이것은 최신 릴리스를 Pasha-1.0.10.tar.bz2로 다운로드할 수 있는 PASHA: Parallelized Short Read Assembly라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
PASHA: Parallelized Short Read Assembly with OnWorks라는 앱을 무료로 다운로드하여 온라인으로 실행해 보세요.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
PASHA: 병렬화된 짧은 읽기 어셈블리
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기술
PASHA는 de Bruijn 그래프를 사용하는 큰 게놈을 위한 병렬 짧은 읽기 어셈블러입니다. 공유 메모리 멀티 코어 CPU와 분산 메모리 컴퓨팅 클러스터를 모두 활용하는 PASHA는 겸손한 컴퓨팅 리소스로 합리적인 시간에 대규모 게놈의 고품질 데노보 어셈블리를 수행할 수 있는 잠재력을 입증했습니다. 21개의 작은 실제 페어드 엔드 데이터 세트를 사용한 우리의 평가는 PASHA가 2.38개의 주요 어셈블러인 Velvet, ABySS 및 SOAPdenovo와 비교하여 비슷한 게놈 범위 및 오조립률로 더 나은 어셈블리를 생성할 수 있음을 보여줍니다. 또한 PASHA는 단일 CPU에서 세 가지 데이터 세트 모두에 대해 가장 빠른 속도를 달성합니다. 인간 게놈의 경우 PASHA는 ABySS로 경쟁력 있는 조립 품질을 달성하고 동일한 하드웨어 구성에서 ABySS보다 약 XNUMX배 빠른 약 XNUMX시간 만에 조립을 완료할 수 있습니다.
사용자 인터페이스
콘솔/터미널
프로그래밍 언어
C + +
카테고리
이것은 https://sourceforge.net/projects/pasha/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.