cmbuild - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

cmbuild - ການສ້າງແບບຈໍາລອງຄວາມແຕກຕ່າງກັນຈາກໂຄງສ້າງ RNA ຫຼາຍລໍາດັບ
ການຈັດວາງ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

cmbuild [ທາງເລືອກ]

ລາຍລະອຽດ

ສໍາລັບແຕ່ລະລໍາດັບຫຼາຍການຈັດລໍາດັບໃນ ສ້າງ​ຕົວ​ແບບ​ການ​ປ່ຽນ​ແປງ​ແລະ​ປະ​ຢັດ​ມັນ​
ໄຟລ໌ໃຫມ່ .

ໄຟລ໌ການຈັດຮຽງຕ້ອງຢູ່ໃນຮູບແບບສະຕັອກໂຮມ ຫຼື SELEX, ແລະຕ້ອງມີການເຫັນດີນຳ
ຄໍາອະທິບາຍໂຄງສ້າງຮອງ. cmbuild ໃຊ້ໂຄງສ້າງຄວາມເຫັນດີໃນການກໍານົດ
ສະຖາປັດຕະຍະກໍາຂອງ CM.

ອາດຈະເປັນ '-' (dash), ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າການອ່ານຂໍ້ມູນນີ້ຈາກ stdin ແທນທີ່ຈະເປັນໄຟລ໌.
ເພື່ອໃຊ້ '-', ທ່ານຕ້ອງລະບຸຮູບແບບໄຟລ໌ການຈັດຮຽງດ້ວຍ -- ຂໍ້​ມູນ , ຄືໃນ
-- ຂໍ້​ມູນ stockholm (ເນື່ອງຈາກວ່າມີຂໍ້ຈໍາກັດໃນປະຈຸບັນໃນການປະຕິບັດຂອງພວກເຮົາ, ໄຟລ໌ MSA
ຮູບ​ແບບ​ບໍ່​ສາ​ມາດ​ຖືກ​ກວດ​ພົບ​ອັດ​ຕະ​ໂນ​ມັດ​ໃນ​ສະ​ຕ​ຣີມ inputable rewindable​.)

ອາດຈະບໍ່ແມ່ນ '-' (stdout), ເພາະວ່າສົ່ງໄຟລ໌ CM ໄປ stdout ຈະຂັດແຍ້ງ
ກັບຜົນຜະລິດຂໍ້ຄວາມອື່ນໆຂອງໂຄງການ.

ນອກຈາກການຂຽນ CM(s) to , cmbuild ຍັງອອກເສັ້ນດຽວສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ
ຮູບແບບທີ່ສ້າງຂຶ້ນເພື່ອ stdout. ແຕ່ລະເສັ້ນມີທົ່ງນາດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້: "aln": ດັດຊະນີຂອງ
ການຈັດວາງທີ່ໃຊ້ເພື່ອສ້າງ CM; "idx": ດັດຊະນີຂອງ CM ໃນ ; "ຊື່":
ຊື່ຂອງ CM ໄດ້; "nseq​"​: ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​ໃນ​ການ​ສອດ​ຄ່ອງ​ກັບ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ເພື່ອ​ສ້າງ CM ໄດ້​;
"eff_nseq": ຈໍານວນປະສິດທິພາບຂອງລໍາດັບທີ່ໃຊ້ໃນການສ້າງຕົວແບບ; "alen": ຄວາມຍາວ
ການຈັດວາງທີ່ນໍາໃຊ້ເພື່ອສ້າງ CM; "clen": ຈຳນວນຖັນຈາກການຈັດຮຽງ
ກໍານົດເປັນ consensus (match) ຖັນ; "bps": ຈໍານວນຂອງ basepairs ໃນ CM; "bifs":
ຈໍານວນຂອງ bifurcations ໃນ CM ໄດ້; "rel entropy: CM": ຈໍານວນ entropy ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງທັງຫມົດຂອງ
ແບບຈໍາລອງແບ່ງດ້ວຍຈໍານວນຄໍລໍາ consensus; "rel entropy: HMM": ພີ່ນ້ອງທັງໝົດ
entropy ຂອງຕົວແບບທີ່ບໍ່ສົນໃຈໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງແບ່ງອອກດ້ວຍຈໍານວນຄວາມເຫັນດີນໍາ
ຖັນ. "description": ລາຍລະອຽດຂອງຕົວແບບ/ການຈັດວາງ.

OPTIONS

-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່.

