ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ eprimer32e ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
eprimer32 - ເລືອກ PCR primers ແລະ oligos ປະສົມ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ເອprimer32 - ລໍາດັບ seqall [- primer toggle] - ວຽກງານ ບັນຊີລາຍຊື່ [- ໄຮບິດ toggle]
-mishyblibraryfile infile -mispriminglibraryfile infile [- ຕົວເລກ integer]
[- ລວມທັງພາກພື້ນ ລະດັບ] [- ເຂດເປົ້າຫມາຍ ລະດັບ] [- ເຂດທີ່ຖືກຍົກເວັ້ນ ລະດັບ]
[- ສົ່ງຕໍ່ string] [- reverseinput string] -gcclamp integer -osize integer
- ຂະຫນາດນ້ອຍ integer - ຂະຫນາດສູງສຸດ integer -otm float - mintm float - ສູງສຸດທີ່ເຄຍ float
-maxdifftm float -ogcpercent float -mingc float -maxgc float - ເກືອ float
-dnaconc float - maxpolyx integer -psizeopt integer - prange ລະດັບ -ptmopt float
-ptmmin float -ptmmax float - ເຂດທີ່ຖືກຍົກເວັ້ນ ລະດັບ -oligoinput string
- osizeopt integer - ominsize integer - ຂະໜາດໃຫຍ່ integer - otmopt float
-otmmin float -otmmax float -ogcopt float -ogcmin float -ogcmax float
-osaltconc float - odnaconc float - ຕົນເອງ float - ຕົນເອງ float
-opolyxmax integer -omishybmax float - ອະທິບາຍ ປຸ້ຍ -fileflag ປຸ້ຍ
- ດັດຊະນີທໍາອິດ integer -pickanyway ປຸ້ຍ - ການຜິດພາດສູງສຸດ float
-pairmaxmispriming float - ຍອມຮັບ integer - ຕົນເອງ float - ຕົນເອງ float
- ການກວດສອບ ບັນຊີລາຍຊື່ -tmformula ບັນຊີລາຍຊື່ - ສະຖຽນລະພາບສູງສຸດ float -outfile outfile
ເອprimer32 -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
ເອprimer32 ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "Nucleic:Primers" (s).
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- ລໍາດັບ seqall
ລໍາດັບທີ່ຈະເລືອກເອົາ primers. ລຳດັບຕ້ອງສະແດງ 5' ຫາ 3'
- primer toggle
ບອກ Eprimer32 ໃຫ້ເລືອກເອົາ primer(s) ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
- ວຽກງານ ບັນຊີລາຍຊື່
ບອກ Eprimer32 ວ່າຈະເຮັດໜ້າທີ່ຫຍັງ. ຄ່າທາງດ້ານກົດໝາຍແມ່ນ 1: 'ເລືອກ PCR primers', 2: 'Pick
forward primer ເທົ່ານັ້ນ', 3: 'ເລືອກ primer reverse ເທົ່ານັ້ນ', 4: 'ບໍ່ຕ້ອງການ primers'. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ມູນຄ່າ: 1
- ໄຮບິດ toggle
'Oligo ພາຍໃນ' ມີຈຸດປະສົງເພື່ອໃຊ້ເປັນເຄື່ອງສໍາຫຼວດປະສົມ (hyb probe) ເພື່ອ
ກວດພົບຜະລິດຕະພັນ PCR ຫຼັງຈາກການຂະຫຍາຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
-mishyblibraryfile infile
ຄ້າຍກັບ MISPRIMING-LIBRARY, ຍົກເວັ້ນເຫດການທີ່ພວກເຮົາພະຍາຍາມຫຼີກລ້ຽງແມ່ນການປະສົມ.
ຂອງ oligo ພາຍໃນກັບລໍາດັບໃນຫ້ອງສະຫມຸດນີ້ແທນທີ່ຈະເປັນພື້ນຖານຈາກພວກມັນ. ໄດ້
ໄຟລ໌ຕ້ອງຢູ່ໃນຮູບແບບ FASTA (ຖືກຈຳກັດເລັກນ້ອຍ) (WB Pearson ແລະ DJ Lipman,
PNAS 85:8 pp 2444-2448 [1988]); ພວກເຮົາສົນທະນາໂດຍຫຍໍ້ກ່ຽວກັບການຈັດຕັ້ງຂອງໄຟລ໌ນີ້
ຂ້າງລຸ່ມນີ້. ຖ້າພາລາມິເຕີນີ້ຖືກລະບຸ, Eprimer32 ທ້ອງຖິ່ນຈັດຮຽງແຕ່ລະຜູ້ສະຫມັກ
oligo ຕໍ່ແຕ່ລະລໍາດັບຫ້ອງສະຫມຸດແລະປະຕິເສດ primers ເຫຼົ່ານັ້ນສໍາລັບທ້ອງຖິ່ນ
ຄະແນນການຈັດຮຽງເທົ່າກັບນ້ຳໜັກທີ່ກຳນົດ (ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້) ເກີນ
ພາຍໃນ-OLIGO-MAX-MISHYB. (ຄ່າສູງສຸດຂອງນ້ຳໜັກແມ່ນຕັ້ງເປັນ arbitrarily
12.0.) ແຕ່ລະລໍາດັບໃນໄຟລ໌ຮູບແບບ FASTA ຕ້ອງເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ 'id line' ທີ່.
ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ '>'. ເນື້ອໃນຂອງ id line ແມ່ນ 'ຖືກຈໍາກັດເລັກນ້ອຍ' ໃນນັ້ນ
Eprimer32 ວິເຄາະທຸກຢ່າງຫຼັງຈາກດາວທີ່ເປັນທາງເລືອກ ('*') ເປັນຈຸດລອຍ
ຕົວເລກທີ່ຈະໃຊ້ເປັນນ້ໍາຫນັກທີ່ໄດ້ກ່າວມາຂ້າງເທິງ. ຖ້າເສັ້ນ id ບໍ່ມີເຄື່ອງໝາຍດາວແລ້ວ
ນ້ຳໜັກເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 1.0. ລະບົບການໃຫ້ຄະແນນການຈັດຮຽງທີ່ໃຊ້ແມ່ນຄືກັນກັບການ
ການຄິດໄລ່ຄວາມສົມບູນລະຫວ່າງ oligos (ເຊັ່ນ: ຕົນເອງ-ອັນໃດກໍໄດ້). ສ່ວນທີ່ເຫຼືອຂອງການເຂົ້າ
ມີລໍາດັບເປັນແຖວຕາມແຖວ id ຈົນຮອດແຖວທີ່ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ '>'
ຫຼືໃນຕອນທ້າຍຂອງໄຟລ໌. ຊ່ອງຫວ່າງ ແລະແຖວໃໝ່ຖືກລະເລີຍ. ຕົວອັກສອນ 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' ຖືກຮັກສາໄວ້ ແລະຕົວອັກສອນອື່ນໆຈະຖືກປ່ຽນເປັນ 'N' (ກັບ
ຜົນສະທ້ອນທີ່ລະຫັດ IUB / IUPAC ໃດໆສໍາລັບພື້ນຖານທີ່ບໍ່ຊັດເຈນຈະຖືກປ່ຽນເປັນ 'N').
