ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ ClonalFrame ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
ClonalFrame - inference ຂອງ microevolution ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍໂດຍໃຊ້ຂໍ້ມູນລໍາດັບ multilocus
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ClonalFrame [OPTIONS] inputfile outputfile
ລາຍລະອຽດ
ClonalFrame ກໍານົດຄວາມສໍາພັນ clonal ລະຫວ່າງສະມາຊິກຂອງຕົວຢ່າງ, ໃນຂະນະທີ່
ຍັງຄາດຄະເນຕໍາແຫນ່ງ chromosomal ຂອງເຫດການ recombination homologous ທີ່ມີ
disrupted ການສືບທອດ clonal.
ຕົວເລືອກ:
-x NUM ກໍານົດຈໍານວນການຊໍ້າຄືນຫຼັງຈາກ burn-in (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 50000)
-y NUM ກໍານົດຈໍານວນການເຜົາໄຫມ້ໃນຊໍ້າຄືນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 50000)
-z NUM ກໍານົດຈໍານວນການຊໍ້າຄືນລະຫວ່າງຕົວຢ່າງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 100)
-e NUM ກໍານົດຈໍານວນການເຄື່ອນທີ່ຂອງສາຂາສະຫຼັບຕໍ່ໆໄປ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນດັ່ງນັ້ນເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງ
ເວລາທີ່ໃຊ້ເວລາການແລກປ່ຽນກິ່ງງ່າ)
-m NUM ກຳນົດຄ່າເບື້ອງຕົ້ນຂອງ theta ເປັນ NUM (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນການຄາດຄະເນຂອງ Watterson)
-d NUM ກຳນົດຄ່າເບື້ອງຕົ້ນຂອງ delta ເປັນ NUM (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.001)
-n NUM ກຳນົດຄ່າເບື້ອງຕົ້ນຂອງ nu ເປັນ NUM (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.01)
-r NUM ຕັ້ງຄ່າເບື້ອງຕົ້ນຂອງ R ເປັນ NUM (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ theta/10)
-M ປັບປຸງມູນຄ່າຂອງ theta
-D ຢ່າປັບປຸງມູນຄ່າຂອງ delta
-N ຢ່າປັບປຸງຄ່າຂອງ nu
-R ຢ່າປັບປຸງຄ່າຂອງ R
-T ຢ່າປັບປຸງ topology
-A ຢ່າປັບປຸງອາຍຸຂອງຂໍ້
-G ເອົາຊ່ອງຫວ່າງທັງໝົດອອກ
-H ເອົາຊ່ອງຫວ່າງທັງຫມົດຢູ່ໃນຕໍາແຫນ່ງທີ່ບໍ່ແມ່ນ polymorphic
-t NUM ລະບຸວ່າຕົ້ນໄມ້ເບື້ອງຕົ້ນອັນໃດທີ່ຈະໃຊ້: 0 ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ null, 1 ສໍາລັບການເລືອກຢ່າງເປັນເອກະພາບ
coalescent tree ແລະ 2 ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ UPGMA (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-w ເອກະສານ
ໃຊ້ໄຟລ໌ Newick ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ເບື້ອງຕົ້ນ
-a NUM ກໍານົດພາລາມິເຕີທໍາອິດຂອງ beta ການແຈກຢາຍກ່ອນຫນ້າຂອງ nu
-b NUM ກໍານົດພາລາມິເຕີທີສອງຂອງການແຈກຢາຍເບຕ້າກ່ອນຫນ້າຂອງ nu
-U ໃຊ້ຕົວແບບກ່ອນໜ້າສຳລັບ rho, theta ແລະ delta
-B ແລ່ນໃນໂໝດ BURST
-C ດໍາເນີນການໃນໂຫມດ UPGMA ດ້ວຍຂັ້ນຕອນການບູດສະແຕບແຕ່ລະບ່ອນ
-c ດໍາເນີນການໃນໂຫມດ UPGMA ດ້ວຍຂັ້ນຕອນ bootstrap fragment-by-fragment
-S NUM ກໍານົດເມັດສໍາລັບເຄື່ອງກໍາເນີດຕົວເລກແບບສຸ່ມເປັນ NUM
-E NUM ກຳນົດອັດຕາການເຕີບໂຕຂອງເລກກຳລັງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0)
-I ບໍ່ສົນໃຈບລັອກທໍາອິດໃນການຈັດຮຽງ
-L ເຮັດຄວາມສະອາດການຈັດຮຽງກ່ອນທີ່ຈະແລ່ນ ClonalFrame
-l ໄລຍະຫ່າງຂັ້ນຕ່ຳລະຫວ່າງສອງບ່ອນອ້າງອີງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 50)
-v ຮູບແບບ Verbose
ໃຊ້ ClonalFrame ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
