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RNAeffective - 클라우드에서 온라인으로

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터를 통해 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 RNAeffective를 실행하세요.

이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 RNAeffective 명령입니다.

프로그램:

이름


RNAeffective - 직계동족 miRNA 타겟의 유효 수 계산

개요


RNA 효과 [-시간] [-NS 주파수 파일] [-NS 에서부터] [-케이 표본의 크기] [-엘 평균, 표준] [-미디엄
최대_목표_길이] [-N 최대 쿼리 길이] [-유 iloop_upper_limit] [-V bloop_upper_limit]
[-NS] [-NS target_file] [-NS 쿼리 파일] [질문]

기술


RNA 효과 는 직계동족 miRNA 표적의 효과적인 수를 결정하는 도구입니다.
이 숫자는 다중에서 보다 정확한 관절 p-값을 계산하는 데 사용될 수 있습니다.
종 분석. RNAeffective는 무작위 miRNA를 사용하여 일련의 표적 서열을 검색합니다.
명령줄에 입력하거나 그렇지 않으면 무작위 시퀀스를 생성합니다.
주어진 표본 크기, 길이 분포 매개변수 및 다이뉴클레오타이드 빈도를 고려하면,
공동 p-값의 경험적 분포는 p-값 자체와 비교되며,
독립 타겟의 효과적인 수는 편차를 줄이는 것입니다.
두 가지 분포.

옵션


-h 명령줄 옵션에 대한 간략한 요약을 제공합니다.

-d 주파수 파일
에 주어진 디뉴클레오티드 빈도에 따라 무작위 서열을 생성합니다.
주파수 파일. 예제 파일은 예제 디렉토리를 참조하십시오.

-f 에서부터
모든 구조가 위치에서 나선을 갖도록 합니다. 위치를 정하다
쿼리를 존중합니다. 1루의 위치는 XNUMX입니다.

-k 표본의 크기
생성 표본의 크기 무작위 시퀀스. 기본값은 5000입니다.

-l 평균, 표준
평균의 정규 길이 분포를 갖는 랜덤 시퀀스 생성 평균 그리고
표준 편차 표준. 기본값은 각각 22과 0입니다.

-m 최대_목표_길이
대상 시퀀스의 최대 허용 길이입니다. 기본값은 2000입니다. 이
옵션은 대상 파일이 -t 옵션과 함께 제공된 경우에만 효과가 있습니다(아래 참조).

-n 최대 쿼리 길이
쿼리 시퀀스의 최대 허용 길이입니다. 기본값은 30입니다. 이
옵션은 쿼리 파일이 -q 옵션과 함께 제공된 경우에만 효과가 있습니다(아래 참조).

-u iloop_upper_limit
내부의 양쪽에 짝을 이루지 않은 뉴클레오티드의 최대 허용 수
고리.

-v bloop_upper_limit
벌지 루프에서 최대로 허용되는 쌍을 이루지 않은 뉴클레오티드 수입니다.

-s 주어진 디뉴클레오티드 분포에 따라 무작위 서열 생성
쿼리(-q 옵션 또는 명령줄에서). -q가 지정되지 않으면 마지막
RNAeffective에 대한 인수는 쿼리로 간주됩니다. -q 옵션을 참조하세요.

-q 쿼리 파일
-s 옵션 없이 각 쿼리 시퀀스는 쿼리 파일 ~에 종속된다
각 대상과의 하이브리디제이션(다음에서 제공) target_file; -t를 참조하세요
아래). 시퀀스 쿼리 파일 FASTA 형식이어야 합니다. 즉, 한 줄이어야 합니다.
>로 시작하고 바로 뒤에 이름이 오고 그 뒤에 하나 이상의 줄이 옵니다.
시퀀스 자체와 함께. 각 개별 시퀀스 라인에는 다음보다 많아야 합니다.
1000 자

-s 옵션을 사용하면 쿼리(또는 쿼리 파일) 다이뉴클레오티드 분포가 계산됩니다.
그리고 이 분포에 따라 무작위 시퀀스가 ​​생성됩니다.

-q가 지정되지 않으면 위에서 설명한 대로 무작위 시퀀스가 ​​생성됩니다(-d 참조).
선택권).

-t target_file
위의 -q 옵션을 참조하세요.

참조


에너지 매개변수는 다음에서 가져옵니다.

매튜스 DH, 사비나 J, 주커 M, 터너 DH. "열역학의 확장된 시퀀스 의존성
매개변수는 RNA 이차 구조의 예측을 향상시킵니다." J Mol Biol., 288(5), pp
911-940, 1999

버전


이 매뉴얼 페이지는 RNAeffective 버전 2.0에 대한 문서입니다.

작가


마크 렘스마이어, 피터 스테펜, 마티아스 힉스만.

제한 사항


문자 의존 에너지 값은 [acgtuACGTU]에 대해서만 정의됩니다. 다른 모든 문자
이 경우 값이 XNUMX이 됩니다.

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