ບໍ່ມີຂໍ້ຈໍາກັດກ່ຽວກັບຄວາມຍາວຂອງເສັ້ນ. ຄ່າຫວ່າງເປົ່າສໍາລັບພາລາມິເຕີນີ້ຊີ້ໃຫ້ເຫັນ
ວ່າບໍ່ມີຫ້ອງສະຫມຸດຄວນຈະຖືກນໍາໃຊ້.
-mispriminglibraryfile infile
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ທີ່ມີຫ້ອງສະຫມຸດ nucleotide ລໍາດັບຂອງລໍາດັບເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການ
ການຂະຫຍາຍ (ຕົວຢ່າງເຊັ່ນລໍາດັບທີ່ຊ້ໍາກັນ, ຫຼືອາດຈະເປັນລໍາດັບຂອງ genes ໃນ a
gene family ທີ່ບໍ່ຄວນຂະຫຍາຍອອກ.) ໄຟລ໌ຕ້ອງຢູ່ໃນ (ຈໍາກັດເລັກນ້ອຍ).
ຮູບແບບ FASTA (WB Pearson ແລະ DJ Lipman, PNAS 85:8 pp 2444-2448 [1988]); ພວກເຮົາ
ສົນທະນາໂດຍຫຍໍ້ກ່ຽວກັບການຈັດຕັ້ງຂອງໄຟລ໌ນີ້ຂ້າງລຸ່ມນີ້. ຖ້າພາລາມິເຕີນີ້ຖືກລະບຸ
ຫຼັງຈາກນັ້ນ Eprimer32 ທ້ອງຖິ່ນຈັດວາງແຕ່ລະ primer ຜູ້ສະຫມັກຕໍ່ກັບແຕ່ລະລໍາດັບຫ້ອງສະຫມຸດແລະ
ປະຕິເສດ primers ເຫຼົ່ານັ້ນທີ່ຄະແນນການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນເທົ່າກັບນ້ໍາຫນັກທີ່ກໍານົດໄວ້
(ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້) ເກີນ MAX-MISPRIMING. (ຄ່າສູງສຸດຂອງນ້ໍາຫນັກແມ່ນ arbitrarily
ຕັ້ງເປັນ 100.0.) ແຕ່ລະລໍາດັບໃນໄຟລ໌ຮູບແບບ FASTA ຕ້ອງເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ 'id.
ແຖວ' ທີ່ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ '>'. ເນື້ອໃນຂອງ id line ແມ່ນ 'ຖືກຈໍາກັດເລັກນ້ອຍ' ໃນ
ວ່າ Eprimer32 ວິເຄາະທຸກສິ່ງທຸກຢ່າງຫຼັງຈາກດາວທາງເລືອກໃດໆ ('*') ເປັນຈຸດລອຍ
ຕົວເລກທີ່ຈະໃຊ້ເປັນນ້ໍາຫນັກທີ່ໄດ້ກ່າວມາຂ້າງເທິງ. ຖ້າເສັ້ນ id ບໍ່ມີເຄື່ອງໝາຍດາວແລ້ວ
ນ້ຳໜັກເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 1.0. ລະບົບການໃຫ້ຄະແນນການຈັດຮຽງທີ່ໃຊ້ແມ່ນຄືກັນກັບການ
ການຄິດໄລ່ຄວາມສົມບູນລະຫວ່າງ oligos (ເຊັ່ນ: ຕົນເອງ-ອັນໃດກໍໄດ້). ສ່ວນທີ່ເຫຼືອຂອງການເຂົ້າ
ມີລໍາດັບເປັນແຖວຕາມແຖວ id ຈົນຮອດແຖວທີ່ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ '>'
ຫຼືໃນຕອນທ້າຍຂອງໄຟລ໌. ຊ່ອງຫວ່າງ ແລະແຖວໃໝ່ຖືກລະເລີຍ. ຕົວອັກສອນ 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' ຖືກຮັກສາໄວ້ ແລະຕົວອັກສອນອື່ນໆຈະຖືກປ່ຽນເປັນ 'N' (ກັບ
ຜົນສະທ້ອນທີ່ລະຫັດ IUB / IUPAC ໃດໆສໍາລັບພື້ນຖານທີ່ບໍ່ຊັດເຈນຈະຖືກປ່ຽນເປັນ 'N').
ບໍ່ມີຂໍ້ຈໍາກັດກ່ຽວກັບຄວາມຍາວຂອງເສັ້ນ. ຄ່າຫວ່າງເປົ່າສໍາລັບພາລາມິເຕີນີ້ຊີ້ໃຫ້ເຫັນ
ບໍ່ຄວນໃຊ້ຫ້ອງສະໝຸດຊ້ຳ.
ເພີ່ມເຕີມ ສ່ວນ
ໂຄງການ ທາງເລືອກໃນການ
- ຕົວເລກ integer
ຈຳນວນສູງສຸດຂອງຄູ່ primer ທີ່ຈະກັບຄືນມາ. ຄູ່ primer ກັບຄືນແມ່ນຈັດຮຽງຕາມ
'ຄຸນນະພາບ' ຂອງພວກເຂົາ, ໃນຄໍາສັບຕ່າງໆອື່ນໆໂດຍມູນຄ່າຂອງຫນ້າທີ່ຈຸດປະສົງ (ບ່ອນທີ່ຕ່ໍາກວ່າ
ຕົວເລກຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງຄູ່ primer ທີ່ດີກວ່າ). ຂໍ້ຄວນລະວັງ: ຕັ້ງຄ່າພາລາມິເຕີນີ້ໃຫ້ເປັນຂະໜາດໃຫຍ່
ຄ່າຈະເພີ່ມເວລາແລ່ນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5
ລໍາດັບ ທາງເລືອກໃນການ
- ລວມທັງພາກພື້ນ ລະດັບ
ອະນຸພາກພື້ນຂອງລຳດັບທີ່ໃຫ້ເພື່ອເລືອກ primers. ສໍາລັບຕົວຢ່າງ, ເລື້ອຍໆ
ອາຍແກັສທໍາອິດຫຼືດັ່ງນັ້ນພື້ນຖານຂອງລໍາດັບແມ່ນ vector, ແລະຄວນຈະຖືກຍົກເວັ້ນຈາກ
ການພິຈາລະນາ. ຄ່າສໍາລັບພາລາມິເຕີນີ້ມີຮູບແບບ (ເລີ່ມຕົ້ນ), (ສິ້ນສຸດ) ບ່ອນທີ່ (ເລີ່ມຕົ້ນ)
ແມ່ນດັດຊະນີຂອງພື້ນຖານທໍາອິດທີ່ຈະພິຈາລະນາ, ແລະ (ສິ້ນສຸດ) ແມ່ນສຸດທ້າຍໃນ
ພາກພື້ນເລືອກ primer.
