이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 명령 sirnae입니다.
프로그램:
이름
Sirna - mRNA에서 siRNA 이중체를 찾습니다.
개요
시르 나 -순서 시퀄 [-정책 부울] [-aa 부울] [-tt 부울] [-폴리베이스 부울]
-아웃파일 신고 - outseq seqoutall [-문맥 부울]
시르 나 -도움
기술
시르 나 EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈 소프트웨어
모음곡"). "Nucleic:Functional sites,Nucleic:2D structure" 명령의 일부입니다.
여러 떼).
옵션
입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 시퀄
순서 입력 옵션
-정책 부울
이 옵션을 사용하면 퓨린으로 시작하는 21개의 기본 프로브만 선택할 수 있습니다.
따라서 Pol III 발현 벡터로부터 표현될 수 있다. 이것이 나른(17)YNN 패턴
Tuschl et al.에 의해 제안되었습니다. 기본값: N
-aa 부울
이 옵션을 사용하면 AA로 시작하는 23개의 기본 영역만 선택할 수 있습니다. 만약에
이 옵션을 선택하지 않으면 AA로 시작하는 지역이 선호됩니다.
더 높은 점수를 받지만 AA로 시작하지 않는 지역도 보고됩니다.
기본값: N
-tt 부울
이 옵션을 사용하면 TT로 끝나는 23개의 기본 영역만 선택할 수 있습니다. 이 경우
옵션이 선택되지 않은 경우 TT로 끝나는 영역은 다음을 제공하여 선호됩니다.
점수가 더 높지만 TT로 끝나지 않는 지역도 보고됩니다. 기본
값: N
-폴리베이스 부울
이 옵션이 FALSE이면 23의 반복이 없는 4개의 기본 영역만 또는
연속으로 더 많은 염기가 보고됩니다. 어떤 지역도 보고되지 않을 것입니다.
연속으로 4개 이상의 G가 있어야 합니다. 기본값: Y
산출 섹션에 있어야 합니다.
-아웃파일 신고
출력은 21 염기 siRNA duplex의 순방향 및 역방향 부분의 표입니다.
정방향 및 역방향 순서는 모두 5'에서 3'으로 쓰여져 주문할 준비가 되었습니다. NS
마지막 두 기수가 'dTdT'로 대체되었습니다. 23 베이스의 시작 위치
지역 및 %GC 콘텐츠도 제공됩니다. 완전한 23 베이스를 보고 싶다면
시퀀스를 찾은 다음 다른 출력 파일의 시퀀스를 보거나
한정자 '-context'는 이 파일에서 순방향 시퀀스의 23개 염기를 표시합니다.
괄호 안에 처음 두 개의 염기를 포함하여 보고하십시오. 이 처음 두 개의 염기는 다음의 일부를 형성하지 않습니다.
주문할 siRNA 프로브.
- outseq seqoutall
siRNA가 선별된 23개의 base region의 sequence 파일입니다.
에서. 이를 확인하기 위해 mRNA 데이터베이스(예: REFSEQ)를 검색하는 데 사용할 수 있습니다.
프로브는 사용하려는 유전자에 고유합니다.
-문맥 부울
출력 보고서 파일은 준비된 21개 염기 siRNA 영역의 서열을 제공합니다.
주문했다. 이것은 2개 베이스 이전에 21개 베이스에 대한 표시를 제공하지 않습니다. 그것
제안된 가능한 프로브 영역 중 'AA'가 있는 영역을 확인하는 것은 종종 흥미롭습니다.
(즉, 23개의 기본 영역 중 어떤 영역이 다음으로 시작하는지 확인하는 것이 유용합니다.
'아'). 이 옵션은 처음 두 개의 기지가 있는 지역의 전체 23개 기지를 표시합니다.
예를 들어 '(AA)'는 대괄호로 묶어서 프로브 영역에 대한 컨텍스트를 제공합니다. 당신은해야하지
프로브를 주문할 때 브래킷에 두 개의 베이스를 포함하십시오. 기본
값: N
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 Sirnae 사용
