formatdb - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

formatdb - ຖານຂໍ້ມູນໂປຣຕີນ ຫຼື nucleotide ຮູບແບບສໍາລັບ BLAST

ສະຫຼຸບສັງລວມ

formatdb [-] [-B ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-F ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-L ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-T ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-l ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-n str] [-o] [-p F] [-s] [-t str] [-v N]

ລາຍລະອຽດ

formatdb ຕ້ອງໃຊ້ເພື່ອຈັດຮູບແບບຖານຂໍ້ມູນແຫຼ່ງໂປຣຕີນ ຫຼື nucleotide ກ່ອນ
ຖານຂໍ້ມູນເຫຼົ່ານີ້ສາມາດຄົ້ນຫາໄດ້ໂດຍ blastall, blastpgp ຫຼື MegaBLAST. ຖານຂໍ້ມູນແຫຼ່ງ
ອາດຈະຢູ່ໃນຮູບແບບ FASTA ຫຼື ASN.1. ເຖິງແມ່ນວ່າຮູບແບບ FASTA ຖືກນໍາໃຊ້ຫຼາຍທີ່ສຸດ
ປ້ອນໃສ່ formatdb, ການນໍາໃຊ້ ASN.1 ແມ່ນເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບຜູ້ທີ່ກໍາລັງໃຊ້ ASN.1 ເປັນ
ແຫຼ່ງທົ່ວໄປສໍາລັບຮູບແບບອື່ນໆເຊັ່ນບົດລາຍງານ GenBank. ເມື່ອໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນແຫຼ່ງ
ໄດ້​ຮັບ​ການ​ຈັດ​ຮູບ​ແບບ​ໂດຍ​ formatdb ມັນບໍ່ຈໍາເປັນໂດຍ BLAST. ກະລຸນາສັງເກດວ່າຖ້າທ່ານເປັນ
ຈະນໍາໃຊ້ການປັບປຸງແຕ່ລະໄລຍະກັບຖານຂໍ້ມູນ BLAST ຂອງທ່ານໂດຍໃຊ້ ເຊື່ອມ(1​)​, ທ່ານ​ຈະ​ຕ້ອງ​ການ​
ຮັກສາໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນແຫຼ່ງ.

OPTIONS

ສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກແມ່ນລວມຢູ່ຂ້າງລຸ່ມນີ້.

- ພິມຂໍ້ຄວາມການນໍາໃຊ້

-B ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
Gifile Binary ຜະລິດຈາກ Gifile ທີ່ລະບຸໂດຍ -F. ທາງ​ເລືອກ​ນີ້​ລະ​ບຸ​
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ບັນຊີລາຍຊື່ GI binary. ທາງເລືອກນີ້ຄວນຈະຖືກນໍາໃຊ້ກັບ -F ທາງເລືອກ. ກ
ບັນຊີລາຍຊື່ GI ຂໍ້ຄວາມອາດຈະຖືກລະບຸດ້ວຍ -F ທາງ​ເລືອກ​ແລະ​ -B ທາງ​ເລືອກ​ຈະ​ຜະ​ລິດ​
ບັນຊີລາຍຊື່ GI ໃນຮູບແບບຖານສອງ. ໄຟລ໌ໄບນາຣີມີຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ ແລະ BLAST ບໍ່ຕ້ອງການ
ເພື່ອແປງມັນ, ດັ່ງນັ້ນມັນສາມາດອ່ານໄດ້ໄວຂຶ້ນ.

-F ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
Gifile (ໄຟລ໌ທີ່ມີບັນຊີລາຍຊື່ຂອງ gi) ສໍາລັບການນໍາໃຊ້ກັບ -B or -L

-L ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ສ້າງໄຟລ໌ນາມແຝງທີ່ມີຊື່ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ, ຈໍາກັດການລໍາດັບຄົ້ນຫາເຫຼົ່ານັ້ນ
ລະບຸໂດຍ -F.

-T ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ກໍານົດ ID ການຈັດປະເພດໃນ ASN.1 deflines ອີງຕາມຕາຕະລາງໃນ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ.

-V Verbose: ກວດເບິ່ງ ids string ທີ່ບໍ່ເປັນເອກະລັກໃນຖານຂໍ້ມູນ

-a ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນຖານຂໍ້ມູນໃນຮູບແບບ ASN.1 (ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ FASTA ຄາດວ່າຈະມີ)

-b ຖານຂໍ້ມູນ ASN.1 ເປັນຖານສອງ (ກົງກັນຂ້າມກັບຂໍ້ຄວາມ ASCII)

-e ການປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນ Seq-entry. ແຫຼ່ງຂໍ້ມູນ ASN.1 (ບໍ່ວ່າຈະເປັນຂໍ້ຄວາມ ascii ຫຼື binary) ອາດຈະ
ບັນຈຸ Bioseq-set ຫຼືພຽງແຕ່ຫນຶ່ງ Bioseq. ໃນກໍລະນີສຸດທ້າຍ -e ຄວນໄດ້ຮັບການສະຫນອງໃຫ້.

-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບການຈັດຮູບແບບ

-l ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຊື່ໄຟລ໌ບັນທຶກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = formatdb.log)

-n str ຊື່ພື້ນຖານສໍາລັບໄຟລ໌ BLAST (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນຊື່ຂອງໄຟລ໌ FASTA ຕົ້ນສະບັບ)

-o Parse SeqID ແລະສ້າງດັດສະນີ. ຖ້າຖານຂໍ້ມູນແຫຼ່ງແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ FASTA,
ຕົວລະບຸຖານຂໍ້ມູນໃນເສັ້ນຄໍານິຍາມ FASTA ຕ້ອງປະຕິບັດຕາມສົນທິສັນຍາຂອງ
ຮູບແບບ FASTA Defline.

-p F ການປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນ nucleotide, ບໍ່ແມ່ນທາດໂປຼຕີນ.

-s ດັດສະນີພຽງແຕ່ໂດຍການເຂົ້າ, ບໍ່ແມ່ນໂດຍສະຖານທີ່. ນີ້ແມ່ນເປັນປະໂຫຍດໂດຍສະເພາະສໍາລັບຊຸດລໍາດັບ
ຄືກັບ EST ທີ່ຊື່ການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ ແລະຊື່ສະຖານທີ່ຄືກັນ. Formatdb ແລ່ນ
ໄວກວ່າ ແລະຜະລິດໄຟລ໌ຊົ່ວຄາວທີ່ນ້ອຍກວ່າ ຖ້າຕົວເລືອກນີ້ຖືກໃຊ້. ມັນເປັນຢ່າງແຂງແຮງ
ແນະນຳສຳລັບ EST's, STS's, GSS's, ແລະ HTGS's.

-t str ຊື່ສໍາລັບໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນ [String]

-v N ແຍກໄຟລ໌ FASTA ຂະຫນາດໃຫຍ່ອອກເປັນ 'ປະລິມານ' ຂອງຂະຫນາດ N ລ້ານຕົວອັກສອນ (4000 ໂດຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ). ເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງການສ້າງປະລິມານ, formatdb ຂຽນປະເພດໃຫມ່ຂອງ BLAST
ໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນ, ເອີ້ນວ່າໄຟລ໌ນາມແຝງ, ທີ່ມີນາມສະກຸນ 'nal' ຫຼື 'pal'.

ໃຊ້ formatdb ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net