parseblast - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

parseblast - WU/NCBI BLAST에서 높은 점수의 세그먼트 쌍(HSP) 필터링.

개요

파스블라스트 [옵션]

기술

이 매뉴얼 페이지는 간략하게 설명합니다 파스블라스트 명령.

다양한 출력 옵션이 제공되며 여기서 가장 중요한 옵션은 다음과 같습니다.
GFF 형식(GFFv1, GFFv2 또는 APLOT)으로 HSP를 작성합니다. 시퀀스는 GFF에 포함될 수 있습니다.
기록을 주석 필드로 사용합니다. 또한 이 스크립트는 정렬도 출력할 수 있습니다.
각 HSP는 ALN, MSF 또는 표 형식입니다.

주의사항 - blast 프로그램 출력의 첫 번째 줄(어떤 플레이버가 포함되어 있는지)
실행(여기서는 BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN 또는 TBLASTX)이 누락된 경우 프로그램은 다음을 가정합니다.
BLASTN HSP 레코드가 포함되어 있는지 확인하십시오. 따라서 parseblast 스크립트를 공급해야 합니다.
잘 포맷된 BLAST 파일로. 때때로 HSP 좌표와 사이에 공백이 없습니다.
그 순서는 때때로 Web-Blast 또는 Paracel-Blast 출력에서 ​​발생하는 것과 같습니다. 이제
기록이 정상적으로 처리되고 HSP도 "표준" 기록처럼 검색됩니다.

경고 - parseblast로 생성된 GFF 레코드의 프레임 필드에는 BLAST 프레임이 포함됩니다.
(".","1","2","3") 대신 GFF 표준 값(".","0","1","2"). 프레임으로서
역방향 스트랜드는 원래 시퀀스 길이에서 다시 계산되어야 하며 사용자에게 다음을 제안합니다.
이 스크립트의 GFF 출력을 프레임을 고정하는 적절한 필터로 사후 처리합니다.
(GFF 레코드를 사용할 프로그램이 작동하지 않는 경우
원래 BLAST 프레임). 프레임을 설정하기 위해 명령줄 옵션 "--no-frame"을 제공합니다.
"." (프레임이 없다는 의미).

옵션

parseblast는 기본적으로 "HSP" 형식으로 출력을 인쇄합니다(아래 참조). 다음에서 입력을 받습니다.
또는 단일/다중 파일을 작성하고 출력을 다음에 기록합니다. , 그래서 사용자는 리디렉션할 수 있습니다
파일로 사용할 수 있지만 파이프 내에서 필터로 프로그램을 사용할 수도 있습니다. "-N", "-M", "-P"
"-G", "-F", "-A" 및 "-X" 옵션(각 옵션의 긴 이름 버전도 해당)은 서로 동일합니다.
배타적이며, 우선순위는 위에 표시되어 있습니다.

GFF 옵션:

-NS, --그프
GFFv1 형식으로 출력을 인쇄합니다.

-NS, --전체
GFFv2 "정렬" 형식("대상")으로 출력을 인쇄합니다.

-NS, --플롯
가짜 GFF APLOT "정렬" 형식으로 출력을 인쇄합니다.

-NS, --주제
SUBJECT를 기준으로 GFF 출력을 투사합니다(기본값은 QUERY).

-NS, --순서
GFF 레코드에 쿼리와 주제 시퀀스를 추가합니다.

-NS, --비트-스코어
세트 필드를 비트로(기본 정렬 점수).

-NS, --신원-점수
세트 필드를 ID로 지정합니다(기본 정렬).

-에스, --전체 점수
각 GFF 기록에 각 HSP에 대한 모든 점수를 포함합니다.

-유, --프레임 없음
모든 프레임을 "."로 설정합니다. (사용할 수 없는 프레임의 경우 GFF).

-NS, --compact-태그
대상 좌표+스트랜드+프레임을 짧은 형식으로 표시합니다(GFFv2 없음!).

조정 옵션:

-NS, --쌍으로
TBL 형식으로 각 HSP에 대한 쌍별 정렬을 인쇄합니다.

-미디엄, --msf
MSF 형식으로 각 HSP에 대한 쌍별 정렬을 인쇄합니다.

-N, --알른
ALN 형식으로 각 HSP에 대한 쌍별 정렬을 인쇄합니다.

- 여, --좌표 표시
정렬 출력에 시작/종료 위치를 추가합니다.

일반 옵션:

-NS, --퍼지는
확장된 출력(다중 줄 출력 레코드 생성)

-씨, --코멘트
Blast 프로그램의 매개변수를 주석으로 포함합니다.

-N, --노코멘트
"#" 줄(주석 없는 원시 출력)을 인쇄하지 마세요.

-V, --말 수가 많은
경고가 전송되었습니다 .

--번역
프로그램 버전을 인쇄하고 종료합니다.

-시간, --도움
도움말을 표시하고 종료합니다.

출력 형식:

"S_"는 "Subject_Sequence"를 의미하고 "Q_"는 "Query_Sequence"를 의미합니다. 이름이 사용됨
입력 블라스트 파일에서. 에서 계산됩니다 그리고 에 대한 위치
원본 블라스트 파일. 존재하는 경우 blast 파일에서 가져오고 그렇지 않은 경우 다음으로 설정됩니다.
".". 기본적으로 정렬 점수로 설정되어 있지만 "-b" 및 "-i"로 변경할 수 있습니다.
"-S" 또는 "--subject" 옵션이 주어지면 QUERY 필드는 SUBJECT로 참조됩니다.
SUBJECT 필드는 QUERY를 기준으로 합니다(GFF 출력 레코드에만 사용 가능).
점("...")은 레코드 설명이 다음 줄에서 계속된다는 것을 의미하지만,
레코드는 parseblast에 의해 단일 줄 레코드로 인쇄됩니다.

[하이퍼링크] <- (이 is 전에, DEFAULT 출력 체재)
: ...
... ...
... : ...
... : ...
... :

[지프]
영어: hsp는

[가득한 [(주)지프] <- (GFF 보여주는 조정 데이터)
영어: hsp는 ...
... 타겟 " " ...
... E_값 바닷가 액자

[줄거리] <- (GFF 체재 강화 을 통한 앱롯 프로그램)
: hsp : : ...
... : : : ...
... # E_값

[퍼지는]
성냥( ): 엑스
점수( ):
BITSC( ):
예상( ): 프숨( )
식별( ): / : %
T_갭( ):
액자( ): /
강도( ): /
맥스렌( ):
질문( ): 길이 : 갭 : ...
... : : :
(주)SBJCT ): 길이 : 갭 : ...
... : : :

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