ChimeraSlayer - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

chimeraslayer - ກວດພົບ chimeras ທີ່ເປັນໄປໄດ້ໃນ PCR ຂະຫຍາຍ DNA

ລາຍລະອຽດ

ChimeraSlayer ເປັນ​ອຸ​ປະ​ກອນ​ການ​ຊອກ​ຫາ​ລໍາ​ດັບ chimeric​, ເຂົ້າ​ກັນ​ໄດ້​ກັບ​ຄວາມ​ຍາວ​ເກືອບ​ເຕັມ
ລໍາດັບ Sanger ແລະລໍາດັບ 454-FLX ສັ້ນກວ່າ (~500bp).

Chimera Slayer ກ່ຽວຂ້ອງກັບຊຸດຕໍ່ໄປນີ້ຂອງຂັ້ນຕອນທີ່ດໍາເນີນການເພື່ອທຸງ chimeric 16S
ລໍາດັບ rRNA:

1. ຈຸດຈົບຂອງລຳດັບການສອບຖາມແມ່ນຊອກຫາຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນລວມຂອງການອ້າງອີງ
ລຳດັບ 16S ທີ່ບໍ່ມີ chimera ເພື່ອລະບຸພໍ່ແມ່ທີ່ເປັນໄປໄດ້ຂອງ chimera

2. ພໍ່ແມ່ຜູ້ສະໝັກຂອງ chimera ໄດ້ຖືກຄັດເລືອກເປັນຜູ້ທີ່ປະກອບເປັນສາຂາທີ່ດີທີ່ສຸດ
ການຈັດລໍາດັບຄະແນນໄປຫາລໍາດັບແບບສອບຖາມທີ່ມີຮູບແບບ NAST

3. ການຈັດຮຽງ NAST ຂອງລໍາດັບການສອບຖາມໄດ້ຖືກປັບປຸງໃນໂປຣໄຟລ໌ 'chimera-aware'-
ການຈັດຮຽງ NAST ໂດຍອີງໃສ່ລໍາດັບຫຼັກອ້າງອີງທີ່ເລືອກ

4. ກອບການວິວັດທະນາການຖືກໃຊ້ເພື່ອຊີ້ບອກລໍາດັບການສອບຖາມທີ່ພົບເຫັນວ່າສະແດງໃຫ້ເຫັນຫຼາຍກວ່າ.
sequence homology ກັບ an in silico chimera ສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນລະຫວ່າງສອງອັນໃດນຶ່ງທີ່ເລືອກ
ລຳດັບພໍ່ແມ່ອ້າງອີງ.

ເພື່ອແລ່ນ Chimera Slayer, ທ່ານຕ້ອງການລໍາດັບທີ່ມີຮູບແບບ NAST ທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ nast-ier.
utility

ChimeraSlayer ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ microbiomeutil.

OPTIONS

ທີ່ກໍານົດໄວ້
--query_NAST
ໄຟລ໌ multi-fasta ທີ່ມີລໍາດັບຄໍາຖາມໃນຮູບແບບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ

ສາມັນ ທາງເລືອກໃນການ
--db_NAST
db ໃນຮູບແບບ NAST (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)

--db_FSTA
db ໃນຮູບແບບ fasta (megablast formatted) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)

-n ຈຳນວນຂອງລຳດັບຖານຂໍ້ມູນທີ່ກົງກັນສູງສຸດເພື່ອປຽບທຽບກັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 15)

-R ອັດຕາສ່ວນຄວາມແຕກຕ່າງຂັ້ນຕໍ່າສຸດເລີ່ມຕົ້ນ: 1.007

-P ຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍຕໍ່າສຸດລະຫວ່າງລໍາດັບທີ່ກົງກັນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 90)

ຕົວກໍານົດການ to ປບັ ChimeraParentSelector:
ຕົວກໍານົດການໃຫ້ຄະແນນ:

-M ຄະແນນການແຂ່ງຂັນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: +5)

-N ການລົງໂທດທີ່ບໍ່ກົງກັນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -4)

-Q ການ​ຄຸ້ມ​ຄອງ​ການ​ສອບ​ຖາມ​ຂັ້ນ​ຕ​່​ໍາ​ໂດຍ​ການ​ສອດ​ຄ່ອງ​ກັບ​ລໍາ​ດັບ​ຖານ​ຂໍ້​ມູນ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​: 70​)

-T ທາງຜ່ານສູງສຸດຂອງການຈັດຮຽງຫຼາຍ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1)

ຕົວກໍານົດການ to ປບັ ChimeraPhyloChecker
--ຂະຫນາດປ່ອງຢ້ຽມ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 50

--windowStep
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 5

--minBS
ສະຫນັບສະຫນູນ bootstrap ຕໍາ່ສຸດທີ່ສໍາລັບການໂທຫາ chimera (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 90)

--num_BS_replicates
ໃນຕອນຕົ້ນ: 100

--low_range_finer_BS
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10) ຖ້າ BS ຄິດໄລ່ຢູ່ລະຫວ່າງ minBS ແລະ (minBS - low_range_finer_BS),
ຫຼັງຈາກນັ້ນ num_finer_BS_replicates computed.

--num_finer_BS_replicates
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1000)

-S ເປີເຊັນຂອງ SNPs ເພື່ອເປັນຕົວຢ່າງໃນແຕ່ລະດ້ານຂອງ breakpoint ສໍາລັບຄອມພິວເຕີ້ bootstrap
ຮອງຮັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10)

--num_parents_test
ຈໍານວນພໍ່ແມ່ທີ່ມີທ່າແຮງທີ່ຈະທົດສອບ chimeras (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 3)

--MAX_CHIMERA_PARENT_PER_ID
ການຈັດຮຽງຂອງ Chimera/Parent ກັບ perID ຂ້າງເທິງນີ້ແມ່ນຖືວ່າບໍ່ແມ່ນchimeras
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 100; ປິດ)

Misc ທາງເລືອກໃນການ
--printFinalAlignments
ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມສອດຄ່ອງລະຫວ່າງລໍາດັບຄໍາຖາມແລະຄູ່ຂອງພໍ່ແມ່ chimera ຜູ້ສະຫມັກ

--printCSalignments
ພິມການຈັດຮຽງ ChimeraSlayer ໃນຜົນຜະລິດຂອງ ChimeraSlayer

--exec_dir
chdir ທີ່ນີ້ກ່ອນທີ່ຈະແລ່ນ

ໃຊ້ ChimeraSlayer ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net