- ເຂດເປົ້າຫມາຍ ລະດັບ
ຖ້າໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍເປົ້າໝາຍຖືກລະບຸ, ຄູ່ primer ທີ່ຖືກຕ້ອງຕາມກົດໝາຍຕ້ອງຢູ່ຂ້າງຢ່າງໜ້ອຍໜຶ່ງອັນ
ຂອງພວກເຂົາ. ເປົ້າໝາຍອາດຈະເປັນບ່ອນຊ້ຳໆຕາມລຳດັບທີ່ງ່າຍດາຍ (ເຊັ່ນ: CA repeat) ຫຼື
polymorphism ຄູ່ຖານດຽວ. ມູນຄ່າຄວນຈະເປັນລາຍການທີ່ແຍກອອກຈາກພື້ນທີ່
(start),(end) ຄູ່ທີ່ (ເລີ່ມຕົ້ນ) ແມ່ນດັດຊະນີຂອງຖານທໍາອິດຂອງເປົ້າໝາຍ, ແລະ
(ທ້າຍ) ແມ່ນສຸດທ້າຍເຊັ່ນ: 50,51 ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ primers ອ້ອມຮອບ 2 ຖານທີ່ຕໍາແຫນ່ງ 50.
ແລະ 51.
- ເຂດທີ່ຖືກຍົກເວັ້ນ ລະດັບ
Primer oligos ອາດຈະບໍ່ທັບຊ້ອນພາກພື້ນໃດໆທີ່ລະບຸໄວ້ໃນແທັກນີ້. ຄ່າທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ
ຕ້ອງເປັນລາຍການທີ່ແຍກອອກຈາກຊ່ອງຂອງຄູ່ (ເລີ່ມຕົ້ນ),(ສິ້ນສຸດ) ເຊິ່ງ (ເລີ່ມຕົ້ນ) ແມ່ນດັດຊະນີຂອງ
ພື້ນຖານທໍາອິດຂອງພາກພື້ນທີ່ຖືກຍົກເວັ້ນ, ແລະ (ສິ້ນສຸດ) ແມ່ນສຸດທ້າຍ. ແທັກນີ້ມີປະໂຫຍດ
ສໍາລັບວຽກງານເຊັ່ນ: ການຍົກເວັ້ນພາກພື້ນທີ່ມີຄຸນນະພາບລໍາດັບຕ່ໍາຫຼືສໍາລັບການຍົກເວັ້ນພາກພື້ນ
ປະກອບດ້ວຍອົງປະກອບທີ່ຊໍ້າຊ້ອນເຊັ່ນ ALUs ຫຼື LINEs. ຕົວຢ່າງ: 401,407 68,70 ຫ້າມ
ການຄັດເລືອກ primers ໃນ 7 ຖານເລີ່ມຕົ້ນທີ່ 401 ແລະ 3 ຖານທີ່ 68.
- ສົ່ງຕໍ່ string
ລໍາດັບຂອງ primer ຕໍ່ຫນ້າເພື່ອກວດເບິ່ງແລະປະມານທີ່ຈະອອກແບບ primer ປີ້ນກັບກັນ
ແລະ oligos ພາຍໃນທາງເລືອກ. ຕ້ອງເປັນສາຍຍ່ອຍຂອງ SEQUENCE.
- reverseinput string
ລໍາດັບຂອງ primer ປີ້ນກັບກັນເພື່ອກວດເບິ່ງແລະປະມານທີ່ຈະອອກແບບ primer ໄປຂ້າງຫນ້າ
ແລະ oligos ພາຍໃນທາງເລືອກ. ຕ້ອງເປັນສະຕຣິງຍ່ອຍຂອງເສັ້ນປີ້ນກັບຂອງ SEQUENCE.
Primer ທາງເລືອກໃນການ
-gcclamp integer
ຕ້ອງການຈໍານວນທີ່ກໍານົດໄວ້ຂອງ Gs ແລະ Cs ຕິດຕໍ່ກັນຢູ່ທີ່ 3' ໃນຕອນທ້າຍຂອງທັງສອງ
primer ຕໍ່ແລະປີ້ນກັບກັນ. (ພາລາມິເຕີນີ້ບໍ່ມີຜົນຕໍ່ oligo ພາຍໃນຖ້າຫນຶ່ງ
ຖືກຮ້ອງຂໍ.)
-osize integer
ຄວາມຍາວທີ່ດີທີ່ສຸດ (ເປັນຖານ) ຂອງ primer oligo. Eprimer32 ຈະພະຍາຍາມເລືອກ primers
ໃກ້ກັບຄວາມຍາວນີ້. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 20
- ຂະຫນາດນ້ອຍ integer
ຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ຂອງ primer. ຕ້ອງໃຫຍ່ກວ່າ 0 ແລະໜ້ອຍກວ່າ ຫຼືເທົ່າກັບ
ເຖິງ MAX-SIZE. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 18
- ຂະຫນາດສູງສຸດ integer
ຄວາມຍາວສູງສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ (ເປັນຖານ) ຂອງ primer. ໃນປັດຈຸບັນຕົວກໍານົດການນີ້ບໍ່ສາມາດເປັນ
ຂະຫນາດໃຫຍ່ກວ່າ 35. ຂອບເຂດຈໍາກັດນີ້ຖືກຄວບຄຸມໂດຍຂະຫນາດ oligo ສູງສຸດທີ່ Eprimer32's.
