이것은 최신 릴리스를 deep-ampep30-test_set.zip으로 다운로드할 수 있는 AmPEP 및 AxPEP라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks가 포함된 AmPEP 및 AxPEP라는 이 앱을 무료로 다운로드하여 온라인으로 실행하세요.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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AmPEP 및 AxPEP
기술
항균 펩타이드(AMP)는 광범위한 활성과 낮은 독성으로 인해 다제내성 병원균과의 싸움에서 유망한 후보입니다. 그러나 습식 실험실 실험을 통한 AMP 식별은 여전히 비용이 많이 들고 시간이 많이 소요됩니다. AmPEP은 Random Forest 알고리즘을 사용하여 AMP 예측을 위한 정확한 계산 방법입니다. 예측 모델은 서열에 따른 아미노산 특성의 분포 패턴을 기반으로 합니다. 1:3 데이터 비율의 최적 모델인 AmPEP는 96%의 매우 높은 정확도, 0.9의 MCC, 0.99의 AUC-ROC 및 0.9의 Kappa 통계를 달성했습니다. AmPEP은 벤치마크 데이터 세트를 사용하여 테스트할 때 정확도, MCC 및 AUC-ROC와 관련하여 기존 방법보다 성능이 뛰어납니다.특징
- MATLAB 소스 코드
- AmPEP 데이터세트
- 기계 학습
- 생물 정보학
- 펩티드 서열
- 신약 개발
이는 https://sourceforge.net/projects/axpep/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 시스템 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
