이것은 최신 릴리스를 ipgwas3.0.5.tar.gz로 다운로드할 수 있는 IPGWAS라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks와 함께 IPGWAS라는 이 앱을 무료로 다운로드하여 온라인에서 실행하십시오.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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IPGWAS
기술
게놈 전체 연관 연구를 위한 통합 파이프라인특징
- 게놈 차원의 연관성 연구(GWAS)
- 품질 관리(QC)
- 맨해튼 플롯과 QQ 플롯
- Cochran-Armitage 추세 테스트, 협회 테스트
- GWAS 데이터 세트 결합, 염색체별로 GWAS 데이터 분할
- EIGENSTRAT 출력 카이제곱을 p 값으로 변환
- MACH 대치 출력을 PED/MAP 형식 및 SNPTEST 형식으로 변환
- PED/MAP 파일을 기본 입력 형식인 PHASE 및 BEAGLE로 변환
- PLINK 및 SNPTEST 파일을 GWAMA 형식으로 변환
- P-값 계산기(카이제곱 검정, Cochran-Armitage 추세 검정 및 Fisher의 정확 검정)
- GWAS 데이터 애정 상태 변경
- 애정 상태(사례/대조군) 및/또는 성별(남성/여성)별로 GWAS 데이터의 주제를 필터링합니다.
- PLINK용 GUI, SNP 비율 테스트
- 단일 중요 SNP 필터링
- eigPlot(고유도 결과 플롯)
- PED/MAP 파일을 MACH 및 IMPUTE2의 기본 입력 형식으로 변환
- IMPUTE2 대치 출력을 TPED/TFAM(PLINK) 형식으로 변환
이것은 https://sourceforge.net/projects/ipgwas/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
