codonw - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

codonw - ການວິເຄາະການຕອບໂຕ້ຂອງການນໍາໃຊ້ Codon

ລາຍລະອຽດ

codonW [inputfile] [outputfile] [bulkoutfile] [ຕົວເລືອກ] ທາງເລືອກທົ່ວໄປ ແລະຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:

-h(elp)
ຂໍ້​ຄວາມ​ຊ່ວຍ​ເຫຼືອ​ນີ້​

- ນາມ​ສະ​ກຸນ​
ປ້ອງກັນບໍ່ໃຫ້ການໂຕ້ຕອບເມນູຖືກສະແດງ

-nowarn
ປ້ອງກັນການເຕືອນກ່ຽວກັບລໍາດັບທີ່ຈະຖືກສະແດງ

- ງຽບ
ຂຽນທັບໄຟລ໌ຢ່າງງຽບໆ

- ຈໍານວນທັງຫມົດ
ປະກອບພັນທຸກໍາໃນ inputfile

-ເຄື່ອງຈັກ
ຜົນຜະລິດທີ່ເຄື່ອງອ່ານໄດ້

- ມະນຸດ ຜົນຜະລິດທີ່ມະນຸດອ່ານໄດ້

- ລະ​ຫັດ​ N
ລະຫັດພັນທຸກໍາຕາມທີ່ກໍານົດພາຍໃຕ້ເມນູ 3 ທາງເລືອກ 5

-f_type N
Fop/CBI codons ຕາມທີ່ກຳນົດໄວ້ໃນເມນູ 3 ທາງເລືອກ 6

-c_type N
ຄ່າ​ການ​ອອກ​ກໍາ​ລັງ​ກາຍ Cai ຕາມ​ທີ່​ກໍາ​ນົດ​ໂດຍ​ເມ​ນູ 3 ທາງ​ເລືອກ 7​

-t (char)
ຕົວຂັ້ນຖັນທີ່ຈະໃຊ້ໃນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ (ເຄື່ອງໝາຍຈຸດ, ແຖບ, ຍະຫວ່າງ)

ຕົວຊີ້ວັດການໃຊ້ Codon ແລະດັດຊະນີອາຊິດອາມິໂນ

-ໄຄ ຄິດ​ໄລ່ Codon Adaptation Index (CAI)

-fop ຄິດໄລ່ຄວາມຖີ່ຂອງດັດຊະນີ OPtimal codons (FOP)

-cbi ຄິດ​ໄລ່ Codon Bias Index (CBI)

-enc ຈຳນວນ Codons (ENc) ທີ່ມີຜົນ

-gc ເນື້ອໃນ G+C ຂອງ gene (ທັງ 3 ຕຳແໜ່ງ codon)

-gcs3 GC ຂອງ codons synonymous ຕໍາແຫນ່ງທີ 3

-sil_base
ອົງປະກອບພື້ນຖານຢູ່ທີ່ຕໍາແຫນ່ງ codon ທີສາມທີ່ຄ້າຍຄືກັບ

-L_sym ຈໍານວນຂອງ codons ທີ່ຄ້າຍຄືກັນ

-L_aa ຈໍາ​ນວນ​ທັງ​ຫມົດ​ຂອງ codons synonymous ແລະ​ບໍ່​ແມ່ນ synonymous​

-all_indices
ຕົວຊີ້ວັດຂ້າງເທິງທັງຫມົດ

-ອາໂຣ ຄິດໄລ່ຄວາມຫອມຂອງທາດໂປຼຕີນ

- ໄຮດ ຄິດໄລ່ hydropathicity ຂອງທາດໂປຼຕີນ

-cai_file
{file} ຜູ້ໃຊ້ປ້ອນໄຟລ໌ຂອງຄ່າ CAI

-cbi_file
{file} ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຂອງຜູ້ໃຊ້ຂອງຄ່າ CBI

-fop_file
{file} ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຂອງຜູ້ໃຊ້ຂອງຄ່າ Fop

ທາງເລືອກການວິເຄາະຈົດໝາຍ (COA).

-coa_cu
COA ຂອງຄວາມຖີ່ການນໍາໃຊ້ codon

-coa_rscu
COA ຂອງ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້ Codon ທີ່​ຄ້າຍ​ຄື​ກັນ​

-coa_aa
COA ຂອງຄວາມຖີ່ການນໍາໃຊ້ອາຊິດ amino

-coa_expert
ສ້າງສະຖິຕິລະອຽດ (ຜູ້ຊ່ຽວຊານ) ກ່ຽວກັບ COA

-coa_axes N
ເລືອກຈໍານວນແກນເພື່ອບັນທຶກ

-coa_num N
ເລືອກຈໍານວນພັນທຸກໍາທີ່ຈະໃຊ້ເພື່ອກໍານົດຄ່າ codons ທີ່ດີທີ່ສຸດສາມາດເປັນທັງຫມົດ
ຕົວເລກຫຼືອັດຕາສ່ວນ (5 ຫຼື 10%)

ຕົວເລືອກຜົນຜະລິດຈໍານວນຫລາຍ | ພຽງແຕ່ຫນຶ່ງສາມາດເລືອກໄດ້ຕໍ່ການວິເຄາະ

-aau ການໃຊ້ອາຊິດອາມິໂນ (AAU)

-raau ການນຳໃຊ້ອາຊິດອາມິໂນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ (RAAU)

- ກັບ ການນຳໃຊ້ໂຄໂດນ (CU) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

- cutab ຕາຕະລາງການນໍາໃຊ້ codon

- cutot ຕາຕະລາງການນໍາໃຊ້ codon ຂອງຊຸດຂໍ້ມູນ

-rscu ການ​ນໍາ​ໃຊ້ Codon ທີ່​ຄ້າຍ​ຄື​ກັນ (RSCU​)

- ໄວ ຮູບແບບ fasta

- ກະທັດຮັດ ຮູບແບບ fasta

-ຜູ້ອ່ານ
ຮູບແບບຕົວອ່ານ (codons ຖືກແຍກອອກໂດຍຊ່ອງຫວ່າງ)

-ແປ
ການແປແນວຄວາມຄິດຂອງ DNA ເປັນອາຊິດ amino

- ຖານ ບົດລາຍງານລາຍລະອຽດຂອງອົງປະກອບ codon G+C

-dinuc ການໃຊ້ Dinucleotide ຂອງສາມ codon pos.

- noblk ບໍ່ມີຜົນຜະລິດຈໍານວນຫລາຍທີ່ຈະຂຽນໃສ່ໄຟລ໌

ບ່ອນທີ່ {file} ເປັນຕົວແທນຂອງຊື່ໄຟລ໌ທີ່ປ້ອນ, ແລະ N ເປັນ integer value ຄວບຄຸມອອກ <>

ໃຊ້ codonw ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net