이것은 최신 릴리스를 codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip으로 다운로드할 수 있는 codonPhyML이라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks와 함께 codonPhyML이라는 이 앱을 무료로 다운로드하여 온라인에서 실행하십시오.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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코돈PhyML
기술
codonPhyML은 계통 발생 재구성에서 Markovian 코돈 진화 모델을 사용합니다. 입력으로 DNA 서열을 특징으로 하는 종 세트가 주어지면 codonPhyML은 진화 관계를 가장 잘 설명하는 계통 발생 트리를 반환합니다. codonPhyML을 설명하는 우리의 논문은 저널 "Molecular Biology and Evolution"(MBE)에 게재되었습니다. 자세한 내용은 다음 링크를 참조하십시오. http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML이 MBE의 표지에 있습니다! 이것을 확인하십시오(2013년 XNUMX월): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.CodonPhyML의 다중 모델 버전의 경우 'codonphyml_multi.tgz' tarball을 사용하십시오.
특징
- 진화의 Markovian 코돈 모델: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- NNI 및 SPR 트리 토폴로지 검색 휴리스틱
- 최대 가능성으로 추정된 대체율 매개변수
- OpenMP를 통한 멀티코어 지원
- 여러 모델(예: AA, NT 및 CODON)에서 비교 가능한 가능성
오디언스 (Audience)
과학/연구, 교육
사용자 인터페이스
콘솔/터미널, 명령줄
프로그래밍 언어
C
이것은 https://sourceforge.net/projects/codonphyml/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