-n ຕັ້ງຊື່ CM ໃຫມ່ . ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນການນໍາໃຊ້ຊື່ຂອງການຈັດຕໍາແຫນ່ງ (ຖ້າຫນຶ່ງແມ່ນ
ປະຈຸບັນຢູ່ໃນ ), ຫຼື, ລົ້ມເຫລວວ່າ, ຊື່ຂອງ . If
ມີ​ຫຼາຍ​ກ​່​ວາ​ຫນຶ່ງ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​, -n ບໍ່ໄດ້ຜົນ, ແລະການຈັດວາງທຸກ
ຕ້ອງມີຊື່ຫຍໍ້ມາຈາກ (ເຊັ່ນດຽວກັບໃນ Stockholm #= GF ID annotation ).

-F ອະນຸຍາດໃຫ້ ທີ່ຈະຖືກຂຽນທັບ. ຖ້າບໍ່ມີທາງເລືອກນີ້, ຖ້າ ແລ້ວ
ມີຢູ່, cmbuild ອອກ​ດ້ວຍ​ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​.

-o ຊີ້​ນຳ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ສະ​ຫຼຸບ​ສັງ​ລວມ​ເພື່ອ​ໄຟລ​໌​ , ແທນທີ່ຈະ stdout.

-O ຫຼັງ​ຈາກ​ແຕ່​ລະ​ຕົວ​ແບບ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ກໍ່​ສ້າງ​, ບັນ​ທຶກ​ການ​ຈັດ​ສັນ​ແຫຼ່ງ​ຄໍາ​ອະ​ທິ​ບາຍ​ກັບ​ໄຟລ​໌​
ໃນ​ຮູບ​ແບບ Stockholm​. ລຳດັບແມ່ນບັນທຶກໄວ້ດ້ວຍນ້ຳໜັກຂອງລຳດັບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ
ໄດ້ຖືກມອບຫມາຍ. ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ຍັງ​ມີ​ການ​ອະ​ທິ​ບາຍ​ດ້ວຍ​ເສັ້ນ​ຄໍາ​ອະ​ທິ​ບາຍ​ການ​ອ້າງ​ອີງ​
ຊີ້ບອກວ່າຖັນໃດຖືກມອບໝາຍເປັນເອກະສັນກັນ. ຖ້າຫາກວ່າການຈັດຕໍາແຫນ່ງແຫຼ່ງມີ
ຄໍາອະທິບາຍອ້າງອິງ ("#=GC RF") ມັນຈະຖືກແທນທີ່ດ້ວຍ residue ຄວາມເຫັນດີຂອງ
ຮູບແບບສໍາລັບຄໍລໍາ consensus ແລະ '.' ສໍາລັບການໃສ່ຖັນ, ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າ --ມື
ທາງເລືອກໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການກໍານົດຕໍາແຫນ່ງເປັນເອກະສັນ, ໃນກໍລະນີນີ້ມັນຈະເປັນ
ບໍ່ປ່ຽນແປງ.

-- ພັດທະນາການຊ່ວຍເຫຼືອ ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອ, ເຊັ່ນດຽວກັບ -h , ແຕ່ຍັງລວມເອົາທາງເລືອກຜູ້ຊ່ຽວຊານທີ່ບໍ່ແມ່ນ
ສະແດງດ້ວຍ -h . ທາງເລືອກຂອງຜູ້ຊ່ຽວຊານເຫຼົ່ານີ້ບໍ່ຄາດວ່າຈະມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງສໍາລັບການ
ຜູ້ໃຊ້ສ່ວນໃຫຍ່ແລະດັ່ງນັ້ນບໍ່ໄດ້ຖືກອະທິບາຍຢູ່ໃນຫນ້າຄູ່ມື. ເທົ່ານັ້ນ
ຊັບພະຍາກອນສໍາລັບການເຂົ້າໃຈສິ່ງທີ່ເຂົາເຈົ້າເຮັດຕົວຈິງແມ່ນຫຍໍ້ຫນຶ່ງເສັ້ນ
ລາຍ​ລະ​ອຽດ​ອອກ​ເມື່ອ​ -- ພັດທະນາການຊ່ວຍເຫຼືອ ຖືກເປີດໃຊ້ງານ, ແລະລະຫັດແຫຼ່ງ.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ MODEL ການກໍ່ສ້າງຕ່າງໆ

ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຄວບຄຸມວິທີການກໍານົດຄໍລໍາ consensus ໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ.

