ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ bp_mask_by_searchp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
bp_mask_by_search - ລໍາດັບຫນ້າກາກໂດຍອີງໃສ່ຜົນໄດ້ຮັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງຂອງມັນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
bp_mask_by_search.pl -f blast genomefile blastfile.bls > maskedgenome.fa
ລາຍລະອຽດ
ລໍາດັບຫນ້າກາກໂດຍອີງໃສ່ການຈັດລໍາດັບທີ່ສໍາຄັນຂອງລໍາດັບອື່ນ. ທ່ານຕ້ອງການສະຫນອງ
ເອກະສານລາຍງານ ແລະຂໍ້ມູນລຳດັບທັງໝົດທີ່ທ່ານຕ້ອງການປິດບັງ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນນີ້ຈະ
ສົມມຸດວ່າທ່ານໄດ້ເຮັດ TBLASTN (ຫຼື TFASTY) ແລະພະຍາຍາມແລະປິດບັງລໍາດັບການຕີໂດຍສົມມຸດວ່າ
ທ່ານໄດ້ສະຫນອງໄຟລ໌ລໍາດັບສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນ hit. ຖ້າທ່ານຕ້ອງການເຮັດ
ປີ້ນກັບກັນແລະປິດບັງລໍາດັບແບບສອບຖາມລະບຸທຸງຄໍາຖາມ -t/-type.
ນີ້ແມ່ນການອ່ານໃນໄຟລ໌ລໍາດັບທັງຫມົດເຂົ້າໄປໃນຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ, ດັ່ງນັ້ນສໍາລັບ genomes ຂະຫນາດໃຫຍ່ນີ້ອາດຈະ
ຕົກ. ຂ້ອຍກໍາລັງໃຊ້ DB_File ເພື່ອປ້ອງກັນບໍ່ໃຫ້ທຸກສິ່ງທຸກຢ່າງຢູ່ໃນຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ, ການແກ້ໄຂຫນຶ່ງແມ່ນເພື່ອ
ແຍກ genome ເປັນຕ່ອນ (ກ່ອນທີ່ທ່ານຈະດໍາເນີນການຄົ້ນຫາ DB, ເຖິງແມ່ນວ່າ, ທ່ານຕ້ອງການໃຊ້
ໄຟລ໌ທີ່ແນ່ນອນທີ່ທ່ານ BLASTed ກັບເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນກັບໂຄງການນີ້).
ຂ້າງລຸ່ມຕົວເລືອກ double dash (--) ແມ່ນມີຮູບແບບ --format=fasta ຫຼື --format fasta ຫຼືທ່ານ.
ພຽງແຕ່ສາມາດເວົ້າວ່າ -f fasta
ໂດຍ -f/--format ຂ້າພະເຈົ້າຫມາຍຄວາມວ່າບໍ່ວ່າຈະເປັນທາງເລືອກທີ່ຍອມຮັບ. The =s ຫຼື =n ຫຼື =c ລະບຸເຫຼົ່ານີ້
arguments ຄາດຫວັງວ່າ 'string'
ຕົວເລືອກ:
-f/--format=s ຮູບແບບບົດລາຍງານການຊອກຫາ (fasta, blast, axt, hmmer, ແລະອື່ນໆ)
-sf/--sformat=s ຮູບແບບລໍາດັບ (fasta, genbank, embl, swissprot)
--hardmask (booelean) Hard mask ລໍາດັບ
ກັບ maskchar [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຫນ້າກາກຕົວພິມນ້ອຍ]
--maskchar=c ລັກສະນະໜ້າກາກກັບ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ N], ປ່ຽນແປງ
ເຖິງ 'X' ສໍາລັບລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ
-e/--evalue=n ການຕັດການປະເມີນສໍາລັບ HSPs ແລະ Hits, ເທົ່ານັ້ນ
ລໍາດັບຫນ້າກາກຖ້າການຈັດຕໍາແຫນ່ງໄດ້ກໍານົດການປະເມີນ
ຫຼືດີກວ່າ
-o/--ອອກ/
--outfile=file ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດເພື່ອຊ່ວຍປະຢັດລໍາດັບຫນ້າກາກເປັນ.
-t/--type=s ຈັດຮຽງປະເພດ seq ທີ່ທ່ານຕ້ອງການເຮັດໜ້າກາກ, the
'ຕີ' ຫຼື 'ການສອບຖາມ' ລໍາດັບ. [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 'ຕີ']
--minlen=n ຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດຂອງ HSP ສໍາລັບມັນທີ່ຈະໃຊ້
ໃນຫນ້າກາກ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0]
-h/--help ເບິ່ງຂໍ້ມູນການຊ່ວຍເຫຼືອນີ້
ຜູ້ຂຽນ - Jason Stajich
Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org.
ໃຊ້ bp_mask_by_searchp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
