ecoPCR - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

ecoPCR - ການຊອກຫາລໍາດັບແລະການປະສົມ taxonomy ກັບ primers ທີ່ໃຫ້

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ecoPCR [ທາງເລືອກ] <ນິວຄລີໂອຕິກ ຮູບແບບ>

ລາຍລະອຽດ

ecoPCR ແມ່ນຊອບແວ PCR ເອເລັກໂຕຣນິກທີ່ພັດທະນາໂດຍ LECA ແລະ Helix-Project. ມັນຊ່ວຍໃຫ້
ປະເມີນຄຸນນະພາບຂອງ barcode primers.

OPTIONS

-a : ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງເກືອໃນ M ສໍາລັບການຄິດໄລ່ Tm (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.05 M)

-c : ພິຈາລະນາວ່າລໍາດັບຖານຂໍ້ມູນແມ່ນ [c]ircular

-d : [D]atabase : ເພື່ອໃຫ້ກົງກັບຮູບແບບທີ່ຄາດໄວ້, ຖານຂໍ້ມູນ
ຕ້ອງ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ຈັດ​ຮູບ​ແບບ​ທໍາ​ອິດ​ໂດຍ​ ecoPCRF ຮູບແບບ(1) ໂຄງການ. ecoPCRF ຮູບແບບ(1) ສ້າງ
ສາມ​ປະ​ເພດ​ໄຟລ​໌​:

.sdx : ມີລໍາດັບ

.tdx : ມີຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບການຈັດໝວດໝູ່

.rdx : ປະກອບມີການຈັດລຽງລຳດັບ

ecoPCR ຕ້ອງການທຸກປະເພດໄຟລ໌. ດັ່ງນັ້ນ, ທ່ານຕ້ອງຂຽນຖານຂໍ້ມູນຮາກ
ໂດຍບໍ່ມີການຂະຫຍາຍໃດໆ. ຍົກ​ຕົວ​ຢ່າງ /ecoPCRDB/gbmam

-D : ຮັກສາຈໍານວນ nucleotides ທີ່ກໍານົດໄວ້ໃນແຕ່ລະດ້ານຂອງຊິລິໂຄນ
ລໍາດັບການຂະຫຍາຍ (ລວມທັງຊິ້ນ DNA ຂະຫຍາຍບວກກັບສອງເປົ້າຫມາຍ
ລໍາດັບຂອງ primers).

-e : [E]ຄວາມຜິດພາດ : ຄວາມຜິດພາດສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໂດຍ oligonucleotide (0 ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-h : [H]ຊ່ວຍພິມ ຊ່ວຍເຫຼືອ

-i : [ຂ້ອຍ]ລະເລີຍ ID ການຈັດໝວດໝູ່ທີ່ໃຫ້ໄວ້.
ລະຫັດການເກັບພາສີແມ່ນມີໃຫ້ໂດຍໃຊ້ໂປຣແກຣມ ecofind. ເບິ່ງການຊ່ວຍເຫຼືອຂອງມັນພິມ ecofind
-h ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ.

-k : [K] ໂໝດອານາຈັກ : ຕັ້ງໂໝດອານາຈັກ
ຮູບແບບ Super kingdom ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

-l : ຕໍາ່ສຸດ [L]ength : ກໍານົດຄວາມຍາວຂອງ amplication ຕໍາ່ສຸດທີ່.

-L : ສູງສຸດ [L]ength : ກໍານົດການຂະຫຍາຍສູງສຸດ.

-m : ວິທີການແກ້ໄຂເກືອສໍາລັບການຄິດໄລ່ Tm (SANTALUCIA : 1
ຫຼື OWCZARZY:2, default=1)

-r : [R]ຈຳກັດການຄົ້ນຫາໃຫ້ໃສ່ລະຫັດ taxonomic ທີ່ໃຫ້ໄວ້.
ລະຫັດການເກັບພາສີແມ່ນມີໃຫ້ໂດຍໃຊ້ໂປຣແກຣມ ecofind. ເບິ່ງການຊ່ວຍເຫຼືອຂອງມັນພິມ ecofind
-h ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ.

ການໂຕ້ຖຽງທໍາອິດ: oligonucleotide ສໍາລັບສາຍໂດຍກົງ

ການໂຕ້ຖຽງທີສອງ: oligonucleotide ສໍາລັບສາຍພັນປີ້ນກັບກັນ

ລາຍ​ລະ​ອຽດ​ຜົນ​ໄດ້​ຮັບ​ຕາ​ຕະ​ລາງ​:

ຖັນທີ 1: ໝາຍເລກເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ

ຖັນທີ 2: ຄວາມຍາວຂອງລຳດັບ

ຖັນທີ 3: id ການຈັດໝວດໝູ່

ຖັນທີ 4: ອັນດັບ

ຖັນທີ 5 : ປະເພດ id taxonomic

ຖັນທີ 6: ຊື່ວິທະຍາສາດ

ຖັນທີ 7: genus taxonomic id

ຖັນທີ 8: ຊື່ສະກຸນ

ຖັນທີ 9: ID ການຈັດໝວດໝູ່ຂອງຄອບຄົວ

ຖັນທີ 10: ຊື່ຄອບຄົວ

ຖັນທີ 11: super kingdom taxonomic id

ຖັນທີ 12 : ຊື່ອານາຈັກໃຫຍ່

ຖັນທີ 13: ເສັ້ນ (ກົງ ຫຼື ປີ້ນ)

ຖັນທີ 14 : oligonucleotide ທໍາອິດ

ຖັນ 15 : ຈໍານວນຄວາມຜິດພາດສໍາລັບສາຍທໍາອິດ

ຖັນທີ 16 : Tm ສໍາລັບການປະສົມຂອງ primer 1 ຢູ່ໃນເວັບໄຊທ໌ນີ້

ຖັນທີ 17 : ໂອລິໂກນິວຄລີໂອທີນທີສອງ

ຖັນ 18 : ຈໍານວນຄວາມຜິດພາດຂອງສາຍທີສອງ

ຖັນທີ 19 : Tm ສໍາລັບການປະສົມຂອງ primer 1 ຢູ່ໃນເວັບໄຊທ໌ນີ້

ຖັນທີ 20: ຄວາມຍາວຂະຫຍາຍ

ຖັນທີ 21: ລຳດັບ

ຖັນທີ 22: ຄໍານິຍາມ

ໃຊ້ ecoPCR ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net