이것은 kSNP3.1_Linux_package.zip으로 최신 릴리스를 다운로드할 수 있는 Linux 온라인에서 실행되는 kSNP라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
kSNP라는 이 앱을 다운로드하여 온라인으로 실행하면 OnWorks를 통해 Linux 온라인에서 무료로 실행할 수 있습니다.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
Linux 온라인에서 실행되는 kSNP
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기술
kSNP는 일련의 게놈 시퀀스에서 범 게놈 SNP를 식별하고 해당 SNP를 기반으로 계통수를 추정합니다. SNP 발견은 k-mer 분석을 기반으로 하며 다중 서열 정렬이나 참조 게놈의 선택이 필요하지 않으므로 kSNP는 100개의 미생물 게놈을 입력으로 사용할 수 있습니다. SNP 유전자좌는 중심 SNP 대립유전자를 둘러싸는 길이 k의 올리고에 의해 정의됩니다. kSNP는 조립된 contig 또는 조립되지 않은 원시 판독에서 완전한(완료) 게놈과 미완성 게놈을 모두 분석할 수 있습니다. 완성된 게놈과 미완성된 게놈을 함께 분석할 수 있으며 kSNP는 완성된 게놈의 Genbank 파일을 자동으로 다운로드하고 해당 파일의 정보를 SNP 주석에 통합할 수 있습니다.Gardner, SN 및 Hall, BG 2013. 전체 게놈 정렬이 작동하지 않을 때: 수백 개의 미생물 게놈에 대한 정렬 없는 SNP 발견 및 계통발생학을 위한 kSNP v2 소프트웨어. 플로스원, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
https://sourceforge.net/projects/ksnp/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
