wiggle2gff3p - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

wiggle2gff3.pl - UCSC WIG 형식 파일을 gff3 파일로 변환합니다.

개요

wiggle2gff3.pl [옵션] WIG_FILE > load_data.gff3

UCSC WIG 형식 파일을 GBrowse에 로드하기에 적합한 gff3 파일로 변환합니다.
데이터베이스. CNV, SNP, 발현 등의 고밀도 정량 데이터에 사용
배열.

기술

xyplot을 사용하여 표시할 밀도가 높은 정량적 데이터가 있는 경우 이 변환기를 사용합니다.
밀도, 히트맵 글리프, GBrowse에 로드할 데이터 항목(수천 개)이 너무 많습니다. 그것
정량적 데이터를 포함하는 하나 이상의 공간 효율적인 바이너리 파일을 생성합니다.
Chado 또는 기타 GBrowse 데이터베이스에 로드할 수 있는 작은 GFF3 파일도 있습니다.

일반적인 사용법은 다음과 같습니다.

% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo my_data.wig > my_data.gff3

옵션
다음 옵션이 허용됩니다.

--메서드= 다음을 나타내는 GFF3 라인에 대한 방법을 설정합니다.
트랙의 각 정량적 데이터 포인트.
기본값은 "microarray_oligo"입니다.

--소스= GFF3 파일의 소스 필드를 설정합니다. 기본값은
없음.

--gff3 GFF3 형식 파일 생성(기본값)

--featurefile "featurefile" 형식 파일을 만듭니다. -- 이것은
GBrowse 업로드에 사용되는 단순화된 형식입니다. 이것
옵션은 --gff3 옵션과 호환되지 않습니다.

--sample true인 경우 매우 큰 파일(>5MB)이 샘플링됩니다.
최소, 최대 및 표준 편차를 얻기 위해; 그렇지 않으면
이러한 통계를 얻기 위해 전체 파일을 스캔합니다.
이렇게 하면 파일이 더 빨리 처리되지만 이상값을 놓칠 수 있습니다.
values.

--경로= 바이너리 흔들기를 배치할 디렉토리를 지정하십시오.
파일. 기본값은 현재 임시 디렉토리입니다.
(/ TMP 또는 운영 체제에 적합한 것).

--베이스= "--경로"와 동일합니다.

--trackname wigfile 생성을 위한 트랙 이름 기반을 지정합니다.

--help 이 문서.

이 스크립트는 축약된 옵션을 포함하여 다양한 옵션 스타일을 허용합니다.
("--meth=foo"), 단일 문자 옵션("-m foo") 및 기타 일반적인 변형.

이진 뒤흔들다 파일
이 유틸리티에 의해 생성된 바이너리 "wiggle" 파일은 다음을 사용하여 읽을 수 있습니다.
Bio::Graphics::Wiggle 모듈. 정량적 데이터는 1-255 범위로 조정됩니다.
(정밀도가 많이 떨어지지만 데이터 시각화에는 여전히 충분함) 및 저장
각 파일이 단일 염색체의 길이에 해당하는 압축 형식 또는
연속

바이너리 파일이 생성되면 주의를 기울이지 않는 한 이동하거나 이름을 바꾸면 안 됩니다.
GFF3에서 "wigfile" 속성에 의해 주어진 경로명에 상응하는 변경을 하십시오
파일 형상선. cp 명령을 사용하여 복사할 때도 주의해야 합니다.
바이너리 파일; 누락된 데이터가 발생하지 않도록 "구멍" 형식으로 지정됩니다.
디스크의 모든 공간을 차지합니다. cp하면 구멍이 XNUMX으로 채워지고
공간 절약이 손실됩니다. --sparse 옵션과 함께 "tar" 명령을 사용하는 것이 좋습니다.
파일을 한 곳에서 다른 곳으로 이동합니다.

예시 가발 입양 부모로서의 귀하의 적합성을 결정하기 위해 미국 이민국에
이 예제는http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# 파일 이름: example.wig
#
# 300 기본 와이드 막대 그래프, autoScale은 기본적으로 켜져 있음 == 그래프
# 제한은 항상 전체 데이터 범위를 표시하도록 동적으로 변경됩니다.
# 보기 창에서 priority = 20은 이를 두 번째 그래프로 배치합니다.
# 참고, 침대 형식에 사용되는 상대 XNUMX, 반개방 좌표계
track type=wiggle_0 name="침대 형식" description="침대 형식" \
가시성=풀 컬러=200,100,0 altColor=0,100,200 우선순위=20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
임의의 간격 위치에서 # 150 베이스 와이드 막대 그래프,
# y=11.76에 그려진 임계값 선
# autoScale off 보기 범위가 [0:25]로 설정됨
# 우선순위 = 10은 이것을 첫 번째 그래프로 배치합니다.
# 참고로 이 형식에는 상대 좌표계가 사용됩니다.
track type=wiggle_0 name="variableStep" description="variableStep 형식" \
가시성=전체 autoScale=off viewLimits=0.0:25.0 색상=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=우선순위=10
variableStep chrom=chr19 스팬=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# 200베이스마다 300베이스 와이드 포인트 그래프, 50픽셀 높이 그래프
# autoScale off 및 보기 범위가 [0:1000]으로 설정됨
# priority = 30은 이것을 세 번째 그래프로 배치합니다.
# 참고로 이 형식에는 상대 좌표계가 사용됩니다.
track type=wiggle_0 name="fixedStep" description="고정 단계" 가시성=전체 \
autoScale=off viewLimits=0:1000 색상=0,200,100 maxHeightPixels=100:50:20 \
graphType=포인트 우선순위=30
fixedStep chrom=chr19 시작=59307401 단계=300 스팬=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

다음 명령을 사용하여 이를 로드 가능한 GFF3 파일로 변환할 수 있습니다.

wiggle2gff3.pl --meth=example --so=example --path=/var/gbrowse/db example.wig \
> example.gff3

출력은 다음과 같습니다.

##gff-버전 3

chr19 예제 예제 59302001 59304700 . . . 이름=침대 형식, wigfile=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
chr19 예제 예제 59304701 59308020 . . . 이름=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
chr19 예제 예제 59307401 59310400 . . . 이름=fixedStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 wiggle2gff3p 사용