ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ fastml ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
fastml - ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດຂອງ reconstruction ລໍາດັບ amino-acid ບັນພະບຸລຸດ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ໄວml [ທາງເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
FastML ເປັນເຄື່ອງມື bioinformatics ສໍາລັບການ reconstruction ຂອງລໍາດັບບັນພະບຸລຸດໂດຍອີງໃສ່ການ
ການພົວພັນດ້ານ phylogenetic ລະຫວ່າງລໍາດັບ homologous. FastML ແລ່ນ algorithms ຫຼາຍອັນນັ້ນ
reconstruct ລໍາດັບບັນພະບູລຸດໂດຍເນັ້ນຫນັກໃສ່ການ reconstruction ທີ່ຖືກຕ້ອງຂອງທັງສອງ
indels ແລະຕົວອັກສອນ. ສໍາລັບການຟື້ນຟູຕົວອັກສອນ FastML ໄດ້ອະທິບາຍໃນເມື່ອກ່ອນ
ສູດການຄິດໄລ່ແມ່ນໃຊ້ເພື່ອປະເມີນລໍາດັບບັນພະບູລຸດທີ່ເປັນໄປໄດ້ທີ່ສຸດຢ່າງມີປະສິດທິພາບສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ
node ພາຍໃນຂອງຕົ້ນໄມ້. ທັງສອງການຮ່ວມກັນແລະການຟື້ນຟູຂອບແມ່ນໄດ້ສະຫນອງໃຫ້. ສໍາລັບ
indels reconstruction ລໍາດັບແມ່ນລະຫັດທໍາອິດອີງຕາມເຫດການ indel ກວດພົບ
ພາຍໃນການຈັດລຽງລຳດັບຫຼາຍ (MSA) ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນເປັນຮູບແບບຄວາມເປັນໄປໄດ້ທີ່ທັນສະໄໝ
ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອກໍ່ສ້າງລັດ indels ຂອງບັນພະບຸລຸດ. ຜົນໄດ້ຮັບແມ່ນເປັນໄປໄດ້ຫຼາຍທີ່ສຸດ
ລໍາດັບ, ພ້ອມກັບຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງສໍາລັບແຕ່ລະລັກສະນະແລະ indel ໃນແຕ່ລະ
ຕໍາແຫນ່ງລໍາດັບສໍາລັບແຕ່ລະຂໍ້ພາຍໃນຂອງຕົ້ນໄມ້. FastML ແມ່ນທົ່ວໄປແລະສາມາດໃຊ້ໄດ້
ສໍາລັບປະເພດຂອງລໍາດັບໂມເລກຸນ (nucleotide, ທາດໂປຼຕີນ, ຫຼືລໍາດັບ codon).
OPTIONS
-h ຊ່ວຍເຫຼືອ
-s ລໍາດັບໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ (ຕົວຢ່າງການນໍາໃຊ້ -s emySequences/eseq.txt)
-t ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຕົ້ນໄມ້ (ຖ້າບໍ່ຖືກມອບໃຫ້ຕົ້ນໄມ້, ຕົ້ນໄມ້ທີ່ເຂົ້າກັນໃກ້ຄຽງຈະຖືກຄິດໄລ່).
-g ສົມມຸດລະຫວ່າງຕົວແບບການປ່ຽນແປງອັດຕາເວັບໄຊທ໌ (Gamma) [ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງໂປຣແກຣມ
ຈະສົມມຸດຕົວແບບດຽວກັນ. ໄວຫຼາຍ, ແຕ່ຖືກຕ້ອງຫນ້ອຍ!]
-m ຊື່ແບບ ຈຳ ລອງ
- ມຈ [JTT]
-ml LG
-ທ້າວ mtREV (ສໍາລັບ genomes mitochondrial)
-md DAY
-mw WAG
-mc cpREV (ສໍາລັບ genomes chloroplasts)
-ມາ Jukes ແລະ Cantor (JC) ສໍາລັບອາຊິດ amino
- ນ Jukes ແລະ Cantor (JC) ສໍາລັບ nucleotides
-mh ຮູບແບບ HKY ສໍາລັບ nucleotides
- ມກ nuggtr ຕົວແບບສໍາລັບ nucleotides
- mt tamura92 ຕົວແບບສໍາລັບ nucleotides
-ຂອງຂ້ອຍ yang M5 codons ຮູບແບບ
-ຂ້ອຍ matrix codon empirical
ການຄວບຄຸມທາງເລືອກການຜະລິດໄດ້:
-x ຜົນຜະລິດໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ໃນຮູບແບບ Newick [tree.newick.txt]
-y ຜົນຜະລິດໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ໃນຮູບແບບ ANCESTOR [tree.ancestor.txt]
-j ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດລໍາດັບຮ່ວມກັນ [seq.joint.txt]
-k ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດລໍາດັບຂອບ [seq.marginal.txt]
-d ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຄວາມເປັນໄປໄດ້ຮ່ວມກັນ [prob.joint.txt]
-e ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອບຂອບ [prob.marginal.txt]
-q ຮູບແບບຜົນຜະລິດລໍາດັບບັນພະບູລຸດ. (- qc = [CLUSTAL], - qf = FASTA,
-ກມ = MOLPHY, -qs = ແມ່, - qp = PHLIYP, -qn = Nexus)
ຕົວເລືອກຂັ້ນສູງ:
-a ເກນສຳລັບຄຳນວນອີກຄັ້ງຄວາມອາດເປັນໄປໄດ້ຢູ່ຂອບ [0.9]
-b ຢ່າປັບປຸງຄວາມຍາວຂອງກິ່ງງ່າໃນຕົ້ນເລີ່ມຕົ້ນ
[ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງສາຂາ ແລະ alpha ແມ່ນ ML optimized ຈາກຂໍ້ມູນ]
-c ຈໍານວນຂອງປະເພດ Gamma ທີ່ແຕກຕ່າງກັນສໍາລັບການແຈກຢາຍ gamma [8]
-f ບໍ່ໄດ້ຄິດໄລ່ການກໍ່ສ້າງຮ່ວມກັນ (ດີຖ້າຫາກວ່າສາຂາແລະ algorithm ຜູກມັດໃຊ້ເວລາ
ໃຊ້ເວລາຫຼາຍເກີນໄປ, ແລະເປົ້າຫມາຍແມ່ນການຄິດໄລ່ການສ້າງຄືນໃຫມ່ຂອບເຂດທີ່ມີ Gamma).
-z ຜູກພັນທີ່ນໍາໃຊ້. -zs - ຜູກພັນໂດຍອີງໃສ່ຜົນລວມ. -zm ອີງຕາມ max. -zb [ທັງສອງ]
-p ຕົວກໍານົດການ alpha ຂອງຜູ້ໃຊ້ຂອງການແຈກຢາຍ gamma [ຖ້າ alpha ບໍ່ໄດ້ຖືກມອບໃຫ້, alpha ແລະ
ສາຂາຈະຖືກປະເມີນຈາກຂໍ້ມູນ (override -b)
ໃຊ້ fastml ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
