이것은 최신 릴리스를 KMC_KaiC_Original.zip으로 다운로드할 수 있는 KMC-KaiC라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks가 포함된 KMC-KaiC라는 앱을 무료로 온라인으로 다운로드하여 실행해 보세요.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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KMC-KaiC
기술
이 코드는 번역 후 Kai 일주기 시계의 모델을 시뮬레이션하는 전용 KMC(Kinetic Monte Carlo) 알고리즘입니다.
이 코드를 사용하면 개별 KaiC 헥사머 및 모노머 수준에서 Kai 시스템을 시뮬레이션하고 모든 ATP 뉴클레오티드의 회전율을 명시적으로 추적할 수 있습니다. ATP 가수분해와는 별도로 모든 반응은 상세한 균형을 따릅니다.
코드의 적용은 공개 액세스 저널인 PLOS Computational Biology에서 무료로 제공되는 "번역 후 카이 일주기 시계의 열역학적으로 일관된 모델"이라는 제목의 기사에 설명되어 있습니다.
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*업데이트* ATP 가수분해에 대한 역반응을 포함하여 완전히 가역적인 버전의 모델을 만들었습니다. 이를 통해 열역학적 평형 상태에서 모델을 실행할 수 있습니다. 이 버전의 모델은 KMC_KaiC_Rev.zip에서 다운로드할 수 있습니다.
자신의 연구에 모델을 사용하고 싶다면 PLoS Computational Biology 논문을 인용하십시오.
오디언스 (Audience)
과학/연구
사용자 인터페이스
명령줄
프로그래밍 언어
C + +
카테고리
https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
