frendp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

frend.pl -- Render a Bio:: ໄຟລ໌ຄຸນສົມບັດກຣາຟິກຢູ່ໃນເວັບ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

ລາຍລະອຽດ

ສະຄຣິບ frend.pl ເປັນສ່ວນດ້ານໜ້າບາງໆປະມານໂມດູນ Bio::ກຣາບຟິກ. ມັນຍອມຮັບ a
ບັນຊີລາຍຊື່ຂອງໄຟລ໌ທີ່ມີລໍາດັບ (ທາດໂປຼຕີນ, nucleotide) ປະສານງານຄຸນນະສົມບັດຈາກ
ໄຟລ໌ທີ່ມີລາຍຊື່ຢູ່ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງຫຼືຢູ່ໃນມາດຕະຖານ input, renders ໃຫ້ເຂົາເຈົ້າ, ແລະຜະລິດ PNG
ໄຟລ໌ໃນຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ.

ການຕິດຕັ້ງ

ຄັດລອກສະຄິບນີ້ໃສ່ໄດເລກະທໍລີ cgi-bin ຂອງເວັບໄຊທ໌ຂອງເຈົ້າ. ຊື່ມັນອັນໃດກໍໄດ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.

ຄຸນນະສົມບັດ ໄຟ ຮູບແບບ

ສະຄຣິບນີ້ຍອມຮັບ ແລະປະມວນຜົນຄຳບັນຍາຍຕາມລຳດັບໃນຮູບແບບທີ່ຂັ້ນດ້ວຍແຖບແບບງ່າຍໆ ຫຼື
ໃນຮູບແບບ GFF.

ຮູບແບບໄຟລ໌ຄຸນສົມບັດມີພາກສ່ວນການຕັ້ງຄ່າ ແລະສ່ວນຂໍ້ມູນ. ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​
ພາກສ່ວນກໍານົດຂະຫນາດແລະຄຸນສົມບັດໂດຍລວມຂອງຮູບພາບ, ແລະພາກສ່ວນຂໍ້ມູນໃຫ້
ຂໍ້ມູນຄຸນສົມບັດຂອງມັນເອງ.

ການຕັ້ງຄ່າ ສ່ວນ
ຖ້າບໍ່ໄດ້ໃຫ້, ສະຄຣິບນີ້ສ້າງພາກສ່ວນການຕັ້ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທີ່ສົມເຫດສົມຜົນສໍາລັບ
ທ່ານ, ດັ່ງນັ້ນທ່ານບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງສະຫນອງພາກສ່ວນການຕັ້ງຄ່າເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຮູບພາບທີ່ສົມເຫດສົມຜົນ.
ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ເພື່ອປັບລັກສະນະຂອງຮູບພາບ, ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການປັບ
ການຕັ້ງຄ່າ. ນີ້ແມ່ນບົດຄັດຫຍໍ້ຈາກພາກສ່ວນການຕັ້ງຄ່າ:

# ໄຟລ໌ຕົວຢ່າງ
[ທົ່ວໄປ]
ຖານ = -1000..21000
ລະດັບຄວາມສູງ = 12

[EST]
glyph = ສ່ວນ
bgcolor=ສີເຫຼືອງ
connector = ແຂງ
ລະດັບຄວາມສູງ = 5

[FGENES]
glyph = ການຖອດຂໍ້ຄວາມ2
bgcolor = ສີຂຽວ
ລາຍລະອຽດ = 1

ພາກສ່ວນການຕັ້ງຄ່າແມ່ນແບ່ງອອກເປັນຊຸດຂອງພາກສ່ວນ, ແຕ່ລະອັນມີປ້າຍ a
[ຫົວຂໍ້ພາກ]. ພາກສ່ວນ [ທົ່ວໄປ] ກໍານົດທາງເລືອກທົ່ວໂລກສໍາລັບຮູບພາບທັງຫມົດ.
ພາກສ່ວນອື່ນໆນຳໃຊ້ກັບປະເພດຄຸນສົມບັດສະເພາະ. ໃນຕົວຢ່າງຂ້າງເທິງ, ການຕັ້ງຄ່າ
ໃນພາກ [EST] ໃຊ້ໄດ້ກັບຄຸນສົມບັດທີ່ຕິດສະຫຼາກເປັນ ESTs, ໃນຂະນະທີ່ການຕັ້ງຄ່າຢູ່ໃນ
ພາກສ່ວນ [FGENES] ນຳໃຊ້ກັບຄຸນສົມບັດທີ່ຕິດປ້າຍກຳກັບວ່າເປັນການຄາດເດົາຈາກ gene FGENES
ໂຄງ​ການ​ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​.

