genome-music-bmr-calc-bmrp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

genome music bmr calc-bmr - ຄິດ​ໄລ່​ອັດ​ຕາ​ການ​ກາຍ​ພັນ​ທີ່​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ຄຸ້ມ​ຄອງ​ຕໍ່​ເຊື້ອ​ສາຍ (ຈາກ "ດົນ​ຕີ
bmr calc-covg"), ແລະບັນຊີລາຍຊື່ການກາຍພັນ

ເວີຊັ່ນ

ເອກະສານນີ້ອະທິບາຍ genome music bmr calc-bmr version 0.04 (2016-01-01 at 23:10:18)

ສະຫຼຸບສັງລວມ

genome music bmr calc-bmr --bmr-output=? --roi-file=? --gene-mr-file=?
--reference-sequence=? --bam-list=? --output-dir=? --maf-file=? [--skip-non-coding]
[--skip-silent] [--bmr-groups=?] [--show-skipped] [--separate-truncations]
[--merge-concurrent-muts] [--genes-to-ignore=?]

... ດົນຕີ bmr calc-bmr \
--bam-list input_dir/bam_list \
--maf-file input_dir/myMAF.tsv \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

... ດົນຕີ bmr calc-bmr \
--bam-list input_dir/bam_list \
--maf-file input_dir/myMAF.tsv \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv \
--genes-to-ignore GENE1,GENE2

ຕ້ອງການ ການໂຕ້ຖຽງ

bmr-ຜົນຜະລິດ ຈໍານວນ
ທັງ ໝົດ

roi-ໄຟລ໌ ຂໍ້ຄວາມ
Tab delimited list of ROIs [chr start stop gene_name] (ເບິ່ງ DESCRIPTION)

gene-mr-file ຂໍ້ຄວາມ
ທັງ ໝົດ

ລຳດັບການອ້າງອີງ ຂໍ້ຄວາມ
ເສັ້ນທາງໄປຫາລໍາດັບອ້າງອີງໃນຮູບແບບ FASTA

bam-ບັນຊີລາຍຊື່ ຂໍ້ຄວາມ
ແຖບແຍກລາຍຊື່ໄຟລ໌ BAM [sample_name normal_bam tumor_bam] (ເບິ່ງ DESCRIPTION)

ຜົນຜະລິດ-dir ຂໍ້ຄວາມ
ໄດເລກະທໍລີທີ່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຈະຖືກຂຽນ (ໃຊ້ອັນດຽວກັນທີ່ໃຊ້ກັບ calc-covg)

maf-file ຂໍ້ຄວາມ
ລາຍຊື່ການກາຍພັນໂດຍໃຊ້ສະເພາະ TCGA MAF v2.3

ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ

ຂ້າມ-ບໍ່ເຂົ້າລະຫັດ ບົວບານ
ຂ້າມການກາຍພັນທີ່ບໍ່ແມ່ນການເຂົ້າລະຫັດຈາກໄຟລ໌ MAF ທີ່ສະໜອງໃຫ້

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'true' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

noskip-ບໍ່ແມ່ນການເຂົ້າລະຫັດ ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ skip-non-coding 'false'

ຂ້າມ-ງຽບ ບົວບານ
ຂ້າມການກາຍພັນແບບງຽບໆຈາກໄຟລ໌ MAF ທີ່ສະໜອງໃຫ້

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'true' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

noskip-silent ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ skip-silent 'false'

bmr-ກຸ່ມ Integer
ຈຳນວນຂອງກຸ່ມຕົວຢ່າງທີ່ມີ BMRs ປຽບທຽບໄດ້ (ເບິ່ງລາຍລະອຽດ)

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ '1' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

ຂ້າມການສະແດງ ບົວບານ
ລາຍງານແຕ່ລະການກາຍພັນທີ່ຂ້າມ, ບໍ່ພຽງແຕ່ຈໍານວນເທົ່າໃດ

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'false' (--noshow-skipped) ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

noshow-ຂ້າມ ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ການສະແດງຂ້າມ 'false'

