RNAeffective - 클라우드에서 온라인으로

프로그램:

이름

RNAeffective - 직계동족 miRNA 타겟의 유효 수 계산

개요

RNA 효과 [-시간] [-NS 주파수 파일] [-NS 에서부터] [-케이 표본의 크기] [-엘 평균, 표준] [-미디엄
최대_목표_길이] [-N 최대 쿼리 길이] [-유 iloop_upper_limit] [-V bloop_upper_limit]
[-NS] [-NS target_file] [-NS 쿼리 파일] [질문]

기술

RNA 효과 는 직계동족 miRNA 표적의 효과적인 수를 결정하는 도구입니다.
이 숫자는 다중에서 보다 정확한 관절 p-값을 계산하는 데 사용될 수 있습니다.
종 분석. RNAeffective는 무작위 miRNA를 사용하여 일련의 표적 서열을 검색합니다.
명령줄에 입력하거나 그렇지 않으면 무작위 시퀀스를 생성합니다.
주어진 표본 크기, 길이 분포 매개변수 및 다이뉴클레오타이드 빈도를 고려하면,
공동 p-값의 경험적 분포는 p-값 자체와 비교되며,
독립 타겟의 효과적인 수는 편차를 줄이는 것입니다.
두 가지 분포.

옵션

-h 명령줄 옵션에 대한 간략한 요약을 제공합니다.

-d 주파수 파일
에 주어진 디뉴클레오티드 빈도에 따라 무작위 서열을 생성합니다.
주파수 파일. 예제 파일은 예제 디렉토리를 참조하십시오.

-f 에서부터
모든 구조가 위치에서 나선을 갖도록 합니다. 에 위치를 정하다 에 과
쿼리를 존중합니다. 1루의 위치는 XNUMX입니다.

-k 표본의 크기
생성 표본의 크기 무작위 시퀀스. 기본값은 5000입니다.

-l 평균, 표준
평균의 정규 길이 분포를 갖는 랜덤 시퀀스 생성 평균 그리고
표준 편차 표준. 기본값은 각각 22과 0입니다.

-m 최대_목표_길이
대상 시퀀스의 최대 허용 길이입니다. 기본값은 2000입니다. 이
옵션은 대상 파일이 -t 옵션과 함께 제공된 경우에만 효과가 있습니다(아래 참조).

-n 최대 쿼리 길이
쿼리 시퀀스의 최대 허용 길이입니다. 기본값은 30입니다. 이
옵션은 쿼리 파일이 -q 옵션과 함께 제공된 경우에만 효과가 있습니다(아래 참조).

-u iloop_upper_limit
내부의 양쪽에 짝을 이루지 않은 뉴클레오티드의 최대 허용 수
고리.

-v bloop_upper_limit
벌지 루프에서 최대로 허용되는 쌍을 이루지 않은 뉴클레오티드 수입니다.

-s 주어진 디뉴클레오티드 분포에 따라 무작위 서열 생성
쿼리(-q 옵션 또는 명령줄에서). -q가 지정되지 않으면 마지막
RNAeffective에 대한 인수는 쿼리로 간주됩니다. -q 옵션을 참조하세요.

-q 쿼리 파일
-s 옵션 없이 각 쿼리 시퀀스는 쿼리 파일 ~에 종속된다
각 대상과의 하이브리디제이션(다음에서 제공) target_file; -t를 참조하세요
아래). 시퀀스 쿼리 파일 FASTA 형식이어야 합니다. 즉, 한 줄이어야 합니다.
>로 시작하고 바로 뒤에 이름이 오고 그 뒤에 하나 이상의 줄이 옵니다.
시퀀스 자체와 함께. 각 개별 시퀀스 라인에는 다음보다 많아야 합니다.
1000 자

-s 옵션을 사용하면 쿼리(또는 쿼리 파일) 다이뉴클레오티드 분포가 계산됩니다.
그리고 이 분포에 따라 무작위 시퀀스가 ​​생성됩니다.

-q가 지정되지 않으면 위에서 설명한 대로 무작위 시퀀스가 ​​생성됩니다(-d 참조).
선택권).

-t target_file
위의 -q 옵션을 참조하세요.

참조

에너지 매개변수는 다음에서 가져옵니다.

매튜스 DH, 사비나 J, 주커 M, 터너 DH. "열역학의 확장된 시퀀스 의존성
매개변수는 RNA 이차 구조의 예측을 향상시킵니다." J Mol Biol., 288(5), pp
911-940, 1999

버전

이 매뉴얼 페이지는 RNAeffective 버전 2.0에 대한 문서입니다.

작가

마크 렘스마이어, 피터 스테펜, 마티아스 힉스만.

제한 사항

문자 의존 에너지 값은 [acgtuACGTU]에 대해서만 정의됩니다. 다른 모든 문자
이 경우 값이 XNUMX이 됩니다.

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