-- ໄວ ກໍານົດຄໍລໍາເປັນເອກະສັນອັດຕະໂນມັດເປັນສ່ວນທີ່ມີສ່ວນຫນຶ່ງ >= symfrac of
residues ກົງກັນຂ້າມກັບຊ່ອງຫວ່າງ. (ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບ --symfrac ທາງເລືອກ.) ນີ້ແມ່ນ
Default

--ມື ໃຊ້ຄຳອະທິບາຍປະກອບການປະສານງານອ້າງອີງ (#=GC RF line, in Stockholm) ເພື່ອກຳນົດວ່າອັນໃດ
ຖັນແມ່ນເປັນເອກະສັນກັນ, ແລະອັນໃດແມ່ນແຊກ. ຕົວອັກສອນທີ່ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງສະແດງເຖິງ a
ຖັນຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມ. (ຕົວຢ່າງ: ໃຫ້ໝາຍຖັນທີ່ເຫັນດີນຳດ້ວຍ "x", ແລະໃສ່ຖັນໃສ່
ກັບ ".".) ທາງເລືອກນີ້ເອີ້ນວ່າ --rf ໃນລຸ້ນກ່ອນໜ້າຂອງ Infernal (0.1
ຜ່ານ 1.0.2).

--symfrac
ກໍານົດຂອບເຂດຂອງເສດສ່ວນທີ່ເຫຼືອທີ່ມີຄວາມຈໍາເປັນເພື່ອກໍານົດຄໍລໍາເປັນເອກະສັນກັນໃນເວລາທີ່
ບໍ່ໄດ້ໃຊ້ --ມື. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.5. ສ່ວນສັນຍາລັກໃນແຕ່ລະຖັນແມ່ນ
ຄິດໄລ່ຫຼັງຈາກການຄິດໄລ່ນ້ໍາຫນັກຕາມລໍາດັບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ. ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​ນີ້​ເປັນ​
0.0 ຫມາຍຄວາມວ່າທຸກໆຖັນການຈັດຕໍາແຫນ່ງຈະຖືກມອບຫມາຍເປັນຄວາມເຫັນດີນໍາ, ເຊິ່ງອາດຈະເປັນ
ເປັນປະໂຫຍດໃນບາງກໍລະນີ. ການຕັ້ງມັນເປັນ 1.0 ຫມາຍຄວາມວ່າພຽງແຕ່ຖັນທີ່ປະກອບມີ 0 ຊ່ອງຫວ່າງ
ຈະຖືກມອບໝາຍເປັນເອກະສັນ. ທາງເລືອກນີ້ແທນທີ່ --gapthresh ທາງເລືອກ
ຈາກລຸ້ນກ່ອນໜ້າຂອງ Infernal (0.1 ຫາ 1.0.2), ກັບ ເທົ່າກັບ (1.0 -
). ຍົກ​ຕົວ​ຢ່າງ​ເພື່ອ​ສືບ​ພັນ​ພຶດ​ຕິ​ກໍາ​ສໍາ​ລັບ​ຄໍາ​ສັ່ງ​ຂອງ​ cmbuild --gapthresh 0.8
ໃນສະບັບທີ່ຜ່ານມາ, ໃຊ້ cmbuild --symfrac 0.2 ກັບ​ສະ​ບັບ​ນີ້​.

--noss ບໍ່ສົນໃຈຄຳອະທິບາຍປະກອບໂຄງສ້າງສຳຮອງ, ຖ້າມີ, ໃນ ແລະສ້າງ CM ກັບ
ສູນຖານຄູ່. ຮູບແບບນີ້ຈະຄ້າຍຄືກັນກັບໂປຣໄຟລ໌ HMM ແລະ cmsearch ແລະ
cmscan ໂປລແກລມຈະໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ HMM ທີ່ໄວກວ່າ CM ສໍາລັບອັນນີ້
ຕົວແບບ. ນອກຈາກນັ້ນ, ຮູບແບບ basepair ສູນບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງຖືກປັບດ້ວຍ cmcalibrate
ກ່ອນທີ່ຈະແລ່ນ cmsearch ກັບ​ມັນ. ໄດ້ --noss ທາງ​ເລືອກ​ຕ້ອງ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ບໍ່​ມີ​
ຄໍາອະທິບາຍໂຄງສ້າງຮອງໃນ .

