diffseqe - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

diffseq - ປຽບທຽບແລະລາຍງານລັກສະນະຂອງສອງລໍາດັບທີ່ຄ້າຍຄືກັນ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ຄວາມແຕກຕ່າງ - ລໍາດັບ ລໍາດັບ - ລໍາດັບ ລໍາດັບ - ຂະ​ຫນາດ​ຄໍາ​ integer
[- ຄວາມ​ແຕກ​ຕ່າງ​ທົ່ວ​ໂລກ​ ປຸ້ຍ] -outfile ບົດ​ລາຍ​ງານ -aoutfeat featout - ການ​ແຂ່ງ​ຂັນ​ featout

ຄວາມແຕກຕ່າງ -ຊ່ວຍ

ລາຍລະອຽດ

ຄວາມແຕກຕ່າງ ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "ຈັດຮຽງ: ຄວາມແຕກຕ່າງ".

OPTIONS

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- ລໍາດັບ ລໍາດັບ

- ລໍາດັບ ລໍາດັບ

ທີ່ກໍານົດໄວ້ ສ່ວນ
- ຂະ​ຫນາດ​ຄໍາ​ integer
ພາກພື້ນທີ່ຄ້າຍຄືກັນລະຫວ່າງສອງລໍາດັບແມ່ນພົບເຫັນໂດຍການສ້າງຕາຕະລາງ hash ຂອງ
'wordsize'd ຕໍ່ມາ. 10 ເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທີ່ສົມເຫດສົມຜົນ. ເຮັດໃຫ້ຄ່ານີ້ໃຫຍ່ຂຶ້ນ (20?)
ອາດຈະເລັ່ງໂຄງການເລັກນ້ອຍ, ແຕ່ຈະຫມາຍຄວາມວ່າມີສອງຄວາມແຕກຕ່າງພາຍໃນ
'wordsize' ຂອງກັນແລະກັນຈະຖືກຈັດກຸ່ມເປັນພາກພື້ນດຽວຂອງຄວາມແຕກຕ່າງ. ມູນຄ່ານີ້
ອາດຈະເຮັດໃຫ້ນ້ອຍລົງ (4?) ເພື່ອປັບປຸງການແກ້ໄຂຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ໃກ້ຄຽງ, ແຕ່
ໂຄງການຈະຊ້າລົງຫຼາຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10

ເພີ່ມເຕີມ ສ່ວນ
- ຄວາມ​ແຕກ​ຕ່າງ​ທົ່ວ​ໂລກ​ ປຸ້ຍ
ໂດຍປົກກະຕິໂຄງການນີ້ຈະຊອກຫາພາກພື້ນຂອງຕົວຕົນທີ່ມີຄວາມຍາວຂອງ
ຂະ​ຫນາດ​ຄໍາ​ທີ່​ກໍາ​ນົດ​ໄວ້​ຫຼື​ຫຼາຍ​ກວ່າ​ແລະ​ຫຼັງ​ຈາກ​ນັ້ນ​ຈະ​ລາຍ​ງານ​ພາກ​ພື້ນ​ຂອງ​ຄວາມ​ແຕກ​ຕ່າງ​ລະ​ຫວ່າງ​
ພາກພື້ນທີ່ກົງກັນເຫຼົ່ານີ້. ນີ້ເຮັດວຽກໄດ້ດີແລະເປັນສິ່ງທີ່ຄົນສ່ວນໃຫຍ່ຕ້ອງການຖ້າພວກເຂົາເປັນ
ເຮັດວຽກກັບລໍາດັບອາຊິດ nucleic ທີ່ຊ້ອນກັນຍາວ. ປົກກະຕິແລ້ວເຈົ້າບໍ່ສົນໃຈ
ໃນຕອນທ້າຍທີ່ບໍ່ທັບຊ້ອນກັນຂອງລໍາດັບເຫຼົ່ານີ້. ຖ້າທ່ານມີທາດໂປຼຕີນຈາກລໍາດັບຫຼືສັ້ນ
ລໍາດັບ RNA ແນວໃດກໍ່ຕາມ, ທ່ານຈະມີຄວາມສົນໃຈໃນຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ສຸດ. ມັນ
ຕົວເລືອກນີ້ຖືກຕັ້ງໃຫ້ເປັນຄວາມຈິງຫຼັງຈາກນັ້ນຄວາມແຕກຕ່າງໃນທ້າຍຈະຖືກລາຍງານ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N

ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-outfile ບົດ​ລາຍ​ງານ

-aoutfeat featout
ໄຟລ໌ສໍາລັບຜົນໄດ້ຮັບຂອງລັກສະນະລໍາດັບທໍາອິດ ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: $(asequence.name).diffgff

- ການ​ແຂ່ງ​ຂັນ​ featout
ໄຟລ໌ສໍາລັບຜົນໄດ້ຮັບຂອງລັກສະນະລໍາດັບທີສອງ ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: $(bsequence.name).diffgff

ໃຊ້ diffseqe ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net