disulfinder - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

disulfinder - cysteine ​​disulfide ພັນທະບັດລັດແລະຕົວຄາດຄະເນການເຊື່ອມຕໍ່

ສະຫຼຸບສັງລວມ

disulfinder [ຕົວເລືອກ]

ລາຍລະອຽດ

'disulfinder' ແມ່ນສໍາລັບການຄາດຄະເນສະຖານະການຜູກມັດ disulfide ຂອງ cysteines ແລະພວກມັນ
ການເຊື່ອມຕໍ່ disulfide ເລີ່ມຕົ້ນຈາກລໍາດັບດຽວ. ຂົວ disulfide ມີບົດບາດສໍາຄັນ
ໃນສະຖຽນລະພາບຂອງຂະບວນການພັບສໍາລັບທາດໂປຼຕີນຫຼາຍ. ການຄາດຄະເນຂອງ disulfide
ຂົວຈາກລໍາດັບຢ່າງດຽວຈຶ່ງເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການສຶກສາໂຄງສ້າງແລະການເຮັດວຽກ
ຄຸນສົມບັດຂອງໂປຣຕີນສະເພາະ. ນອກຈາກນັ້ນ, ຄວາມຮູ້ກ່ຽວກັບລັດຜູກມັດ disulfide
ຂອງ cysteine ​​​ອາດ​ຈະ​ຊ່ວຍ​ໃຫ້​ຂະ​ບວນ​ການ​ການ​ກໍາ​ນົດ​ໂຄງ​ປະ​ກອບ​ການ​ທົດ​ລອງ​ແລະ​ອາດ​ຈະ​ເປັນ​ປະ​ໂຫຍດ​
ໃນວຽກງານການອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາອື່ນໆ. 'disulfinder' ຄາດຄະເນຮູບແບບ disulfide ໃນສອງ
ຂັ້ນ​ຕອນ​ການ​ຄິດ​ໄລ່​: (1​) ສະ​ພາບ​ການ​ຜູກ​ພັນ disulfide ຂອງ​ແຕ່​ລະ cysteine ​​ຄາດ​ຄະ​ເນ​ໂດຍ
BRNN-SVM ຕົວຈັດປະເພດຄູ່; (2) cysteine ​​​ທີ່​ເປັນ​ທີ່​ຮູ້​ຈັກ​ເຂົ້າ​ຮ່ວມ​ໃນ​ການ​ສ້າງ​ຕັ້ງ​
ຂອງຂົວແມ່ນຈັບຄູ່ໂດຍເຄືອຂ່າຍ Neural Network ຄືນໃໝ່ເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຮູບແບບການເຊື່ອມຕໍ່.

ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ

A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo ແລະ P. Frasconi. DISULFIND: ລັດພັນທະບັດ Disulfide
ແລະ Cysteine ​​Connectivity Prediction Server, ການຄົ້ນຄວ້າອາຊິດນິວຄລີອິກ, 34(ເວັບເຊີບເວີ
ສະບັບ): W177-W181, 2006.

ສໍາລັບຕົວຄາດຄະເນການເຊື່ອມຕໍ່ disulphide ເບິ່ງ:

A. Vullo ແລະ P. Frasconi. ການຄາດເດົາການເຊື່ອມຕໍ່ Disulfide ໂດຍໃຊ້ Recursive Neural
ເຄືອຂ່າຍ ແລະຂໍ້ມູນວິວັດທະນາການ, Bioinformatics, 20, 653-659, 2004.

ສໍາລັບຜູ້ຄາດຄະເນລັດພັນທະບັດ cysteine ​​ເບິ່ງ:

P. Frasconi, A. Passerini, ແລະ A. Vullo. A ສະຖາປັດຕະຍະກໍາ SVM ສອງຂັ້ນຕອນສໍາລັບການຄາດເດົາ
Disulfide Bonding State of Cysteines, Proc. ກອງປະຊຸມ IEEE ກ່ຽວກັບເຄືອຂ່າຍ neural ສໍາລັບສັນຍານ
ການປຸງແຕ່ງ, pp.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini ແລະ A.Vullo. ຄາດຄະເນສະຖານະພັນທະບັດ Disulfide ຂອງ
Cysteines ກັບການຜະສົມຜະສານຂອງເຄື່ອງຈັກ Kernel, Journal of VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.

OPTIONS

-a, --ທາງເລືອກ=NUMBER
ຮູບແບບການເຊື່ອມຕໍ່ທາງເລືອກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=3)

-o, --output=DIR
output dir ບ່ອນທີ່ການຄາດຄະເນຈະຖືກບັນທຶກໄວ້ (default=$PWD)

-p, --psi2=FILE|DIR
ການປ້ອນຂໍ້ມູນໃນຮູບແບບ psi2 (PSI-BLAST Matrix ໃນ ASCII), ບໍ່ວ່າຈະເປັນໄຟລ໌ດຽວ ຫຼື a
ໄດເລກະທໍລີ (?). ສ້າງອັນນີ້ດ້ວຍ "blastpgp -j -Q FILE" ບ່ອນທີ່ N >= 2.

-r, --rootdir=DIR
ໄດເລກະທໍລີບ່ອນເຮັດວຽກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=~/disulfinder)

-k, --pkgdatadir=DIR
package data directory ປະກອບມີ Models (default=/usr/share/disulfinder)

-F, --format={html|ascii}
ປະເພດຮູບແບບຜົນຜະລິດ (default=ascii)

-d --blastdb=DIR
blastpgp -d ທາງເລືອກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ =/data/sp+trembl)

-c, --cleanpred
ລຶບໄຟລ໌ການຄາດຄະເນລະດັບປານກາງ (default=false)

-P, --usepsm
ໃຊ້ pssm ແທນການນັບສໍາລັບໂປຣໄຟລ໌ (default=false)

-C, --knownbondingstate
ສົມ​ມຸດ​ວ່າ​ສະ​ຖາ​ນະ​ການ​ຜູກ​ພັນ​ແມ່ນ​ເປັນ​ທີ່​ຮູ້​ຈັກ (ຫນຶ່ງ​ໄຟລ​໌​ສໍາ​ລັບ​ແຕ່​ລະ​ຕ່ອງ​ໂສ້​ໃນ​ລະ​ບົບ​
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=false)

-v, --ເວີຊັ່ນ
ສະບັບ disulfinder

-?, --help
ຫນ້າ​ຈໍ​ຊ່ວຍ​ເຫຼືອ​

ຕົວຢ່າງ

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

ໃຊ້ disulfinder ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net