ພາຍໃນແຕ່ລະພາກແມ່ນຊຸດຂອງ name=value pairs, ເຊິ່ງຊື່ແມ່ນຊື່ຂອງ an
ທາງ​ເລືອກ​ທີ່​ຈະ​ກໍາ​ນົດ​. ທ່ານ​ສາ​ມາດ​ວາງ​ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ຢູ່​ອ້ອມ​ຂ້າງ​ເຄື່ອງ​ຫມາຍ = ເພື່ອ​ເຮັດ​ໃຫ້​ມັນ​ສາ​ມາດ​ອ່ານ​ໄດ້​ຫຼາຍ​, ຫຼື​ແມ້​ກະ​ທັ້ງ​
ໃຊ້ຈໍ້າສອງເມັດ (:) ຖ້າທ່ານຕ້ອງການ. ຊື່ທາງເລືອກຕໍ່ໄປນີ້ຖືກຮັບຮູ້:

ຕົວຢ່າງຄ່າທາງເລືອກ
------ ------ ------

ພື້ນຖານຂັ້ນຕ່ຳ & ສູງສຸດຂອງໄລຍະລຳດັບ (bp) 1200..60000
width width ຂອງຮູບ (pixels) 600
height ຄວາມສູງຂອງແຕ່ລະອົງປະກອບກາຟິກ (pixels) 10
ຮູບແບບ glyph ຂອງແຕ່ລະອົງປະກອບກາຟິກ (ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້) ການຖອດຂໍ້ຄວາມ
fgcolor ສີດ້ານໜ້າຂອງແຕ່ລະອົງປະກອບເປັນສີເຫຼືອງ
bgcolor ສີພື້ນຫຼັງຂອງແຕ່ລະອົງປະກອບສີຟ້າ
linewidth ຄວາມກວ້າງຂອງເສັ້ນ 3
label ພິມຊື່ຄຸນສົມບັດ 1
ລາຍລະອຽດວ່າຈະພິມລາຍລະອຽດຂອງຄຸນສົມບັດຫຼືບໍ່
Bum Elements ບໍ່ອະນຸຍາດໃຫ້ຂັດກັນ 1
ticks ພິມເຄື່ອງໝາຍຕິກໃສ່ລູກສອນ 1
connector ປະເພດຂອງຕົວເຊື່ອມຕໍ່ກຸ່ມ (dashed, hat or solid) dashed

ຕົວເລືອກ "ຖານ" ແລະ "ຄວາມກວ້າງ" ແມ່ນມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງພຽງແຕ່ຢູ່ໃນພາກ [ທົ່ວໄປ]. ພວກ​ເຂົາ​ແມ່ນ
ແທນທີ່ດ້ວຍຕົວເລືອກແຖວຄຳສັ່ງຊື່.

ສ່ວນທີ່ເຫຼືອຂອງທາງເລືອກສາມາດຕັ້ງຢູ່ໃນພາກໃດ, ແຕ່ຖ້າຫາກວ່າຢູ່ໃນ
ພາກສ່ວນ [ທົ່ວໄປ] ຈະກຳນົດຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສຳລັບພາກສ່ວນອື່ນໆ.

ສີແມ່ນຊື່ສີທີ່ເປັນພາສາອັງກິດ ຫຼືແບບເວັບສີ #RRGGBB (ເບິ່ງປຶ້ມໃນ HTML
ສໍາ​ລັບ​ຄໍາ​ອະ​ທິ​ບາຍ​)​. ຄ່າ True/false ແມ່ນ 1 ສໍາລັບ true, ແລະ 0 ສໍາລັບ false. ໄລຍະຕົວເລກສາມາດ
ສະແດງອອກໃນແບບເລີ່ມຕົ້ນ..ສິ້ນສຸດດ້ວຍສອງຈຸດ, ຫຼືເປັນຈຸດເລີ່ມຕົ້ນ-ທ້າຍດ້ວຍຂີດໝາຍ.

ຕົວເລືອກ "glyph" ຄວບຄຸມວິທີການສະແດງຄຸນສົມບັດ. glyphs ຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນ
ປະຕິບັດ:

