ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ bp_fetchp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
bp_fetch.pl - fetches sequences from bioperl indexed databases
ສະຫຼຸບສັງລວມ
bp_fetch.pl ສະວິດ:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ສຸດທິ::genbank:JX295726
bp_fetch.pl ສຸດທິ::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG ສະວິດ:ROA1_HUMAN
ລາຍລະອຽດ
ດຶງຂໍ້ມູນລໍາດັບໂດຍໃຊ້ລະບົບການເຂົ້າເຖິງ DB ໃນ Bioperl. ການນໍາໃຊ້ທົ່ວໄປທີ່ສຸດຂອງນີ້ແມ່ນ
ເພື່ອ bp_fetch ລໍາດັບຈາກດັດຊະນີ bioperl ທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍໃຊ້ bpindex.pl, ຫຼືເພື່ອດຶງຂໍ້ມູນລໍາດັບ.
ຈາກເວັບໄຊທ໌ NCBI
ຮູບແບບການດຶງຂໍ້ມູນລໍາດັບແມ່ນເຈດຕະນາຄືກັບຮູບແບບ GCG/EMBOSS ເຊັ່ນ:
ຕໍ່ໄປນີ້:
db: ຊື່
ມີທ່າແຮງຂອງການວາງຢູ່ໃນປະເພດຖານຂໍ້ມູນ 'meta', ເປັນ
meta::db:ຊື່
ຂໍ້ມູນ meta ສາມາດເປັນຫນຶ່ງໃນສາມປະເພດ
local - local indexed flat file database
net - networked http: ຖານຂໍ້ມູນທີ່ອີງໃສ່
ace - ຖານຂໍ້ມູນ ACEDB
ຂໍ້ມູນນີ້ເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 'ທ້ອງຖິ່ນ' ສໍາລັບຊື່ຖານຂໍ້ມູນທີ່ບໍ່ມີຂໍ້ມູນ meta db
OPTIONS
-fmt - ຮູບແບບຜົນຜະລິດ
Fasta (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), EMBL, Raw, swiss ຫຼື GCG
-acc - string ແມ່ນໝາຍເລກເຂົ້າ, ບໍ່ແມ່ນ
id
ທາງເລືອກພຽງແຕ່ສໍາລັບການນໍາໃຊ້ຜູ້ຊ່ຽວຊານ
- ດີ - ໄດເລກະທໍລີເພື່ອຊອກຫາໄຟລ໌ດັດສະນີ
(ແທນທີ່ຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ BIOPERL_INDEX)
- ປະເພດ - ປະເພດຂອງໄຟລ໌ DBM ທີ່ຈະເປີດ
(ແທນທີ່ຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ BIOPERL_INDEX_TYPE)
ENVIRONMENT
bp_index ແລະ bp_fetch ປະສານງານບ່ອນທີ່ຖານຂໍ້ມູນນອນໂດຍໃຊ້ຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ
BIOPERL_INDEX. ນີ້ສາມາດຖືກລົບລ້າງໂດຍໃຊ້ຕົວເລືອກ -dir. ປະເພດດັດຊະນີ (SDBM ຫຼື
DB_File ຫຼືໄຟລ໌ດັດຊະນີອື່ນ) ຖືກຄວບຄຸມໂດຍຕົວແປ BIOPERL_INDEX_TYPE. ນີ້
ເລີ່ມຕົ້ນເປັນ SDBM_File
ການ ນຳ ໃຊ້ IT ຕົວທ່ານເອງ
bp_fetch ເປັນ wrapper ປະມານໂມດູນ bioperl ທີ່ສະຫນັບສະຫນູນ Bio::DB::BioSeqI
ການໂຕ້ຕອບແບບບໍ່ມີຕົວຕົນ. ເຫຼົ່ານີ້ລວມມີ:
ລະຫັດຜູ້ຂຽນ
James Gilbert - Fasta indexer, Abstract indexer
Aaron Mackay - ການເຂົ້າເຖິງ GenBank ແລະ GenPept DB
Ewan Birney - ຕົວດັດສະນີ EMBL .dat
ຫຼາຍຄົນ - ລະຫັດ SeqIO
ໂມດູນເຫຼົ່ານີ້ສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້ໂດຍກົງ, ເຊິ່ງດີກວ່າການນໍາໃຊ້ script ນີ້ເປັນລະບົບ
ໂທຫຼືທໍ່ທີ່ຈະອ່ານຈາກ. ອ່ານລະຫັດແຫຼ່ງຂອງ bp_fetch ເພື່ອເບິ່ງວ່າມັນຖືກນໍາໃຊ້ແນວໃດ.
