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prof - XNUMX차 구조 및 용매 접근성 예측자

개요

교수 [입력 파일+] [옵션]

기술

XNUMX차 구조는 예상되는 수준으로 평가하는 신경망 시스템에 의해 예측됩니다.
나선, 가닥 및 루프(Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; 로스트 앤 샌더,
Proteins, 1994, 19, 55-72; 정확도 평가). 동일한 데이터 세트에 대해 평가하면,
PROFsec은
단일 시퀀스 정보만 있고 XNUMX% 이상 높은 경우
예를 들어, 통계(Levin, Pascarella, Argos &
가르니에, 프로트. Enng., 6, 849-54, 1993). PHDsec 예측에는 세 가지 주요 기능이 있습니다.

1. 다중 서열 정렬의 진화 정보를 통한 정확도 향상
2. 균형 잡힌 훈련 절차를 통한 베타 가닥 예측 개선
3. 다중 레벨 시스템을 사용하여 XNUMX차 구조 세그먼트의 보다 정확한 예측

용매 접근성은 상관 관계에서 신경망 방법 등급에 의해 예측됩니다.
계수(실험적으로 관찰된 상대 용매와 예측된 상대 용매 간의 상관 관계
0.54개의 구형 단백질(Rost & Sander,
Proteins, 1994, 20, 216-226; 정확도 평가). 신경망의 출력
상대적 접근성의 10가지 상태에 대한 코드. 차이의 단위로 표현
상동성 모델링에 의한 예측(최상의 방법)과 무작위 예측(최악의 방법) 사이
방법), PROFacc는 유사한 신경망보다 약 26% 포인트 우수합니다.
세 가지 출력 상태(매몰, 중간, 노출)를 사용하고 정보를 사용하지 않음
다중 정렬.

통합막 단백질의 막횡단 나선은 신경 시스템에 의해 예측됩니다.
네트워크. 네트워크 시스템의 단점은 종종 너무 긴 나선이
예측했다. 이들은 경험적 필터에 의해 절단됩니다. 최종 예측(Rost et al.,
단백질 과학, 1995, 4, 521-533; 정확도 평가) 예상되는 잔류물당
약 95%의 정확도. 가양성, 즉 막횡단 나선의 수
구형 단백질에서 예측되는 비율은 약 2%입니다. 신경망 예측
막횡단 나선(PHDhtm)은 동적 프로그래밍과 같은 알고리즘에 의해 개선됩니다. 이것
방법은 89개 중 131%에 대해 모든 막횡단 나선의 정확한 예측을 가져왔습니다
교차 검증 테스트에 사용되는 단백질; 막횡단 나선의 98% 이상이
정확하게 예측했다. 이 방법의 출력은 토폴로지를 예측하는 데 사용됩니다.
멤브레인에 대한 N-term의 방향. 예상 정확도
토폴로지 예측은 > 86%입니다. 예측 정확도는 진핵생물의 평균보다 높습니다.
단백질 및 원핵 생물의 평균보다 낮습니다. PHDtopology는 모든 것보다 더 정확합니다.
동일한 데이터 세트에서 다른 방법을 테스트했습니다.

출력 파일 옵션이 없는 경우(예: --fileRdb or --파일아웃)에는 RDB 형식이 지정됩니다.
출력은 에 기록됩니다 ./INPUTFILENAME.prof 여기서 'prof'는 확장자를 대체합니다.
입력 파일. 확장자가 없으면 입력 파일 이름에 '.prof'가 추가됩니다.

산출 체재
RDB 형식은 자체 주석이 있습니다. /share/profphd/prof/exa.

참조

Rost, B. 및 Sander, C. (1994a). 진화 정보와 신경망을 결합하여
단백질 XNUMX차 구조를 예측합니다. 단백질, 19(1), 55-72.
Rost, B. 및 Sander, C. (1994b). 용매 접근성의 보존 및 예측
단백질 가족. 단백질, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P. 및 Sander, C. (1995). 막횡단 나선
95% 정확도로 예측했습니다. 단백질 과학, 4(3), 521-33.

옵션

자세한 도움말은 각 키워드를 참조하세요. 대부분 고장날 가능성이 높습니다.

대체 연결 패턴(기본값=3)

3 예측 초 + acc + htm

acc 예측 용매 접근성, 전용

ali '사람이 읽을 수 있는' PROF 출력 파일에 정렬 추가

아치
시스템 아키텍처(예: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

아스키
'사람이 읽을 수 있는' PROF 출력 파일 쓰기

최상의
최고의 정확도와 가장 긴 런타임을 갖춘 PROF

두
XNUMX차 구조 및 용매 접근성 예측

데이터
데이터= HTML 출력용: 작성된 예측 부분만

디버그
대부분의 중간 파일 유지, 디버깅 메시지 인쇄

직장
작업 디렉토리, 기본값: File::Temp::tempdir의 임시 디렉토리. 완전해야
자격을 갖춘 경로.

작동하는 것으로 알려져 있습니다.

