ນີ້ແມ່ນ dsimulator ຄໍາສັ່ງທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
dsimulator - ສ້າງການອ່ານສັງເຄາະສໍາລັບ genome ແບບສຸ່ມ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ເຄື່ອງຈຳລອງ genlen: double [-cສອງ (20.)] [-bສອງ (5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-eສອງ (15)][-Mເອກະສານ]
ລາຍລະອຽດ
ເຄື່ອງຈຳລອງ ທໍາອິດສ້າງ genome ປອມຂອງຂະຫນາດ ເຈນເລນ* ຍາວ 1Mb, ທີ່ມີ AT-bias ຂອງ
-b. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ມັນສ້າງຕົວຢ່າງການອ່ານຂອງຄວາມຍາວສະເລ່ຍ -m ຈາກຄວາມຍາວຂອງບັນທຶກປົກກະຕິ
ການແຜ່ກະຈາຍທີ່ມີມາດຕະຖານ deviation -s, ແຕ່ບໍ່ສົນໃຈການອ່ານທີ່ມີຄວາມຍາວໜ້ອຍກວ່າ -xທີ່ຢູ່ ມັນ
ເກັບກໍາການອ່ານພຽງພໍເພື່ອໃຫ້ກວມເອົາ genome -c ເວລາແລະແນະນໍາ -e ຄວາມຜິດພາດສ່ວນຫນຶ່ງເຂົ້າໄປໃນ
ແຕ່ລະຄົນອ່ານທີ່ອັດຕາສ່ວນຂອງການແຊກ, ລຶບ, ແລະການທົດແທນແມ່ນກໍານົດໂດຍການກໍານົດ
ຄົງທີ່ INS_RATE (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 73%) ແລະ DEL_RATE (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 20%) ພາຍໃນ generate.c. ຫນຶ່ງສາມາດ
ຍັງຄວບຄຸມອັດຕາການອ່ານຖືກເລືອກຈາກສາຍສົ່ງຕໍ່ແລະປີ້ນກັບ
ຕັ້ງຄ່າ FLIP_RATE ຄົງທີ່ທີ່ກໍານົດໄວ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 50/50). ໄດ້ -r ແກ່ນທາງເລືອກ Random
ເຄື່ອງກໍາເນີດຕົວເລກສໍາລັບການຜະລິດຂອງ genome ເພື່ອໃຫ້ຄົນສາມາດຜະລິດຄືນໃຫມ່ໄດ້
genome ພື້ນຖານດຽວກັນກັບຕົວຢ່າງຈາກ. ຖ້າພາລາມິເຕີນີ້ຂາດຫາຍໄປ, ລະຫັດວຽກ
ຂອງເມັດ invocation ກໍາເນີດເລກສຸ່ມ. ຜົນຜະລິດແມ່ນຖືກສົ່ງໄປຫາມາດຕະຖານ
ຜົນຜະລິດ (ເຊັ່ນມັນເປັນທໍ່ UNIX). ຜົນຜະລິດແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ Pacbio .fasta ທີ່ເຫມາະສົມກັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ
to fasta2DB(1). ສຸດທ້າຍ, ໄດ້ -M ທາງເລືອກຮຽກຮ້ອງໃຫ້ພິກັດທີ່ແຕ່ລະຄົນອ່ານ
ໄດ້ຮັບການຍົກຕົວຢ່າງແມ່ນລາຍລັກອັກສອນກັບໄຟລ໌ທີ່ຊີ້ບອກ, ຫນຶ່ງແຖວຕໍ່ການອ່ານ, ASCII ເຂົ້າລະຫັດ.
ໄຟລ໌ "ແຜນທີ່" ນີ້ເປັນສິ່ງຈໍາເປັນບອກຫນຶ່ງບ່ອນທີ່ທຸກໆການອ່ານຢູ່ໃນສະພາແຫ່ງແລະຫຼາຍ
ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບຈຸດປະສົງ debugging ແລະການທົດສອບ. ຖ້າຄູ່ອ່ານແມ່ນເວົ້າວ່າ b, e ຖ້າ b < e the
ອ່ານໄດ້ຮັບການຍົກຕົວຢ່າງຈາກ [b, e] ໃນທິດທາງຕໍ່ໄປ, ແລະຖ້າຫາກວ່າ b > e ຈາກ [e, b] ໃນ.
ທິດທາງປີ້ນກັບກັນ.
ໃຊ້ dsimulator ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
