ABYSS - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

ABYSS - ປະກອບການອ່ານສັ້ນໆເຂົ້າໄປໃນ contigs

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ABYSS [ທາງເລືອກ] ... ເອກະສານ...

ລາຍລະອຽດ

ປະກອບໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນທັງໝົດ, FILE, ເຊິ່ງອາດຈະຢູ່ໃນ FASTA, FASTQ, qseq, ສົ່ງອອກ, SRA, SAM ຫຼື
ຮູບແບບ BAM ແລະອາດຈະຖືກບີບອັດດ້ວຍ gz, bz2 ຫຼື xz ແລະອາດຈະຖືກ tarred.

ຜູ້​ໃຊ້​ທີ່​ຕ້ອງ​ການ​ທີ່​ຈະ​ດໍາ​ເນີນ​ການ​ການ​ປະ​ກອບ​ຢ່າງ​ເຕັມ​ທີ່​ກັບ ABySS ແມ່ນ​ແນະ​ນໍາ​ໃຫ້​ນໍາ​ໃຊ້ abyss-pe ເປັນ​ຂອງ​ເຂົາ​ເຈົ້າ​
ຈຸດເຂົ້າແທນທີ່ຈະເປັນໂຄງການ ABYSS. abyss-pe ແມ່ນ Makefile ທີ່ປະສານງານຫຼາຍຢ່າງ
ຂອງເຄື່ອງມື ABySS (ລວມທັງ ABYSS) ເພື່ອດໍາເນີນການທໍ່ປະກອບ ABySS ເຕັມ.
abyss-pe ແມ່ນສາມາດເຮັດຫຼາຍຢ່າງທີ່ ABYSS ບໍ່ແມ່ນ, ເຊັ່ນ: ການໃຊ້ປະໂຫຍດ
ຂໍ້​ມູນ​ໄລ​ຍະ​ທີ່​ສະ​ຫນອງ​ໃຫ້​ໂດຍ​ການ​ອ່ານ​ທ້າຍ​ຄູ່​ແລະ​ຄູ່​ຄູ່​ການ​ອ່ານ​.

--ພົມມະຈັນ
ຍົກເລີກການອ່ານທີ່ບໍ່ສະອາດ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ]

--ບໍ່ມີພົມມະຈັນ
ຢ່າປະຖິ້ມການອ່ານທີ່ບໍ່ມີປະໂຫຍດ

--trim-mask
ຕັດຖານທີ່ເຮັດດ້ວຍຜ້າອັດດັງອອກຈາກຈຸດສິ້ນສຸດຂອງການອ່ານ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ]

--no-trim-mask
ຢ່າຕັດຖານທີ່ເຮັດດ້ວຍຫນ້າກາກອອກຈາກປາຍຂອງອ່ານ

-q, -- ຕັດ​ຄຸນ​ນະ​ພາບ​=ເກນ
ຕັດຖານຈາກທ້າຍຂອງເຄື່ອງອ່ານທີ່ມີຄຸນນະພາບຕໍ່າກວ່າເກນ

-Q, -- ຫນ້າກາກຄຸນນະພາບ=ເກນ
ເຮັດໜ້າກາກພື້ນຖານທັງໝົດໃນການອ່ານທີ່ມີຄຸນນະພາບໜ້ອຍກວ່າເກນ

-- ຄຸນ​ນະ​ພາບ​ມາດ​ຕະ​ຖານ​
ຄຸນນະພາບສູນແມ່ນ `!' (33)
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງໄຟລ໌ FASTQ ແລະ SAM

-- ຄຸນ​ນະ​ພາບ illumina​
ຄຸນນະພາບສູນແມ່ນ `@' (64)
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບ qseq ແລະໄຟລ໌ສົ່ງອອກ

-o, --ອອກ=ເອກະສານ
ຂຽນ contigs ໃສ່ FILE

-k, --kmer=KMER_SIZE
k-mer ຂະຫນາດ

-t, --trim-ຍາວ=TRIM_LENGTH
ຄວາມຍາວສູງສຸດຂອງຂອບ dangling ກັບ trim

-c, -- ການຄຸ້ມຄອງ=COVERAGE
ເອົາ contigs ທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງສະເລ່ຍ k-mer ຫນ້ອຍກວ່າເກນນີ້

-b, -- ຟອງ=N
ຟອງປັອບສັ້ນກວ່າ N bp (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 3*k).

-b0, -- ບໍ່ມີຟອງ
ບໍ່​ມີ​ຟອງ​

-e, -- ເຊາະເຈື່ອນ=COVERAGE
ການເຊາະເຈື່ອນຂອງຖານຢູ່ປາຍຂອງ contigs blunt ທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງຫນ້ອຍກວ່າຂອບເຂດນີ້

-E, --erode-strand=COVERAGE
ການເຊາະເຈື່ອນຂອງຖານຢູ່ປາຍຂອງ contigs blunt ທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງຫນ້ອຍກວ່າຂອບເຂດນີ້
ບໍ່ວ່າສາຍ

--coverage-hist=ເອກະສານ
ບັນທຶກ k-mer coverage histogram ໃນ FILE

-g, --ກຣາຟ=ເອກະສານ
ສ້າງກຣາຟໃນຮູບແບບຈຸດ

-s, --snp=ເອກະສານ
ບັນທຶກຟອງທີ່ປາກົດຢູ່ໃນ FILE

-v, -- verbose
ສະແດງຜົນຜະລິດ verbose

- ຊ່ວຍ ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ແລະອອກ

- ການປ່ຽນແປງ
ຜົນຜະລິດສະບັບຂໍ້ມູນແລະອອກ

ໃຊ້ ABYSS ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net