ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ bowtie2-build ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
bowtie2-build - wrapper ສໍາລັບ bowtie2-build-*
ສະຫຼຸບສັງລວມ
bowtie2-build [ທາງເລືອກໃນການ]*
ລາຍລະອຽດ
Bowtie 2 ຮຸ່ນ 2.2.6 ໂດຍ Ben Langmead ([email protected], www.cs.jhu.edu/~langmea)
reference_in
ລາຍຊື່ໄຟລ໌ທີ່ຂັ້ນດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດທີ່ມີລໍາດັບອ້າງອີງ
bt2_index_base
ຂຽນຂໍ້ມູນ bt2 ໃສ່ໄຟລ໌ທີ່ມີ dir / basename ນີ້
*** ດັດສະນີ Bowtie 2 ເຮັດວຽກພຽງແຕ່ກັບ v2 (ບໍ່ແມ່ນ v1). ເຊັ່ນດຽວກັນສໍາລັບດັດຊະນີ v1. ***
OPTIONS
-f ໄຟລ໌ອ້າງອີງແມ່ນ Fasta (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-c ລໍາດັບການອ້າງອີງທີ່ໃຫ້ຢູ່ໃນເສັ້ນ cmd (ເປັນ )
--ດັດຊະນີໃຫຍ່
ບັງຄັບໃຫ້ດັດຊະນີທີ່ຜະລິດເປັນ 'ຂະຫນາດໃຫຍ່', ເຖິງແມ່ນວ່າ ref ມີຫນ້ອຍກວ່າ 4 ຕື້
nucleotides
-a// noauto
ປິດການໃຊ້ງານອັດຕະໂນມັດ -p//-bmax/--dcv memory-fitting
-p// ບັນຈຸ
ໃຊ້ສາຍພັນພາຍໃນ; ຊ້າລົງ, ຄວາມຈໍາຫນ້ອຍ
--bmax
max bucket sz ສໍາລັບຕົວສ້າງ suffix-array blockwise
--bmaxdivn
max bucket sz ເປັນຕົວຫານຂອງ ref len (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 4)
--dcv
diff-cover period for blockwise (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1024)
--nodc ປິດການໃຊ້ງານ diff-cover (ສູດການຄິດໄລ່ກາຍເປັນສີ່ແຈ)
-r//-noref
ບໍ່ສ້າງໄຟລ໌ດັດສະນີ .3/.4
-3// ພຽງແຕ່ref
ພຽງແຕ່ສ້າງໄຟລ໌ດັດສະນີ .3/.4
-o// offrate
SA ແມ່ນຕົວຢ່າງທຸກໆ 2^ ຕົວອັກສອນ BWT (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5)
-t// ftabchars
# ຂອງຕົວອັກສອນທີ່ບໍລິໂພກໃນການຄົ້ນຫາເບື້ອງຕົ້ນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10)
-- ແກ່ນ
ແກ່ນສໍາລັບການຜະລິດຈໍານວນ Random
-q// ງຽບ
ຜົນຜະລິດ verbose (ສໍາລັບການ debugging)
-h// ຊ່ວຍເຫຼືອ
ພິມລາຍລະອຽດຂອງເຄື່ອງມື ແລະທາງເລືອກຂອງມັນ
-- ການນໍາໃຊ້
ພິມຂໍ້ຄວາມການນໍາໃຊ້ນີ້
- ການປ່ຽນແປງ
ພິມຂໍ້ມູນສະບັບແລະອອກ
ໃຊ້ bowtie2-build ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