--ຄົ້ນຫາ
Parameterize emission scores a la RSEARCH, ໂດຍໃຊ້ RIBOSUM matrix ໃນໄຟລ໌ .
ກັບ --ຄົ້ນຫາ ເປີດໃຊ້ງານແລ້ວ, ການຈັດຮຽງທັງໝົດໃນ ຕ້ອງມີອັນແນ່ນອນ
ລໍາດັບຫຼື --ໂທ ທາງ​ເລືອກ​ຍັງ​ຕ້ອງ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ເປີດ​ໃຊ້​ງານ​. ຕໍາແຫນ່ງທັງຫມົດໃນແຕ່ລະລໍາດັບ
ຈະຖືກພິຈາລະນາເປັນ "ຄໍລໍາ". ຕົວຈິງແລ້ວ, ຄະແນນການປ່ອຍອາຍພິດສໍາລັບການເຫຼົ່ານີ້
ແບບຈໍາລອງຈະບໍ່ຄືກັນກັບຄະແນນ RIBOSUM ເນື່ອງຈາກຄວາມແຕກຕ່າງຂອງການສ້າງແບບຈໍາລອງ
ຍຸດທະສາດລະຫວ່າງ Infernal ແລະ RSEARCH, ແຕ່ພວກມັນຈະຄ້າຍຄືກັນເທົ່າທີ່ເປັນໄປໄດ້.
ໄຟລ໌ເມທຣິກ RIBOSUM ຖືກລວມເຂົ້າກັບ Infernal ໃນໄດເລກະທໍລີຍ່ອຍ "matrices/" ຂອງ
ບັນຊີລາຍການ "infernal-xxx" ລະດັບສູງສຸດ. RIBOSUM matrices ແມ່ນຄະແນນທົດແທນ
matrices ການຝຶກອົບຮົມໂດຍສະເພາະສໍາລັບ RNAs ໂຄງສ້າງທີ່ມີສາຍດ່ຽວແຍກຕ່າງຫາກ
ຄະແນນການທົດແທນທີ່ຕົກຄ້າງ ແລະຄູ່ພື້ນຖານ. ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມເບິ່ງ RSEARCH
ການພິມເຜີຍແຜ່ (Klein and Eddy, BMC Bioinformatics 4:44, 2003).

ອື່ນໆ MODEL ການກໍ່ສ້າງຕ່າງໆ OPTIONS

-- null
ອ່ານແບບຈໍາລອງ null ຈາກ . ຮູບແບບ null ກໍານົດຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງແຕ່ລະ RNA
nucleotide ໃນລໍາດັບພື້ນຖານ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນການນໍາໃຊ້ 0.25 ສໍາລັບແຕ່ລະ nucleotide.
ຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ null ແມ່ນລະບຸໄວ້ໃນຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້.

-- ກ່ອນ
ອ່ານ Dirichlet ກ່ອນ , ການປ່ຽນແທນ Dirichlet ປະສົມເລີ່ມຕົ້ນ. ໄດ້
ຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ກ່ອນໜ້າແມ່ນລະບຸໄວ້ໃນຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້.

ການນໍາໃຊ້ -- ພັດທະນາການຊ່ວຍເຫຼືອ ເພື່ອເບິ່ງເພີ່ມເຕີມ, ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນບໍ່ມີເອກະສານ, ທາງເລືອກການກໍ່ສ້າງແບບຈໍາລອງ.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ ນໍ້າ ໜັກ

cmbuild ໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ນ້ຳໜັກຕາມລຳດັບເພື່ອຫຼຸດນ້ຳໜັກທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດ
ລໍາດັບແລະ upweight ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຫ່າງໄກ. ນີ້ມີຜົນກະທົບທີ່ເຮັດໃຫ້ຕົວແບບຫນ້ອຍລົງ
ລໍາອຽງໂດຍການເປັນຕົວແທນ phylogenetic ບໍ່ສະເຫມີພາບ. ຕົວຢ່າງ, ສອງລໍາດັບທີ່ຄືກັນ
ໂດຍປົກກະຕິແຕ່ລະຄົນໄດ້ຮັບເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງນ້ໍາຫນັກທີ່ລໍາດັບຫນຶ່ງຈະ. ທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຄວບຄຸມ
algorithm ໃດຖືກໃຊ້.

--wpb ໃຊ້ລະບົບການນ້ໍາຫນັກຕາມລໍາດັບຕາມຕໍາແຫນ່ງ Henikoff [Henikoff ແລະ Henikoff,
J. ໂມ. ຊີວະພາບ. 243: 574, 1994]. ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

--wgsc ໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ນ້ຳໜັກ Gerstein/Sonnhammer/Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
ຊີວະພາບ. 235: 1067, 1994].

--wone
ປິດການນ້ໍາຫນັກຕາມລໍາດັບ; ຕົວຢ່າງ: ກຳນົດຢ່າງຈະແຈ້ງນ້ຳໜັກລຳດັບທັງໝົດເປັນ 1.0.

--wgiven
ໃຊ້ນ້ຳໜັກຕາມລຳດັບຕາມທີ່ໄດ້ລະບຸໄວ້ໃນຄຳອະທິບາຍປະກອບໃນໄຟລ໌ການຈັດຮຽງການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ຖ້າບໍ່ມີ
ໃຫ້ນ້ໍາຫນັກ, ສົມມຸດວ່າພວກມັນທັງຫມົດແມ່ນ 1.0. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອກໍານົດໃຫມ່
ລໍາດັບນ້ໍາຫນັກໂດຍ Gerstein / Sonnhammer / Chothia algorithm, ບໍ່ສົນໃຈໃດໆ.
ນ້ຳໜັກຄຳບັນຍາຍ.