ລາຍລະອຽດຊື່
--------------------

ປ່ອງຮູບສີ່ຫລ່ຽມທີ່ເຕັມໄປ, ບໍ່ມີທິດທາງ.
ellipse ເປັນຮູບໄຂ່.
arrow ລູກສອນ; ສາມາດ unidirectional ຫຼື
ສອງທິດ. ມັນຍັງສາມາດສະແດງໄດ້
ຂະຫນາດທີ່ມີຫມາຍຕິກທີ່ສໍາຄັນແລະເລັກນ້ອຍ, ແລະສາມາດ
ວາງອອກຕາມແນວນອນ ຫຼືແນວຕັ້ງ.
segments ຊຸດຂອງສີ່ຫລ່ຽມເຕັມທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ດ້ວຍແຂງ
ສາຍ. ໃຊ້ສໍາລັບຄຸນສົມບັດທີ່ຂັດຂວາງ, ເຊັ່ນ:
gapped alignments ແລະ exon ກຸ່ມ.
transcript ຄ້າຍຄືກັນກັບ segments, ແຕ່ເສັ້ນເຊື່ອມຕໍ່ແມ່ນ
ຮູບຮ່າງ "ຫມວກ", ແລະທິດທາງຂອງ
ການຖອດຂໍ້ຄວາມແມ່ນຊີ້ບອກດ້ວຍລູກສອນນ້ອຍໆ.
transcript2 ຄ້າຍຄືກັນກັບ transcript, ແຕ່ທິດທາງຂອງ
ການຖອດຂໍ້ຄວາມແມ່ນຊີ້ບອກໂດຍພາກສ່ວນປາຍທາງ
ໃນຮູບຮ່າງຂອງລູກສອນ.
primers ລູກສອນຊີ້ຂ້າງໃນສອງອັນເຊື່ອມຕໍ່ກັນດ້ວຍເສັ້ນ. ໃຊ້ສໍາລັບ STSs.

ຕົວເລືອກຕໍາແມ່ນທາງເລືອກທີ່ສໍາຄັນທີ່ສຸດສໍາລັບການຄວບຄຸມການເບິ່ງຮູບພາບ. ຖ້າຕັ້ງ
ກັບ false (ຕົວເລກ 0), ຫຼັງຈາກນັ້ນຄຸນສົມບັດໄດ້ຖືກອະນຸຍາດໃຫ້ທັບຊ້ອນກັນ. ຖ້າຕັ້ງເປັນຄວາມຈິງ (the
ເລກ 1), ຫຼັງຈາກນັ້ນຄຸນສົມບັດຈະຍ້າຍອອກຕາມແນວຕັ້ງເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການ colliding. ຖ້າບໍ່ລະບຸ,
bump ເປີດຖ້າຫາກວ່າຈໍານວນຂອງປະເພດຂອງຄຸນນະສົມບັດລໍາດັບໃດຫນຶ່ງແມ່ນຫຼາຍກ່ວາ 50.

ຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
ພາກສ່ວນຂໍ້ມູນສາມາດປະຕິບັດຕາມຫຼືດໍາເນີນການພາກສ່ວນການຕັ້ງຄ່າ. ທັງສອງພາກສາມາດ
ຍັງໄດ້ຮັບການປະສົມ. ພາກສ່ວນຂໍ້ມູນແມ່ນແຖບ ຫຼືໄຟລ໌ທີ່ຂັ້ນດ້ວຍຍະຫວ່າງທີ່ເຈົ້າສາມາດເຮັດໄດ້
ສົ່ງ​ອອກ​ຈາກ​ຄໍາ​ຮ້ອງ​ສະ​ຫມັກ​ສະ​ເປ​ຣດ​ຊີດ​ຫຼື​ໄຟລ​໌​ປະ​ກອບ​ຄໍາ (ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າຈະບັນທຶກເປັນຂໍ້ຄວາມ
ເທົ່ານັ້ນ!)

ນີ້ແມ່ນພາກສ່ວນຂໍ້ມູນຕົວຢ່າງ:

Cosmid B0511 . 516-619 Cosmid B0511 . 3185-3294 Cosmid
B0511 . 10946-11208 Cosmid B0511 . 13126-13511 Cosmid
B0511 . 66-208 Cosmid B0511 . 6354-6499 Cosmid B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 ປາຊູແອັດ FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 ໂດເມນ Transmembrane
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 ໂດເມນ Kinase ແລະ sushi

ແຕ່ລະແຖວຂອງໄຟລ໌ມີຫ້າຖັນ. ຖັນແມ່ນ:

ຖັນ # ຄຳອະທິບາຍ
-------- -----------

1 ປະເພດຄຸນສົມບັດ
2 ຊື່ຄຸນສົມບັດ
ຊ້າຍ 3
4 ຈຸດປະສານງານ
5 ຄຳອະທິບາຍ

ປະເພດຄຸນສົມບັດ
ປະເພດຄຸນສົມບັດຄວນຈະກົງກັນກັບໜຶ່ງໃນ [ປະເພດຄຸນສົມບັດ] ຫົວຂໍ້ໃນ
ພາກ​ສ່ວນ​ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​. ຖ້າມັນບໍ່, ທາງເລືອກ [ທົ່ວໄປ] ຈະຖືກນໍາໃຊ້ກັບ
ຄຸນນະສົມບັດໃນເວລາທີ່ສະແດງມັນ. ຊື່ຄຸນສົມບັດແມ່ນຊື່ສໍາລັບຄຸນສົມບັດ. ໃຊ້ "." ຫຼື
"-" ຖ້າອັນນີ້ບໍ່ກ່ຽວຂ້ອງ. ຖ້າຊື່ມີຊ່ອງຫວ່າງ, ໃສ່ອັນດຽວ ຫຼືສອງເທົ່າ
quotes ("") ປະມານຊື່.

