이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 NAST-iEr 명령입니다.
프로그램:
이름
nast-ier - NAST 기반 DNA 정렬 도구
기술
NAST-iEr 정렬 유틸리티는 하나 이상의 염기서열에 대해 단일 원시 뉴클레오티드 서열을 정렬합니다.
NAST 형식 시퀀스.
정렬 알고리즘은 전역 동적 프로그래밍 프로필 정렬을 고정으로 포함합니다.
(NAST 형식) end-gap 패널티 없이 정렬된 템플릿 시퀀스를 곱합니다.
NAST-iEr는 microbiomeutil 제품군의 일부입니다.
옵션
필수 :
--query_FASTA
FASTA 형식의 쿼리 데이터베이스(NAST 정렬에 대한 시퀀스)
선택 사항 : ( 기본값 are 지원 세트!)
--db_NAST
NAST 형식의 참조 데이터베이스(기본값:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
FASTA 형식의 참조 데이터베이스(기본값:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
--num_top_hit
프로필 정렬에 사용할 상위 히트 수(기본값: 10)
--평가
상위 히트에 대한 평가 컷오프(기본값: 1e-50)
onworks.net 서비스를 사용하여 NAST-iEr 온라인 사용