--wblosum
ໃຊ້ວິທີການກັ່ນຕອງ BLOSUM ເພື່ອນ້ໍາຫນັກຕາມລໍາດັບ, ແທນທີ່ຈະເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ນ້ຳໜັກ GSC. ຈັດກຸ່ມລໍາດັບຕາມຕົວຕົນຂອງເປີເຊັນທີ່ໃຫ້ໄວ້ (ເບິ່ງ --wid);
ກຳນົດໃຫ້ແຕ່ລະກຸ່ມມີນ້ຳໜັກທັງໝົດຂອງ 1.0, ແຈກຢາຍຢ່າງເທົ່າທຽມກັນລະຫວ່າງສະມາຊິກ
ຂອງກຸ່ມນັ້ນ.

-- ກວ້າງ
ຄວບຄຸມພຶດຕິກໍາຂອງ --wblosum ທາງເລືອກໃນການນ້ໍາຫນັກໂດຍການກໍານົດອັດຕາສ່ວນ
ເອກະລັກສຳລັບການຈັດກຸ່ມການຈັດຮຽງ .

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ປະສິດທິຜົນ ລໍາດັບ NUMBER

ຫຼັງ​ຈາກ​ການ​ກໍາ​ນົດ​ນ​້​ໍາ​ຫນັກ​ຂອງ​ພີ່​ນ້ອງ​ກັນ​, ພວກ​ເຂົາ​ເຈົ້າ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ປົກ​ກະ​ຕິ​ເພື່ອ​ລວມ​ເຂົ້າ​ເຖິງ​ປະ​ສິດ​ທິ​ຜົນ​ທັງ​ຫມົດ​
ເລກ​ລໍາ​ດັບ​, eff_nseq. ຕົວເລກນີ້ອາດຈະເປັນຕົວເລກຕົວຈິງຂອງລໍາດັບໃນ
ການສອດຄ່ອງ, ແຕ່ມັນເກືອບສະເຫມີຂະຫນາດນ້ອຍກວ່ານັ້ນ. ນ້ຳໜັກ entropy ເລີ່ມຕົ້ນ
ວິທີການ (--ອັນ) ຫຼຸດຜ່ອນຈໍານວນລໍາດັບທີ່ມີປະສິດທິພາບເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນເນື້ອຫາຂໍ້ມູນ
(entropy ພີ່ນ້ອງ, ຫຼືຄະແນນສະເລ່ຍທີ່ຄາດວ່າຈະຢູ່ໃນ homologs ທີ່ແທ້ຈິງ) ຕໍ່ຕໍາແຫນ່ງເປັນເອກະສັນ. ໄດ້
ເປົ້າໝາຍຂອງ entropy ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຖືກຄວບຄຸມໂດຍຟັງຊັນສອງພາລາມິເຕີ, ບ່ອນທີ່ທັງສອງ
ຕົວກໍານົດການແມ່ນ settable ກັບ --ແມ່ນ ແລະ --esigma.

--ອັນ ໃຊ້ຍຸດທະສາດການໃສ່ນໍ້າໜັກຂອງ entropy ເພື່ອກໍານົດຕົວເລກລໍາດັບປະສິດທິຜົນທີ່
ໃຫ້ຄ່າສະເລ່ຍເປົ້າໝາຍທີ່ກົງກັບ entropy ພີ່ນ້ອງ. ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແລະ
ສາມາດປິດດ້ວຍ --enone. ເປົ້າໝາຍເລີ່ມຕົ້ນຫມາຍເຖິງການຈັບຄູ່ລັດພີ່ນ້ອງ
entropy ແມ່ນ 0.59 bits ສໍາລັບແບບຈໍາລອງທີ່ມີຢ່າງຫນ້ອຍ 1 basepair ແລະ 0.38 bits ສໍາລັບແບບຈໍາລອງ.
ມີສູນ basepairs, ແຕ່ມີການປ່ຽນແປງດ້ວຍ --ແມ່ນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ 0.59 ຫຼື 0.38 bits ແມ່ນ
ມີການປ່ຽນແປງອັດຕະໂນມັດຖ້າຫາກວ່າ entropy ພີ່ນ້ອງທັງຫມົດຂອງຕົວແບບ (summed match
state relative entropy) ແມ່ນຫນ້ອຍກວ່າການຕັດອອກ, ເຊິ່ງແມ່ນ 6.0 bits ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແຕ່
ສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ກັບຜູ້ຊ່ຽວຊານ, ບໍ່ມີເອກະສານ --eX ທາງເລືອກ. ຖ້າເຈົ້າຕ້ອງການແທ້ໆ
ຫຼິ້ນກັບທາງເລືອກນັ້ນ, ປຶກສາຫາລືລະຫັດແຫຼ່ງ.