ຂະຫຍາຍ IT
bp_fetch ໃຊ້ຫຼາຍໆໂມດູນທີ່ແຕກຕ່າງກັນເພື່ອສະຫນອງການເຂົ້າເຖິງຖານຂໍ້ມູນ. ໂມດູນໃດນຶ່ງ
ເຊິ່ງສະໝັກໃຊ້ອິນເຕີເຟດ Bio::DB::BioSeqI ສາມາດນຳໃຊ້ໄດ້ທີ່ນີ້. ສໍາລັບໄຟລ໌ແປ
indexers, ນີ້ແມ່ນເຮັດໄດ້ດີທີ່ສຸດໂດຍການຂະຫຍາຍ Bio::Index::Abstract, as is done in
ຊີວະພາບ::ດັດຊະນີ::EMBL ແລະຊີວະພາບ::ດັດຊະນີ::Fasta. ສໍາລັບການເຂົ້າເຖິງຖານຂໍ້ມູນອື່ນໆ, ທ່ານຈະຕ້ອງ
ມ້ວນການໂຕ້ຕອບຂອງທ່ານເອງ.
ສໍາລັບຮູບແບບຜົນຜະລິດໃຫມ່, ທ່ານຈໍາເປັນຕ້ອງເພີ່ມໂມດູນ SeqIO ໃຫມ່. ສິ່ງທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດແມ່ນການເບິ່ງ
ຢູ່ທີ່ Bio::SeqIO::Fasta ແລະຊອກຫາວິທີການ hack ມັນສໍາລັບຮູບແບບຂອງທ່ານເອງ (ໂທຫາມັນບາງສິ່ງບາງຢ່າງ
ແຕກຕ່າງກັນຢ່າງຈະແຈ້ງ).
ການຕອບຮັບ
ທາງໄປສະນີ ລາຍການ
ຄວາມຄິດເຫັນຂອງຜູ້ໃຊ້ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງທີ່ສໍາຄັນຂອງການວິວັດທະນາການນີ້ແລະໂມດູນ Bioperl ອື່ນໆ. ສົ່ງ
ຄໍາເຫັນແລະຄໍາແນະນໍາຂອງທ່ານມັກກັບບັນຊີລາຍການທາງໄປສະນີ Bioperl. ການມີສ່ວນຮ່ວມຂອງທ່ານ
ໄດ້ຮັບການຍົກຍ້ອງຫຼາຍ.
[email protected] - ສົນທະນາທົ່ວໄປ
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - ກ່ຽວກັບລາຍຊື່ທາງໄປສະນີ
ການລາຍງານ ແມງໄມ້
ລາຍງານຂໍ້ບົກພ່ອງກັບລະບົບການຕິດຕາມແມງໄມ້ Bioperl ເພື່ອຊ່ວຍໃຫ້ພວກເຮົາຕິດຕາມແມງໄມ້ແລະພວກມັນ
ຄວາມລະອຽດ. ບົດລາຍງານ bug ສາມາດໄດ້ຮັບການສົ່ງຜ່ານເວັບໄຊຕ໌:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
ໃຊ້ bp_fetchp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
