velvetg_63_long - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

velvetg_63_long - de Bruijn 그래프 구성, 오류 제거 및 반복 해결
(MAXKMERLENGTH = 63, 긴 시퀀스)

기술

사용법: ./velvetg 디렉토리 [옵션]

예배 규칙서
: 작업 디렉토리 이름

Standard 옵션 :
-cov_cutoff
: 투어 버스 후 낮은 커버리지 노드 제거 또는 시스템이 이를 추론하도록 허용

(기본값: 제거 안 함)

-ins_length
: 두 쌍의 끝 읽기 사이의 예상 거리(기본값: 읽기 페어링 없음)

-read_trkg
: 어셈블리에서 짧은 읽기 위치 추적(기본값: 추적 없음)

-min_contig_lgth
: contigs.fa 파일로 내보낸 최소 contig 길이(기본값: 해시 길이 * 2)

-amos_file
: 어셈블리를 AMOS 파일로 내보내기(기본값: 내보내기 없음)

-exp_cov
: 고유한 지역의 예상 적용 범위 또는 시스템이 이를 추론하도록 허용

(기본값: 롱 또는 페어드 엔드 읽기 해상도 없음)

-long_cov_cutoff : long-read coverage가 낮은 노드 제거 AFTER tour
버스

(기본값: 제거 안 함)

Advnaced 옵션 :
-ins_length*
: 각각의 short-read에서 두 개의 paired-end read 사이의 예상 거리
데이터 세트(기본값: 읽기 페어링 없음)

-ins_length_long
: 두 개의 긴 paired-end 읽기 사이의 예상 거리(기본값: 읽기 페어링 없음)

-ins_length*_sd
: 각 데이터셋의 추정 표준 편차(기본값: 해당 데이터의 10%
길이)

[필요에 따라 '*'를 아무것도, '2' 또는 '_long'으로 바꾸지 않음]

-발판
: paired end 정보를 사용한 contig의 scaffolding (default: on)

-max_branch_length
: 거품의 기본 쌍의 최대 길이(기본값: 100)

-max_divergence : 버블 내 두 분기 간 최대 발산율
(기본값 : 0.2)

-max_gap_count
: 거품의 두 분기 정렬에 허용되는 최대 간격 수
(기본값 : 3)

-min_pair_count
: 두 개의 긴 스캐폴딩을 정당화하기 위한 쌍을 이룬 끝 연결의 최소 수
contigs(기본값: 5)

-max_coverage
: 투어 버스 후 높은 커버리지 노드 제거(기본값: 제거 안 함)

-커버리지_마스크
: 컨티그의 확신 영역에 필요한 최소 커버리지(기본값: 1)

-long_multi_cutoff
: contig를 병합하는 데 필요한 최소 긴 읽기 수(기본값: 2)

-unused_reads
: UnusedReads.fa 파일에서 사용하지 않은 읽기 내보내기(기본값: no)

-정렬
: contig 정렬 요약을 참조 서열로 내보냅니다(기본값: no).

-내보내기 필터링됨
: 커버리지 필터에 의해 제거된 긴 노드 내보내기(기본값: no)

-깨끗한
: 재계산에 쓸모없는 모든 중간 파일을 제거합니다(기본값 :
아니요)

-매우 깨끗한
: 모든 중간 파일 제거(재계산 불가) (기본값: no)

-paired_exp_fraction
: 지정된 비율보다 적은 쌍을 이루는 모든 끝 연결을 제거합니다.
예상 개수(기본값: 0.1)

-shortMatePaired*
: 메이트 쌍 라이브러리의 경우 라이브러리가 오염되었을 수 있음을 나타냅니다.
페어드 엔드 읽기(기본값 아니요)

-conserveLong
: 긴 읽기가 포함된 시퀀스 보존(기본값 no)

출력:
디렉토리/contigs.fa
: 해시 길이의 두 배보다 긴 contigs의 fasta 파일

디렉토리/stats.txt
: 적절한 커버리지 컷오프를 결정하는 데 유용한 통계 파일(탭 간격)

디렉토리/마지막 그래프
: 최종 그래프에 대한 모든 정보가 포함된 특별한 형식의 파일

디렉토리/velvet_asm.afg
: (요청 시) AMOS 호환 어셈블리 파일

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