babel - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

babel, obabel — ຕົວ​ປ່ຽນ​ໄຟລ​໌​ຂໍ້​ມູນ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ເຄ​ມີ​ສາດ​ແລະ​ໂມ​ເລ​ກຸນ​

ສະຫຼຸບສັງລວມ

babel [-H ທາງ​ເລືອກ​ການ​ຊ່ວຍ​ເຫຼືອ​]
babel [OPTIONS] [-i ປະເພດປ້ອນຂໍ້ມູນ] infile [-o ປະເພດຜົນຜະລິດ] outfile

obabel [-H ທາງ​ເລືອກ​ການ​ຊ່ວຍ​ເຫຼືອ​]
obabel [OPTIONS] [-i ປະເພດປ້ອນຂໍ້ມູນ | -: "ຮອຍຍິ້ມ"] infile [-o ປະເພດຜົນຜະລິດ] -O outfile

ລາຍລະອຽດ

babel ເປັນໂຄງການຂ້າມເວທີທີ່ອອກແບບມາເພື່ອ interconvert ລະຫວ່າງຫຼາຍຮູບແບບໄຟລ໌ທີ່ໃຊ້ໃນ
ການສ້າງແບບຈຳລອງໂມເລກຸນ ແລະ ເຄມີຄຳນວນ ແລະ ຂົງເຂດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ.

obabel ແລະ babel ແຕກຕ່າງກັນເລັກນ້ອຍ. ທໍາອິດແມ່ນໃກ້ຊິດກັບສົນທິສັນຍາ Unix ປົກກະຕິ
ສໍາລັບໂຄງການຄໍາສັ່ງແລະມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຫຼາຍເມື່ອຜູ້ໃຊ້ຕ້ອງການກໍານົດຄ່າພາລາມິເຕີ
ກ່ຽວກັບທາງເລືອກ. ກັບ babel ນີ້ພຽງແຕ່ເຮັດວຽກໃນເວລາທີ່ທາງເລືອກແມ່ນສຸດທ້າຍໃນເສັ້ນ; ກັບ obabel
ບໍ່ມີຂໍ້ຈຳກັດດັ່ງກ່າວນຳໃຊ້. ມັນມີທາງລັດສໍາລັບການປ້ອນ SMILES strings, ເຊິ່ງ
ສາມາດໃຊ້ແທນໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນໄດ້.

Open Babel ຍັງເປັນຊຸດເຄື່ອງມືການຂຽນໂປລແກລມທີ່ສົມບູນສໍາລັບການພັດທະນາຊອບແວເຄມີ. ສໍາລັບ
ຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ, ເບິ່ງໜ້າເວັບ Open Babelhttp://openbabel.org/>.

OPTIONS

ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ພຽງ​ແຕ່​ການ​ປ້ອນ​ແລະ​ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ແມ່ນ​ໄດ້​ຮັບ​, Open Babel ຈະ​ເດົາ​ປະ​ເພດ​ໄຟລ​໌​ຈາກ​
ການຂະຫຍາຍຊື່ໄຟລ໌.

-: "ຮອຍຍິ້ມ"
ໃສ່ສະຕຣິງ SMILES ແລະໃຊ້ມັນແທນໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ. ສະຕຣິງ SMILES ຄວນເປັນ
ຫຸ້ມຢູ່ໃນເຄື່ອງໝາຍວົງຢືມ. ສາມາດໃຊ້ຫຼາຍກວ່າຫນຶ່ງ, ແລະຫົວຂໍ້ໂມເລກຸນສາມາດເປັນ
ລວມໄປເຖິງຖ້າຢູ່ໃນວົງຢືມ.

-a ທາງເລືອກໃນການ
ຕົວເລືອກການປ້ອນຂໍ້ມູນສະເພາະຮູບແບບ. ເບິ່ງ -H format-ID ສໍາລັບທາງເລືອກທີ່ອະນຸຍາດໂດຍສະເພາະໃດຫນຶ່ງ
ຮູບແບບ

--addtotitle
ຕື່ມຂໍ້ຄວາມໃສ່ຊື່ໂມເລກຸນປັດຈຸບັນ

-- ຕື່ມສູດ
ຕື່ມໃສ່ສູດໂມເລກຸນຫຼັງຈາກຊື່ໂມເລກຸນປັດຈຸບັນ

-b ປ່ຽນພັນທະບັດເດີມ: ຕົວຢ່າງ: [N+]([O-])=O ເປັນ N(=O)=O

-c ຈຸດສູນກາງຂອງພິກັດອາຕອມຢູ່ທີ່ (0,0,0)

