circos - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/

ຮອບແມ່ນດີ

circos - ສ້າງຮູບພາບຂໍ້ມູນຂ່າວສານປະກອບເປັນວົງ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

# ຄາດເດົາສະຖານທີ່ຂອງໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າ
ວົງ

# ໃຊ້ໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າສະເພາະ
circos -conf circos.conf [-silent]

# ກວດຫາໂມດູນທີ່ຕ້ອງການ
circos -modules

# ໜ້າຜູ້ຊາຍ
circos -ຜູ້ຊາຍ

# ການດີບັກລະອຽດສຳລັບອົງປະກອບຂອງລະຫັດ
# ເບິ່ງ http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]

# ການດີບັກເຕັມ
circos -debug_group _all

# dump ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​ຂອງ block (ຫຼື block tree) ຂອງ
# ຕົວກໍານົດການໃດໆທີ່ກົງກັບ REGEXP (ທາງເລືອກ)
circos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}

# overriding ຕົວກໍານົດການກໍານົດ
circos -param image/radius=2000p -param ideogram/show=ບໍ່

# ເພື່ອຄວາມມ່ວນ - randomize ທຸກສີໃນຮູບຍົກເວັ້ນ
# COLOR1 ແລະ COLOR2
circos -randomcolor COLOR1,[COLOR2,...]

ລາຍລະອຽດ

Circos ແມ່ນສໍາລັບການເບິ່ງເຫັນຂໍ້ມູນໃນຮູບແບບວົງມົນ, ເຫມາະສົມສໍາລັບການຂຸດຄົ້ນຄວາມສໍາພັນ
ລະຫວ່າງວັດຖຸຫຼືຕໍາແຫນ່ງ. ມີເຫດຜົນອື່ນອີກວ່າເປັນຫຍັງຮູບແບບວົງມົນ
ປະໂຫຍດ, ບໍ່ແມ່ນຫນ້ອຍທີ່ສຸດແມ່ນຄວາມຈິງທີ່ວ່າມັນເປັນທີ່ດຶງດູດ.

Circos ບໍ່ແມ່ນການແກ້ໄຂ. ມັນເປັນເຄື່ອງມືເພື່ອແກ້ໄຂບັນຫາການເບິ່ງເຫັນ. ສໍາລັບການໃຫ້
ບັນຫາ, ເຈົ້າຍັງບໍ່ໄດ້ຮັບປະກັນວ່າມັນເຫມາະສົມ.

ທ່ານມີການຄວບຄຸມທີ່ດີກ່ຽວກັບວິທີການສະແດງແຕ່ລະອົງປະກອບຂໍ້ມູນ, ຊ່ວຍໃຫ້ທ່ານຈັບຄູ່
salience ກັບ pertinence.

CONFIGURATION

ການຕັ້ງຄ່າແມ່ນຫມາຍຄວາມວ່າຈະຖືກສົ່ງຜ່ານໂດຍໃຊ້ໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າຂໍ້ຄວາມທໍາມະດາ. ໄຟລ໌ນີ້ສາມາດເປັນ
ສ້າງດ້ວຍຕົນເອງຫຼືໂດຍສະຄິບອື່ນ, ເຊິ່ງອະນຸຍາດໃຫ້ Circos ອັດຕະໂນມັດຢ່າງເຕັມສ່ວນ.

ສໍາລັບເອກະສານສະບັບເຕັມ, ເບິ່ງ

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

syntax
ການຕັ້ງຄ່າແມ່ນຂໍ້ຄວາມທຳມະດາ ແລະປະກອບດ້ວຍທ່ອນໄມ້ຕາມລຳດັບ. ບາງຕັນ, ເຊັ່ນ:
" ແມ່ນບັງຄັບ, ໃນຂະນະທີ່ຄົນອື່ນມັກ " ເປັນທາງເລືອກ.

ເພື່ອເລີ່ມຕົ້ນ, ອ້າງອີງເຖິງການສອນຄູ່ມືດ່ວນ.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

ໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າປົກກະຕິອາດຈະມີລັກສະນະນີ້

# ຂະໜາດຮູບ ແລະຮູບແບບ

...


# ຕຳແໜ່ງ ແລະຂະໜາດຂອງ ideograms

...


# ຕຳແໜ່ງ, ປະເພດ ແລະຮູບແບບຂອງການຕິດຕາມຂໍ້ມູນ


...

...


# ສີ, ຕົວອັກສອນແລະຮູບແບບການຕື່ມ
< >

# ຕົວກໍານົດການລະບົບ
< >

ຄວາມຄ່ອງແຄ້ວ
The "< > ຄໍາສັ່ງນໍາເຂົ້າໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າຫນຶ່ງເຂົ້າໄປໃນໄຟລ໌ອື່ນ. ນີ້
ສິ່ງອໍານວຍຄວາມສະດວກຊ່ວຍຮັກສາໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າ modular.