ການ​ຕັດ​ແຍກ​ຕ່າງ​ຫາກ​ ບົວບານ
ການກາຍພັນຂອງການຕັດເປັນກຸ່ມເປັນປະເພດແຍກຕ່າງຫາກ

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'false' (--noseparate-truncations) ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

noseparate-truncations ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ການຕັດແຍກເປັນ 'ຜິດ'

merge-concurrent-muts ບົວບານ
ການກາຍພັນຫຼາຍອັນຂອງ gene ໃນຕົວຢ່າງດຽວກັນຖືກປະຕິບັດເປັນ 1

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'false' (--nomerge-concurrent-muts) ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

nomerge-concurrent-muts ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ merge-concurrent-muts 'false'

gene-to-ignore ຂໍ້ຄວາມ
ລາຍຊື່ພັນທຸກໍາທີ່ຂັ້ນດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດທີ່ຈະບໍ່ສົນໃຈສຳລັບອັດຕາການກາຍພັນໃນພື້ນຫຼັງ

ລາຍລະອຽດ

ໃຫ້ບັນຊີລາຍຊື່ການກາຍພັນ (MAF), ແລະຂໍ້ມູນການຄຸ້ມຄອງຕໍ່ພັນທຸກໍາທີ່ຄິດໄລ່ໂດຍໃຊ້ "music bmr calc-
covg"), ສະຄຣິບນີ້ຄິດໄລ່ອັດຕາການປ່ຽນແປງຂອງພື້ນຫຼັງໂດຍລວມ (BMR) ແລະ BMRs ໃນ
ໝວດໝູ່ຂອງ AT/CG/CpG Transitions, AT/CG/CpG Transitions, ແລະ Indels. ເປັນທາງເລືອກ
ປະເພດຂອງການກາຍພັນທາງຕັດຍັງສາມາດຖືກກໍານົດ. ສະຄຣິບສ້າງໄຟລ໌
ກັບອັດຕາການກາຍພັນຕໍ່ເຊື້ອສາຍທີ່ສາມາດນໍາໃຊ້ກັບເຄື່ອງມືທີ່ທົດສອບຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ
ພັນທຸ ກຳ ທີ່ປ່ຽນແປງ (smg ດົນຕີ).