melting-temperature ແມ່ນຖືກຕ້ອງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 27
-otm float
ອຸນຫະພູມທີ່ດີທີ່ສຸດການລະລາຍ (Celsius) ສໍາລັບການ primer oligo. Eprimer32 ຈະພະຍາຍາມເລືອກ
primers ທີ່ມີອຸນຫະພູມ melting ຢູ່ໃກ້ກັບອຸນຫະພູມນີ້. ການລະລາຍຂອງ oligo
ສູດອຸນຫະພູມໃນ Eprimer32 ແມ່ນໃຫ້ຢູ່ໃນ Rychlik, Spencer ແລະ Rhoads, Nucleic
Acids Research, vol 18, num 21, pp 6409-6412 ແລະ Breslauer, Frank, Bloecker ແລະ Marky,
Proc. Natl. ອາກາດ. ວິທະຍາສາດ. USA, vol 83, pp 3746-3750. ກະລຸນາເບິ່ງເອກະສານໃນອະດີດສໍາລັບການ
ການສົນທະນາພື້ນຖານ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 60.0
- mintm float
ອຸນຫະພູມການລະລາຍຕໍາ່ສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ (Celsius) ສໍາລັບການ primer oligo. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
57.0
- ສູງສຸດທີ່ເຄຍ float
ອຸນຫະພູມການລະລາຍສູງສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ (Celsius) ສໍາລັບການ primer oligo. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
63.0
-maxdifftm float
ສູງສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ (ບໍ່ໄດ້ເຊັນ) ຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງອຸນຫະພູມ melting ຂອງ
primers ຕໍ່ແລະປີ້ນກັບກັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100.0
-ogcpercent float
ເປີເຊັນ GC ທີ່ດີທີ່ສຸດຂອງ primer. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.0
-mingc float
ອັດຕາສ່ວນຕໍ່າສຸດທີ່ອະນຸຍາດຂອງ Gs ແລະ Cs ໃນ primer ໃດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 20.0
-maxgc float
ອັດຕາສ່ວນສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດຂອງ Gs ແລະ Cs ໃນ primer ໃດໆທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ Primer. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ມູນຄ່າ: 80.0
- ເກືອ float
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງເກືອ millimolar (ປົກກະຕິແລ້ວ KCl) ໃນ PCR. Eprimer32 ໃຊ້ນີ້
argument ເພື່ອຄິດໄລ່ອຸນຫະພູມ melting oligo. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.0
-dnaconc float
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງ nanomolar ຂອງ annealing oligos ໃນ PCR. Eprimer32 ໃຊ້ນີ້
argument ເພື່ອຄິດໄລ່ອຸນຫະພູມ melting oligo. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ (50nM) ເຮັດວຽກໄດ້ດີກັບ
ອະນຸສັນຍາມາດຕະຖານທີ່ໃຊ້ຢູ່ສູນ Whitehead/MIT ສໍາລັບການຄົ້ນຄວ້າພັນທຸກໍາ--0.5
microliters ຂອງ 20 micromolar ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນສໍາລັບແຕ່ລະ primer oligo ໃນ 20 microliter
ປະຕິກິລິຍາກັບ 10 nanograms template, 0.025 units/microliter Taq polymerase ໃນ 0.1 mM
ແຕ່ລະ dNTP, 1.5mM MgCl2, 50mM KCl, 10mM Tris-HCL (pH 9.3) ໂດຍໃຊ້ 35 ຮອບວຽນກັບ
ອຸນຫະພູມ annealing ຂອງ 56 ອົງສາອົງສາ. ພາລາມິເຕີນີ້ກົງກັບ 'c' ໃນ
Rychlik, Spencer ແລະ Rhoads' equation (ii) (ການຄົ້ນຄວ້າກົດນິວຄລີອິກ, ສະບັບທີ 18, ເລກ 21)
ບ່ອນທີ່ຄ່າທີ່ເຫມາະສົມ (ສໍາລັບຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນເບື້ອງຕົ້ນຕ່ໍາຂອງແມ່ແບບ) ແມ່ນ 'empirically
ກໍານົດ'. ມູນຄ່າຂອງພາລາມິເຕີນີ້ແມ່ນຫນ້ອຍກ່ວາຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຕົວຈິງຂອງ
oligos ໃນຕິກິຣິຍາເນື່ອງຈາກວ່າມັນແມ່ນຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຂອງ annealing oligos, ເຊິ່ງໃນ
ການປ່ຽນແປງແມ່ນຂຶ້ນກັບຈໍານວນແມ່ແບບ (ລວມທັງຜະລິດຕະພັນ PCR) ໃນຮອບວຽນທີ່ໃຫ້. ນີ້
ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນເພີ່ມຂຶ້ນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນລະຫວ່າງການ PCR; ໂຊກດີ PCR ເບິ່ງຄືວ່າຂ້ອນຂ້າງແຂງແຮງ
ສໍາລັບຄວາມຫລາກຫລາຍຂອງອຸນຫະພູມ melting oligo. ເບິ່ງຄໍາແນະນໍາສໍາລັບການເລືອກເອົາ primers. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ມູນຄ່າ: 50.0
- maxpolyx integer
ຄວາມຍາວສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດຂອງ mononucleotide ເຮັດເລື້ມຄືນໃນ primer, ຕົວຢ່າງ
AAAAAA. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5
ຜະລິດຕະພັນ ທາງເລືອກໃນການ
-psizeopt integer
ຂະຫນາດທີ່ດີທີ່ສຸດສໍາລັບຜະລິດຕະພັນ PCR. 0 ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າບໍ່ມີຜະລິດຕະພັນທີ່ດີທີ່ສຸດ
ຂະໜາດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 200
- prange ລະດັບ
ຄ່າທີ່ກ່ຽວຂ້ອງລະບຸຄວາມຍາວຂອງຜະລິດຕະພັນທີ່ຜູ້ໃຊ້ຕ້ອງການ
primers ເພື່ອສ້າງ, ແລະເປັນຊ່ອງແຍກລາຍການອົງປະກອບຂອງຮູບແບບ (x)-(y) ບ່ອນທີ່
ຄູ່ (x)-(y) ແມ່ນໄລຍະທາງກົດໝາຍຂອງຄວາມຍາວຂອງຜະລິດຕະພັນ. ຕົວຢ່າງ, ຖ້າຄົນເຮົາຕ້ອງການ
ຜະລິດຕະພັນ PCR ຢູ່ໃນລະຫວ່າງ 100 ຫາ 150 ພື້ນຖານ (ລວມ) ຫຼັງຈາກນັ້ນຫນຶ່ງຈະກໍານົດນີ້
ຕົວກໍານົດການ 100-150. ຖ້າຄົນເຮົາຕ້ອງການຜະລິດຕະພັນ PCR ໃນລະດັບ 100 ຫາ 150
bases ຫຼືຢູ່ໃນຂອບເຂດຈາກ 200 ຫາ 250 ຖານຫຼັງຈາກນັ້ນຫນຶ່ງຈະກໍານົດພາລາມິເຕີນີ້
100-150 200-250. Eprimer32 ນິຍົມຊ່ວງທາງຊ້າຍຂອງສາຍພາຣາມິເຕີ.