Strand
strand ຊີ້ບອກເຖິງສາຍພັນໃດທີ່ມີລັກສະນະເປີດ. ມັນແມ່ນ ໜຶ່ງ ໃນ "+" ສໍາລັບການສົ່ງຕໍ່
strand, "-" ສໍາລັບສາຍພັນປີ້ນກັບກັນ, ຫຼື "." ສໍາ​ລັບ​ຄຸນ​ນະ​ສົມ​ບັດ​ທີ່​ບໍ່​ໄດ້​ຕິດ​ຕັ້ງ​.

Coordinates
ຖັນພິກັດແມ່ນຊຸດໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍໄລຍະທີ່ຄຸນສົມບັດຄອບຄອງ.
ໄລຍະແມ່ນຂຽນໂດຍໃຊ້ ".." ຄືກັບ start..stop, ຫຼືດ້ວຍຂີດໝາຍ, ເຊັ່ນດຽວກັບ start-stop.
ສໍາລັບຄຸນສົມບັດທີ່ປະກອບດ້ວຍຫຼາຍຂອບເຂດ &em; ສໍາລັບການຍົກຕົວຢ່າງ transcripts ວ່າ
ມີ exons ຫຼາຍ &em; ທ່ານ​ສາ​ມາດ​ວາງ​ລະ​ດັບ​ໃນ​ເສັ້ນ​ດຽວ​ກັນ​ທີ່​ແຍກ​ອອກ​ໂດຍ​
ເຄື່ອງໝາຍຈຸດ ຫຼືຍະຫວ່າງ, ຫຼືວາງຂອບເຂດໃສ່ແຕ່ລະແຖວ ແລະພຽງແຕ່ໃຊ້ຄຸນສົມບັດດຽວກັນ
ຊື່ແລະພິມເພື່ອຈັດກຸ່ມໃຫ້ເຂົາເຈົ້າ. ໃນຕົວຢ່າງຂ້າງເທິງ, ຄຸນສົມບັດ Cosmid B0511 ໃຊ້
ຮູບແບບເສັ້ນສ່ວນບຸກຄົນ, ໃນຂະນະທີ່ລັກສະນະ FGENESH ໃຊ້ທຸກຂອບເຂດ-on-one-line
ແບບ.

ລາຍລະອຽດ
ຖັນສຸດທ້າຍມີຂໍ້ຄວາມອະທິບາຍບາງອັນ. ຖ້າຕົວເລືອກຄໍາອະທິບາຍຖືກຕັ້ງເປັນ
ແທ້ຈິງແລ້ວ, ຂໍ້ຄວາມນີ້ຈະຖືກພິມພາຍໃຕ້ຄຸນສົມບັດໃນການສະແດງຜົນ.

ສຸດທ້າຍ, ມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະຈັດກຸ່ມລັກສະນະທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຮ່ວມກັນ. ຕົວຢ່າງແມ່ນ ESTs
yk53c10.5 ແລະ yk53c10.3, ເຊິ່ງກ່ຽວຂ້ອງກັນໂດຍການອ່ານຈາກສອງສົ້ນຂອງໂຄນ.
yk53c10. ເພື່ອຊີ້ບອກຄວາມສໍາພັນນີ້, ສ້າງພາກສ່ວນທີ່ມີລັກສະນະນີ້:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

ກຸ່ມຖືກຊີ້ບອກໂດຍແຖວທີ່ມີພຽງແຕ່ສອງຖັນທີ່ມີຄຸນສົມບັດ
ປະເພດແລະຊື່ທີ່ເປັນເອກະລັກສໍາລັບກຸ່ມ. ປະຕິບັດຕາມເສັ້ນນີ້ດ້ວຍຄຸນສົມບັດທັງຫມົດທີ່ປະກອບເປັນ
ກຸ່ມ, ແຕ່ປ່ອຍໃຫ້ຖັນທໍາອິດ (ປະເພດຄຸນນະສົມບັດ) ຫວ່າງເປົ່າ. ກຸ່ມຈະໄດ້ຮັບການ rendered ໂດຍ
ແຕ້ມເສັ້ນຂີດເສັ້ນລະຫວ່າງສະມາຊິກທັງໝົດຂອງກຸ່ມ. ທ່ານສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ໂດຍ
ການລະບຸຕົວເລືອກຕົວເຊື່ອມຕໍ່ທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນພາກສ່ວນການຕັ້ງຄ່າສໍາລັບຄຸນສົມບັດນີ້
ປະເພດ

ໃຊ້ frendp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net