RNAcalibration - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

RNAcalibration - RNA의 XNUMX차 구조 혼성화 통계 보정

개요

RNA교정 [-시간] [-NS 주파수 파일] [-NS 에서부터] [-케이 표본의 크기] [-엘 평균, 표준] [-미디엄
최대_목표_길이] [-N 최대 쿼리 길이] [-유 iloop_upper_limit] [-V bloop_upper_limit]
[-NS] [-NS target_file] [-NS 쿼리 파일] [목표] [질문]

기술

RNA교정 수행된 최소 자유 에너지(mfe) 혼성화를 교정하기 위한 도구입니다.
RNA하이브리드와 함께 명령줄 또는
그렇지 않으면 주어진 샘플 크기, 길이 분포에 따라 무작위 시퀀스를 생성합니다.
매개변수 및 디뉴클레오티드 빈도. 길이의 경험적 분포
정규화된 최소 자유 에너지, 극단값 분포(evd)의 매개변수는 다음과 같습니다.
장착. 출력은 각 miRNA에 대해 이름(또는 제출된 경우 "command_line")을 제공합니다.
명령줄), evd 적합이 수행된 데이터 포인트의 수, 위치 및
척도 매개변수. 그런 다음 evd의 위치 및 규모 매개변수를 다음과 같이 지정할 수 있습니다.
mfe p-값 계산을 위한 RNA하이브리드.

옵션

-h 명령줄 옵션에 대한 간략한 요약을 제공합니다.

-d 주파수 파일
에 주어진 디뉴클레오티드 빈도에 따라 무작위 서열을 생성합니다.
주파수 파일. 예제 파일은 예제 디렉토리를 참조하십시오.

-f 에서부터
모든 구조가 위치에서 나선을 갖도록 합니다. 에 위치를 정하다 에 과
쿼리를 존중합니다. 1루의 위치는 XNUMX입니다.

-k 표본의 크기
생성 표본의 크기 무작위 시퀀스. 기본값은 5000입니다.

-l 평균, 표준
평균의 정규 길이 분포를 갖는 랜덤 시퀀스 생성 평균 그리고
표준 편차 표준. 기본값은 각각 500과 300입니다.

-m 최대_목표_길이
대상 시퀀스의 최대 허용 길이입니다. 기본값은 2000입니다. 이
옵션은 대상 파일이 -t 옵션과 함께 제공된 경우에만 효과가 있습니다(아래 참조).

-n 최대 쿼리 길이
쿼리 시퀀스의 최대 허용 길이입니다. 기본값은 30입니다. 이
옵션은 쿼리 파일이 -q 옵션과 함께 제공된 경우에만 효과가 있습니다(아래 참조).

-u iloop_upper_limit
내부의 양쪽에 짝을 이루지 않은 뉴클레오티드의 최대 허용 수
고리.

-v bloop_upper_limit
벌지 루프에서 최대로 허용되는 쌍을 이루지 않은 뉴클레오티드 수입니다.

-s 주어진 디뉴클레오티드 분포에 따라 무작위 서열 생성
대상(-t 옵션을 사용하거나 명령줄에서. -t가 지정되지 않은 경우
마지막 인수(-q가 제공된 경우) 또는 두 번째 마지막 인수(-q가 없는 경우)
주어진) RNAcalibration은 표적으로 취합니다). -t 옵션을 참조하십시오.

-t target_file
-s 옵션이 없으면 각 대상 시퀀스는 target_file ~에 종속된다
각 쿼리와의 혼성화(둘 중 하나는 쿼리 파일 또는
명령줄에 주어진 하나의 쿼리; 아래 -q 참조). 의 시퀀스
target_file FASTA 형식이어야 합니다. >로 시작하는 한 줄과 직접
그 뒤에 이름이 오고 그 다음에 시퀀스 자체가 있는 하나 이상의 행이 나옵니다. 각
개별 시퀀스 라인은 1000자를 초과할 수 없습니다.

-s 옵션을 사용하면 대상(또는 대상 파일) 디뉴클레오티드 분포는 다음과 같습니다.
이 분포에 따라 무작위 시퀀스가 ​​생성됩니다.

-t를 지정하지 않으면 위에서 설명한 대로 임의의 시퀀스가 ​​생성됩니다(-d 참조
선택권).

-q 쿼리 파일
위의 -t 옵션을 참조하십시오. -q가 제공되지 않으면 RNAcalibration에 대한 마지막 인수가 사용됩니다.
쿼리로.

참조

에너지 매개변수는 다음에서 가져옵니다.

매튜스 DH, 사비나 J, 주커 M, 터너 DH. "열역학의 확장된 시퀀스 의존성
매개변수는 RNA 이차 구조의 예측을 향상시킵니다." J Mol Biol., 288(5), pp
911-940, 1999

버전

이 매뉴얼 페이지는 RNAcalibration 버전 2.0을 설명합니다.

작가

마크 렘스마이어, 피터 스테펜, 마티아스 힉스만.

제한 사항

문자 의존 에너지 값은 [acgtuACGTU]에 대해서만 정의됩니다. 다른 모든 문자
이 경우 값이 XNUMX이 됩니다.

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