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BLAST Ring Image Generator Windows ์•ฑ์„ ๋ฌด๋ฃŒ๋กœ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•˜์—ฌ ์˜จ๋ผ์ธ์œผ๋กœ Ubuntu ์˜จ๋ผ์ธ, Fedora ์˜จ๋ผ์ธ ๋˜๋Š” Debian ์˜จ๋ผ์ธ์—์„œ Win Wine์„ ์‹คํ–‰ํ•˜์‹ญ์‹œ์˜ค.

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Wine์€ Linux์—์„œ Windows ์†Œํ”„ํŠธ์›จ์–ด๋ฅผ ์‹คํ–‰ํ•˜๋Š” ๋ฐฉ๋ฒ•์ด์ง€๋งŒ Windows๊ฐ€ ํ•„์š”ํ•˜์ง€ ์•Š์Šต๋‹ˆ๋‹ค. Wine์€ ๋ชจ๋“  Linux ๋ฐ์Šคํฌํƒ‘์—์„œ ์ง์ ‘ Windows ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ์„ ์‹คํ–‰ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” ์˜คํ”ˆ ์†Œ์Šค Windows ํ˜ธํ™˜์„ฑ ๊ณ„์ธต์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ๋ณธ์งˆ์ ์œผ๋กœ Wine์€ Windows๊ฐ€ ํ•„์š”ํ•˜์ง€ ์•Š๊ณ  ๋ชจ๋“  Windows ์‘์šฉ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ์„ ์‹คํ–‰ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋„๋ก Windows๋ฅผ ์ฒ˜์Œ๋ถ€ํ„ฐ ์ถฉ๋ถ„ํžˆ ๋‹ค์‹œ ๊ตฌํ˜„ํ•˜๋ ค๊ณ  ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

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BRIG๋Š” ๊ฒŒ๋†ˆ ์–ด์…ˆ๋ธ”๋ฆฌ ๋ฐ์ดํ„ฐ ์ฒ˜๋ฆฌ์— ์ค‘์ ์„ ๋‘๊ณ  ๋งŽ์€ ๊ฒŒ๋†ˆ ๊ฐ„์˜ ์ˆœํ™˜ ๋น„๊ต๋ฅผ ํ‘œ์‹œํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” ํฌ๋กœ์Šค ํ”Œ๋žซํผ(Windows/Mac/Unix) ์‘์šฉ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.

BRIG๊ฐ€ ์ถœํŒ๋ฌผ์˜ ์ˆ˜์น˜๋ฅผ ์ƒ์„ฑํ•˜๋Š” ๋ฐ ์‚ฌ์šฉ๋˜๋Š” ๊ฒฝ์šฐ BRIG ๋…ผ๋ฌธ์„ ์ธ์šฉํ•˜์‹ญ์‹œ์˜ค: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator(BRIG): ๋‹จ์ˆœ ์›ํ•ต์ƒ๋ฌผ ๊ฒŒ๋†ˆ ๋น„๊ต, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423

ํŠน์ง•

  • ์ด๋ฏธ์ง€๋Š” ์ค‘์‹ฌ ์ฐธ์กฐ ์‹œํ€€์Šค์™€ ๋‹ค๋ฅธ ์‹œํ€€์Šค ๊ฐ„์˜ ์œ ์‚ฌ์„ฑ์„ ๋™์‹ฌ์› ๊ณ ๋ฆฌ๋กœ ๋ณด์—ฌ์ค๋‹ˆ๋‹ค.
  • BRIG๋Š” ๊ฐ„๋‹จํ•œ GUI๋ฅผ ํ†ตํ•ด ๋ชจ๋“  BLAST ๋น„๊ต ๋ฐ โ€‹โ€‹ํŒŒ์ผ ๊ตฌ๋ฌธ ๋ถ„์„์„ ์ž๋™์œผ๋กœ ์ˆ˜ํ–‰ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
  • ์ดˆ์•ˆ ๊ฒŒ๋†ˆ์— ๋Œ€ํ•ด Contig ๊ฒฝ๊ณ„ ๋ฐ ์ฝ๊ธฐ ๋ฒ”์œ„๋ฅผ ํ‘œ์‹œํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค. ์‚ฌ์šฉ์ž ์ •์˜ ๊ทธ๋ž˜ํ”„ ๋ฐ ์ฃผ์„์„ ํ‘œ์‹œํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
  • ์‚ฌ์šฉ์ž ์ •์˜ ์œ ์ „์ž ์„ธํŠธ๋ฅผ ์ž…๋ ฅ์œผ๋กœ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ BRIG๋Š” ์™„์ „ํ•œ ๊ฒŒ๋†ˆ ์„ธํŠธ, ์ดˆ์•ˆ ๊ฒŒ๋†ˆ ๋˜๋Š” ์กฐ๋ฆฝ๋˜์ง€ ์•Š์€ ์›์‹œ ์„œ์—ด ๋ฐ์ดํ„ฐ์—์„œ ์œ ์ „์ž ์กด์žฌ, ๋ถ€์žฌ, ์ ˆ๋‹จ ๋˜๋Š” ์„œ์—ด ๋ณ€์ด๋ฅผ ํ‘œ์‹œํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
  • BRIG๋Š” ๋˜ํ•œ ์—ฌ๋Ÿฌ ์ƒ˜ํ”Œ์˜ ์กฐ๋ฆฝ๋˜์ง€ ์•Š์€ ์‹œํ€€์Šค ๋ฐ์ดํ„ฐ์— ์žˆ๋Š” ๊ฒŒ๋†ˆ ์˜์—ญ์„ ๋™์‹œ์— ๋น„๊ตํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋„๋ก ํ•˜๋Š” SAM ํ˜•์‹ ์ฝ๊ธฐ ๋งคํ•‘ ํŒŒ์ผ์„ ํ—ˆ์šฉํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.


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Windows ๋ฐ Linux ์•ฑ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ

Linux ๋ช…๋ น

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  • 3
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