--enone
ປິດຍຸດທະສາດການນ້ໍາຫນັກ entropy. ຈໍານວນລໍາດັບປະສິດທິພາບແມ່ນພຽງແຕ່
ຈໍານວນຂອງລໍາດັບໃນການຈັດລໍາດັບ.

--ແມ່ນ
ກຳນົດຄ່າສະເລ່ຍເປົ້າໝາຍທີ່ກົງກັບລັດ entropy ພີ່ນ້ອງເປັນ . ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເປົ້າຫມາຍ
entropy ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຕໍ່ຕໍາແຫນ່ງທີ່ກົງກັນແມ່ນ 0.59 bits ສໍາລັບຕົວແບບທີ່ມີຢ່າງຫນ້ອຍ 1
basepair ແລະ 0.38 ສໍາລັບຕົວແບບທີ່ບໍ່ມີ basepairs ສູນ.

--eminseq
ກໍາ​ນົດ​ຈໍາ​ນວນ​ລໍາ​ດັບ​ປະ​ສິດ​ທິ​ຜົນ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ເປັນ​ .

--ເອີມ
ກໍານົດເປົ້າຫມາຍ HMM ຫມາຍຄວາມວ່າກົງກັບ entropy ລັດພີ່ນ້ອງເປັນ . Entropy ສໍາລັບ
ສະຖານະການຈັບຄູ່ basepairing ແມ່ນຄຳນວນໂດຍໃຊ້ການປ່ອຍຕົວ basepair ທີ່ມີຂອບ
ຄວາມເປັນໄປໄດ້.

--ຕັ້ງ
ກໍານົດຕົວເລກລໍາດັບປະສິດທິພາບສໍາລັບການນ້ໍາຫນັກ entropy ເປັນ .

OPTIONS ການຄວບຄຸມ FILTER P7 ຮສ ການກໍ່ສ້າງຕ່າງໆ

ສໍາລັບແຕ່ລະ CM ວ່າ cmbuild ການກໍ່ສ້າງ, ຕົວກອງທີ່ມາພ້ອມກັບ p7 HMM ແມ່ນສ້າງຂຶ້ນຈາກວັດສະດຸປ້ອນ
ການ​ສອດ​ຄ່ອງ​ເຊັ່ນ​ດຽວ​ກັນ​. ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຄວບຄຸມການກໍ່ສ້າງ HMM:

--p7ere
ກໍານົດຄ່າສະເລ່ຍເປົ້າຫມາຍທີ່ກົງກັບ entropy ລັດພີ່ນ້ອງສໍາລັບການກັ່ນຕອງ p7 HMM ເປັນ . By
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ entropy ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງເປົ້າຫມາຍຕໍ່ຕໍາແຫນ່ງທີ່ກົງກັນແມ່ນ 0.38 bits.

--p7ml ໃຊ້ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດ p7 HMM ທີ່ສ້າງຂຶ້ນຈາກ CM ເປັນຕົວກອງ HMM. HMM ນີ້ຈະ
ມີຄວາມຄ້າຍຄືກັນເທົ່າທີ່ເປັນໄປໄດ້ກັບ CM (ໃນຂະນະທີ່ມີຄວາມຈໍາເປັນທີ່ບໍ່ສົນໃຈຂອງຮອງ
ໂຄງສ້າງ).

ການນໍາໃຊ້ -- ພັດທະນາການຊ່ວຍເຫຼືອ ເພື່ອເບິ່ງເພີ່ມເຕີມ, ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນບໍ່ມີເອກະສານ, ການກັ່ນຕອງທາງເລືອກການກໍ່ສ້າງ HMM.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ FILTER P7 ຮສ ການບັນຈຸ

ຫຼັງຈາກການກໍ່ສ້າງແຕ່ລະຕົວກອງ HMM, cmbuild ກໍານົດຕົວກໍານົດການ E-value ທີ່ເຫມາະສົມທີ່ຈະນໍາໃຊ້
ໃນ​ລະ​ຫວ່າງ​ການ​ກັ່ນ​ຕອງ​ໃນ​ cmsearch ແລະ cmscan ໂດຍການເກັບຕົວຢ່າງຊຸດຂອງລໍາດັບແລະຄົ້ນຫາພວກມັນ
ກັບແຕ່ລະຕົວກອງ HMM ແລະສູດການຄິດໄລ່.