ຄໍານິຍາມພາລາມິເຕີທີ່ບໍ່ປ່ຽນແປງເລື້ອຍໆ, ເຊັ່ນ: ການກໍານົດສີແລະຕົວອັກສອນ,
ຖືກນໍາເຂົ້າຕາມປົກກະຕິຈາກໄຟລ໌ທີ່ພົບເຫັນຢູ່ໃນ ແລະອື່ນ// ໃນ​ການ​ແຜ່​ກະ​ຈາຍ​.

ໃນ tutorials, ທ່ານຈະພົບເຫັນວ່າ ". ແລະ " ຕັນໄດ້ຖືກນໍາເຂົ້າເຂົ້າໄປໃນ
ໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າຕົ້ນຕໍ. ເນື່ອງຈາກວ່າຕັນເຫຼົ່ານີ້ສາມາດໄດ້ຮັບການຂ້ອນຂ້າງຂະຫນາດໃຫຍ່, ຕົ້ນຕໍ
ໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າແມ່ນມີຄວາມຊັດເຈນກວ່າຖ້າພວກມັນຖືກແຍກອອກຈາກໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກ.

ຂ້າມ ກັບ *
ເພື່ອ override ພາຣາມິເຕີທີ່ລວມມາຈາກໄຟລ໌, ໃຫ້ໃຊ້ "*" ຕໍ່ທ້າຍ. ຄໍາຕໍ່ທ້າຍ
ຈໍາເປັນເພາະວ່າຫຼາຍຄໍານິຍາມຂອງພາລາມິເຕີແມ່ນບໍ່ອະນຸຍາດໃຫ້, ຍົກເວັ້ນໃນກໍລະນີ
ບ່ອນທີ່ຕົວກໍານົດການແມ່ນອາດຈະມີຫຼາຍກ່ວາຫນຶ່ງຄ່າ.


# ໄຟລ໌ລວມກໍານົດ 'ລັດສະໝີ'
< >
# ນີ້ຈະ override ຄ່າ radius
ລັດສະໝີ* = 2500p


ຄຳຕໍ່ທ້າຍ "*" ສາມາດຊ້ຳໄດ້ເພື່ອລະບຸວ່າຄ່າໃດສຳຄັນກວ່າໃນບລັອກ.

ລັດສະໝີ = 1500p
ລັດສະໝີ* = 2500p
radius** = 3000p # ຕົວ​ຢ່າງ​ຂອງ radius ນີ້​ຈະ​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​

ຂ້າມ ກັບ ຄໍາສັ່ງ ອອນໄລນ໌
ພາລາມິເຕີການຕັ້ງຄ່າໃດໆໃນຊື່ບລັອກທີ່ເປັນເອກະລັກສາມາດຖືກລະບຸໄວ້ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ
ການນໍາໃຊ້

-param PATH/PARAM=ຄ່າ

ຍົກ​ຕົວ​ຢ່າງ,


show = ບໍ່
...


-param ideogram/show=ບໍ່

ແລະ



ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0.01r

...


-param ideogram/spacing/default=0.01r

ເມື່ອ​ໃດ​ conf() ຖືກນໍາໃຊ້ໃນໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າເພື່ອດຶງຄ່າຂອງ parmameter (ໃດໆ
ພາລາມິເຕີ, ບໍ່ພຽງແຕ່ທີ່ກໍານົດໄວ້ໂດຍ -param), ທ່ານໄດ້ຮັບລະບົບປ່ຽນແປງໄດ້ສໍາລັບການປ່ຽນແປງ
ການຕັ້ງຄ່າຢູ່ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ.

species = ມະນຸດ
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(species).txt

-param species=ຫນູ

ຫຼາຍພາລາມິເຕີສາມາດຖືກກໍານົດໃຫມ່, ແຕ່ລະຄົນມີທຸງ "-param" ຂອງຕົນເອງ

-param show_ticks=ບໍ່ມີ -param image/radius=2000p

ການໂຮມເຂົ້າກັນ ບລັອກ
ຫຼາຍຕົວຢ່າງຂອງຕັນຕໍ່ໄປນີ້ຈະຖືກລວມເຂົ້າກັນໂດຍອັດຕະໂນມັດ: " ,
" , " , " , " , " , " ແລະ " .

ຈຸດປະສົງຂອງການນີ້ແມ່ນເພື່ອໃຫ້ທ່ານສາມາດເພີ່ມຄໍານິຍາມ canonical.

# ໄຟລ໌ນີ້ກໍານົດຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ , ແລະ
< >

# ເພີ່ມໃສ່ບລັອກສີ

mycolor = 150,25,25

OPTIONS

ການຕັ້ງຄ່າ
-configfile FILE
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າ. ອັນນີ້ແມ່ນຕ້ອງການ.

Circos ຈະພະຍາຍາມເດົາສະຖານທີ່ຂອງໄຟລ໌ນີ້, ຊອກຫາ "circos.conf" ໃນ
".", "..", ແລະ "../ ..".

