이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 명령 samtoh5입니다.
프로그램:
이름
samtoh5 - SAM 파일을 cmp.h5 형식으로 변환
개요
샘토5 인샘 참조.fasta 아웃.cmp.h5 [옵션]
옵션
인샘 SAM 파일을 입력합니다.
참조.fasta
읽기를 생성하는 데 사용되는 참조입니다.
아웃.cmp.h5
cmp.h5 파일을 출력합니다.
-smrt제목
생성된 읽기에서 생성된 정렬을 변환할 때 이 옵션을 사용하세요.
pls2fasta(1) SMRT 읽기에서 읽기 좌표를 구문 분석하여 bas.h5 파일에서
제목. 제목은 다음 형식입니다. /이름/구멍/좌표좌표가 있는 곳
형식은 \d+_\d+이며 정렬된 읽기 간격을 나타냅니다.
-readType 가치
읽기 유형을 '표준', '스트로브', 'CCS' 또는 'cDNA'로 설정합니다.
-다변 가치
원하는 자세한 정도를 설정합니다.
-useShortRefName
에서 얻은 약어 참조 이름을 사용하십시오. 파일.샘 전체 이름을 사용하는 대신
에 참조.fasta.
-copyQVs
SAM 파일에서 사용 가능한 모든 QV를 cmp.h5 파일에 복사합니다. 여기에는 다음이 포함됩니다.
InsertionQV와 DeletionTag와 같은 것.
노트
SAM에는 프로그램마다 의미가 다른 선택적 태그가 있기 때문에 주의해야 합니다.
적절한 출력을 위해서는 사용법이 필요합니다. bwa-sw의 "xs" 태그는 표시하는 데 사용됩니다.
차선책이지만 PacBio SAM(블래스터(1)) 쿼리에서 시작으로 정의됩니다.
정렬의 순서. 언제 -smrt제목 가 지정되면 xs 태그는 무시되지만
지정되지 않은 경우 xs 및 xe 태그가 제공하는 좌표를 정의하는 데 사용됩니다.
정렬된 읽기 간격입니다. CIGAR 문자열은 이 간격에 상대적입니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 samtoh5를 온라인으로 사용하세요
