이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 명령 셔플입니다.
프로그램:
이름
shuffle - 시퀀스 파일의 시퀀스를 무작위화합니다.
개요
셔플 [옵션] 시퀀스 파일
기술
셔플 시퀀스 파일 읽기 시퀀스 파일, 각 시퀀스를 무작위화하고 무작위화된
표준 출력에서 FASTA 형식의 시퀀스. 시퀀스 이름은 변경되지 않습니다. 이것
필요한 경우 각 무작위 시퀀스의 소스를 추적할 수 있습니다.
기본값은 단일 기호 구성을 유지하면서 각 입력 시퀀스를 단순히 섞는 것입니다.
정확히. 모노 심볼과 디 심볼을 모두 유지하면서 각 시퀀스를 섞으려면
컴포지션을 정확히 사용하려면 -d 옵션을 선택합니다.
The -0 그리고 -1 옵션을 사용하면 다음과 같은 Markov 속성으로 시퀀스를 생성할 수 있습니다.
각 입력 시퀀스. 와 함께 - 0, 각 입력 시퀀스에 대해 0차 Markov 통계는 다음과 같습니다.
수집되고(예: 기호 구성) 동일한 시퀀스로 새 시퀀스가 생성됩니다.
구성. 와 함께 - 1, 생성된 시퀀스는 동일한 1차 Markov 속성을 가집니다.
입력 시퀀스(예: 동일한 디심볼 주파수).
기본 및 - 0, or -d 그리고 - 1, 유사하다; 셔플링 알고리즘 보존
Markov 알고리즘은
평균적으로 비슷한 구성.
아래 옵션에 설명된 대로 다른 섞기 알고리즘도 사용할 수 있습니다.
옵션
-0 각 입력 시퀀스의 0차 Markov 주파수를 계산합니다(예: 잔류물).
구성); 동일한 0차 Markov 주파수를 사용하여 출력 시퀀스를 생성합니다.
-1 각 입력 시퀀스에 대한 1차 Markov 주파수를 계산합니다(예: diresidue
구성); 동일한 1차 Markov 주파수를 사용하여 출력 시퀀스를 생성합니다.
출력 시퀀스의 첫 번째 잔기는 항상 다음의 첫 번째 잔기와 동일합니다.
입력 시퀀스.
-d 단일 기호와 이중 기호를 모두 유지하면서 입력 시퀀스를 섞습니다.
정확하게 구성합니다. SF Altschul 및 BW에서 발표한 알고리즘 사용
에릭슨, 몰. 비올. 진화 2:526-538, 1985.
-h 간단한 도움말 인쇄 다음을 포함한 모든 옵션의 버전 번호 및 요약이 포함됩니다.
전문가 옵션.
-l 각 입력 시퀀스의 길이만 보십시오. iid 출력 단백질 생성
단백질의 전형적인 단일 잔기 빈도를 사용하여 해당 길이의 서열(
Swissprot 35에서).
-n 확인 각 입력 시퀀스의 서로 다른 무작위화 시퀀스 파일, 보다는
하나의 기본값.
-r 입력 시퀀스를 반대로 하여 출력 시퀀스를 생성합니다. (그러므로 하나만
입력 시퀀스별로 "무작위화"가 가능하므로 사용할 가치가 없습니다. -n 만약에 당신이
반전을 사용합니다.)
-t 각 입력 시퀀스를 정확히 고정 길이로 자릅니다. 잔류물. 만약
입력 시퀀스가 다음보다 짧습니다. 폐기됩니다(따라서 출력 파일은
입력 파일보다 적은 수의 시퀀스 포함). 입력 시퀀스가 다음보다 긴 경우
인접한 하위 시퀀스는 무작위로 선택됩니다.
-w 의 창 크기에서 각 입력 시퀀스를 지역적으로 섞습니다. , 지역 보존
각 창의 잔류물 조성. 아마도 더 나은 셔플 알고리즘
비정적 잔류물 조성을 갖는 생체서열(예:
인간 게놈의 서로 다른 isochore 사이와 같이 서열에 따라 다양함
순서).
-B (바벨피쉬). 기본값 이외의 시퀀스 파일 형식 자동 감지 및 읽기
(파스타). 거의 모든 공통 시퀀스 파일 형식이 인식됩니다(Genbank,
EMBL, SWISS-PROT, PIR 및 GCG 비정렬 시퀀스 형식 및 스톡홀름, GCG MSF,
및 Clustal 정렬 형식). 전체 목록은 인쇄된 설명서를 참조하십시오.
지원되는 형식.
전문가 옵션
--정보
시퀀스 파일 형식 지정 , 기본 FASTA 대신
체재. 일반적인 예로는 Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
또는 필립; 허용되는 형식의 전체 목록은 인쇄된 문서를 참조하십시오.
이름. 이 옵션은 기본 예상 형식(FASTA)과 -B
Babelfish 자동 감지 옵션.
--nodesc
출력 파일에 시퀀스 설명을 출력하지 말고 시퀀스 이름만 출력하십시오.
--씨앗
난수 시드를 다음으로 설정 . 재현 가능한 결과를 원하면 동일한 것을 사용하십시오.
매번 씨앗. 기본적으로, 셔플 매번 다른 시드를 사용하므로
동일한 입력으로 후속 실행에서 동일한 출력을 생성합니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 셔플 사용
