bp_search2alnblocksp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

bp_search2alnblocks - ປ່ຽນບົດລາຍງານທີ່ວິເຄາະໄດ້ SearchIO ເຂົ້າໄປໃນຊຸດຂອງບລັອກທີ່ສອດຄ່ອງກັນ.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue EVALUE ໄຟລ໌1.
blast file2.blast ...> out.fas

ລາຍລະອຽດ

ສະຄຣິບນີ້ຈະວິເຄາະ ແລະກັ່ນຕອງຜົນອອກຂອງ BLAST (ຫຼືຮູບແບບອື່ນໆ Bio::SearchIO ສາມາດວິເຄາະໄດ້)
ແລະຈັດຮູບແບບການຈັດລຽງເປັນຕັນຂອງການຈັດລຽງຕາມ HSPs. ໃຫ້ສັງເກດວ່ານີ້ສາມາດເຮັດໄດ້ເທົ່ານັ້ນ
ເຮັດ​ວຽກ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ໄຟລ​໌​ທີ່​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​ທີ່​ແຍກ​ຈາກ​ນັ້ນ​ມີ​ຄວາມ​ຈໍາ​ເປັນ​.

ໂດຍປົກກະຕິນີ້ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອປ່ຽນຜົນໄດ້ຮັບ BLAST ເຂົ້າໄປໃນຮູບແບບການຈັດລໍາດັບ FASTA ສໍາລັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ
ເຂົ້າໄປໃນຕົວຊອກຫາ gene ປຽບທຽບ QRNA ສໍາລັບ RNA genes (E.Rivas).

OPTIONS

--maxevalue ສູງສຸດ E-value ສໍາລັບ HSP
--minevalue ຕໍາ່ສຸດ E-value ສໍາລັບ HSP
--minlen ຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດຂອງ HSP [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0]
--maxid Maxid Percent Id [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 100]
(ເພື່ອ​ຊ່ວຍ​ລົບ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ໃກ້​ຊິດ​ແທ້​)
--minid ການລະບຸຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍຂັ້ນຕ່ຳສໍາລັບ HSP [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0]
-i/--input ຊື່​ໄຟລ​໌​ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​ທາງ​ເລືອກ (ຄາດ​ວ່າ​ຈະ​ໃສ່​ໃນ STDIN ໂດຍ​ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​)
-o/--output ຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ເປັນທາງເລືອກ (ສົ່ງອອກໄປຍັງ STDOUT ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-f/--format ລະບຸຮູບແບບການຈັດຮຽງການຊອກຫາທີ່ແຕກຕ່າງກັນ-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml} ແມ່ນອະນຸຍາດທັງໝົດ
ເຖິງແມ່ນວ່າຮູບແບບຈະຕ້ອງມີຄວາມສອດຄ່ອງຕົວຈິງ
ລໍາດັບສໍາລັບ script ນີ້ເຮັດວຽກ
ເບິ່ງ L ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ.
-of/--outformat ຮູບ​ແບບ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຕັນ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​, ຫຍັງ​
ລ ສະຫນັບສະຫນູນ.
-v/--verbose ເປີດການດີບັກ

ຜູ້ຂຽນ - Jason Stajich

Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org.

ໃຊ້ bp_search2alnblocksp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net