-C ສົມທົບໂມເລກຸນໃນໄຟລ໌ທໍາອິດກັບຄົນອື່ນທີ່ມີຊື່ດຽວກັນ

-e ສືບຕໍ່ຫຼັງຈາກຄວາມຜິດພາດ

-d ລົບໄຮໂດເຈນ

--- ລະ​ດັບ​ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​ 2
ກັ່ນຕອງລະດັບຄວາມຜິດພາດ ແລະຄຳເຕືອນທີ່ສະແດງ:
1 = ຄວາມຜິດພາດທີ່ສໍາຄັນເທົ່ານັ້ນ
2 = ລວມ​ເຖິງ​ການ​ເຕືອນ​ໄພ​ເຊັ່ນ​ດຽວ​ກັນ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​)
3 = ປະກອບມີຂໍ້ຄວາມຂໍ້ມູນຂ່າວສານເກີນໄປ
4 = ປະກອບມີ "ບັນທຶກການກວດສອບ" ຂໍ້ຄວາມຂອງການປ່ຽນແປງຂໍ້ມູນ
5 = ປະກອບມີຂໍ້ຄວາມ debugging ຄືກັນ

-f # ສຳລັບການປ້ອນເຂົ້າຫຼາຍອັນ, ໃຫ້ເລີ່ມການນຳເຂົ້າດ້ວຍໂມເລກຸນ # ເປັນລາຍການທຳອິດ

-F ສົ່ງອອກປະເພດລາຍນິ້ວມືທີ່ມີຢູ່

-h ເພີ່ມໄຮໂດເຈນ

-H ຂໍ້ມູນການນໍາໃຊ້ຜົນຜະລິດ

-H format-ID
ຂໍ້​ມູນ​ຮູບ​ແບບ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ແລະ​ທາງ​ເລືອກ​ສໍາ​ລັບ​ຮູບ​ແບບ​ທີ່​ລະ​ບຸ​ໄວ້​

- ຫ້ອງໂຖງ
ຂໍ້ມູນການຈັດຮູບແບບຜົນຜະລິດແລະທາງເລືອກສໍາລັບທຸກຮູບແບບ

-i
ລະບຸຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ, ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບຮູບແບບທີ່ມີຢູ່

-j

--ເຂົ້າຮ່ວມ
ເຂົ້າຮ່ວມໂມເລກຸນຂາເຂົ້າທັງໝົດເຂົ້າໃນການປ້ອນໂມເລກຸນຜົນຜະລິດອັນດຽວ

-k ແປຄຳອະທິບາຍກັບຄືນເປັນ ອັງກິດ (ສະຫະລັດ) ແປພາສາ Computational chemistry modeling keywords (eg, GAMESS and Gaussian)

-m ຜະລິດໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຫຼາຍ, ເພື່ອອະນຸຍາດໃຫ້:
- ການແຍກໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຫນຶ່ງ - ເອົາແຕ່ລະໂມເລກຸນເຂົ້າໄປໃນຕົວເລກຕິດຕໍ່ກັນ
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ
- ການແປງ batch - ແປງແຕ່ລະໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຫຼາຍເຂົ້າໄປໃນທີ່ກໍານົດໄວ້
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ

-l # ສຳລັບການປ້ອນເຂົ້າຫຼາຍອັນ, ໃຫ້ຢຸດການນຳເຂົ້າດ້ວຍໂມເລກຸນ # ເປັນລາຍການສຸດທ້າຍ

-o format-ID
ກໍານົດຮູບແບບຜົນຜະລິດ, ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບຮູບແບບທີ່ມີຢູ່

-O outfile
ລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ຕົວເລືອກນີ້ໃຊ້ກັບ obabel ເທົ່ານັ້ນ.

-p ເພີ່ມ Hydrogens ທີ່ເຫມາະສົມສໍາລັບ pH (ໃຊ້ການຫັນປ່ຽນໃນ phmodel.txt)

--ຄຸນ​ສົມ​ບັດ
ເພີ່ມ ຫຼືປ່ຽນຊັບສິນ (ເຊັ່ນ: ໃນໄຟລ໌ MDL SD)

