Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 sam-stats 명령입니다.
프로그램:
이름
sam-stats - ea-utils: 요약된 통계 생성
개요
샘 통계 [옵션] [file1] [file2...필렌]
기술
버전 : 1.38.681
나열된 파일에 대해 쉽게 요약된 많은 통계를 생성합니다.
옵션(기본값은 괄호):
-D 여러 정렬을 추적하세요 -O PREFIX 출력 접두사 활성화
확장 출력(아래 참조) -R FIL 커버리지/RNA 출력(커버리지, 3' 바이어스 등,
의미하다 -A) -A 1000개가 넘는 경우에도 모든 문자 서명을 보고합니다. -b INT
베이스별 통계를 샘플링하기 위한 읽기 수(1M) -S INT ASCII 서명 크기
(30) -x 여러 파일(통계)을 처리하기 위한 FIL 파일 확장자 -M 만
새로운 경우 덮어쓰기(필요 -x또는 여러 파일) -B 입력이 빵빵해요, 그러지 마세요
마술 보는 것도 귀찮아 -z Sam에 항목이 XNUMX개일 때 실패하지 마세요.
산출:
하나의 파일이 지정되면 출력은 표준 출력입니다. 파일이 여러 개인 경우
지정되었거나 -x 옵션이 제공되면 출력 파일은 다음과 같습니다. . . 기본
확장자는 '통계'입니다.
전체 통계:
: 평균, 최대, 표준 편차, 중앙값, Q1(25 백분위수), Q3
reads : sam 파일의 항목 수, # 읽기가 아닐 수도 있음
phred : phred 스케일이 사용됨
bsize : # qual stats에 사용되는 읽기
매핑된 읽기
: 정렬된 읽기 수(고유한 프로브 ID 시퀀스)
매핑된 기지
: 정렬된 읽기 길이의 총합
앞으로
: 앞으로 정렬된 읽기 수
역
: 역방향으로 정렬된 읽기 수
snp 비율
: 불일치 염기/총 염기(snv 비율)
인율
: 삽입 베이스 / 총 베이스
델 비율
: 삭제된 염기 / 총 염기
퍼센트 불일치
: 불일치가 있는 읽기 비율
퍼센트 정렬
: 정렬된 읽기 비율
렌
: 길이 통계를 읽습니다. 고정 길이인 경우 무시됩니다.
맵큐
: 매핑 품질에 대한 통계
끼워 넣다
: 인서트 크기에 대한 통계
% : 문자당 매핑된 염기의 백분율, 그 뒤에 서명
서브샘플링됨 통계 (1백만 읽기 최대):
기본 품질 : 기본 품질 %A,%T,%C,%G에 대한 통계 : 기본 백분율
의미 of 전에, 염색체당 서명:
염색체 위치별로 매핑된 읽기의 ASCII 히스토그램입니다. 경우에만 출력됩니다.
원래 SAM/BAM에는 헤더가 있습니다. 값은 매핑된 읽기 수의 log2입니다.
각 위치 + ASCII '0'.
확장 출력 모드 생산하다 a 세트 of 파일 :
.stats : 기본 출력
.fastx : fastx-toolkit 호환 출력
.rcov : 참조별 개수 및 적용 범위
.xdist : 불일치 분포
.ldist : 길이 분포(해당되는 경우)
.mqdist
: 매핑 품질 분포
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 sam-stats 사용
