이것은 SnowyOwl-2.0.3.tar.gz로 최신 릴리스를 다운로드할 수 있는 SnowyOwl이라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks가 포함된 SnowyOwl이라는 앱을 무료로 온라인으로 다운로드하여 실행하세요.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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눈부엉이
기술
SnowyOwl은 RNA-Seq 데이터를 사용하여 HMM(Hidden Markov Model) 기반 유전자 예측 생성에 대한 힌트를 훈련 및 제공하고 결과 모델을 평가하는 유전자 예측 파이프라인입니다. 이 파이프라인은 예측을 세 가지 곰팡이 게놈에서 수동으로 큐레이팅된 유전자 모델과 비교하여 검증되고 간소화되었으며 그 결과 이전 유전자 예측에 비해 민감도와 선택성이 크게 증가한 것으로 나타났습니다. 다양한 입력 매개변수로 HMM 유전자 예측기 Augustus를 반복적으로 실행하여 민감도를 얻었고, 알려진 단백질과 가장 상동성이 있고 RNA-Seq 데이터와 가장 잘 일치하는 모델을 선택하여 선택성을 얻었습니다. SnowyOwl은 26개의 새로운 곰팡이 게놈에서 유전자를 성공적으로 예측했습니다.
높은 처리량과 구성 제어를 위해 파이프라인을 로컬에 설치할 수 있습니다. 가끔 사용하기 위해 편리한 웹 인터페이스를 통해 원격 서버에서 실행할 수도 있습니다.
특징
- RNA-Seq 데이터를 이용한 유전자 예측
- 높은 감도 및 특이성
- 수동으로 큐레이팅된 유전자 모델로 간소화되고 검증된 파이프라인
- 고도로 구성 가능
- ascomycete 및 basidiomycete fungi에 대한 기본 구성
- 제어 및 유연성을 위해 로컬로 설치 및 실행
- 편의를 위해 웹 인터페이스를 통해 원격으로 실행
오디언스 (Audience)
과학/연구, 고급 최종 사용자
사용자 인터페이스
웹 기반, 명령줄, GTK+
프로그래밍 언어
파이썬, PHP
카테고리
이것은 https://sourceforge.net/projects/snowyowl/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