Eprimer32 ຈະສົ່ງຄືນຄູ່ primers ທີ່ຖືກຕ້ອງຕາມກົດໝາຍໃນໄລຍະທໍາອິດໂດຍບໍ່ຄໍານຶງເຖິງຄ່າຂອງ
ຫນ້າທີ່ຈຸດປະສົງສໍາລັບຄູ່ເຫຼົ່ານີ້. ພຽງແຕ່ຖ້າຫາກວ່າມີຈໍານວນບໍ່ພຽງພໍຂອງ
primers ໃນໄລຍະທໍາອິດຈະ Eprimer32 ກັບ primers ໃນໄລຍະຕໍ່ມາ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100-300
-ptmopt float
ອຸນຫະພູມການລະລາຍທີ່ດີທີ່ສຸດສໍາລັບຜະລິດຕະພັນ PCR. 0 ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າບໍ່ມີ
ອຸນຫະພູມທີ່ດີທີ່ສຸດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.0
-ptmmin float
ອຸນຫະພູມຕໍ່າສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ມີການລະລາຍຂອງ amplicon. ກະລຸນາເບິ່ງເອກະສານ
ກ່ຽວກັບອຸນຫະພູມ melting ສູງສຸດຂອງຜະລິດຕະພັນສໍາລັບລາຍລະອຽດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
-1000000.0
-ptmmax float
ອຸນຫະພູມສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ການ melting ຂອງ amplicon ໄດ້. ຜະລິດຕະພັນ Tm ຖືກຄິດໄລ່
ການນໍາໃຊ້ສູດຈາກ Bolton ແລະ McCarthy, PNAS 84: 1390 (1962) ທີ່ນໍາສະເຫນີໃນ
Sambrook, Fritsch ແລະ Maniatis, Molecular Cloning, p 11.46 (1989, CSHL Press). ທມ =
81.5 + 16.6(log10([Na+])) + .41*(%GC) - 600/length ບ່ອນທີ່ [Na+} ເປັນ molar sodium
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ, (% GC) ແມ່ນເປີເຊັນຂອງ Gs ແລະ Cs ໃນລໍາດັບ, ແລະຄວາມຍາວແມ່ນ
ຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບ. ສູດທີ່ຄ້າຍຄືກັນແມ່ນໃຊ້ໂດຍການຄັດເລືອກ primer
ໂຄງການໃນ GCG, ເຊິ່ງແທນທີ່ຈະໃຊ້ 675.0/length ໃນໄລຍະຍາວ (ຫຼັງຈາກ F. Baldino,
Jr, M.-F. Chesselet, and ME Lewis, Methods in Enzymology 168:766 (1989) eqn (1) on
ຫນ້າ 766 ໂດຍບໍ່ມີຂໍ້ກໍານົດທີ່ບໍ່ກົງກັນແລະ foramide). ສູດຢູ່ທີ່ນີ້ແລະໃນ Baldino
et al. ສົມມຸດວ່າ Na+ ຫຼາຍກວ່າ K+. ອີງຕາມ JG Wetmur, ການທົບທວນຄືນທີ່ສໍາຄັນໃນ
ຊີວະເຄມີ. ແລະ Mol. ຊີວະພາບ. 26:227 (1991) 50 mM K+ ຄວນທຽບເທົ່າໃນສູດເຫຼົ່ານີ້.
ເຖິງ .2 M Na+. Eprimer32 ໃຊ້ຄ່າຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງເກືອດຽວກັນສໍາລັບການຄິດໄລ່ທັງສອງ
ອຸນຫະພູມການລະລາຍຂອງ primer ແລະອຸນຫະພູມການລະລາຍຂອງ oligo. ຖ້າທ່ານກໍາລັງວາງແຜນທີ່ຈະ
ໃຊ້ຜະລິດຕະພັນ PCR ສໍາລັບການປະສົມຕໍ່ມາພຶດຕິກໍານີ້ຈະບໍ່ໃຫ້ທ່ານ Tm
ພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂການປະສົມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1000000.0
ພາຍໃນ ໂອລິໂກ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ
- ເຂດທີ່ຖືກຍົກເວັ້ນ ລະດັບ
oligos ກາງອາດຈະບໍ່ທັບຊ້ອນພາກພື້ນໃດໆທີ່ລະບຸໄວ້ໃນແທັກນີ້. ຄ່າທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ
ຕ້ອງເປັນລາຍການທີ່ແຍກອອກຈາກຊ່ອງຂອງຄູ່ (ເລີ່ມ), (ສິ້ນສຸດ), ເຊິ່ງ (ເລີ່ມຕົ້ນ) ແມ່ນດັດຊະນີຂອງ
ພື້ນຖານທໍາອິດຂອງພາກພື້ນທີ່ຖືກຍົກເວັ້ນ, ແລະ (ສິ້ນສຸດ) ແມ່ນສຸດທ້າຍ. ມັກຄົນຫນຶ່ງຈະເຮັດ
ພາກພື້ນເປົ້າຫມາຍທີ່ຍົກເວັ້ນພາກພື້ນສໍາລັບ oligos ພາຍໃນ.
-oligoinput string
ລໍາດັບຂອງ oligo ພາຍໃນເພື່ອກວດກາເບິ່ງແລະປະມານທີ່ຈະອອກແບບໄປຂ້າງຫນ້າແລະ
primers ປີ້ນກັບກັນ. ຕ້ອງເປັນສາຍຍ່ອຍຂອງ SEQUENCE.
