cleanasn - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

cleanasn - ເຮັດຄວາມສະອາດຄວາມບໍ່ສະຫມໍ່າສະເຫມີໃນວັດຖຸ NCBI ASN.1

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ອະນາໄມ [-] [-A ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-M ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-j ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-k ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-m str] [-n ເສັ້ນທາງ]
[-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-p ເສັ້ນທາງ] [-q ເສັ້ນທາງ] [-r ເສັ້ນທາງ] [-v ເສັ້ນທາງ] [-x ext]

ລາຍລະອຽດ

ອະນາໄມ ເປັນໂຄງການທີ່ເປັນປະໂຫຍດເພື່ອເຮັດຄວາມສະອາດຄວາມບໍ່ສະຫມໍ່າສະເຫມີໃນວັດຖຸ NCBI ASN.1.

OPTIONS

ສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກແມ່ນລວມຢູ່ຂ້າງລຸ່ມນີ້.

- ພິມຂໍ້ຄວາມການນໍາໃຊ້

-A ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ໄຟລ໌ລາຍຊື່ການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ

-C str ການດໍາເນີນການຕາມລໍາດັບ, ຕາມທຸງໃນ str:
c ບີບອັດ
d decompress
v ຊ່ອງຫວ່າງ virtual ພາຍໃນ segmented ລໍາດັບ
s ປ່ຽນ segmented set ເປັນ delta ລໍາດັບ

-D str ເຮັດຄວາມສະອາດຕົວອະທິບາຍ, ຕາມທຸງໃນ str:
t ເອົາຫົວຂໍ້
c ລຶບຄຳເຫັນອອກ
n ເອົາຊື່ Nuc-Prot Set ອອກ
e ເອົາຫົວຂໍ້ Pop/Phy/Mut/Eco ອອກ
m ເອົາຫົວຂໍ້ mRNA
p ເອົາຫົວຂໍ້ທາດໂປຼຕີນ

-F str ທໍາຄວາມສະອາດລັກສະນະ, ຕາມທຸງໃນ str:
u ເອົາວັດຖຸຜູ້ໃຊ້ອອກ
d ເອົາ db_xrefs
e ເອົາອອກ / ຫຼັກຖານ ແລະ /ສົມມຸດຕິຖານ
r ເອົາ gene xrefs ທີ່ຊໍ້າຊ້ອນ
f fuse ຄຸນນະສົມບັດຊ້ໍາກັນ
k Package coding-region ຫຼືຄຸນສົມບັດຂອງພາກສ່ວນ
z ລຶບ ຫຼືອັບເດດຕົວເລກ EC

-K str ດໍາເນີນການທໍາຄວາມສະອາດທົ່ວໄປ, ຕາມທຸງໃນ str:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (ຜ່ານ​ອຸ​ປະ​ກອນ​ພາຍ​ນອກ​)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n ປົກກະຕິຄໍາສັ່ງອະທິບາຍ
u ເອົາ NcbiCleanup ຈຸດປະສົງຂອງຜູ້ໃຊ້
c synchronize ລະຫັດພັນທຸກໍາ
d Resynchronize CDS partials
m Resynchronize mRNA ບາງສ່ວນ
t Resynchronize Peptide ບາງສ່ວນ
a ປັບ splice consensus
ຂ້ອຍສົ່ງເສີມໃຫ້ "ຮ້າຍແຮງທີ່ສຸດ" Seq-ID

-L ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-M ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ໄຟລ໌ Macro

-N str ລ້າງການເຊື່ອມຕໍ່, ຕາມທຸງໃນ str:
o ເຊື່ອມຕໍ່ CDS mRNA ໂດຍການທັບຊ້ອນ
p ເຊື່ອມຕໍ່ CDS mRNA ໂດຍຜະລິດຕະພັນ
r ມອບໝາຍ ID ຄຸນສົມບັດຄືນໃໝ່
f ແກ້ໄຂ ID ຄຸນສົມບັດເຊິ່ງກັນແລະກັນທີ່ຂາດຫາຍໄປ
c ລຶບ ID ຄຸນສົມບັດ

-P ຕົວເລືອກການພິມເຜີຍແຜ່:
a ເອົາສິ່ງພິມທັງໝົດອອກ
s ເອົາ Serial number
f ເອົາຮູບ, ຕົວເລກ, ແລະຊື່ອອກ
r ເອົາຂໍ້ສັງເກດ
u ອັບເດດສິ່ງພິມ PMID ເທົ່ານັ້ນ
# ແທນທີ່ບໍ່ໄດ້ເຜີຍແຜ່ດ້ວຍ PMID

