Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 Primer3_core 명령입니다.
프로그램:
이름
Primer3_core - PCR용 프라이머를 디자인합니다.
개요
프라이머3_코어 [-format_output] [-strict_tags] [ 입력 파일]
기술
Primer3_core는 기준 올리고뉴클레오티드를 고려하여 PCR 반응을 위한 프라이머를 선택합니다.
용융 온도, 크기, GC 함량 및 프라이머-다이머 가능성, PCR 제품 크기,
소스 시퀀스 내의 위치 제약 조건 및 기타 기타 제약 조건.
기본적으로 Primer3_core는 입력을 받아들이고 XML 이전 형식인 Boulder-io 형식으로 출력을 생성합니다.
프로그램 간 데이터 교환 형식을 위한 텍스트 기반 입력/출력 형식입니다. 그만큼
Boulder-io 형식과 Primer3_core가 이해하는 명령은 다음 항목에 설명되어 있습니다.
README 파일은 데비안 시스템에서 찾을 수 있습니다 /usr/share/doc/primer3/.
옵션
-format_output
각 시퀀스에 대해 보다 사용자 중심적인 보고서를 인쇄합니다.
-strict_tags
Primer3_core는 인식하지 못하는 모든 태그를 에코하고 무시합니다.
-strict_tags 플래그는 명령줄에 설정되며, 이 경우 Primer3_core는 다음을 인쇄합니다.
PRIMER_ERROR 출력 태그에 오류가 있으며 stdout에 추가 정보를 인쇄합니다.
이 옵션은 프라이머가 포함된 시스템을 디버깅하는 데 유용할 수 있습니다.
주의 사항
이전 플래그 -2x_compat는 더 이상 지원되지 않습니다.
EXIT 지위 코드
· 정상 작동 시 0.
· 다음 조건에서 -1: 잘못된 명령줄 인수, 플러시할 수 없음
stdout, .for, .rev 또는 .int 파일을 (쓰기 및 생성을 위해) 열 수 없습니다(아마도
보호 문제로 인해).
· 메모리 부족 시 -2.
· -3 빈 입력.
· "Global" 입력 태그에 -4 오류가 있습니다(PRIMER_ERROR의 메시지).
명시
Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3를 일반 사용자 및
생물학자 프로그래머." S. Krawetz 및 S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
분자 생물학의 방법 시리즈의 프로토콜. Humana Press, 토토와, 뉴저지, 2000,
365-386 페이지.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 Primer3_core를 사용하세요.
