이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator 또는 MAC OS online emulator와 같은 다양한 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 명령 mpialign입니다.
프로그램:
이름
mpialign - 생물학적 시퀀스의 병렬 로컬 정렬
개요
엠피얼라인 [-s 점수] [-S 분할] [-H hblk] [-V vblk] 파일1 파일2
기술
mpiAlign은 특히 대규모 생물학적 실험에 사용하기 위해 고안된 로컬 시퀀스 정렬기입니다.
1Mbp(수백만 개의 염기쌍) 이상의 DNA 시퀀스. Smith-Waterman을 사용합니다.
이 작업을 수행하려면 아핀 갭 비용 함수를 사용한 정확한 알고리즘이 필요합니다.
일반 옵션 :
-h 이 도움말 종료를 표시
-s
정렬을 계산하는 동안 사용할 점수의 쉼표로 구분된 목록을 지정하십시오.
프로그램 전체에 걸쳐 행렬이 있습니다. 목록은 다음 형식이어야 합니다.
"-sMATCH,MISMATCH,GAP_OPEN,GAP_EXTENSION"(따옴표 없음)은 다음과 같이 구문 분석됩니다.
정확한 순서; 값 사이에 공백은 허용되지 않습니다. 지정되지 않은 것이 있는 경우
매개변수는 기본값으로 설정되고 경고 메시지가 발행됩니다.
초과된 매개변수는 삭제됩니다.
단계 2 옵션 :
-S
(mpialign만 해당) 정렬 매트릭스를 분할할 부분 수; 이후
단계 순환 블록 모델이 적용되어 각 부분을 모든 부분 사이에 동등하게 세분화됩니다.
사용 가능한 노드
-H
(mpialign만 해당) 각 노드에서 만든 수평 하위 구분 수
정렬 하위 행렬; 이 값은 블록 너비를 정의하므로 좋은 선택은 다음과 같습니다.
프로세서의 캐시 페이지에 맞게 두 개의 전체 매트릭스 라인을 허용하여 알고리즘을 개선합니다.
성능
-V
(mpialign 전용) 각 노드가 정렬에 대해 만든 수직 하위 구분 수
하위 행렬; 이 값은 노드 간 통신의 양에 직접적인 영향을 미치며
'split'이 1로 설정된 경우에만 사용되며 그렇지 않은 경우 사용 가능한 개수로 설정됩니다.
노드
onworks.net 서비스를 사용하여 mpialign을 온라인으로 사용하세요
