ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ create_matrix ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
create_matrix - ຄິດໄລ່ຄ່າຄວາມຄ້າຍຄືກັນຂອງ genome matrix
ສະຫຼຸບສັງລວມ
create_matrix [ທາງເລືອກໃນການ] ຊື່
ລາຍລະອຽດ
ຄິດໄລ່ matrix ຄວາມຄ້າຍຄືກັນ.
ຫນ້າທໍາອິດ, ຊຸດຂອງການອ່ານແມ່ນ simulated ສໍາລັບທຸກ genome ອ້າງອີງໂດຍໃຊ້ simulator ອ່ານຈາກ
core/tools.py ລະບຸຜ່ານ -s. ອັນທີສອງ, ການອ່ານແບບຈໍາລອງຂອງແຕ່ລະຊະນິດແມ່ນຖືກສ້າງແຜນທີ່
ຕໍ່ກັບທຸກ genomes ອ້າງອີງໂດຍໃຊ້ mapper ທີ່ລະບຸໄວ້ກັບ -m. ອັນທີສາມ, ຜົນໄດ້ຮັບ
SAM-files ຖືກວິເຄາະເພື່ອຄິດໄລ່ matrix ຄວາມຄ້າຍຄືກັນ. ມາຕຣິກເບື້ອງຄວາມຄ້າຍຄືກັນຖືກເກັບໄວ້
ເປັນໄຟລ໌ຕົວເລກ (-o).
OPTIONS
ຊື່ ຊື່ໄຟລ໌ຂອງໄຟລ໌ຊື່; ໄຟລ໌ຊື່ຂໍ້ຄວາມທໍາມະດາຄວນມີຫນຶ່ງຊື່ຕໍ່
ສາຍ. ຊື່ຖືກໃຊ້ເປັນຕົວລະບຸໃນ algorithm ທັງໝົດ.
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ
-s SIMULATOR, --simulator=ຕົວ ຈຳ ລອງ
ຕົວລະບຸຕົວຈຳລອງການອ່ານທີ່ກຳນົດໄວ້ໃນ core/tools.py [default: none]
-r REF, --ອ້າງອີງ=REF
ຮູບແບບໄຟລ໌ລໍາດັບອ້າງອີງສໍາລັບເຄື່ອງຈໍາລອງການອ່ານ. ຕົວຍຶດສໍາລັບຊື່ແມ່ນ
"%s". [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./ref/%s.fasta]
-m ແຜນທີ່, --ຜູ້ສ້າງແຜນທີ່=ແຜນທີ່
ຕົວລະບຸຂອງ mapper ກຳນົດໄວ້ໃນ core/tools.py [default: none]
-i INDEX, --index=INDEX
ໄຟລ໌ດັດສະນີອ້າງອີງສໍາລັບແຜນທີ່ອ່ານ. ຕົວຍຶດຂອງຊື່ແມ່ນ "%s".
[ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./ref/%s.fasta]
-t TEMP, --ອຸນຫະພູມ=TEMP
ໄດເລກະທໍລີເພື່ອເກັບຮັກສາຊຸດຂໍ້ມູນຈໍາລອງຊົ່ວຄາວແລະໄຟລ໌ SAM. [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./temp]
-o ອອກ, -- ຜົນຜະລິດ=ອອກໄປ
ສົ່ງອອກໄຟລ໌ matrix ຄວາມຄ້າຍຄືກັນ. [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./similarity_matrix.npy]
ໃຊ້ create_matrix ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
