ນີ້ແມ່ນ efetch ຄໍາສັ່ງທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS emulator ອອນໄລນ໌.
ໂຄງການ:
NAME
efetch - ດຶງຂໍ້ມູນຈາກຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ດຶງເອົາ -ທາງເລືອກ [ຖານຂໍ້ມູນ:]
ລາຍລະອຽດ
ໃນທ້າຍຊຸມປີ 90s efetch ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ນິຍົມກັນຫຼາຍເພື່ອດຶງຂໍ້ມູນຈາກ
ລໍາດັບ bioinformatics ສາທາລະນະທົ່ວໄປທີ່ສຸດແລະຖານຂໍ້ມູນ motif.
ຖານຂໍ້ມູນ
SWissprot/SP, PIR, WOrmpep/WP, EMbl, GEnbank/GB, ProDom, ProSite
ທາງເລືອກ:
-a ຄົ້ນຫາດ້ວຍຈໍານວນການເຂົ້າຮ່ວມ
-f ຜົນຜະລິດຮູບແບບ Fasta
-q ລຳດັບພຽງແຕ່ຜົນຜະລິດ (ໜຶ່ງແຖວ)
-s <#> ເລີ່ມຕົ້ນທີ່ຕຳແໜ່ງ #
-e <#> ຢຸດຢູ່ຕຳແໜ່ງ #
-o ທາງເລືອກ ແລະຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ...
-D ລະບຸໄດເລກະທໍລີຖານຂໍ້ມູນ
-H ສະແດງຂໍ້ມູນສ່ວນຫົວຂອງດັດຊະນີ
-p ສະແດງຊື່ເຂົ້າຢູ່ໃນເສັ້ນທາງຄົ້ນຫາ
-r ພິມລໍາດັບໃນຮູບແບບ 'ດິບ'
-m ດຶງຂໍ້ມູນຈາກຖານຂໍ້ມູນຂະໜາດນ້ອຍປະສົມ
-M ຜົນຜະລິດຮູບແບບ mini
-b ຢ່າປີ້ນກັບລໍາດັບຂອງ bytes (SunOS, IRIX ເຮັດ reverse, Alpha ບໍ່ແມ່ນ)
-d ລະບຸໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນ (ຫຼີກເວັ້ນການນີ້)
-i ລະບຸໄຟລ໌ດັດສະນີ (ຫຼີກເວັ້ນການນີ້)
-l ລະບຸຕາຕະລາງການຊອກຫາການແບ່ງ (ຫຼີກເວັ້ນອັນນີ້)
-B ລະບຸຖານຂໍ້ມູນ (ເກົ່າ)
-A ສົ່ງຄືນພຽງແຕ່ຊື່ເຂົ້າສໍາລັບໝາຍເລກເຂົ້າໃຊ້ເທົ່ານັ້ນ
-n ໃຫ້ລໍາດັບຊື່ນີ້
-x ບໍ່ຕ້ອງການການສອບຖາມທີ່ຈະກົງກັບຊື່ຂອງການເຂົ້າຢ່າງແທ້ຈິງ (ຫຼີກເວັ້ນການ)
-w ສໍາລັບ Wormpep: ຍັງດຶງຂໍ້ມູນການເຂົ້າ SwissProt ຂ້າມອ້າງອີງ
-h ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້
ENVIRONMENT
SWDIR = SwissProt directory - ຖານຂໍ້ມູນແລະເອກະສານດັດສະນີ EMBL PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = Wormpep -- " -- EMBLDIR = EMBL -- " -- GBDIR =
Genbank -- " -- PRODOMDIR = ໂປຣໂດມ -- " -- PROSITEDIR = ໂປຣໄຊທ໌ -- " -- DBDIR
= ຜູ້ໃຊ້ເອງ -- " -- (ຮູບແບບ Fasta)
ໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນ SEQDB (ມາດຕະຖານ SwissProt)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ SEQDBIDX ຕາຕະລາງຊອກຫາພະແນກ DIVTABL
ຕົວຢ່າງ setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/
ໃຫ້ສັງເກດວ່າ seqs consensus ຂອງຄອບຄົວ Prodom ສາມາດດຶງມາໂດຍ PD:_#
ໃຊ້ການດຶງຂໍ້ມູນອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ການບໍລິການ onworks.net