--EmN ກໍານົດຈໍານວນລໍາດັບຕົວຢ່າງສໍາລັບຕົວກອງ MSV ທ້ອງຖິ່ນ calibration HMM ເປັນ .
200 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

--EvN ກໍານົດຈໍານວນຂອງລໍາດັບຕົວຢ່າງສໍາລັບທ້ອງຖິ່ນ Viterbi filter HMM calibration ກັບ
. 200 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

--ElfN ກໍານົດຈໍານວນຂອງລໍາດັບຕົວຢ່າງສໍາລັບຕົວກອງ Forward ທ້ອງຖິ່ນ calibration HMM ເປັນ
. 200 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

--EgfN ກໍານົດຈໍານວນຂອງລໍາດັບຕົວຢ່າງສໍາລັບການ glocal Forward filter HMM calibration
to . 200 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

ການນໍາໃຊ້ -- ພັດທະນາການຊ່ວຍເຫຼືອ ເພື່ອເບິ່ງເພີ່ມເຕີມ, ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນບໍ່ມີເອກະສານ, ການກັ່ນຕອງທາງເລືອກການປັບ HMM.

OPTIONS FOR ກຳ ລັງປັບປຸງ ການ ປັດໄຈນໍາເຂົ້າ ການຈັດການ

--ປັບປຸງ
ພະຍາຍາມປັບປຸງຄວາມສອດຄ່ອງກ່ອນທີ່ຈະສ້າງ CM ໂດຍໃຊ້ຄວາມຄາດຫວັງ -
ການຂະຫຍາຍສູງສຸດ (EM). A CM ຖືກສ້າງຂຶ້ນຄັ້ງທໍາອິດຈາກການຈັດຕໍາແຫນ່ງເບື້ອງຕົ້ນຕາມປົກກະຕິ. ຈາກນັ້ນ,
ລໍາດັບໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງແມ່ນ realigned ທີ່ດີທີ່ສຸດ (ກັບ HMM banded CYK
algorithm, optimal ຫມາຍ​ຄວາມ​ວ່າ​ທີ່​ດີ​ທີ່​ສຸດ​ຂອງ​ແຖບ​ທີ່​ໄດ້​ຮັບ​) ກັບ CM​, ແລະ CM ໃຫມ່​ໄດ້​ຖືກ​ສ້າງ​ຂຶ້ນ​.
ຈາກການຈັດລໍາດັບຜົນໄດ້ຮັບ. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ລໍາດັບແມ່ນ realigned ກັບ CM ໃຫມ່, ແລະ a
CM ໃຫມ່ແມ່ນສ້າງຂຶ້ນຈາກການຈັດວາງນັ້ນ. ນີ້​ແມ່ນ​ສືບ​ຕໍ່​ໄປ​ຈົນ​ກ​່​ວາ​ບັນ​ລຸ​ໄດ້​,
ໂດຍສະເພາະໃນເວລາທີ່ການຈັດຕໍາແຫນ່ງສໍາລັບສອງຊ້ໍາກັນຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງບໍ່ແມ່ນ
ແຕກຕ່າງກັນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ (ຄະແນນລວມເລັກນ້ອຍຂອງລໍາດັບທັງຫມົດໃນ
ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ການ​ປ່ຽນ​ແປງ​ຫນ້ອຍ​ກ​່​ວາ 1​% ລະ​ຫວ່າງ​ສອງ iterations ສົບ​ຜົນ​ສໍາ​ເລັດ​)​. ສຸດທ້າຍ
alignment (ການຈັດວາງທີ່ໃຊ້ເພື່ອສ້າງ CM ທີ່ຂຽນເຖິງ ) is
ຂຽນຫາ .

-l ກັບ -- ປັບ​ປຸງ​, ເປີດ algorithm ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນ, ເຊິ່ງອະນຸຍາດໃຫ້ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ
ຂະຫຍາຍສອງຫຼືຫຼາຍກວ່ານັ້ນຕາມລໍາດັບຖ້າຈໍາເປັນ (ເຊັ່ນວ່າໂຄງສ້າງຂອງການສອບຖາມ
ຮູບແບບແລະລໍາດັບເປົ້າຫມາຍແມ່ນພຽງແຕ່ແບ່ງປັນບາງສ່ວນ), ອະນຸຍາດໃຫ້ຂະຫນາດໃຫຍ່ທີ່ແນ່ນອນ
ການໃສ່ແລະການລົບຢູ່ໃນໂຄງສ້າງທີ່ຈະຖືກລົງໂທດທີ່ແຕກຕ່າງຈາກປົກກະຕິ
indels. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອຈັດວາງແບບສອບຖາມທົ່ວໂລກໃຫ້ກັບລຳດັບເປົ້າໝາຍ.