ຜົນຜະລິດ ຮູບແບບ
-png, -nopng
-svg, -nosvg
ສະຫຼັບຜົນຜະລິດຂອງໄຟລ໌ PNG ແລະ SVG.

ຮູບພາບ ອົງປະກອບ
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
ລົບລ້າງການສະແດງຂອງໝາຍຕິກ ແລະປ້າຍຊື່ຂອງມັນ. ເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນທັງສອງປົກກະຕິແລ້ວຖືກກໍານົດຢູ່ໃນ
ຕັນ.

ຜົນຜະລິດ ເສັ້ນທາງ
-outputdir DIR, -dir DIR
-outputfile FILE, -file FILE
ປ່ຽນໄດເລກະທໍລີຜົນຜະລິດແລະຊື່ໄຟລ໌. FILE ສາມາດບັນຈຸເສັ້ນທາງໄດ້.

Debugging
-ແມງໄມ້
ເປີດຜົນການດີບັກພື້ນຖານ. ລາຍງານຂໍ້ມູນຈາກ

ຮູບພາບ, io, ຊັ້ນ, ສະຫຼຸບ, ໂມງຈັບເວລາ

ກຸ່ມແກ້ບັນຫາ (ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້).

-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
ເປີດການດີບັກຜົນອອກສໍາລັບກຸ່ມສະເພາະ. ສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່ຂອງກຸ່ມ, ເບິ່ງ

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

ເພື່ອ​ເພີ່ມ​ກຸ່ມ​ກັບ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ນໍາ​ຫນ້າ​ມັນ​ກັບ +. ເພື່ອເອົາມັນອອກ, ດ້ວຍ -.

# ໃຊ້ກຸ່ມ debugging ເລີ່ມຕົ້ນແຕ່ບໍ່ລວມ layer ແລະ io
-debug -debug_group -layer,-io

# ໃຊ້ກຸ່ມແກ້ບັນຫາເລີ່ມຕົ້ນ ແລະເພີ່ມໄລຍະຫ່າງ
-debug -debug_group +ຍະຫວ່າງ

# ລະບຸກຸ່ມຢ່າງຈະແຈ້ງ
-debug_group png, io, ເຄື່ອງຈັບເວລາ

ເພື່ອລາຍຊື່ກຸ່ມທີ່ໄດ້ຮັບການສະຫນັບສະຫນູນ, ໃຫ້ໃຊ້ທຸງໂດຍບໍ່ມີການໂຕ້ຖຽງ

-debug_group

ເວລາ
ລາຍງານຂໍ້ມູນເວລາ. ຄືກັນກັບ -debug_group +timer

- ງຽບ
ບໍ່ມີການລາຍງານ.

-paranoid, -noparanoid
ດໍາເນີນການໃນຮູບແບບ paranoid (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), ຫຼືບໍ່. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງການຕັ້ງຄ່ານີ້ຖືກກໍານົດໂດຍ
'paranoid' ໃນ etc/housekeeping.conf.

- ການ​ເຕືອນ​ໄພ​, -nowarnings​
ສະແດງຄໍາເຕືອນ, ຫຼືບໍ່ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງການຕັ້ງຄ່ານີ້ຖືກກໍານົດໂດຍ
'ຄຳເຕືອນ' ໃນ etc/housekeeping.conf.

-fakeerror =item -fakeerror CAT =item -fakeerror ,ID =item -fakeerror CAT,ID
ປອມ​ແປງ​ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​ໂດຍ​ການ​ສະ​ແດງ​ຂໍ້​ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​ສໍາ​ລັບ​ປະ​ເພດ CAT ແລະ ID ຊື່​ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​. ຖ້າ
ຫນຶ່ງຫຼືທັງສອງບໍ່ໄດ້ລະບຸ, ບັນຊີລາຍຊື່ທີ່ມີຄວາມຜິດພາດ.

ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າທ່ານມີຄວາມສຸກແທ້ໆເຫັນຂໍ້ຄວາມສະແດງຂໍ້ຜິດພາດ, ມັນຄວນຈະມີເຫດຜົນເລັກນ້ອຍສໍາລັບທ່ານ
ຕ້ອງການໃຊ້ນີ້.

ການນໍາໃຊ້
-ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງສະບັບ.

-ຊ່ວຍ
ສະແດງບົດສະຫຼຸບການນຳໃຊ້ໂດຍຫຍໍ້.

-ຜູ້ຊາຍ
ສະແດງໜ້າຜູ້ຊາຍ.

Goofing ປະມານ
- ສີສຸ່ມ [color1,color2,...]
Randomize ສີຂອງທຸກອົງປະກອບໃນຮູບພາບ, ຍົກເວັ້ນສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່ທາງເລືອກຂອງ
ສີ.

ສໍາລັບຕົວຢ່າງ, ເພື່ອຮັກສາພື້ນຫລັງເປັນສີຂາວແລະສິ່ງໃດກໍ່ຕາມທີ່ເປັນສີດໍາ,

- ສີ​ຂາວ​, ສີ​ດໍາ Random​

ໃຊ້ circos ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net