의미합니다.
BP1 및 BP2 첫 번째 및 두 번째 브리지 쌍 후보, 이
뒤에 시트를 나타내는 문자가 옵니다.
ACC 이 잔류물의 접근성, 이것은
평방 Ångstrom으로 표현되는 표면적
물 분자에 의해 접근될 수 있습니다.
NH-->O..O-->HN XNUMX개의 열, 각 잔류물에 대해 다음을 제공합니다.
다른 잔류물과 H-결합 에너지
현재 잔류물은 수용자 또는 기증자입니다.
각 열에는 두 개의 숫자가 포함되며 첫 번째는
현재 잔류물에서
이 H-결합의 파트너 잔기(DSSP에서
번호 매기기), 두 번째 숫자는 계산된
이 H 결합에 대한 에너지.
TCO의 C=O 사이 각도의 코사인
현재 잔기 및 이전 잔기의 C=O. 을 위한
알파 나선, TCO는 베타 시트의 경우 +1에 가깝습니다.
TCO는 -1에 가깝습니다. 구조에 사용되지 않음
정의.
Kappa에 의해 정의된 가상 결합 각도(굽힘 각도)
현재 잔기의 XNUMX개의 C-알파 원자
- 2, 전류 및 전류 + 2. 정의하는 데 사용
벤드(구조 코드 'S').
PHI 및 PSI IUPAC 펩타이드 백본 비틀림 각도.
X-CA, Y-CA 및 Z-CA C-알파 좌표

연혁

원래 DSSP 응용 프로그램은 Wolfgang Kabsch와 Chris Sander가 Pascal에서 작성했습니다.
이 버전은 원본 소스 코드를 기반으로 C++로 완전히 재작성한 것입니다. 몇 가지 버그
그 이후로 수정되었으며 여기저기서 알고리즘이 조정되었습니다.

ALL

코드 업데이트가 절실히 필요합니다. 가장 먼저 시행해야 할 것은
파이 나선 인식 개선. 두 번째 개선은 각도 종속을 사용하는 것입니다.
H-결합 에너지 계산.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 mkdssp 사용