ພາຍໃນ ໂອລິໂກ ທາງເລືອກໃນການ
- osizeopt integer
ຄວາມຍາວທີ່ເຫມາະສົມ (ເປັນຖານ) ຂອງ oligo ພາຍໃນ. Eprimer32 ຈະພະຍາຍາມເລືອກ primers
ໃກ້ກັບຄວາມຍາວນີ້. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 20
- ominsize integer
ຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ຂອງ oligo ພາຍໃນ. ຕ້ອງໃຫຍ່ກວ່າ 0 ແລະໜ້ອຍກວ່າ
ຫຼືເທົ່າກັບ INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 18
- ຂະໜາດໃຫຍ່ integer
ຄວາມຍາວສູງສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ (ເປັນຖານ) ຂອງ oligo ພາຍໃນ. ໃນປັດຈຸບັນຕົວກໍານົດການນີ້
ບໍ່ສາມາດໃຫຍ່ກວ່າ 35. ຂີດຈຳກັດນີ້ຖືກຄວບຄຸມໂດຍຂະໜາດສູງສຸດຂອງ oligo
ອຸນຫະພູມລະລາຍຂອງ Eprimer32 ແມ່ນຖືກຕ້ອງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 27
- otmopt float
ອຸນຫະພູມທີ່ເຫມາະສົມ (Celsius) ສໍາລັບການ oligo ພາຍໃນ. Eprimer32 ຈະພະຍາຍາມ
ເລືອກ oligos ທີ່ມີອຸນຫະພູມ melting ຢູ່ໃກ້ກັບອຸນຫະພູມນີ້. ໂອລິໂກ
ສູດອຸນຫະພູມການລະລາຍໃນ Eprimer32 ແມ່ນໃຫ້ຢູ່ໃນ Rychlik, Spencer ແລະ Rhoads,
Nucleic Acids Research, vol 18, num 21, pp 6409-6412 ແລະ Breslauer, Frank, Bloecker
ແລະ Marky, Proc. Natl. ອາກາດ. ວິທະຍາສາດ. USA, vol 83, pp 3746-3750. ກະລຸນາອ້າງອີງເຖິງ
ເອກະສານອະດີດສໍາລັບການສົນທະນາພື້ນຖານ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 60.0
-otmmin float
ອຸນຫະພູມການລະລາຍຕໍາ່ສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ (Celsius) ສໍາລັບການ oligo ພາຍໃນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
57.0
-otmmax float
ອຸນຫະພູມການລະລາຍສູງສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ (Celsius) ສໍາລັບການ oligo ພາຍໃນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
63.0
-ogcopt float
oligo ພາຍໃນທີ່ດີທີ່ສຸດ GC ເປີເຊັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.0
-ogcmin float
ອັດຕາສ່ວນຕໍ່າສຸດທີ່ອະນຸຍາດຂອງ Gs ແລະ Cs ໃນ oligo ພາຍໃນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 20.0
-ogcmax float
ອັດຕາສ່ວນສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດຂອງ Gs ແລະ Cs ໃນ oligo ພາຍໃນທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ Primer.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 80.0
-osaltconc float
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງເກືອ millimolar (ປົກກະຕິແລ້ວ KCl) ໃນການປະສົມ. ເອprimer32
ໃຊ້ການໂຕ້ຖຽງນີ້ເພື່ອຄິດໄລ່ອຸນຫະພູມການລະລາຍຂອງ oligo ພາຍໃນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
50.0
- odnaconc float
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງ nanomolar ຂອງ annealing oligo ພາຍໃນໃນການປະສົມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ມູນຄ່າ: 50.0
- ຕົນເອງ float
ຄະແນນການຈັດຕໍາແໜ່ງທ້ອງຖິ່ນສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃນເວລາທົດສອບ oligo ພາຍໃນສໍາລັບ (ທ້ອງຖິ່ນ)
ການເສີມຕົນເອງ. ການເສີມຕົນເອງໃນທ້ອງຖິ່ນແມ່ນປະຕິບັດເພື່ອຄາດຄະເນແນວໂນ້ມຂອງ
oligos ເພື່ອ anneal ກັບຕົນເອງລະບົບການໃຫ້ຄະແນນໃຫ້ 1.00 ສໍາລັບພື້ນຖານທີ່ສົມບູນ,
-0.25 ສໍາລັບການຈັບຄູ່ຂອງຖານໃດຫນຶ່ງ (ຫຼື N) ທີ່ມີ N, -1.00 ສໍາລັບການບໍ່ກົງກັນ, ແລະ -2.00 ສໍາລັບ a
ຊ່ອງຫວ່າງ. ອະນຸຍາດໃຫ້ມີຊ່ອງຫວ່າງຄູ່ຖານດຽວເທົ່ານັ້ນ. ຕົວຢ່າງ, ການຈັດຮຽງ 5' ATCGNA 3'
|| | | ອະນຸຍາດ 3' TA-CGT 5' (ແລະໃຫ້ຄະແນນ 1.75), ແຕ່ການຈັດຮຽງ 5'
ATCCGNA 3' || | | 3' TA--CGT 5' ບໍ່ໄດ້ຖືກພິຈາລະນາ. ຄະແນນບໍ່ແມ່ນລົບ, ແລະ ກ
ຄະແນນ 0.00 ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າບໍ່ມີການສອດຄ່ອງທ້ອງຖິ່ນທີ່ສົມເຫດສົມຜົນລະຫວ່າງສອງ
ໂອລິໂກສ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 12.00
- ຕົນເອງ float
ຄະແນນການຈັດວາງລະດັບໂລກ 3'-anchored ສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃນເວລາທົດສອບ oligo ດຽວ
ສໍາລັບການຕື່ມດ້ວຍຕົນເອງ. ລະບົບການໃຫ້ຄະແນນແມ່ນສໍາລັບຄວາມສອດຄ່ອງສູງສຸດ
ການໂຕ້ຖຽງ. ໃນຕົວຢ່າງຂ້າງເທິງຄະແນນແມ່ນ 7.00 ແລະ 6.00 ຕາມລໍາດັບ. ຄະແນນແມ່ນ
ບໍ່ເປັນລົບ, ແລະຄະແນນ 0.00 ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າບໍ່ມີ 3'-anchored ສົມເຫດສົມຜົນ.