--gibbs
ປັບປ່ຽນພຶດຕິກຳຂອງ --ປັບປຸງ ດັ່ງນັ້ນການເກັບຕົວຢ່າງ Gibbs ແມ່ນໃຊ້ແທນ EM. ໄດ້
ຄວາມແຕກຕ່າງແມ່ນວ່າໃນລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ, ການສອດຄ່ອງແມ່ນບໍ່ຈໍາເປັນ
ທີ່​ດີ​ທີ່​ສຸດ​, ແທນ​ທີ່​ຈະ​ເປັນ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ (parsetree​) ສໍາ​ລັບ​ແຕ່​ລະ​ລໍາ​ດັບ​ແມ່ນ​ການ​ຍົກ​ຕົວ​ຢ່າງ​ຈາກ​
ການແຜ່ກະຈາຍທາງຫຼັງຂອງການຈັດຮຽງຕາມທີ່ກຳນົດໄວ້ໂດຍວິທີການພາຍໃນ. ເນື່ອງ​ຈາກ
ຂັ້ນຕອນການເກັບຕົວຢ່າງນີ້ --gibbs ແມ່ນບໍ່ຖືກກໍານົດ, ດັ່ງນັ້ນການແລ່ນທີ່ແຕກຕ່າງກັນກັບດຽວກັນ
ການສອດຄ່ອງອາດຈະໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ນີ້ບໍ່ແມ່ນຄວາມຈິງໃນເວລາທີ່ --ປັບປຸງ ຖືກນໍາໃຊ້
ໂດຍບໍ່ມີການ --gibbs ທາງເລືອກ, ໃນກໍລະນີນີ້ການຈັດລໍາດັບສຸດທ້າຍແລະ CM ຈະສະເຫມີ
ຄື​ກັນ. ເມື່ອ​ໃດ​ --gibbs ເປີດໃຊ້ງານ, -- ແກ່ນ ທາງ​ເລືອກ​ທີ່​ສາ​ມາດ​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​ເພື່ອ​ແກ່ນ​
ເຄື່ອງກໍາເນີດຕົວເລກແບບສຸ່ມຄາດຄະເນ, ເຮັດໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບສາມາດແຜ່ພັນໄດ້. ເປົ້າ​ຫມາຍ​ຂອງ
ໄດ້ --gibbs ທາງເລືອກແມ່ນເພື່ອຊ່ວຍໃຫ້ຜູ້ຊ່ຽວຊານດ້ານການສອດຄ່ອງ RNA ປັບປຸງໂຄງສ້າງ
ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ໂດຍ​ການ​ໃຫ້​ເຂົາ​ເຈົ້າ​ສັງ​ເກດ​ເບິ່ງ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ຄະ​ແນນ​ສູງ​ທາງ​ເລືອກ​.

-- ແກ່ນ
ແກ່ນເຄື່ອງກໍາເນີດຈໍານວນ Random ກັບ , an integer >= 0. ທາງເລືອກນີ້ສາມາດພຽງແຕ່
ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​ໃນ​ການ​ປະ​ສົມ​ປະ​ສານ​ກັບ​ --gibbs. If ບໍ່ແມ່ນສູນ, ການເກັບຕົວຢ່າງ stochastic ຂອງ
ການຈັດວາງຈະແຜ່ພັນໄດ້; ຄໍາສັ່ງດຽວກັນຈະໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບດຽວກັນ. ຖ້າ
ແມ່ນ 0, ເຄື່ອງກໍາເນີດຕົວເລກແບບສຸ່ມແມ່ນ seeded arbitrarily, ແລະ stochastic.
ຕົວຢ່າງອາດຈະແຕກຕ່າງກັນຈາກການແລ່ນໄປຫາຄໍາສັ່ງດຽວກັນ. ເມັດພືດເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.

--cyk ກັບ -- ປັບ​ປຸງ​, ສອດຄ່ອງກັບສູດການຄິດໄລ່ CYK. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຄວາມຖືກຕ້ອງທີ່ດີທີ່ສຸດ
ສູດການຄິດໄລ່ຖືກນໍາໃຊ້. ມີຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບເລື່ອງນີ້ຢູ່ໃນ cmalign ຫນ້າຄູ່ມື.

--notrunc
ກັບ -- ປັບ​ປຸງ​, ປິດລະບົບການຈັດຮຽງທີ່ຕັດອອກ. ມີຫຼາຍ
ຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບເລື່ອງນີ້ຢູ່ໃນ cmalign ຫນ້າຄູ່ມື.

ການນໍາໃຊ້ -- ພັດທະນາການຊ່ວຍເຫຼືອ ເພື່ອເບິ່ງເພີ່ມເຕີມ, ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ undocumented, alignment refinement ທາງເລືອກເປັນ
ເຊັ່ນດຽວກັນກັບທາງເລືອກໄຟລ໌ຜົນຜະລິດອື່ນໆແລະທາງເລືອກໃນການກໍ່ສ້າງຫຼາຍແບບສໍາລັບການດຽວ
ການຈັດວາງ.

ໃຊ້ cmbuild ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net