-s ອັດສະລິຍະ
ປ່ຽນໂມເລກຸນທີ່ກົງກັບຮູບແບບ SMARTS ທີ່ລະບຸໄວ້ເທົ່ານັ້ນ

-- ແຍກ
ແຍກຊິ້ນສ່ວນທີ່ຖືກຕັດອອກເປັນບັນທຶກໂມເລກຸນແຕ່ລະຄົນ

-t ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນທັງໝົດອະທິບາຍໂມເລກຸນດຽວ

--ຫົວຂໍ້ ຫົວຂໍ້
ເພີ່ມ ຫຼືປ່ຽນຊື່ໂມເລກຸນ

-x ທາງເລືອກໃນການ
ຕົວເລືອກຜົນຜະລິດຮູບແບບສະເພາະ. ເບິ່ງ -H format-ID ສໍາລັບທາງເລືອກທີ່ອະນຸຍາດໂດຍສະເພາະໃດຫນຶ່ງ
ຮູບແບບ

-v ອັດສະລິຍະ
ແປງພຽງແຕ່ໂມເລກຸນ ບໍ່ ການຈັບຄູ່ຮູບແບບ SMARTS ທີ່ລະບຸໄວ້

-V ຕົວເລກສະບັບອອກແລະອອກ

-z ບີບອັດຜົນຜະລິດດ້ວຍ gzip

ເອກະສານ ຮູບແບບ

ຮູບແບບຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນໄດ້ຮັບການສະຫນັບສະຫນູນໂດຍ Open Babel:
ar -- Carine ASCI Crystal
alc -- ຮູບແບບການຜັນແປ
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II ຮູບແບບ CAR [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
bgf -- ຮູບແບບ MSI BGF
box -- Dock 3.5 ຮູບແບບກ່ອງ
bs -- ຮູບແບບບານ ແລະສະຕິກ
c3d1 -- ຮູບແບບ Chem3D Cartesian 1
c3d2 -- ຮູບແບບ Chem3D Cartesian 2
caccrt -- ຮູບແບບ Cacao Cartesian
cache -- ຮູບແບບ CACche MolStruct [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
cacint -- Cacao ຮູບແບບພາຍໃນ [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
ສາມາດ -- ຮູບແບບ Canonical SMILES
ລົດ -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II ຮູບແບບ CAR [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
ccc -- ຮູບແບບ CCC [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
cdx -- ຮູບແບບຖານສອງ ChemDraw [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
cdxml -- ຮູບແບບ ChemDraw CDXML
cht -- ຮູບແບບ Chemtool [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
cif -- ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນ crystallographic
cml -- ພາສາ Markup ເຄມີ
cmlr -- ຮູບແບບປະຕິກິລິຍາ CML
com -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
ສຳເນົາ -- ສຳເນົາຂໍ້ຄວາມດິບ [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
crk2d -- ຮູບແບບແຜນວາດ 2D ຊຸດຊັບພະຍາກອນເຄມີ
crk3d -- ຮູບແບບ 3D ຊຸດຊັບພະຍາກອນເຄມີ
csr -- Accelrys/MSI Quanta ຮູບແບບ CSR [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
cssr -- ຮູບແບບ CSD CSSR [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
ct -- ຮູບແບບຕາຕະລາງການເຊື່ອມຕໍ່ ChemDraw
dmol -- DMol3 ຮູບແບບພິກັດ
ent -- ຮູບແບບ Protein Data Bank
fa -- ຮູບແບບ FASTA [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
fasta -- ຮູບແບບ FASTA [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
fch -- ຮູບ​ແບບ​ໄຟລ​໌​ຈຸດ​ກວດ​ສອບ Gaussian [ອ່ານ​ເທົ່າ​ນັ້ນ​]
fchk -- ຮູບ​ແບບ​ໄຟລ​໌​ຈຸດ​ກວດ​ສອບ Gaussian [ອ່ານ​ເທົ່າ​ນັ້ນ​]
fck -- ຮູບ​ແບບ​ໄຟລ​໌ checkpoint Gaussian [ອ່ານ​ເທົ່າ​ນັ້ນ​]
feat -- ຮູບແບບຄຸນສົມບັດ
fh -- ຮູບແບບ Fenske-Hall Z-Matrix [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
ແກ້ໄຂ -- ຮູບແບບ SMILES FIX [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
fpt -- ຮູບແບບລາຍນິ້ວມື [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
fract -- ຮູບແບບ Fractional ຟຣີ
fs -- ເປີດຖານຂໍ້ມູນ Babel FastSearching
fsa -- ຮູບແບບ FASTA [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
g03 -- ຜົນຜະລິດ Gaussian 98/03 [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
g98 -- ຜົນຜະລິດ Gaussian 98/03 [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
ເກມ -- GAMESS Output [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
gamin -- GAMESS Input [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
gamout -- GAMESS Output [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
gau -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
gjc -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
gjf -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
gpr -- ຮູບແບບ Ghemical