ການສອດຄ່ອງທົ່ວໂລກລະຫວ່າງສອງ oligos. ເພື່ອຄາດຄະເນ 3'-anchored ທົ່ວໂລກ
ການຈັດຮຽງສໍາລັບ oligos ຜູ້ສະຫມັກ, Primer ຖືວ່າລໍາດັບທີ່ຈະເລືອກເອົາ
oligos ຖືກນໍາສະເຫນີ 5' ຫາ 3'. INTERNAL-OLIGO-SELF-END ແມ່ນບໍ່ມີຄວາມຫມາຍເມື່ອນໍາໃຊ້ກັບ
oligos ພາຍໃນທີ່ໃຊ້ສໍາລັບການກວດພົບໂດຍອີງໃສ່ການປະສົມ, ນັບຕັ້ງແຕ່ primer-dimer ຈະບໍ່
ເກີດຂຶ້ນ. ພວກເຮົາແນະນຳໃຫ້ຕັ້ງ INTERNAL-OLIGO-SELF-END ຢ່າງໜ້ອຍໃຫ້ສູງເທົ່າ
ພາຍໃນ-OLIGO-ຕົນເອງ-ອັນໃດກໍໄດ້. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 12.00
-opolyxmax integer
ຄວາມຍາວສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດຂອງການຊໍ້າຄືນ oligo mononucleotide ພາຍໃນ, ຕົວຢ່າງ
AAAAAA. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5
-omishybmax float
ຄ້າຍຄືກັນກັບ MAX-MISPRIMING ຍົກເວັ້ນພາລາມິເຕີນີ້ໃຊ້ກັບຄວາມຄ້າຍຄືກັນຂອງ
ຜູ້ສະໝັກ oligos ພາຍໃນໄປຫາຫ້ອງສະໝຸດທີ່ລະບຸໄວ້ໃນ INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 12.0
ແບບພິເສດ ສ່ວນ
- ອະທິບາຍ ປຸ້ຍ
ຖ້າທຸງນີ້ແມ່ນເປັນຄວາມຈິງ, ຜະລິດ LEFT-EXPLAIN, RIGHT-EXPLAIN, ແລະ INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN
tags ຜົນຜະລິດ, ເຊິ່ງມີຈຸດປະສົງເພື່ອສະຫນອງຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບຈໍານວນຂອງ oligos ແລະ
ຄູ່ primer ທີ່ Eprimer32 ກວດສອບ, ແລະສະຖິຕິກ່ຽວກັບຕົວເລກທີ່ຖືກຍົກເລີກ
ເຫດຜົນຕ່າງໆ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
-fileflag ປຸ້ຍ
ຖ້າຄ່າທີ່ກ່ຽວຂ້ອງເປັນຄວາມຈິງ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ Eprimer32 ຈະສ້າງສອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ SEQUENCE. ໄຟລ໌ (sequence-id).ສຳລັບລາຍຊື່ການສົ່ງຕໍ່ທີ່ຍອມຮັບໄດ້ທັງໝົດສຳລັບ
(sequence-id), ແລະ (sequence-id).rev ລາຍຊື່ primers ປີ້ນກັບກັນທັງຫມົດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ສໍາລັບ
(sequence-id), ເຊິ່ງ (sequence-id) ແມ່ນຄ່າຂອງແທັກ SEQUENCE-ID (ເຊິ່ງຈະຕ້ອງເປັນ.
ສະຫນອງໃຫ້). ນອກຈາກນັ້ນ, ຖ້າແທໍກປ້ອນຂໍ້ມູນ TASK ແມ່ນ 1 ຫຼື 4, Eprimer32 ຈະຜະລິດໄຟລ໌
(sequence-id).int, ເຊິ່ງລາຍຊື່ oligos ພາຍໃນທີ່ຍອມຮັບໄດ້ທັງໝົດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
- ດັດຊະນີທໍາອິດ integer
ພາລາມິເຕີນີ້ແມ່ນດັດຊະນີຂອງພື້ນຖານທໍາອິດໃນລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ສໍາລັບການປ້ອນຂໍ້ມູນແລະ
ຜົນຜະລິດໂດຍໃຊ້ 1-based indexing (ເຊັ່ນ: ທີ່ໃຊ້ໃນ GenBank ແລະຜູ້ໃຊ້ຈໍານວນຫຼາຍ
ແມ່ນ accustomed) ກໍານົດພາລາມິເຕີນີ້ເປັນ 1. ສໍາລັບ input ແລະ output ໂດຍໃຊ້ 0-based indexing
ກໍານົດພາລາມິເຕີນີ້ເປັນ 0. (ຕົວກໍານົດການນີ້ຍັງມີຜົນກະທົບດັດສະນີໃນເນື້ອໃນຂອງ
ໄຟລ໌ທີ່ຜະລິດເມື່ອທຸງໄຟລ໌ primer ຖືກຕັ້ງ.) ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1
-pickanyway ປຸ້ຍ
ຖ້າເປັນຈິງເລືອກຄູ່ primer ເຖິງແມ່ນວ່າການປ້ອນຊ້າຍ, ຂວາ-INPUT, ຫຼື INTERNAL-OLIGO-INPUT
ລະເມີດຂໍ້ຈໍາກັດສະເພາະ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
- ການຜິດພາດສູງສຸດ float
ຄວາມຄ້າຍຄືກັນນ້ໍາຫນັກສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ກັບລໍາດັບໃດໆໃນ MISPRIMING-LIBRARY.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 12.00
-pairmaxmispriming float
ຈຳນວນສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດຂອງຄວາມຄ້າຍຄືກັນທີ່ມີນ້ຳໜັກຂອງຄູ່ primer (ໜຶ່ງຄວາມຄ້າຍຄືກັນສຳລັບ
ແຕ່ລະ primer) ທີ່ມີລໍາດັບດຽວໃນ MISPRIMING-LIBRARY. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 24.00
- ຍອມຮັບ integer
ຈໍານວນສູງສຸດຂອງຖານທີ່ບໍ່ຮູ້ຈັກ (N) ທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ຢູ່ໃນ primer ໃດ.