도에발
목록에 대한 DO 평가(알려진 구조 및 목록에만 해당)

doFilterHssp
입력 HSSP 파일 필터링(일부 쌍 제외)

dhtmfil
막 예측 필터링(기본값)

실수하다
예측된 막 나선의 강도를 확인하십시오(기본값).

doHtmref
막 예측 수정(기본값)

doHtmtop
DO 멤브레인 나선 토폴로지(기본값)

DSSP
PROF를 DSSP 형식으로 변환

확장
출력을 MSF 형식으로 변환할 때 삽입 확장

빠른
가장 낮은 정확도와 가장 빠른 속도의 PROF

파일캐스프
CASP 형식의 PROF 출력 이름(file.caspProf)

파일Dssp
DSSP 형식의 PROF 출력 이름(file.dsspProf)

파일HTML
HTML 형식의 PROF 출력 이름(file.htmlProf)

파일Msf
MSF 형식의 PROF 출력 이름(file.msfProf)

파일NotHtm
멤브레인 나선이 발견되지 않았음을 나타내는 파일 이름

파일아웃
RDB 형식의 PROF 출력 이름(file.rdbProf)

작동하는 것으로 알려져 있습니다.

파일교수
사람이 읽을 수 있는 형식의 PROF 출력 이름(file.prof)

부서진.

파일Rdb
RDB 형식의 PROF 출력 이름(file.rdbProf)

작동하는 것으로 알려져 있습니다.

파일사프
SAF 형식의 PROF 출력 이름(file.safProf)

필터링
입력 HSSP 파일 필터링(일부 쌍 제외)

좋은
좋은 정확도와 적당한 속도로 PROF

그래프
'사람이 읽을 수 있는' PROF 출력 파일에 ASCII 그래프 추가

htm 사용: 'htm= ' 감지된 최소 막횡단 나선을 제공합니다. 기본값은 'htm=0'입니다.
(resp. htm=0.8) 숫자가 작을수록 거짓 긍정은 더 많고 거짓 부정은 더 적습니다!

HTML 인수
'hmtl' 또는 'html= ' 예측 'html'의 HTML 형식을 작성하면
PROF 출력이 HTML 'html=body'로 변환된다는 것은 HTML 파일을 다음으로 제한합니다.
HTML_BODY 태그 부분 'html=head'는 HTML 파일을 HTML_HEADER 태그 부분으로 제한합니다.
'html=all'은 HEADER와 BODY를 모두 제공합니다.

유지 전환
입력 파일을 HSSP 형식으로 변환 유지

keepFilter 인수
<*|doKeepFilter=1> 필터링된 HSSP 파일 유지

keepHsp 인수
<*|doKeepHssp=1> 중간 HSSP 파일 유지

keepNetDb 인수
<*|doKeepNetDb=1> 중간 DbNet 파일 유지

목록 인수
<*|isList=1> 입력 파일은 파일 목록입니다.

msf PROF를 MSF 형식으로 변환

좋은
작업의 nice 값(우선순위)을 설정하려면 'nice-D'를 지정하십시오.

아니교수님
테이블이 있는 파일을 로컬 디렉토리에 복사하지 마십시오.

검색 없음
doSearchFile=0의 약자, 즉 DB 파일 검색 없음

노아스키
ASCII(즉, 사람이 읽을 수 있는) 결과 파일 쓰기 억제

nohtml
HTML 결과 파일 쓰기 억제

노니스
작업이 개선되지 않습니다. 즉, 낮은 우선 순위로 실행되지 않습니다.

참고 평가
알려진 구조가 있는 경우에도 정확도를 확인하지 마십시오.

notHtmfil
멤브레인 예측을 필터링하지 마십시오.

하지마
막 나선이 충분히 강한지 확인하지 마십시오.

notHtmref
멤브레인 예측을 수정하지 마십시오.

아니Htmtop
막 나선 토폴로지를 사용하지 마십시오.

nresPerLineAli
MSF 파일에 사용되는 문자 수입니다. 기본값: 50.

최소 수
네트워크를 실행할 최소 잔여 수, 그렇지 않으면 prd=symbolPrdShort. 기본값: 9.

옵트 쥬리
배심원에 PHD를 추가합니다. 기본값: 'normal,usePHD'.

다른 많은 매개변수는 부작용으로 이 매개변수의 기본값을 변경합니다. 목록은 다음과 같습니다.
포괄적이지 않음:

phd, nophd, /^para(3|Both|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
sec+acc+htm용 매개변수 파일. 기본값: ` /net/PROFboth_best.par'.

파라액
acc에 대한 매개변수 파일 기본값: ` /net/PROFacc_best.par'.

파라보스
sec+acc에 대한 매개변수 파일입니다. 기본값: ` /net/PROFboth_best.par'.

파라섹
초에 대한 매개변수 파일입니다. 기본값: ` /net/PROFsec_best.par'.

riSubAcc
하위 집합 PROFacc에 대한 최소 신뢰도 지수(RI). 기본값: 4.

riSubSec
하위 집합 PROFsec에 대한 최소 신뢰도 지수(RI). 기본값: 5.

riSubSym
RI < riSubSec/Acc로 예측된 ​​잔기에 대한 기호. 기본값: `.'.

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허용되는 입력 파일 형식:
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,스위스

화면
list_of_files(또는 단일 파일) parameter_file

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교수

scrNarg
2

초 예측 XNUMX차 구조, 전용

조용한
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test
테스트일 뿐입니다(빠르게)

번역 작업 ID 매개변수 값
문자열 'jobid'가 $par{jobid}로 대체됨

tst 프로그램을 통한 빠른 실행, 낮은 정확도

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