-Q str ລາຍງານ:
c ບັນທຶກການນັບ
r ບົດລາຍງານ ASN.1 BSEC
s ASN.1 SSEC ບົດລາຍງານ
n NORM ທຽບກັບບົດລາຍງານ SSEC
e ບົດລາຍງານ PopPhyMutEco AutoDef
o ບົດລາຍງານການຊ້ອນກັນ
l ຄວາມແຕກຕ່າງຂອງປະເທດ Latitude-longitude
d ບັນທຶກຄວາມແຕກຕ່າງ SSEC
g GenBank SSEC ຄວາມແຕກຕ່າງ
f asn2gb/asn2flat ຄວາມແຕກຕ່າງ
h Seg-to-delta GenBank ຄວາມແຕກຕ່າງ
v Validator SSEC ຄວາມແຕກຕ່າງ
m ທັນສະໄຫມ Gene/RNA/PCR
u ການຊອກຫາ Pub ທີ່ບໍ່ໄດ້ເຜີຍແຜ່
p ການຊອກຫາ Pub ທີ່ຖືກເຜີຍແຜ່
j ບົດລາຍງານ Unindexed Journal
x ສະແກນແບບກຳນົດເອງ

-R ການດຶງຂໍ້ມູນໄລຍະໄກຈາກ ID (ຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ NCBI)

-S str ຕົວກັ່ນຕອງຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ເລືອກ (ຕົວພິມໃຫຍ່ຂ້າມໄປ)
s SSEC
b BSEC
ຜູ້ຂຽນ
p ການພິມເຜີຍແຜ່
l ສະຖານທີ່
r RNA
q ຄໍາ​ສັ່ງ​ຄັດ​ເລືອກ​
g ຕັນ Genbank
k Package CdRegion ຫຼືລັກສະນະພາກສ່ວນ
m ຍ້າຍສິ່ງພິມ
o ປ່ອຍໃຫ້ສິ່ງພິມ Bioseq ຊໍ້າກັນ
d ເສັ້ນຄໍານິຍາມອັດຕະໂນມັດ
e Pop/Phy/Mut/Eco ກໍານົດເສັ້ນຄໍານິຍາມ

-T ການ​ຊອກ​ຫາ​ວິ​ທີ​ການ​

-U str ທັນສະໄຫມ, ຕາມທຸງໃນ str:
g ພັນທຸ ກຳ
r RNA
p PCR Primers

-V str ເອົາຄຸນສົມບັດອອກໂດຍຄວາມຮຸນແຮງຂອງຕົວກວດສອບ:
r ປະຕິເສດ
e ຂໍ້ຜິດພາດ
w ຄໍາເຕືອນ
i ຂໍ້​ມູນ

-X str ທາງເລືອກອື່ນ, ຕໍ່ str:
d ເສັ້ນຄໍານິຍາມອັດຕະໂນມັດ
e Pop/Phy/Mut/Eco ກໍານົດເສັ້ນຄໍານິຍາມ
n ຊື່ NC ທັນທີ
m Instantiate NM ຊື່
x ຫົວຂໍ້ XM ພິເສດ
p ຊື່ທາດໂປຼຕີນທັນທີ
c ສ້າງ mRNAs ສໍາລັບລໍາດັບລະຫັດ
f ແກ້ໄຂທາດໂປຼຕີນຈາກຕ່າງແດນ/transcript_id

-Z str ເອົາຈຸດປະສົງຂອງຜູ້ໃຊ້ທີ່ລະບຸ

-a str ປະເພດ ASN.1
ໃດໆ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
e Seq-entry
b Bioseq
s Bioseq-set
m Seq-submit
t ການປະມວນຜົນ batch [String]

-b ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ASN.1 ແມ່ນ Binary

-c ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ASN.1 ຖືກບີບອັດ

-d str ຖານຂໍ້ມູນແຫຼ່ງ
ໃດໆ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
g GenBank
e EMBL
d DDBJ
b EMBL ຫຼື DDBJ
r RefSeq
n NCBI
v ສະເພາະ segmented ລໍາດັບ
w ບໍ່ລວມເອົາ segmented ລໍາດັບ
x ບໍ່ລວມ EMBL/DDBJ
y ບໍ່ລວມ gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f str ຕົວກອງຍ່ອຍ

-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນດຽວ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ stdin)

-j ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຊື່ໄຟລ໌ທໍາອິດ

-k ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຊື່ໄຟລ໌ສຸດທ້າຍ

-m str ໂໝດ Flatfile:
r ປ່ອຍ
e Entrez
s Sequin
d ການຖິ້ມຂີ້ເຫຍື້ອ

-n ເສັ້ນທາງ
asn2flat ປະຕິບັດໄດ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ໄຟລ໌ອອກດຽວ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ stdout)

-p ເສັ້ນທາງ
ປະມວນຜົນໄຟລ໌ທີ່ກົງກັນທັງໝົດໃນ ເສັ້ນທາງ

-q ເສັ້ນທາງ
ffdiff ປະຕິບັດໄດ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r ເສັ້ນທາງ
ເສັ້ນທາງສໍາລັບຜົນໄດ້ຮັບ

-v ເສັ້ນທາງ
asnval ປະຕິບັດໄດ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext ການເລືອກໄຟລ໌ຕໍ່ທ້າຍເພື່ອໃຊ້ກັບ -p (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .ent)

ໃຊ້ cleanasn ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net