ການໂຕ້ຖຽງ

--roi-file
ພາກພື້ນທີ່ມີຄວາມສົນໃຈ (ROIs) ຂອງແຕ່ລະ gene ໂດຍທົ່ວໄປແມ່ນເຂດທີ່ຖືກເປົ້າຫມາຍ
sequencing ຫຼືຖືກລວມເຂົ້າ exon loci (ຈາກການຖອດຂໍ້ຄວາມຫຼາຍສະບັບ) ຂອງ genes ກັບ 2-bp
flanks (splice junctions). ROIs ຈາກໂຄໂມໂຊມດຽວກັນຈະຕ້ອງຖືກລະບຸໄວ້ຢູ່ໃກ້ຄຽງ
ເຊິ່ງກັນແລະກັນໃນໄຟລ໌ນີ້. ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ລະຫັດພື້ນຖານ C-based ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ຫຼາຍ
ມີປະສິດທິພາບແລະຫຼີກເວັ້ນການນັບຄືນຖານທີ່ເຫັນໃນ ROIs ທັບຊ້ອນ (ສໍາລັບການຄຸ້ມຄອງໂດຍລວມ
ການນັບຖານ). ສຳລັບການນັບຖານຕໍ່ພັນທຸກໍາ, ພື້ນຖານທີ່ທັບຊ້ອນກັນຈະຖືກນັບໃນແຕ່ລະຄັ້ງ
ມັນປາກົດຢູ່ໃນ ROI ຂອງເຊື້ອສາຍດຽວກັນ. ເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການນີ້, ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າຈະລວມເຂົ້າກັນ
ROIs ທີ່ທັບຊ້ອນກັນຂອງ gene ດຽວກັນ. BEDtools' mergeBed ສາມາດຊ່ວຍໄດ້ຖ້າໃຊ້ຕໍ່ພັນທຸກໍາ.
--reference-ລໍາດັບ
ລຳດັບການອ້າງອີງໃນຮູບແບບ FASTA. ຖ້າບໍ່ພົບດັດສະນີລໍາດັບອ້າງອີງ
ຕໍ່ໄປກັບໄຟລ໌ນີ້ (ໄຟລ໌ .fai), ມັນຈະຖືກສ້າງຂຶ້ນ.
--bam-ບັນຊີລາຍຊື່
ໃຫ້ໄຟລ໌ທີ່ມີຊື່ຕົວຢ່າງ ແລະສະຖານທີ່ປົກກະຕິ/ເນື້ອງອກ BAM ສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ. ໃຊ້
ແຖບ- ຮູບແບບທີ່ຂັ້ນດ້ວຍ [sample_name normal_bam tumor_bam] ຕໍ່ແຖວ. ເພີ່ມເຕີມ
ຖັນເຊັ່ນຂໍ້ມູນທາງຄລີນິກໄດ້ຮັບອະນຸຍາດ, ແຕ່ຖືກລະເລີຍ. sample_name ຈະຕ້ອງຄືກັນ
ເປັນຊື່ຕົວຢ່າງ tumor ທີ່ໃຊ້ໃນໄຟລ໌ MAF (ຄໍລໍາທີ 16, ມີສ່ວນຫົວ
Tumor_Sample_Barcode).
--bmr-ກຸ່ມ
ໂດຍຫລັກການແລ້ວ, ພວກເຮົາຕ້ອງການທົດສອບອັດຕາການກາຍພັນ (MR) ຂອງ gene ໃນຕົວຢ່າງຕໍ່ກັບ
ອັດຕາການປ່ຽນແປງພື້ນຫຼັງ (BMR) ໃນທົ່ວຕົວຢ່າງນັ້ນ. ແຕ່ຖ້າ BMRs ຂອງບາງຕົວຢ່າງແມ່ນ
ເມື່ອປຽບທຽບ, ພວກເຮົາສາມາດທົດສອບ MR ຂອງ gene ໃນທົ່ວກຸ່ມຕົວຢ່າງທີ່ມີ
BMR ປຽບທຽບ, ຕໍ່ກັບ BMR ໂດຍລວມຂອງກຸ່ມນັ້ນ. ການໂຕ້ຖຽງນີ້ກໍານົດວິທີການ
ຫຼາຍກຸ່ມດັ່ງກ່າວທີ່ທ່ານຕ້ອງການຈັດກຸ່ມຕົວຢ່າງເຂົ້າໄປໃນ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ມັນແມ່ນສົມມຸດວ່າທັງຫມົດ
ຕົວຢ່າງມີ BMRs ປຽບທຽບ (bmr-groups = 1).
--output-dir
ນີ້ຄວນຈະເປັນໄດເລກະທໍລີຜົນຜະລິດດຽວກັນທີ່ໃຊ້ໃນເວລາແລ່ນ "music bmr calc-covg". ໄດ້
ຜົນອອກມາຕໍ່ໄປນີ້ຂອງສະຄຣິບນີ້ຍັງຈະຖືກສ້າງ/ຂຽນ: overall_bmrs: ໄຟລ໌
ປະກອບມີອັດຕາການປ່ຽນແປງພື້ນຖານໂດຍລວມ. gene_mrs: ໄຟລ໌ປະກອບມີ
ອັດ​ຕາ​ການ​ປ່ຽນ​ພັນ​ລະ​ບົບ​ປະ​ເພດ​.
--genes-to-ignore
ບັນຊີລາຍຊື່ທີ່ຂັ້ນດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດຂອງພັນທຸກໍາທີ່ຈະບໍ່ສົນໃຈກັບການຄິດໄລ່ BMR ໂດຍລວມ. ລາຍຊື່ພັນທຸກໍາ
ທີ່ເປັນປັດໃຈທີ່ຮູ້ຈັກໃນພະຍາດນີ້ ແລະການກາຍພັນທີ່ບໍ່ຄວນຖືກຈັດປະເພດເປັນ
ພື້ນຫລັງ

ໃຊ້ genome-music-bmr-calc-bmrp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net