gr96 -- ຮູບແບບ GROMOS96 [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
hin -- ຮູບແບບ HyperChem HIN
inchi -- IUPAC InChI [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
inp -- GAMESS Input [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
ins -- ຮູບແບບ ShelX [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
jin -- ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ Jaguar [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
jout -- ຮູບແບບຜົນຜະລິດຂອງ Jaguar [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
mdl -- ຮູບແບບ MDL MOL
mmd -- ຮູບແບບ MacroModel
mmod -- ຮູບແບບ MacroModel
mol -- ຮູບແບບ MDL MOL
mol2 -- ຮູບແບບ Sybyl Mol2
molreport -- ເປີດບົດລາຍງານໂມເລກຸນ Babel [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
moo -- ຮູບແບບຜົນຜະລິດ MOPAC [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
mop -- ຮູບແບບ MOPAC Cartesian
mopcrt -- ຮູບແບບ MOPAC Cartesian
mopin -- MOPAC ພາຍໃນ
mopout -- ຮູບແບບຜົນຜະລິດ MOPAC [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
mpc -- ຮູບແບບ MOPAC Cartesian
mpd -- ຮູບແບບຕົວອະທິບາຍ Sybyl [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
mpqc -- ຮູບແບບຜົນຜະລິດ MPQC [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
mpqcin -- ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນແບບງ່າຍ MPQC [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
nw -- ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ NWChem [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
nwo -- ຮູບແບບຜົນຜະລິດ NWChem [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
pc -- ຮູບແບບ PubChem [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
pcm -- ຮູບແບບ PCModel
pdb -- ຮູບແບບ Protein Data Bank
pov -- ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ POV-Ray [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
pqs -- ຮູບແບບການແກ້ໄຂ Quantum ຂະຫນານ
prep -- Amber Prep format [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
qcin -- ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ Q-Chem [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
qcout -- ຮູບແບບຜົນຜະລິດ Q-Chem [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
ບົດລາຍງານ -- ເປີດຮູບແບບບົດລາຍງານ Babel [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
res -- ຮູບແບບ ShelX [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
rxn -- ຮູບແບບ MDL RXN
sd -- ຮູບແບບ MDL MOL
sdf -- ຮູບແບບ MDL MOL
smi -- ຮູບແບບ SMILES
sy2 -- ຮູບແບບ Sybyl Mol2
tdd -- ຮູບແບບຄວາມຮ້ອນ
ການທົດສອບ -- ຮູບແບບການທົດສອບ [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
Therm -- ຮູບແບບຄວາມຮ້ອນ
tmol -- ຮູບແບບການປະສານງານ TurboMole
txyz -- ຮູບແບບ Tinker MM2 [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
unixyz -- ຮູບແບບ UniChem XYZ
vmol -- ຮູບແບບ ViewMol
xed -- ຮູບແບບ XED [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]
xml -- ຮູບແບບ XML ທົ່ວໄປ [ອ່ານເທົ່ານັ້ນ]
xyz -- ຮູບແບບພິກັດ XYZ cartesian
yob -- YASARA.org ຮູບແບບ YOB
zin -- ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ ZINDO [ຂຽນເທົ່ານັ້ນ]

ຮູບແບບ OPTIONS

ຮູບແບບໄຟລ໌ສ່ວນບຸກຄົນອາດມີທາງເລືອກການຈັດຮູບແບບເພີ່ມເຕີມ.

ຕົວເລືອກຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນນຳໜ້າດ້ວຍ 'a', ຕົວຢ່າງ -as

ຕົວເລືອກຮູບແບບຜົນຜະລິດແມ່ນນຳໜ້າດ້ວຍ 'x', ຕົວຢ່າງ -xn

ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ ແລະທາງເລືອກ, ໃຊ້ -H
ຕົວຢ່າງ, -Hcml

ຕົວຢ່າງ

ການ​ປ່ຽນ​ແປງ​ມາດ​ຕະ​ຖານ​:
babel -ixyz ethanol.xyz -opdb ethanol.pdb
ການປ່ຽນຈາກໄຟລ໌ SMI ໃນ STDIN ເປັນໄຟລ໌ Mol2 ທີ່ຂຽນເປັນ STDOUT:
babel -ismi -omol2
ແຍກໄຟລ໌ຫຼາຍໂມເລກຸນອອກເປັນ new1.smi, new2.smi, ແລະອື່ນໆ:
babel infile.mol new.smi -m

ໃຊ້ babel ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net