이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 pdb2pqr 명령입니다.
프로그램:
이름
pdb2pqr - 정전기 계산에 사용할 PQR 파일 생성
개요
pdb2pqr [--nodebump] [--noopt] [--체인] [--할당 전용] [--깨끗한] [--ffout=name]
[--with-ph=ph] [--apbs-입력] [--리간드=통로] [[--말 수가 많은] | [-v]] --ff=역장
통로 출력 경로
pdb2pqr {--도움 | -h}
기술
pdb2pqr 연속체를 위한 구조를 준비하는 많은 일반적인 작업을 자동화합니다.
PDB에서 단백질 파일을 변환하기 위한 유틸리티를 제공하는 정전기 계산
형식 (통로)를 PQR 형식(출력 경로). 이러한 작업에는 다음이 포함됩니다.
· 제한된 수의 누락된 중원자를 생체분자 구조에 추가
· 측쇄 pKas 결정
· 누락된 수소 배치
· 유리한 수소 결합을 위한 단백질 최적화
· 다양한 역장에서 전하 및 반경 매개변수 할당
옵션
pdb2pqr 다음 옵션을 허용합니다.
--ff=역장
The 역장 사용. 현재 값은 호박, 매력, 해석하다 그리고 ty06.
--도움, -h
도움말 메시지를 인쇄하고 종료합니다.
--nodebump
디범핑 작업을 수행하지 마십시오.
--noopt
수소 최적화를 수행하지 마십시오.
--체인
출력 PQR 파일에 체인 ID를 유지합니다.
--할당 전용
원자 추가, 디범프 또는 최적화에만 요금을 할당합니다.
--깨끗한
최적화, 원자 추가 또는 매개변수 할당을 수행하지 않고 원본만 반환합니다.
정렬된 형식의 PDB 파일입니다.
--ffout=name
잔기 및 원자 이름에 대해 표준 표준 명명 체계를 사용하는 대신 다음을 사용하십시오.
주어진 forcefield의 이름.
--with-ph=ph
프로카 pKas를 계산하고 이를 주어진 pH 값에 분자에 적용합니다. 실제
PropKa 결과는 다음으로 출력됩니다. 출력 경로.propka.
--apbs-입력
생성된 PQR 파일을 기반으로 APBS 입력 파일을 만듭니다. Python 피클도 생성합니다.
다른 프로그램에서 이 매개변수를 사용하기 위한 것입니다.
--리간드=통로
주어진 MOL2 형식의 리간드에 대한 매개변수를 계산합니다. 통로. Pdb2pka는 반드시
컴파일됩니다.
--말 수가 많은, -v
추가 정보를 화면에 인쇄합니다.
확장
확장은 PDB2PQR에 기능을 추가하고 매개변수를 전달하여 호출됩니다. pdb2pqr.
그들은 결과를 다음 위치에 있는 파일에 저장합니다. 출력 경로.
다음 확장 프로그램을 사용할 수 있습니다. pdb2pqr:
--파이
잔여물당 백본 파이 각도를 인쇄합니다. 출력 경로.phi
--psi
잔류물당 백본 psi 각도를 인쇄합니다. 출력 경로.phi
--hbond
수소 결합 목록을 인쇄하십시오. 출력 경로.hbond.
--치
잔여물당 백본 카이 각도를 인쇄합니다. 출력 경로.chi.
--연락하다
연락처 목록 인쇄 출력 경로.범죄자.
--hbondwhatif
수소결합 목록을 인쇄하세요. 출력 경로.hbo.
--소금
소금 다리 목록을 인쇄하여 출력 경로.소금.
--라마
잔류물당 phi 및 psi 각도를 인쇄합니다. 아웃패스 경로.rama.
인용 PDB2PQR
사용 사실을 인정해 주세요. pdb2pqr 인용하여:
Dolinsky TJ, Nielsen JE, McCammon JA, Baker NA. PDB2PQR: 자동화된 파이프라인
Poisson-Boltzmann 정전기 계산의 설정, 실행 및 분석. 핵
산성 연구, 32, W665-W667 (2004).
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 pdb2pqr 사용
