bowtie-build - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

bowtie-build - ການສ້າງດັດຊະນີ colorspace ສໍາລັບ bowtie

ສະຫຼຸບສັງລວມ

bowtie-ສ້າງ [ທາງເລືອກໃນການ]*

ລາຍລະອຽດ

reference_in
ລາຍຊື່ໄຟລ໌ທີ່ຂັ້ນດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດທີ່ມີລໍາດັບອ້າງອີງ

ebwt_outfile_base
ຂຽນຂໍ້ມູນ Ebwt ໃສ່ໄຟລ໌ທີ່ມີ dir/basename ນີ້

OPTIONS

-f ໄຟລ໌ອ້າງອີງແມ່ນ Fasta (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-c ລໍາດັບການອ້າງອີງທີ່ໃຫ້ຢູ່ໃນເສັ້ນ cmd (ເປັນ )

--ດັດຊະນີໃຫຍ່
ບັງຄັບໃຫ້ດັດຊະນີທີ່ຜະລິດເປັນ 'ຂະຫນາດໃຫຍ່', ເຖິງແມ່ນວ່າ ref ມີຫນ້ອຍກວ່າ 4 ຕື້
nucleotides

-C// ສີ
ສ້າງດັດຊະນີ colorspace

-a// noauto
ປິດການໃຊ້ງານອັດຕະໂນມັດ -p//-bmax/--dcv memory-fitting

-p// ບັນຈຸ
ໃຊ້ສາຍພັນພາຍໃນ; ຊ້າລົງ, ໃຊ້ mem ໜ້ອຍລົງ

--bmax
max bucket sz ສໍາລັບຕົວສ້າງ suffix-array blockwise

--bmaxdivn
max bucket sz ເປັນຕົວຫານຂອງ ref len (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 4)

--dcv
diff-cover period for blockwise (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1024)

--nodc ປິດ​ການ​ໃຊ້​ງານ diff-cover (ສູດ​ການ​ຄິດ​ໄລ່​ກາຍ​ເປັນ​ສີ່​ແຈ​)

-r//-noref
ບໍ່ສ້າງ .3/.4.ebwt (packed reference) ສ່ວນ

-3// ພຽງແຕ່ref
ພຽງແຕ່ສ້າງ .3/.4.ebwt (packed reference) ສ່ວນ

-o// offrate
SA ແມ່ນຕົວຢ່າງທຸກໆ 2^offRate BWT chars (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5)

-t// ftabchars
# ຂອງຕົວອັກສອນທີ່ບໍລິໂພກໃນການຄົ້ນຫາເບື້ອງຕົ້ນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10)

-- ອັນ ປ່ຽນ Ns ໃນການອ້າງອີງເຖິງ As

-- ແກ່ນ
ແກ່ນ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຜະ​ລິດ​ຈໍາ​ນວນ Random​

-q// ງຽບ
ຜົນຜະລິດ verbose (ສໍາລັບການ debugging)

-h// ຊ່ວຍເຫຼືອ
ພິມລາຍລະອຽດຂອງເຄື່ອງມື ແລະທາງເລືອກຂອງມັນ

-- ການ​ນໍາ​ໃຊ້​
ພິມຂໍ້ຄວາມການນໍາໃຊ້ນີ້

- ການປ່ຽນແປງ
ພິມຂໍ້ມູນສະບັບແລະອອກ

64-bit Built on lgw01-11 Thu Nov 26 11:11:03 UTC 2015 Compiler: gcc version 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) ທາງເລືອກ: -O3 -ວ,--hash-style=ທັງສອງ -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-strong -Wformat - ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​=ຄວາມ​ປອດ​ໄພ​ຮູບ​ແບບ​ -g -O2 -fstack-protector-strong
-Wformat - ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​=ຄວາມ​ປອດ​ໄພ​ຮູບ​ແບບ​ -ວ,-Bsymbolic-functions -ວ,-z,relro ຂະໜາດຂອງ {int, long,
ຍາວ, void*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

ໃຊ້ bowtie-build ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net