- ຕົນເອງ float
ຄະແນນການຈັດຕໍາແໜ່ງທ້ອງຖິ່ນສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃນເວລາທົດສອບ primer ດຽວສຳລັບ (ທ້ອງຖິ່ນ)
ການເສີມຕົນເອງແລະຄະແນນການສອດຄ່ອງທ້ອງຖິ່ນສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ໃນເວລາທີ່ການທົດສອບສໍາລັບ
ຄວາມສົມບູນລະຫວ່າງ primers ຂ້າງຫນ້າແລະດ້ານຫລັງ. ການເສີມສ້າງຕົນເອງໃນທ້ອງຖິ່ນແມ່ນ
ປະຕິບັດເພື່ອຄາດຄະເນແນວໂນ້ມຂອງ primers ກັບ anneal ກັບກັນແລະກັນໂດຍບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງ
ເຮັດໃຫ້ເກີດການຍັບຍັ້ງຕົນເອງໃນ PCR. ລະບົບການໃຫ້ຄະແນນໃຫ້ 1.00 ສໍາລັບການເພີ່ມເຕີມ
ພື້ນຖານ, -0.25 ສໍາລັບການຈັບຄູ່ຂອງຖານໃດນຶ່ງ (ຫຼື N) ທີ່ມີ N, -1.00 ສໍາລັບການບໍ່ກົງກັນ, ແລະ -2.00
ສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງ. ອະນຸຍາດໃຫ້ມີຊ່ອງຫວ່າງຄູ່ຖານດຽວເທົ່ານັ້ນ. ສໍາລັບຕົວຢ່າງ, ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ 5'
ATCGNA 3' ...|| | | 3' TA-CGT 5' ແມ່ນອະນຸຍາດ (ແລະໃຫ້ຄະແນນ 1.75), ແຕ່
ການຈັດຮຽງ 5' ATCCGNA 3' ...|| | | 3' TA--CGT 5' ບໍ່ໄດ້ຖືກພິຈາລະນາ. ຄະແນນແມ່ນ
ທີ່ບໍ່ແມ່ນທາງລົບ, ແລະຄະແນນ 0.00 ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າບໍ່ມີທ້ອງຖິ່ນທີ່ສົມເຫດສົມຜົນ
ການສອດຄ່ອງລະຫວ່າງສອງ oligos. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 8.00
- ຕົນເອງ float
ຄະແນນການຈັດວາງລະດັບໂລກ 3'-anchored ສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃນເວລາທົດສອບ primer ດຽວ
ສໍາລັບການຕື່ມຂໍ້ມູນໃສ່ຕົນເອງ, ແລະສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ 3'-anchored ຄະແນນການຈັດວາງທົ່ວໂລກ
ໃນເວລາທີ່ການທົດສອບສໍາລັບການສົມປະສານລະຫວ່າງ primers ຕໍ່ໄປແລະປີກັບຄືນໄປບ່ອນ. The 3'-anchored
ຄະແນນຄວາມສອດຄ່ອງຂອງໂລກແມ່ນໄດ້ຖືກປະຕິບັດເພື່ອຄາດຄະເນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງ PCR-priming
primer-dimers, ຕົວຢ່າງ 5' ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' .............||| |||||
..........3' AAGTCCTACATTTAGCCTAGT 5' ຫຼື 5' AGGCTATGGCCTCGCGA 3'
...............||||||| ............3' AGCGCTCCGGGTATCGGA 5' ລະບົບການໃຫ້ຄະແນນເປັນ
ສຳລັບການໂຕ້ແຍ້ງຄວາມສົມບູນສູງສຸດ. ໃນຕົວຢ່າງຂ້າງເທິງຄະແນນແມ່ນ 7.00
ແລະ 6.00 ຕາມລໍາດັບ. ຄະແນນບໍ່ແມ່ນລົບ, ແລະຄະແນນ 0.00 ຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງນັ້ນ
ບໍ່ມີການສອດຄ່ອງຂອງໂລກ 3'-anchored ທີ່ສົມເຫດສົມຜົນລະຫວ່າງສອງ oligos. ເພື່ອ
ຄາດຄະເນການຈັດວາງລະດັບໂລກ 3'-anchored ສໍາລັບ primers ຜູ້ສະຫມັກແລະຄູ່ primer, primer
ສົມມຸດວ່າລໍາດັບທີ່ຈະເລືອກເອົາ primers ແມ່ນນໍາສະເຫນີ 5' ຫາ 3'. ມັນແມ່ນ
ບໍ່ສົມເຫດສົມຜົນທີ່ຈະໃຫ້ຄ່າຂະຫນາດໃຫຍ່ສໍາລັບພາລາມິເຕີນີ້ກ່ວາສໍາລັບສູງສຸດ (ທ້ອງຖິ່ນ)
ພາຣາມິເຕີ complementarity ເນື່ອງຈາກວ່າຄະແນນຂອງການຈັດລໍາດັບທ້ອງຖິ່ນຈະຢູ່ສະເຫມີ
ໜ້ອຍທີ່ສຸດເທົ່າກັບຄະແນນຂອງການຈັດຮຽງລະດັບໂລກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 3.00
- ການກວດສອບ ບັນຊີລາຍຊື່
ລະບຸສູດການແກ້ໄຂເກືອສໍາລັບການຄິດໄລ່ອຸນຫະພູມການລະລາຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ມູນຄ່າ: 1
-tmformula ບັນຊີລາຍຊື່
ລະບຸລາຍລະອຽດຂອງການຄິດໄລ່ອຸນຫະພູມການລະລາຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1
Primer ໂທດ ນ້ໍາຫນັກ
- ສະຖຽນລະພາບສູງສຸດ float
ຄວາມຫມັ້ນຄົງສູງສຸດສໍາລັບຫ້າຖານ 3' ຂອງ primer ໄປຂ້າງຫນ້າຫຼືປີ້ນກັບກັນ. ໃຫຍ່ກວ່າ
ຕົວເລກໝາຍເຖິງ 3' ປາຍທີ່ໝັ້ນຄົງກວ່າ. ຄ່າແມ່ນ delta G ສູງສຸດສໍາລັບ duplex
ການຂັດຂວາງສໍາລັບຫ້າຖານ 3' ຕາມການຄິດໄລ່ໂດຍໃຊ້ຕົວກໍານົດການໃກ້ຄຽງທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດ
ຈັດພີມມາໃນ Breslauer, Frank, Bloecker ແລະ Marky, Proc. Natl. ອາກາດ. ວິທະຍາສາດ. ສະຫະລັດ ສະບັບທີ 83,
pp 3746-3750. Eprimer32 ໃຊ້ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທີ່ອະນຸຍາດຢ່າງສົມບູນສໍາລັບການກັບຄືນ
ຄວາມເຂົ້າກັນໄດ້ (ທີ່ພວກເຮົາອາດຈະມີການປ່ຽນແປງໃນການປ່ອຍຕໍ່ໄປ). Rychlik ແນະນໍາສູງສຸດ
ຄ່າຂອງ 9 (Wojciech Rychlik, 'ການຄັດເລືອກ primers ສໍາລັບປະຕິກິລິຍາຕ່ອງໂສ້ Polymerase' ໃນ
BA White, Ed., 'Methods in Molecular Biology, Vol. 15: PCR Protocols: ວິທີການປະຈຸບັນ
ແລະ Applications', 1993, pp 31-40, Humana Press, Totowa NJ). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 9.0
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-outfile outfile
ໃຊ້ eprimer32e ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
